증자소득공제 금액이 면제사업에서 발생한지 여부가 불분명하다고 보아소득금액에 비례하여 안분계산한 것이 적법한 것인지 여부(기각)

[참조결정] 국심1989서2357

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사 실 청구법인은 대전시 동구 O동 OOOOO에 주사무소를 두고 사료제조업을 영위하는 법인으로서 89.1.1-12.31사업년도 법인세 신고시 조세감면규제법 제42조의 규정에 의한 지방이전 공장양도차익에 따른 법인세 면제세액을 1,004,144,046원으로 신고한 사실이 있는 바, 처분청은 청구법인이 당해사업년도중 증자소득공제를 받았다는 이유로 법인세법시행령 제11조 제2항의 규정에 따라 법인세 면제세액을 838,241,270원으로 결정함에 따라 청구법인에게 90.8.23자로 법인세(89.1.1-12.31사업년도분) 182,493,050원을 부과하였고 청구법인은 이에 불복하여 90.10.19자 심사청구를 거쳐 91.1.14자로 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인의 주장 자본금증자는 청구법인이 수행하는 일반 과세사업이나 공장 양도등의 사업의 일환으로 행하여지는 것이 아니며 또한 자본금증자는 자금운용사업으로 행하여 진 것이 아니라 청구법인 자신의 내부행위인 자본증가행위에 불과하므로 이로인한 소득공제는 청구법인의 일반과세사업이나 특히 면제사업인 지방이전공장 양도차익에서 생긴 것이 아니므로 법인세법 시행령 제11조 제2항의 규정을 적용하여 이 건 공장이전 감면소득에서 공제될 수 없는 것이고, 증자소득 공제제도 및 공장양도차익 감면규정은 모두 자금의 유입에 관한 규정이므로 상호 관련이 없으며, 처분청과 같이 면제세액을 계산하는 경우에는 과세상의 불공평문제도 초래된다 할 것인 바, 즉 청구법인의 경우와 같이 88사업년도중에 증자하고 89사업년도에 공장이전 양도차익을 감면받는 경우에는 공장이전 양도차익중 일부만이 감면받게 되나 88사업년도중에 공장이전을 하고 89사업년도중에 증자하는 경우에는 증자소득 공장이전 양도차익에 대하여 전액을 감면받을 수 있게되어 단순히 자금의 유입에 대한 시차로 인하여 세제상의 혜택을 받지 못하게 된다는 문제점이 제기되므로 청구법인과 같이 증자소득에 대하여 공제를 받은 후 또다른 면제소득(지방이전 양도차익)이 있는 경우에는 면제소득 전액에 대하여 법인세를 면제받아야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 법인세법시행령 제11조 제1항에서는 “내국법인의 각 사업년도에 있어서 법 및 다른 법률에 의하여 법인세를 면제하는 경우에는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고 법 제22조의 규정에 의하여 산출한 당해사업년도의 법인세액에 법인세가 면제되는 소득(이하 이 조에서 “면제소득”이라 한다)이 법 제8조의 규정에 의한 사업년도의 과세표준금액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의100)을 곱하여 산출한 금액을 면제한다”라고 규정하고 있고, 동조 제2항에서는 “제1항의 경우에 과세표준금액 계산에 있어서 사업년도의 소득금액에서 공제한 비과세소득 이월결손금 또는 소득공제액(이하 이 조에서 “공제액 등”이라 한다)이 있는 때에는 면제소득은 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 공제액등이 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액

