[주 문]
1. 강남세무서장이 91.6.1 청구법인에게 과세한 법인특별부 가세 204,294,260원 및 동 방위세 32,842,550원의 부과처분은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 소재 대지 528.3㎡ 의 취득가액 및 양도가액은 취득·양도당시의 국세청 기준시 가액으로 양도차익을 계산하여 특별부가세의 과세표준 및 세 액을 경정한다.
2. 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 소재 대지 528.3㎡를 87.8.26 청구외 OOO으로부터 출연받아 88.10.24 양도하였고, 천안시 OO동 OOOO 소재 대지 843㎡ 외 33필지 30,035㎡를 88.2.5 청구외 OOO으로부터 출연받아 88.10.28 양도한 데 대하여 처분청이 취득가액(989,337,900원)은 장부가액으로, 양도가액(1,553,720,000원)은 실지거래가액으로 하여 양도차익을 계산하여 91.6.1 법인특별부가세 204,294,260원 및 동 방위세 32,842,550원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 91.7.30 심사청구를 거쳐 91.11.11 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 청구법인은 쟁점부동산이 구법인세법 제59조의 3 제2항 제3호의 규정에 의해 특별부가세의 면제대상이고, 단지 특별부가세의 면제신청서를 제출하지 않았다는 이유로 특별부가세의 면제를 배제하는 것은 부당하고,
(2) 설혹 법인에 대한 특별부가세를 과세하는 경우에 있어서도 이 건 부동산들은 출연받은 자산이므로 이들에 대한 취득가액 및 양도가액의 계산은 법인세법 제59조의 2 제3항 단서에 의하여 기준시가로 결정하여야 함에도 불구하고 취득가액은 장부가액으로, 양도가액은 실지거래가액으로 하여 양도차익을 계산한 당초 처분은 위법하다는 주장이다.
- 나. 국세청장 의견 이 건의 부동산 양도는 조세감면규제법 제67조의 3 제1항에 해당되는 특별부가세 면제대상이 아니며(참고: 청구법인은 전심절차에 있어서는 조세감면규제법 제67조의 3 제1항을 면제근거규정으로 주장한 바 있음), 설령 특별부가세의 면제대상에 해당된다고 하더라도 동법 제3항에 의한 특별부가세 감면신청서를 제출하지 않았기 때문에 처분청이 면제를 배제한 당초 처분은 잘못이 없다는 주장이다.
3. 심리 및 판단 이 건 심판청구의 다툼은 첫째, 특별부가세의 면제신청을 아니한 경우에도 그 세액을 면제할 수 있는지 여부 둘째, 학교법인이 출연으로 취득한 이 건 부동산의 취득가액이 법인세법 제59조의 2 제3항 단서의 규정에 의한 불분명한 경우에 해당되어 양도차익을 취득가액과 양도가액을 기준시가로 하여 계산하여야 하는지 그 당부를 가리는 데 있다고 하겠다.
- 가. 구법인세법 제59조의 3 제2항의 규정에 의한 특별부가세의 면제신청을 하지 아니한 경우에도 세액을 면제할 수 있는지를 살펴본다 구법인세법 제59조의 3 제2항 제3호에서 특별부가세의 면제대상을 “사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득”이라고 규정하고, 같은 조 제3항에서는 “제2항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있으므로 특별부가세의 면제신청을 하지 아니한 이 건의 경우에는 그 세액을 면제할 수 없다고 할 것이다.
- 나. 청구 학교법인이 이 건 부동산을 출연받아 양도한 데 대하여 취득가액이 법인세법 제59조의 2 제3항 단서의 규정에 의한 불분명한 경우에 해당되는 지 여부를 심리하여 본다. 법인세법 제59조의 2 제3항에서 법인의 토지등 양도에 대한 양도차익의 계산은 양도가액에서 취득가액등을 공제하여 계산하되 같은 항 단서에서 예외적으로 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 금액과 취득당시의 기준시가에 의하여 계산한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”라고 규정하고, 법인세법시행령 제124조의 2 제2항에서 “취득가액이라 함은 제48조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액·건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적지출액을 합계한 금액을 말한다”고 규정하고, 법인세법시행령 제48조 제2항 제3호에서는 자기가 매입하거나 건설·제작등에 의하여 취득한 고정자산 이외의 고정자산의 취득가액은 취득당시의 정상가액이라고 규정하고 있다. 그러므로 청구법인이 수증받은 이 건 부동산의 취득가액은 불분명한 것이 아니고 실지취득가액은 없지만 앞에서 본 법령의 규정에 의하여 취득당시의 정상가액을 취득가액으로 하여야 하는 것이며 취득당시의 정상가액이라 함은 시가에 상당한 금액을 가리키는 것이라 할 것이다. 청구법인이 88.2.5자 증여받은 천안시 OO동 소재 대지 30,035㎡는 88.1.28자 한국감정원의 감정가액이 있으므로 동 감정가액은 정상가액에 해당된다 할 것이므로 취득가액은 감정가액으로 하고 양도가액은 실지거래가액으로 하여 양도차익을 계산한 당초 처분은 정당하다. 그러나 강남구 OO동 소재 대지 528.3㎡의 경우 양도당시의 실지거래가액은 밝혀지나 청구법인이 87.8.26에 수증당시의 시가상당액을 알 수 없어 지방세법상 과세시가표준액으로 장부에 계상하였다 하더라도 이를 정상가액으로 볼 수 없고, 정상가액이 불분명한 경우라 할 것이다. 따라서 위 OO동 소재 부동산은 국세청장이 정하는 특정지역내에 소재하므로 법인세법 제59조의 2 제3항 단서의 규정에 따라 취득당시의 국세청 기준시가를 취득가액으로 하여 양도차익을 계산하여야 하고, 양도·취득가액 중 어느 하나라도 불분명한 때는 과세형평상 양도 및 취득가액 모두를 국세청 기준시가로 하여 양도차익을 계산함이 타당하다고 본다(동지: 대법원판례 86누534, 87.5.26 외 다수). 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.