[요지] 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 양도가액을 기준으로 환산한 가액으로 결정함이 적법타당함
[요지] 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 양도가액을 기준으로 환산한 가액으로 결정함이 적법타당함
[주 문] 구로 세무서장은 청구법인이 90.9.28 신고·납부한 89.7.1～ 90.6.30 사업년도분 법인세 2,333,663,620원 및 동 방위세 652,753,050원과 관련하여 91.3.28 수정신고한데 대하여, 청구 법인이 양도한 서울특별시 구로구 OOO동 OOOO번 지, 공장용지 12,883㎡의 양도가액 및 취득가액 모두를 기준 시가(국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의 하여 평가한 가액)에 의한 가액으로 양도차익을 계산하고, 대 구직할시 달서구 OO동 OOOOO번지 공장용지 927㎡에 대하여는 그 양도시기를 91.1.21로 하여 양도가액은 실지거래 가액으로 취득가액은 환산가액에 의한 가액으로 양도차익을 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하고 청구법인이 91.3.28 수정신고한 환급세액 (법인세 664,373,780원 및 동 방위세 202,253,900원)을 한도로 하여 이미 납부한 세액에서 환급한
[이 유]
1. 사실 청구법인은 서울특별시 구로구 OOO동 OOOOOO에 본점을 두고 제조업(봉제)을 영위하고 있는 법인으로서, 서울특별시 구로구 OOO동 OOOOOO 소재 공장용지 12,883㎡(이하 “OOO동 토지”라 한다)를 75.11.26 취득하여 90.6.27 양도하고 또한 대구직할시 달서구 OO동 OOOOOOO 소재 공장용지 927㎡(이하 “OO동 토지”라 한다)를 69.8.26 취득하여 91.1.21 양도한 후, 90.9.28 청구법인의 89.7.1～90.6.30 사업년도분 법인세(특별부가세분) 과세표준 및 세액신고시 쟁점토지의 양도가액은 실지거래가액(OOO동 토지 5,845,500,000원, OO동 토지 157,239,370원)으로 취득가액은 77.1.1 현재의 지방세법상 과세시가표준액으로 계산한 금액(OOO동 토지 149,279,723원, OO동 토지 2,240,088원)으로 양도차익을 산정하여 해당세액을 신고 납부하였으나, 그 후 당초 신고한 위 토지의 가액 산정방법이 잘못 되었음을 이유로 91.3.28 위 토지의 취득 및 양도가액을 모두를 기준시가 [OOO동 토지(양도가액 3,267,128,800원, 취득가액 364,413,172원), OO동토지 (양도가액 73,446,210원, 취득가액 2,060,639원)]로 양도차익을 계산하여 수정신고를 하면서 기납부세액에서 특별부가세분 법인세 664,373,780원과 동 방위세 202,253,900원을 환급하여 줄 것을 요구하였다. 이에 대하여 처분청이 청구법인의 당초신고 내용이 정당하다하여 91.6.3 환급거부처분을하자, 청구법인은 이에 불복하여 91.7.2 심사청구를 거쳐 91.10.30 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지를 76.12.31 이전에 취득하였으므로 법인세법 제59조의 2 제3항 단서의 규정에 의한 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”라는 조항에 해당되고, 이경우 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만아니라 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에도 취득 및 양도가액 모두를 기준시가에 의한 금액으로 양도차익을 산정하여야 하는 것이므로 이 건 청구법인의 91.3.28자 수정신고를 거부한 처분은 부당하다는 주장이다.
3. 국세청장 의견 법인세법 제59조의2 제3항에서 “양도차익은 양도가액에서 취득가액등을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도 및 취득당시의 기준시가에 의한다”고 되어 있는 바, 이 건의 경우 양도당시의 실지거래가액이 확인되고 있으므로 양도가액은 청구법인이 당초신고한 실지거래가액으로 하여야 할 것이며, 한편, 76.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액에 관한 법인세법 시행령 부칙(대통령령 제7464호) 제7조에 의하면 “77.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없을 때에는 77.1.1 현재의 기준시가)에 의하여 평가한 가액과 76.12.31 이전 장부가액에 76.12.31 이전의 취득일로부터 76.12.31까지의 보유기간에 도매물가 상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액중 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정되어 있는 바, 76.12.31 이전에 취득한 이 건 토지의 경우 청구법인이 당초 신고한 많은 금액(OOO동 토지: 기준시가, OO동 토지: 물가상승율 감안금액)이 전시규정에 의한 취득가액이라고 인정된다. 따라서 청구법인이 이 건 토지 양도에 대하여 90.9.28 당초 신고한 양도가액과 취득가액 산정은 타당하므로 청구주장을 받아들일수 없다는 의견이다.
