특별부가세 면제의 배제와 관련하여 기준초과용지의 면적을 계산함에 있어 공장취득당시의 기준공장면적율과 양도당시의 기준공장면적율이 공업입지기준의 개정으로 서로 다른 경우 어느 것을 적용하여야 하는지 여부(경정)

[주 문] 동 OOOOOOO 소재 공장(대지 4,775.40㎡, 건물 1,690.91㎡)의 기준초과용지의 면적을 계산함에 있어서 철도 접도구역 면적 42.7㎡를 기준초과용지의 면적에서 제외하여 해당 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 82.3.22 자로 서울시 구로구 OO동 OOOOO 대지 4,775.40㎡ 및 건물 1,690.91㎡(이하 “이 건 구공장”이라 한다)를 취득하여 가방제조 공장을 가동하다가 87.11.1 자로 동 공장을 조치원으로 이전하였고, 이 건 구공장의 대지 및 건물은 89.6.7 양도하였는 바, 이에 대하여 처분청은 당초에는 이 건이 공장의 지방이전에 해당된다 하여 특별부가세를 면제하고 방위세만 할증과세하였다가 서울지방국세청의 감사에서 지적을 받고 91.4.16 자로 이 건 구공장 대지 4,775.40㎡중 공장기준 면적율 50%를 초과한 토지 1,393.58㎡를 비업무용부동산으로 보아 특별부가세 면제를 배제하여 91.4.16 자로 법인세 154,429,340원을 부과고지하자 이에 불복하여 91.8.17 자로 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 82.3.22 경 위 부동산을 취득할 당시에는 공장기준면적율이 40%이고, 공업배치법에 의거 기준면적의 10%까지는 업무용으로 간주하였으므로 공장업무용지가 4,650㎡에 철도 접도구역 면적 42.7㎡ 및 가설건축물 면적 154.3㎡를 합하면 대지면적 4,775.40㎡를 초과하므로 동 양도차익에 대하여는 특별부가세를 부과할 여지가 전혀 없는 것임에도 불구하고 처분청은 본건 부동산을 취득할 당시의 법규정을 적용하지 아니하고 사후에 변경된 규정을 소급하여 적용하였을 뿐 아니라, 위 대지중 철도 접도구역에 해당된 부분이나 가설건축물(기히 허가를 받았음)에 대한 고려를 전혀 하지 아니하였으므로 위법부당한 처분이라는 주장이다.

3. 국세청장 의견

① 가방제조업에 대한 기준공장 면적율이 87.5.29 자 50%로 개정되었는 바, 기존에 보유하고 있던 업무용 해당 토지가 공장입지 기준면적율이 개정됨에 따라 새로이 비업무용부동산에 해당되게 된 경우에는 개정고시의 시행일로부터 법인세법시행규칙 제18조 제3항의 비업무용부동산으로 보는 것이고 (동지 국세청 법인 22601-3121, 88.11.1)

② 청구법인은 가설건축물 면적 154.3㎡를 공장면적에 포함하여야 한다고 주장하나 “가설건축물 축조신고증”을 보면, 용도는 “적재창고”이고, 구조는 “천막”으로서 굴치기간이 85.6.23～86.6.22까지 365일간으로 되어 있어 쟁점부동산 양도일인 89.6.7에는 가설건축물이 존재하였다고 볼 수 없으므로 가설건축물면적 154.3㎡를 공장면적에 포함할 수 없다고 할 것이며,

③ 도시계획확인원을 보면, 쟁점토지는 풍치지구로 되어 있고(91.7.15 구로구청에 전화확인한 바, 79.11.30 자 풍치지구로 고시된 지역임: 건설부 고시 제497호) 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호를 보면 당해부동산 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것은 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 되어 있는 바, 쟁점부동산은 취득시기(82.3.22)전인 79.11.30자로 사용이 제한되었다 할 것이므로 쟁점공장 부속토지 4,775.4㎡중 공업배치법에 의한 공장입지 기준면적 3,381.82㎡(공장면적 1,690.91㎡ ÷ 공장기준면적율 50%)를 초과하는 부분(1,393.58㎡)에 대하여 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 (가)목에 규정한 비업무용부동산으로 보아 조세감면규제법 제66조 규정에 의거 특별부가세 감면을 배제함은 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 따라서 이 건 심판청구의 쟁점은

