[참조결정] 국심1991부1060
[주 문] 반포세무서장이 1991.2.18 청구법인에게 납세고지한 1989사업 년도 법인세 831,987,130원 및 동 방위세 393,112,286원의 부 과처분은 당해 사업년도 소득금액계산시 고정자산 처분손실 1,941,295,250원을 손금에 산입하고, 특별부가세 과세표준계산 시 위 양도차손 1,941,295,250원을 양도차익에서 차감하여 해 당 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 사실 청구법인은 해운O만청의 교환요청에 따라 인천O 제5·6부두 건설에 정부지내 별지기재의 소유토지 2필지 64,780.8㎡(감정가액 5,137,115,800원)를 서울특별시 강남구 OO동 OOOO등 2필지 소재 국유지 10,467㎡(감정가액6,658,431,000원)와 “감정가액”에 의하여 교환하는 교환계약을 1988.12.29체결하고 1989.2.27 그 정산차액 1,521,315,200원을 해운O만청에 지급하여 상호교환함으로써 그 소유토지를 양도(소유권이전등기일 1989.3.15)한 사실이 있는 바, 이에 대하여 처분청에서 청구법인이 양도한 토지중 취득가액에 미달하게 감정가액으로 양도(교환)함으로써 발생한 별지기재의 제2호 토지의 처분손실 1,941,295,250원을 새로 교환 취득하는 토지의 자본적지출로 보아 이를 손금부인하여 각사업년도소득을 계산하고, 당해토지의 양도가액을 교환가액인 감정가액(2,403,256,800원)으로 하지 아니하고 당초의 실지취득가액(4,344,552,050원)으로 하여 특별부가세 과세표준을 계산하여 1991.2.18 청구법인에게 1989사업년도(1989.1.1 부터 동년 12.31 까지)분 법인세 831,987,130원 및 동 방위세 393,112,286원을 납세고지함에 따라 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 1991.8.8 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 청구법인은, 첫째, 각사업년도 소득금액계산에 있어서 토지의 장부가액은 자산재평가법에 의한 재평가를 한 경우를 제외하고는 법인세법시행령 제48조 제2O 제1호에서 규정한 매입한 고정자산은 매입당시의 그 대가(등록세, 취득세, 기타 부대비용을 포함한다)를 의미하며, 자본적지출이란 고정자산의 내용년수를 증가시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 수선비를 말하고, 자본적 지출에 대하여는 동법시행규칙 제33조 제2호 각목과 동법기본통칙 2-15-1...21에 상세히 나열되어 있음에도 불구하고, 처분청은 교환거래를 위하여 취득한 신규 취득토지의 처분손실을 교환으로 인하여 취득하는 토지의 자본적 지출이라 하여 손금불산입하였는 바, 동 처분손실은 손금산입하여야 하고(이하 “청구1”이라 한다), 둘째, 국가기관과 청구법인간의 계약에 의하여 성립된 거래로서 그 계약에 하자가 없는 한 그 계약서의 내용은 정당하고, 교환계약서에 명시된 금액이 거래금액으로서 청구법인의 양도가액이며, 교환양도하기 위하여 새로 취득한 거래는 거래시기, 거래당사자, 거래조건 등이 이와는 완전히 별개의 거래임에도 불구하고, 처분청은 양도와 취득의 별개 거래를 하나의 단일 거래로 보았고, 국세청 법인 22601-1391(1987.5.27), 재산 01254-1423(1986.5.1), 법인 22601-467(1986.2.11)등을 종합하여 볼 때 교환당시 거래 쌍방의 토지 등에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액을 기준으로 교환하는 경우의 양도가액은 동 감정가액으로 하도록 해석하고 있으므로 한국감정원에서 감정한 감정가액을 실지거래가액으로 보아야 함에도 불구하고, 처분청은 취득당시의 가액을 양도가액으로 보았으며, 또한 처분청에서는 신규 취득토지의 양도가액을 각사업년도 소득금액계산시에는 감정가액(2,403,256,800원)으로하고, 특별부가세 과세표준계산시에는 실지취득가액(4,344,552,050원)으로 함으로써 단일양도거래에 양도가액이 2개 존재하는 모순된 처분을 하였는바, 신규 취득토지의 양도가액은 특별부가세 과세표준계산시에도 교환양도가액인 감정가액으로 하여야 한다(이하 “청구2”라 한다)는 주장이다.