2. 공제액등이 면제사업에서 발생한 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액”이라고 규정하고 있는 바, 청구법인은 과세사업인 배합사료제조업을 영위하는 법인이고 공장의 지방이전에 따라 89.4.10 자로 구공장의 양도차익(면제사업)이 발생한 법인으로서 88.9.15자 증자한 자본금 5,460,000,000원에 대한 증자소득공제금액 982,800,000원이 면제사업에서 발생한지 여부가 불분명한 경우이므로 처분청이 위 법인세법시행령 제11조 제2항 제2호에 의하여 증자소득 공제금액 982,800,000원을 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액 838,241,270원을 면제세액으로 하여 이 건 법인세를 과세한 데에는 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁 점 이 건 청구는 증자소득 공제금액이 면제사업에서 발생한지 여부가 불분명하다고 보아 소득금액에 비례하여 안분계산한 것이 적법한 것인지 여부에 그 다툼이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 먼저, 당초처분의 경위를 살펴보면 청구법인이 88.9.15자로 자본금 5,460,000,000원을 증자함으로써 법인세법 제10조의 3의 규정에 따라 89사업년도(89.1.1-12.31)과세표준 계산시 982,800,000원(5,460,000,000×18/100)의 증자소득공제액이 발생하였고 89.4.10자로 청구법인이 대도시내 공장을 지방으로 이전(대전시 → 논산군)함에 따라 양도차익 3,365,218,625원이 발생하였으며, 90.3.30자로 청구법인이 89사업년도 법인세를 신고하면서 위 공장양도차익 전액을 면제소득(조세감면규제법 제42조)으로 하여 법인세 면제세액을 1,004,144,046원으로 신고하였는 바, (청구법인의 면제세액 산출근거) 면제세액 = 산출세액 ×= 1,481,710,193 × = 1,004,144,046원 처분청은 증자소득 공제상당액이 지방이전 양도차익(면제소득)에서 발생된지 여부가 불분명하다는 이유로 지방이전 양도차익 감면세액 계산시 법인세법시행령 제11조 제2항 제2호에 의하여 증자소득 공제액을 안분하여 838,241,270원만을 면제세액으로 결정함에 따라 (청구법인의 면제세액 산출근거) 면제세액 = 산출세액 × = 1,481,710,193 × = 1,481,710,193 × = 838,241,270원 90.8.23자로 법인세(89.1.1-12.31사업년도분) 182,493,050원을 부과한 것으로 밝혀지고 있다. 살피건대, 위 법인세법시행령 제11조 제1항의 규정에 의하여 법인세 면제세액은 법인세 산출세액에 면제소득이 당해 사업년도의 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액으로 하는 것이 원칙임을 알 수 있고, 다만, 비과세소득, 이월결손금 및 소득공제액이 없는 법인이 또다른 면제소득이 있는 때에는 이중으로 혜택을 줄 수 없다는 취지에서 위 시행령 제2항에서는 소득공제액등이 면제사업에서 발생한 정도에 따라 면제소득에서 공제하도록하여 그만큼 면제세액을 축소시킴으로써 동일한 소득에 대하여 소득공제도 받고 동시에 세액면제도 받는 사례를 방지하도록 하고 있음을 알 수 있으며 이 경우, 공제액등이 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액을, 공제액등이 면제사업에서 발생한지 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 각각 면제소득에서 공제하여 면제세액을 계산하도록 하고 있음을 알 수 있는 바,

① 공제액등이 면제사업에서 발생한 경우

② 공제액등이 면제사업에서 발생한지 여부가 불분명한 경우 위 법인세법시행령 제11조 제2항의 규정 및 동시행령의 제정 취지등을 감안하여 볼 때 이 건과 같이 증자소득 공제액이 있는 청구법인의 경우에는 공장이전 양도차익(면제소득)에 따른 법인세 면제세액 계산시 당연히 위 법인세법시행령 제11조 제2항의 규정이 적용된다 할 것이고, 또한 이 건 증자소득 공제의 근거가 된 증자금액의 원천과 사용에 관한 내용은 그 자금에 대한 별도표시가 없는 한 그 경제주체를 기준으로 하여 전체적으로 관찰하는 것이 합리적이며 당해 증자소득공제액은 청구법인의 과세사업과 면제사업중 어느 한부분에서만 발생되었다고 볼 수는 없다 할 것이다. 따라서 당해 증자소득 공제액이 면제사업에서 발생된지 여부가 불분명한 것으로 보아 처분청이 위 법인세법시행령 제11조 제2항 제2호의 규정에 따라 청구법인의 당해사업년도 법인세 면제세액을 838,241,270원으로 결정하여 이 건 법인세를 부과한 것은 적법한 것으로 판단된다. (국심89서2357, 90.5.17자 같은뜻임)

6. 결 론 이 건 심판청구 심리결과 청구법인의 주장은 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.