결산확정시 세액공제 합계액과 그에 따른 기업합리화 적립금이 법인세신고시의 그것보다 부족한 경우 기업합리화 적립금부족액과 이에 대한미납부가산세 부과처분의 당부(취소)

[주 문] 을지로 세무서장이 91.7.16 청구법인에게 한 89.1.1～12.31 사업년도분 법인세 100,898,130원의 부과처분은 이를 취소한

[이 유]

1. 원 처분 개요 청구법인은 화약류 및 화공약품등의 제조업을 영위하는 상장기업으로서 89.1.1～12.31 사업년도분 결산확정시 세액공제 합계액을 389,074,440원(조세감면규제법 제17조에 의한 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제 191,384,810원, 동법 제18조에 의한 연구시험용시설투자 세액공제 75,040,682원, 동법 제72조에 의한 임시투자세액공제 122,648,948원)으로 집계하고 기업합리화적립금은 10,925,560원이 많은 4억원을 적립한 후 동 사업년도분에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시에는 세액공제 합계액 484,873,840원(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제 191,384,810원, 연구시험용시설투자세액공제 170,840,182원, 임시투자세액공제 122,648,948원)을 법인세에서 공제하고 신고납부하였다. 처분청은 청구법인이 위 법인세 신고시 공제한 세액공제 합계액이 484,873,840원임에도 조세감면규제법 제91조에 의하여 적립한 기업합리화적립금이 4억원 뿐이라하여 부족적립액 84,873,940원과 이에 대한 미납부가산세 16,024,190원을 합하여 91.7.16 청구법인에게 89.1.1～12.31 사업년도분 법인세 100,898,130원을 부과처분 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 91.9.14 심사청구를 하고 91.10.25 심사결정서를 받은 후 91.11.23 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 당초 결산확정시 세액공제 합계액을 389,074,440원으로 추정하여 손익계산서상 법인세등을 6,034,152,268원으로 (법인세:4,477,662,000, 방위세: 1,220,665,522, 주민세:335,824,656) 계상한 반면 기업합리화적립금은 400,000,000원으로 적립하였다. 조세감면규제법 제91조 제2항 및 동법 시행령 제65조 제1항, 제3항의 규정에 의하면 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 적립할 기업합리화적립금이 증액된 경우, 그 다음 사업년도에서 미달부문에 상당하는 금액을 적립하면 공제감면이 되므로 청구법인은 세무조정으로 인한 정당한 증가분 84,873,940원을 90사업년도의 이익금 처분시 추가로 적립하여 89사업년도의 공제감면세액에 대한 법적 요건을 완비하였으며 참고로 89사업년도의 경우 미달부분이상의 미처분이익금이 사외에 유출되지 않고 사내에 유보 되어있다. 세무조정이란 과세소득과 과세표준의 산정은 물론 산출세액, 세액공제등의 조정도 포함하는 광의의 개념으로 정의하고 있으며(법인 22601-861, 87.4.7)동 조정이 허위 또는 고의로 과소계상한 것이 아닌 이상 조세감면규제법 시행령 제65조 제1항 제2호의 규정이 적용되는 (법인 22601-3334, 87.12.11)것으로 볼 때 청구법인의 경우에는 성실한 상장회사인 점을 감안, 허위 또는 고의로 과소계상할 하등의 이유가 없는 단순착오에 불과하다. 일반법인의 경우에는 임시 주주총회의 소집이 비교적 용이하나 상장법인의 경우에는 오로지 많지 않은 공제감면세액만을 위하여 임시주총을 소집한다는 것은 현실적으로 어려움이 많고 속성상 불가능하며 비경제적으로 부득이 다음 사업년도에 법에 의하여 처분하게 된 것이다. 따라서 고의나 허위로 과소계상한 경우가 아닌 단순한 금액 착오가 명백하고 임시주주총회소집이 불가능하여 다음 사업년도 기업합리화적립금을 적립한 것이므로, 당초처분 부당하여 취소되어야 한다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 미적립한 세액공제 상당액 84,873,940원을 90사업년도 이익금 처분시 기업합리화적립금으로 적립하였음은 90사업년도 이익잉여금 처분계산서 및 기업합리화적립금 명세서 등에서 확인된다. 그러나 청구법인이 세무조정전 결산 확정시에 집계누락한 연구시험용 기계장치 취득가액 957,995,000원을 세무조정시 발견하여 추가로 연구시험용투자세액공제(국산 기자재) 95,799,500원을 공제한 사실을 세무조정에 의한 증가로 볼 수 있는지를 보면, “세무조정이란 세법의 규정에 의한 익금산입, 손금불산입, 손금산입, 익금불산입 사항을 가감계산하는 절차를 협의의 세무조정이라하고, 과세소득과 과세표준의 산정은 물론 납부할 세액의 계산까지를 포함하는 일련의 절차를 광의의 세무조정이라 하며, 일반적으로 세법상 세무조정이라 함은 후자의 경우를 말하는 것”으로 정의하고 있는 바(91 법인세 신고안내 29쪽 참조), 청구법인의 경우는 결산확정시 법인세등을 산출하기 위한 세액공제 잠정집계시 업무 오류로 인하여 단순히 집계누락한 사실에 불과하므로 이는 세무조정의 범위에 포함되지 않는다고 할 것이며, 청구주장이 이유없는 것으로 인정된다는 의견이다.