4. 쟁점
5. 심리 및 판단
1. 쟁점 “가”에 대하여 청구법인은 OOO동 토지의 경우 76.12.31 이전에 취득하여 90.6.27에 양도한 자산으로서 취득시기 의제일인 77.1.1 현재의 시가를 알 수 없어 취득 및 양도가액을 모두 기준시가에 의한 가액으로 하여 양도차익을 결정함이 정당하다고 주장하고 있는 바, 이에 대한 당부를 살펴본다. 이 건 토지 양도당시 시행되었던 관계법령규정을 보면 법인세법 제59조의2 (특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서, 같은법 시행령 제124조의2 제6항에서 “법제59조의2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙 제13조(88.12.26 개정, 토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의2에 규정하는 토지등으로서 76.12.31 이전에 취득한 것은 77.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 부칙 제7조(88.12.31 개정, 양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “76.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 77.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 77.1.1 현재의 기준시가 이하같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 76.12.31 이전의 장부가액에 76.12.31 이전의 취득일로부터 76.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 77.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정함으로써 76.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있다. 따라서 취득시기가 76.12.31 이전인 쟁점토지의 취득가액은 앞에서 열거한 법인세법 부칙 제13조 및 같은법 시행령부칙 제7조의 규정에 의하여 77.1.1 현재의 시가에 의하여 평가하여야 하나 그 시가를 알 수 없는 때에 해당되고 또한 법인세법 제59조의2 제3항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하면서 같은법시행령 제124조의2 제6항에서 위의 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정된 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을 뿐 법인세법과 같은법시행령 어디에도 소득세법시행령 제170조 제4항(89.8.1 개정) 제2호(부동산투기거래등)의 거래에 대한 양도차익계산방법을 규정한 소득세법시행령 제170조 제1항 단서와 같은 조항(환산가액)이나 소득세법 시행령을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준계산방법을 규정한 위 법인세법 및 같은법 시행령의 해석에 있어서는 비록 그 거래유형이 소득세법시행령 제170조 제4항 제2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 같은법시행령 같은조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다. 이러한 취지에서 대법원판례는 물론 최근의 심판결정례에서도 법인세법 제59조의2 제3항에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우”라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 두가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다는 태도를 견지하여 왔음을 알 수 있는 바, 결국 76.12.31 이전에 취득한 자산의 경우 77.1.1 현재의 시가를 확인할 수 있다면 양도가액 역시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이나, 그 시가를 알 수 없다면 77.1.1 현재의 기준시가에 의하여 취득가액을 결정하여야 할 것이며 양도가액 역시 기준시가에 의하여야 한다고 해석하는 것이 위 관계법령, 부칙규정 및 판례의 취지등에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다. [동지: 대법원판례 86누 935(86.10.28), 86누 671(87.10.26), 심판결정 88서 1427(89.2.5), 88전 1653(89.3.22), 91중 903(91.7.8)] 그렇다면 76.12.31 이전에 취득하고 77.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 OOO동 토지의 경우 소득세법시행령 제115조의 규정에 의하여 취득가액을 77.1.1 현재의 기준시가로 하고 양도가액 역시 양도당시의 기준시가로하여 양도차익을 산정하는 것이 적법타당하다 할 것이다.
2. 쟁점 “나”에 대하여 청구법인은 OO동 토지의 경우 그 취득시기를 69.8.25로 하고 양도시기를 90.6.29(대구직할시의 보상금 확정통보일)로 하여 이 건 토지 양도에 따른 소득이 89.7.1～90.6.30 사업년도에 귀속되는 것으로 보아 특별부가세분 법인세신고를 하였는 바, 이에대한 당부를 본다. 자산의 취득 및 양도시기에 관하여 규정하고 있는 법인세법 제59조의 2 제4항, 같은법 시행령 제124조의 2 제11항과 소득세법 시행령 제53조 제1항의 규정을 살펴보면, 자산의 취득시기와 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하도록 규정되어 있다. 이 건의 경우 취득시기에 관하여는 다툼이 없고 양도시기에 관하여 보면, 이 건 토지는 청구법인이 대구직할시에게 공공용지로 매도한 것으로서 그 잔금 청산일이 91.1.21임이 대구직할시 달서구청의 토지보상금정산관계 통보공문과 청구법인이 제출한 금융자료등에 의해 밝혀지고 있다. 그렇다면, OO동 토지의 양도에 따른 소득은 법인세법 제17조 제3항의 규정에 의하여 90.7.1～91.6.30 사업년도에 귀속되는 것으로 보아야 할 것이고 청구법인이 89.7.1～90.6.30 사업년도에 귀속되는 것으로 하여 이 건 법인세(특별부가세분)를 신고한 것은 잘못이라 하겠다. 다음으로 청구법인은 OO동 토지의 경우에도 양도차익을 계산함에 있어 OOO동 토지의 경우와 같이 취득 및 양도가액산정을 모두 기준시가로 계산하여 수정신고하였는바, 이에대한 당부를 본다. 관려규정을 보면 법인세법 시행령 제124조의2 제7항(89.12.30 신설)에서 양도가액 또는 취득가액중의 어느 하나가 불분명한 경우에 그 불분명한 가액은 실지거래가액이 확인된 금액을 기준으로 환산한 가액으로 결정하도록 규정되어 있으며, 동시행령 부칙 제2조에서 위 신설 규정은 90.1.1 이후 최초로 개시하는 사업년도분 부터 적용하도록 되어 있다. 그렇다면 이 건 토지의 경우 앞에서 본 바와같이 양도일이 91.1.21이므로 양도차익을 계산함에 있어 전시한 법인세법 시행령규정에 의하여 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 양도가액을 기준으로 환산한 가액으로 결정함이 적법타당하다 할 것이고 따라서 취득 및 양도가액 모두를 기준시가로 하여야 한다는 청구법인 주장은 이 건 관련법리를 오해한 것으로 보여진다.
6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.