3. 국세청장 의견 이에 대하여 국세청장은, 청구1의 경우 법인세법시행령 제57조 및 동법시행규칙 제33조와 동법기본통칙 2-15-1...21에 의하면, 건물의 철거비용이나 첨가 취득한 기계장치의 처분손등에 대하여는 발생원인이나 취득목적이 자본적지출 해당여부의 판단에 중요한 요소인 바, 이 건의 경우 처음부터 교환목적으로 취득한 토지의 처분손실은 교환취득토지에 대한 자본적지출로 보아야 한다고 판단되고, 이 건 토지교환일인 1988.12.29 현재 교환취득토지의 정상가액을 분명하게 알 수 없어 부득이 교환양도를 위해 신규취득한 토지의 감정가액 2,403,256,800원을 양도가액으로 보아야 하므로 동 양도가액에서 1988.12.21 실제매매거래에 의해 취득한 장부가액 4,344,552,050원을 차감한 고정자산처분손실 1,941,295,250원을 손금불산입한 당초처분은 정당하고, 청구2의 경우, 교환으로 양도한 토지의 특별부가세 과세표준을 계산함에 있어서 법인세법 제59조의2 및 동법시행령 제124조의2의 규정을 보면, 토지등의 교환에 따른 양도가액의 계산은 교환으로 인하여 자기가 양도하는 토지등의 교환당시의 정상가액에 의하는 것으로 규정하고 있어 고정자산 처분손익계산시와는 그 방법을 달리하고 있는 바, 1988.12.21 실제매매거래에 의해 취득한 4,344,552,050원을 1988.12.29 현재 교환양도토지의 정상가액으로 보아 양도차익을 결정한 당초처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.
4. 쟁점 따라서 이 건 심판청구의 쟁점은,
- 가. 청구1의 경우, 정부의 공공시설(인천O 제5·6부두 건설부지)목적으로 정부와 토지를 교환하게 됨에 따라 교환조건에 맞게 새로 취득하여 원래의 취득가액보다 미달한 감정가액으로 교환함으로써 발생한 그 토지의 처분손실이 다른 소유토지의 처분이익에 관계없이 교환에 의해 새로 취득하는 토지의 자본적지출에 해당되는지 여부와
- 나. 청구2의 경우, 일부토지를 새로 취득하여 기존의 다른 소유토지와 함께 감정가액에 의하여 교환한 경우 새로 취득하여 양도한 토지의 양도가액은 당해토지의 당초 취득시의 실지거래가액인지 또는 그 토지의 “감정가액”인지의 여부를 각각 가리는 데 있다 할 것이다.
5. 심리 및 판단
- 가. 청구1에 대하여 먼저 이 건 사실관계를 살펴보면, 해운O만청장이 1988.6.24 인천O 제5·6부두 건설예정부지내의 청구법인 소유의 토지인 인천직할시 중구 O동 OO OO 잡종지 33,159㎡가 부두건설용지로 필요하므로 해운O만청의 소유토지인 서울특별시 강남구 OO동 OOOO 및 같은동 OOOO 대지 10,467㎡와 교환할 것을 청구법인에게 요청(해운O만청, 재정 22400-3794)한 사실, 이에 대하여 청구법인이 동년 7.14 해운O만청 소유의 위 토지와 교환이 가능함을 회신하였고, 해운O만청장이 동년 12.3 청구법인 소유의 토지가액이 해운O만청 소유의 토지가액과 대비할 때 국유재산법의 교환요건(국유토지면적의 2분의1 이상과 쌍방토지가격의 4분의3 이상)에 불비하므로 인천O 제5·6 부두 개발지역내의 기타 사유지(인천시 중구 OO동 OO OOOOO 등 기타)등을 청구법인이 확보한 후에 교환할 수 있도록 협조요청(재정 22400-6894)한 사실, 청구법인이 위 국유재산법상의 교환요건에 맞추기 위하여 해운O만청장이 지정한 인천O 부두개발지역내의 위 사유지(인천시 중구 OO동 OO OOOOO 잡종지 31,621.8㎡)를 1988.12.21 청구외 OO식품공업주식회사로부터 4,344,552,050원에 취득하였으며, 재무부장관이 동년 12.17 해운O만청장의 국유재산교환협의(해운O만청 재정 22422-7213, 7214)에 대하여 동의(재무부, 국재22422-2541)한 사실, 이와같이 교환요건을 구비하게 되자 청구법인과 해운O만청장은 동년 12.29 청구법인의 