(1) 청구법인이 세무조정 신고한 소득구분계산내용의 일부를 부인하고 처분청이 이를 경정하여 과세한 처분이 국세기본법 제18조 제3항에 위배되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 법무사를 그 회원으로 하는 단체로서 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO에 소재지를 두고 고유목적사업 외에 수익사업 (법무사회관 임대업)을 영위하는 비영리 내국법인이다. 청구법인은 89사업년도(89.4.1～91.3.31) 소득에 대한 법인세 신고시 신고한 비영리사업과 수익사업의 소득구분계산 내용을 처분청이 일부 부인하고 이를 다시 계산하여 법인세 7,924,330원 및 동방위세 1,453,490원을 경정·고지하자 이에 불복하여 91.8.10 심사청구를 거쳐 91.11.13 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구인 주장

• 가. 청구법인은 비영리사업과 수익사업의 손익을 각각 별개의 회계로 구분경리하고 이를 토대로 작성한 결산서를 회원 총회에서 승인을 받기는 하였으나, 그 동안 청구법인은 비용항목 중 그 구분계산의 기준이 불분명한 것은 청구법인의 업무편의 등에 따라 임의로 구분경리하였다가 법인세 신고시 법인세법 시행규칙 제25조의 규정에 의해 구분계산하여 신고하였음에도 처분청이 당초 임의적으로 구분계산된 결산서 내용에 따라 다시 소득구분계산을 함은 부당하며,
• 나. 청구법인은 65년이래 25개 사업년도에 걸쳐 위와 같은 방법에 의해 신고하여 왔는 바, 새로운 세법의 개정 등이 없는 상태에서 이 건 과세한 것은 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”는 국세기본법 제18조 제3항의 규정을 위배한 것이라고 주장한다.

3. 국세청장 의견 청구법인은 청구법인이 신고한 비영리사업과 수익사업의 소득구분계산 내용을 부인하고, 처분청이 이를 다시 계산함은 부당하다고 주장하나 청구법인은 수익사업과 비영리사업을 별개의 회계로 구분경리하고 그 결산서를 회원총회에서 승인받고 있음이 확인되고, 청구법인이 제출한 89사업년도 결산서에 의하면 『일반회계·회관수익사업회계·관리유지회계』로 각각 구분 계산되어 있어, 비영리사업과 수익사업에 속하는 개별손금을 계산할 수 있으므로 처분청이 이에 근거하여 개별손금을 계산하고 그 성질상 구분계산이 모호한 기부금에 대하여만 공통손금으로 보아 안분계산하여 경정한 이 건 과세처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 쟁점은 청구법인이 세무조정 신고한 소득구분계산내용의 일부를 부인하고 처분청이 이를 경정하여 과세한 처분의 당부와, 처분청의 그러한 처분이 국세기본법 제18조 제3항에 위배되는지 여부를 가리는데 있다.

5. 심리 및 판단

• 가. 먼저 공통손금의 안분계산과 관련한 청구인의 주장에 대하여 살펴본다.

(1) 법인세법시행령 제2조 제4항의 규정에 의하면 “비영리내국법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업 또는 수입의 원천(이하 “수익사업”이라 한다)에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 “비영리사업”이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 동법 시행규칙 제25조 제1항 제3호에서는 공통손익의 계산방법으로서 “수익사업과 기타사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타사업의 개별손금에 비례하여 안분계산한다”라고 규정하고 있다.

(2) 청구법인의 경우 법무사협회로서의 고유목적사업 관련 “일반회계”, 부동산임대업인 “회관수익사업회계”, 회계건물유지관리에 관한 “관리유지회계”등 3개 부문으로 나누어 각각 별개의 회계로 구분경리하여 결산서를 작성, 회원총회의 승인을 받은 사실이 확인된다. 청구법인의 법인세 신고서 및 그 첨부서류를 살펴보면, 회원총회의 승인을 받은 결산서상 “일반회계”(비영리사업)의 손금으로 계상한 회의비 35,736,060원, 수용비 25,106,620원, 여비 8,320,060원 경조비 7,401,600원, 잡비 14,920,050원과 “회관수익사업회계”(수익사업)의 손금으로 계상한 회의비 20,963,605원, 수용비 16,873,950원, 여비 4,571,637원, 경조비 2,390,000원, 잡비 19,571,208원 기부금 67,808,300원을 모두 합한 223,663,090원과 “일반회계”의 사업비 227,156,377원 중 143,136,227원을 공통손금으로 한 뒤, 공통손금합계액 366,799,317원(청구법인은 358,090,311원으로 계산하였으나 착오로 보여짐)을 수익사업과 비영리사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산하는 방법으로 소득구분계산한 사실을 알 수 있다.

(3) 처분청에서는 회원총회의 승인을 받은 당초의 결산서 내용대로 수익사업과 비영리사업의 개별손금액을 계산하고, 그 성질상 구분계산이 모호한 법원·검찰청 청사 신축기부금 67,808,300원만을 공통손금으로 보아 개별손금액에 비례하여 안분계산하는 방법으로 소득구분계산하여, 청구법인이 당초 신고한 익금산입액 76,105,115원을 76,711,330원으로 조정하고 손금산입액 30,561,851원은 전액 부인하여 차감소득금액을 39,737,364원으로 소득금액을 조정하여 이 건 법인세를 경정하였다.

(4) 위의 사실을 종합하여 볼 때 청구법인이 당초에 비영리사업과 수익사업의 손익을 각각 별개의 회계로 구분경리하여 작성, 회원총회에 보고한 결산서 내용을 무시하고 청구법인이 법인세 신고시 이를 다시 개별손금과 공통손금으로 재계산하여 소득구분 계산한 것은 잘못된 것이라고 보아 처분청이 이를 부인하고 결산서 내용에 따라 다시 소득구분 계산하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 처분에 달리 잘못이 없다 하겠다.

• 나. 다음 세법의 해석 또는 국세행정의 관행에 의한 청구인의 계산은 정당하다는 주장에 대하여 살펴보면, 청구법인은 65년이래 25개 사업년도에 걸쳐 동일한 방법에 의해 소득구분 계산하여 법인세를 신고해왔고 그것이 정당한 것으로 받아들여진 것임에도 불구하고 새로운 세법의 개정이 없는 상태에서 새로운 계산방법에 의한 과세처분은 국세기본법 제18조 제3항을 위배한 것이라고 주장하고 있으나, 이 건의 경우 그 동안 세법을 적용함에 있어서 잘못된 사항을 바로 잡아 경정한 것이지 청구인의 행위 또는 계산이 “일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행”이 있는 것이라고는 볼 수 없다 하겠다. (동지: 대법 84누545 ; 85.5.28, 대법 85누289 ; 85.7.9 등 다수)
• 다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구인주장 모두 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.