• 가. 특별부가세 면제의 배제와 관련하여 기준초과용지의 면적을 계산함에 있어 공장취득당시의 기준공장면적율과 양도당시의 기준공장면적율이 공업입지기준의 개정으로 서로 다른 경우 어느 것을 적용하여야 하는지 여부,
• 나. 기준초과용지의 면적중에서 공장기준면적의 10%에 해당하는 부분까지는 업무용으로 간주하여야 하는지 여부,
• 다. 청구법인이 154.3㎡의 가설건축물을 지어서 사용하고 있었는지 여부 및
• 라. 철도접도구역 42.7㎡를 기준초과용지의 면적에서 제외시켜야 하는지 여부를 각각 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 『가』에 대하여 청구법인의 주장은 82.3.22 자로 이 건 구공장 대지 및 건물을 취득할 당시에는 기준공장 면적율이 40%인 바, 처분청이 이 건 구공장 취득 당시의 공장입지기준을 적용하지 아니하고 사후에 개정된 규정(양도당시의 기준공장면적율은 50%)을 소급적용함은 부당하다는 주장이다. 살피건대, 이 건 구공장의 양도일은 89.6.7 로서 양도당시의 기준 공장면적율이 50%임에는 다툼이 없고, 양도당시에 적용되던 공장입지기준 고시(상공부고시 제86-20호, 86.6.4)의 부칙 제1항에 『이 고시는 86년 7월 1일부터 시행한다』라고 규정되어 있는 바, 기준공장 면적율이 변경된 경우 기존공장에 대하여 변경되기 이전의 기준공장 면적율이 아니라 변경된 기준공장면적율이 86.7.1 부터 적용됨을 명시하고 있으므로(동지 국세청 예규 법인 22601-3121, 88.11.1), 이 건 구공장에 대하여 취득당시의 기준공장 면적율을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유없다 할 것이다.
• 나. 쟁점 『나』에 대하여 청구법인은 기준초과용지의 면적중에서 공장기준면적의 10%에 해당하는 부분까지는 업무용으로 간주하여야(기준초과용지로 보지 아니하여야)한다는 주장이나, 공업배치법시행령 제12조 제2항에서 『기준초과용지의 면적이 공장대지 면적의 10%미만이고 3,000제곱미터를 초과하지 아니하는 경우에는 이를 기준초과용지로 보지 아니한다』라고 규정하고 있는 바, 이 건과 같이 기준초과용지의 면적이 공장대지면적의 10%를 초과하는 경우는 기준초과용지 면적 전부가 기준초과용지로 간주되는 것이므로 청구법인의 주장은 이유없다 할 것이다.
• 다. 쟁점 『다』에 대하여 청구법인은 가설건축물 154.3㎡를 지어 사용했다고 주장하고 있으나, 청구법인이 제시하는 『가설건축물 축조신고증』에는 굴치기간이 85.6.23부터 86.6.22까지로만 되어 있어 이 건 구공장 양도일(89.6.7)까지 계속하여 존재하였다고 볼 수 없으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.
• 라. 쟁점 『라』에 대하여 청구법인은 철도접도구역 면적 42.7㎡를 이 건 구공장의 기준초과용지 면적계산에서 제외시켜야 한다고 주장하고 있는 바, 살피건대 공장입지기준고시(상공부 고시 제86-20호, 86.6.4) 제3조 제2항 다목에서 기준공장면적율을 산정할 경우 공장부지내에 존재하는 철로의 면적은 공장대지면적에서 제외하고 기준공장 면적율을 산정하도록 규정하고 있고 지적기사의 『측량성과도』에 철도면적이 42.7㎡임을 확인하고 있어 이 부분 청구법인의 주장은 이유있다 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.