법인의 업무용으로 직접 사용된 건물의 부속토지중 기준면적을 초과하는 토지를 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도한 경우 특별부가세가 면제되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 58.11.27 OO시 동구 OO동 OOOOO, OOOOOO, OOOOOO, OOOOOO 등 4필지 토지 합계 117,042㎡를 취득하여 OO조폐창부지로 사용하다가 88.5.17 주식회사 OO개발에 양도한 후 88사업년도(1.1～12.31)분 법인세 신고시 법인세법 제59조의3 제2항 제2호의 규정에 의하여 법인세 특별부가세 면제신청을 하였으며, 처분청은 이 건 양도토지중 건축물의 부속토지로서 기준면적을 초과하는 토지 48,625㎡에 대하여는 감면을 배제하여 91.3.19 청구법인에게 당해 사업년도분 법인세 특별부가세 1,482,414,270원을 과세하였다.

2. 청구법인 주장 이 건 토지의 취득당시에는 건축물의 부속토지의 범위를 정한바도 없으며 양도할 때까지 계속 업무용으로 사용하였으므로 투기의 대상도 아니고 또한 조세감면규제법 제66조 및 동법시행령 제54조에서도 업무에 관련없는 부동산은 81.1.1 이후에 취득한 부동산에 대하여만 감면등을 규제하도록 되어 있는데도 처분청은 법인세법시행령 제124조의6 제1항 제4호에 의하여 이 건 토지중 건축물의 부속토지로서 기준면적을 초과하는 부분에 대하여 특별부가세의 감면을 배제하였는 바, 이는 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 법인세법 제59조의3 제2항 제2호에서 “양도일까지 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용(목장용·매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득”이라고 규정하고, 동법 시행령 제124조의6 제1항 제4호에서 “건물에 직접 사용되는 부속토지로서 재무부령이 정하는 기준면적을 초과하는 것. 다만, 공장용 건축물의 부속토지는 공업배치법 제6조의 규정에 의한 기준면적 초과하는 것”은 특별부가세의 면제를 배제하도록 규정하고 있다. 청구법인이 58.11.27 취득하여 업무에 사용하다가 88.5.17 양도한 토지 117,042㎡ 중 48,625㎡가 건축물의 부속토지로서 기준면적을 초과하는 비업무용부동산에 해당한다고 보아 법인세법 제18조의3 지급이자 손금불산입 규정을 적용하여 과세표준을 신고한 사실로 보아 이 건 토지중 건축물의 부속토지로서 기준면적을 초과하는 것은 비업무용부동산에 해당하는 점에는 다툼이 없다. 조세감면규제법 제66조 및 동법시행령 제54조에 의하면, 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산은 81.1.1 이전에 취득한 것은 물론 81.1.1 이후에 취득한 부동산중 조세감면규제법 시행규칙 제20조의2에 해당하는 것은 당연히 감면이 배제되는 것으로 보아야 할 것이다. 그러므로 이 건 토지는 법인세법 제59조의3 제2항 제2호 및 동법시행령 제124조의6 제1항 제4호에 의한 건축기준면적 초과하는 비업무용토지에 해당된다고 보여지므로 처분청이 전시 법 규정에 의거 기준면적 초과분을 비업무용토지로 보아 특별부가세 감면을 배제한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 법인의 업무용으로 직접 사용된 건물의 부속토지중 기준면적을 초과하는 토지를 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도한 경우 특별부가세가 면제되는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단 청구법인이 88.5.17 양도한 이 건 토지 117,042㎡중 48,625㎡는 건축물의 부속토지로서 기준면적을 초과하여 비업무용부동산에 해당하는 사실에는 다툼이 없다. 다음, 관련 법령인 법인세법 제59조의3(비과세 및 면제) 제2항 제2호, 동법 시행령 제124조의6(다른 고정자산 취득목적으로 양도하는 업무용 토지등) 제1항 제4호의 규정을 보면, 양도일까지 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득은 특별부가세가 면제되며, 이 경우 당해 양도토지는 건축물의 부속토지로서 기준면적을 초과하지 아니하여야 하고, 따라서 그 초과분은 비업무용부동산에 해당되어 특벌부가세가 면제되지 아니함을 알 수 있다. 한편, 조세감면규제법 제66조(특별부가세의 비과세 및 감면의 배제), 동법 시행령 제54조 및 동법 시행규칙 제20조의2 규정을 보면, 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산중 81.1.1 이후 취득한 부동산 즉, 건축물의 부속토지로서 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호의 규정에 의한 기준면적을 초과하는 것은 법인의 업무와 관련이 없는 부동산에 해당하고, 이에 대하여는 조세감면규제법 또는 다른 법률중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니함을 알 수 있는 바, 청구법인은 위 조세감면규제법상 81.1.1 이후 취득분만 특별부가세의 면제를 배제한다고 규정하고 있어 이 건 토지는 81.1.1 이전취득분이므로 특별부가세가 면제되어야 한다고 주장하나, 건축물의 부속토지로서 기준면적 초과분은 비업무용부동산에 해당하며 이에 대하여는 위의 법인세법 규정에 의하여 당연히 특별부가세의 면제가 배제되는 것이고, 위의 조세감면규제법령의 취지는 가령 법인세법과 같은 다른 법률에 의하여 특별부가세가 면제되는 경우에도 81.1.1 이후 취득분으로서 비업무용부동산은 위 조세감면규제법에 의하여 그 면제를 배제한다는 것이다. 그런데, 이 건의 경우는 조세감면규제법에 의하여 특별부가세의 면제가 배제되는 규정이 적용되기 이전에 위 법인세법의 규정에 의하여 특별부가세의 면제가 배제되므로 81.1.1 이후 취득하는 비업무용부동산에 대하여 특별부가세의 면제를 배제한다는 위 조세감면규제법의 규정을 적용할 여지도 없다 할 것이며, 따라서 관계법리를 오해한 청구법인의 주장은 이유없다 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리 결과 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.