3. 심리 및 판단 청구법인의 89년 사업년도분 법인세 신고납부시 세액공제 합계액이 484,873,870원으로 계산되어 결산확정시 잠정집계한 세액공제 예상액(389,074,440원)보다 95,795,500원이 증가된 것과 이에따라 기업합리화적립금으로 적립하여야 할 금액 84,873,840원이 증액된 것이 결산확정일 이후 세무조정으로 인한 것인지 여부와 위 기업합리화 적립금 적립부족액 84,873,840원을 그 다음 사업년도의 이익금 처분에 있어서 적립한 경우에도 세액공제가 적법한 것인지 여부에 다툼이 있다. 관련규정을 보면, 조세감면규제법 제91조 제1항에서 “같은법 제17조(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제), 제18조(연구시험용 시설투자 세액공제), 제72조(임시투자 세액공제)등의 규정에 의하여 세액공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금 처분에 있어서 그 공제받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 한다”라고 규정되어 있으며, 제2항에서 “기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정되어 있고 같은법 시행령 제65조 제1항 제2호에서 “내국법인이 당해 과세년도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세년도에 적립하여야 할 기업합리화 적립금이 증액된 경우”를 제1항 단서규정에 해당하는 것으로 규정하고 있으며 제3항에서 “제1항의 경우에 있어서는 그다음 사업년도의 이익금처분에 있어서 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다”고 규정하고 있다. 첫째, 청구법인이 89사업년도분 결산확정시에는 조세감면규제법 제18조에 의한 연구시험용 시설투자에 대한 세액공제액을 75,040,682원으로 계산하여 전체 세액공제 합계액을 389,074,440원으로 집계하고 이보다 많은 4억원을 90.2.28자 주주총회에서 이익처분하여 기업합리화적립금으로 적립하였으나 그후 법인세신고를 위한 법인세과세표준 및 세액 조정계산서를 작성함에 있어서 당초 기계장치계정에 기장처리된 89.5.31자 취득한 Core Assy 취득가액 765,000,000원과 89.6.30자 취득한 Motor Rack 취득가액 192,995,000원 합계 957,995,000원에 대한 연구시험용 시설투자세액공제액(국산기자재) 95,799,500원이 계산누락되었음이 밝혀졌고, 따라서 연구시험용시설투자 세액공제액이 170,840,182원으로 되어 전체 세액공제 합계액이 484,873,840원으로 조정된 결과 기업합리화적립금으로 적립하여야 할 금액 84,873,840원(484,873,840원-4억원)이 증액된 것임이 결산확정시 작성된 법인세등을 계산하기위한 세액공제계산서류, 손익계산서, 이익잉여금 처분계산서, 그리고 법인세신고시 작성된 법인세과세표준 및 세액조정계산서등에 의하여 확인되며 이 점에 있어서는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 둘째, 세무조정이란 세법의 규정에 의한 익금산입, 손금불산입, 손금산입, 익금불산입 사항을 가감계산하는 절차를 협의의 세무조정이라하고 과세소득과 과세표준의 산정은 물론 납부할 세액의 계산까지를 포함하는 일련의 절차를 광의의 세무조정이라 하는 바, 일반적으로 세법상 세무조정이라함은 후자의 경우를 말하며 그리고 이 세무조정은 그 절차상의 특색을 기준으로 기업이 스스로 기말의 결산정리를 통하여 장부에 반영하여야 하는 소위 “결산조정”과 장부에 계상함이 없이 결산서상의 당기순이익을 기초로하여 과세표준신고서에만 계상해도 되는 소위 “신고조정”으로 나누어 진다. 결산확정시 당해 기업들이 세액공제액을 계산하는 것은 납부하여야 할 법인세액등이 얼마인지를 산정하고 이익금을 처분함에 있어서 적립할 기업합리화 적립금이 얼마나 되는지를 알기위한 잠정집계일 뿐, 결산정리를 통하여 장부에 반영하는 것이 아니며, 세액공제액은 결산확정일 이후 법인세신고를 함에 있어서 법인세과세표준 및 세액조정계산서에 계상되어 납부할 세액을 조정하게 되는 것으로서 세액공제는 원칙적으로 신고조정사항인 바, 청구법인의 89년 사업년도분 세액공제 합계액이 484,873,870원으로 계산되어 95,795,500원이 증가된 것과 이에따라 기업합리화적립금으로 적립하여야 할 금액 84,873,840원이 증액된 것은 결산확정일 이후 세무조정으로 인한 것이라 하겠다. 셋째, 청구법인이 89사업년도분에 대한 이익금 처분시 기업합리화적립금을 4억원만 적립하여 과소하게 적립한 것은 사실이나 이는 앞의 “첫째”에서 본 바와같이 연구시험용시설투자 세액공제가 과소하게 계산되었기 때문으로서 납부세액을 그 만큼 감액받게 되는 세액공제액을 일부만 적게 계산할 합리적이유가 발견되지 아니하고 또 차기로 이월된 미처분이익잉여금이 580,537,627원에 달했던 점에서 볼 때, 결산확정시 고의 또는 허위로 세액공제액을 과소하게 계산하고 따라서 기업합리화적립금도 과소하게 적립했던 것으로는 인정되지 않으며(재무부예규 조세 22607-1814, 91.12.16 참조), 넷째, 청구법인은 89사업년도분 이익처분시 부족하게 적립한 기업합리화적립금 84,873,840원을 그 다음 90사업년도에 대한 이익금처분에 있어서 기업합리화적립금으로 적립하였음이 90사업년도분 이익잉여금처분계산서와 기업합리화적립금 명세서에 의하여 확인된다. 이상 내용을 종합하여 볼 때 청구법인이 89사업년도분 법인세 과세표준 및 세액신고시 세액공제 합계액 484,873,840원을 법인세에서 공제하여 신고납부한 것은 적법한 반면 처분청이 위 세액공제액중 84,873,840원을 공제배제하여 이 건 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있어 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.