소유인 인천직할시 중구 O동 OO OO 잡종지 33,159㎡, 같은구 OO동 OO OOOOO 잡종지 31,621.8㎡, 합계 64,780.8㎡의 가액을 감정가액(가격시점 1988.12.2)인 5,137,115,800원으로 하고 해운O만청 소유의 국유재산인 서울특별시 강남구 OO동 OOOO 및 같은동 OOOO 대지 10,467㎡의 가액을 감정가액(가격시점 1988.12.2)인 6,658,431,000원으로 하여 교환계약을 체결한 후 그 정산차액 1,521,315,200원을 청구법인이 해운O만청장에게 1989.2.27 지급함으로써 교환계약에 의한 거래를 종결한 사실이 청구법인이 제시하는 공문서와 그 회신문 및 교환계약서에 의하여 인정된다. 한편, 청구법인이 소유토지를 감정가액에 의하여 양도함에 따라 별지 내역과 같이 제1호토지의 경우는 기존소유 자산이므로 처분이익 1,732,287,387원이 발생하나, 제2호토지의 경우는 취득후 단기간내에 감정가액에 의하여 양도함에 따라 처분손실 1,941,295,250원이 발생하여 이 건 양도전체토지로서는 처분손실 209,007,863원이 발생되었는 바, 처분청은 제1호토지의 처분이익 1,732,287,387원은 그대로 인정하고, 제2호토지의 처분손실 1,941,295,250원은 청구법인이 교환에 의하여 해운O만청으로부터 취득하는 토지의 자본적지출에 해당한다고 보아 당해 1989사업년도의 소득금액계산시 이를 손금불산입하여 이 건 과세처분을 한 것으로 나타나고 있다. 처분청이 이러한 과세처분을 하게 된 이유는 교환거래의경우 당해 양도토지의 양도가액은 교환으로 인하여 자기가 취득하는 토지의 교환당시의 정상가액이라는 해석에서 나온 것인 데, 교환거래의 경우 양 당사자 사이에 상호 교환하는 자산의 가액을 정함이 없이 교환하는 경우에는 부득이 정상가액에 의하여 양도 및 취득가액을 계산할 수 밖에 없는 것이나, 이 건의 경우, 정부의 필요에 의하여 자기소유 토지를 양도할 수 밖에 없는 청구법인으로서는 교환에 불응함으로써 소유토지를 수용당하여 손실을 보는 것보다는 토지를 교환하는 것이 보다 손실을 최소화하게 된다는 경제적 견지에서 교환에 응하게 되면서 청구법인이 제2호토지를 취득하여 소유하고 있던 제1호토지와 함께 해운O만청 소유 국유지와 교환하게 된 것이고, 앞에서 본 바와같이 거래가액을 상호 동일한 조건에 의한 가액인 감정가액으로 하기로 약정하고 그 차액을 현금으로 정산하였는 바, 그렇다면 그 감정가액을 실지거래가액인 양도가액으로, 그 감정가액과 현금정산금액의 합계액을 실지거래가액인 취득가액으로 보아야 할 것(선결정례 91부1060, 91.8.10, 83광1143, 83.8.4 등 다수, 국세청예규 법인 22601-1381, 87.5.27, 법인 22601-167, 86.2.11, 재산 01254-1423, 86.5.1 등 다수)으로 판단된다. 또한, 처분청은 이 건 처분손실이 교환취득토지의 자본적지출에 해당하는 것으로 보았으나, 법인세법시행령 제57조에서 법인이 소유하는 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위하여 지출한 수선비는 수익적지출로 하고, 당해 고정자산의 내용년수를 연장시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 수선비는 이를 자본적지출로 보며, 이 경우에 수익적지출과 자본적지출의 구분이 분명하지 아니한 경우에는 재무부령이 정하는 바에 의한다고 하여 동법시행규칙 제33조에서 구체적인 내용을 예시적으로 규정하고 있는 바, 자본적지출이란 원칙적으로 소유하는 당해자산에 직접 관련된 부대비용을 뜻하는 것이며, 가사 직접 관련된 부대비용이 아니라 하더라도 취득자산의 내용년수나 가치증가를 가져올 정도의 상호불가분의 필연적인 인과관계에서 발생된 것이어야 할 것인데 이러한 범위를 자의적으로 확장·유추하여 해석할 것은 아니다 하겠고, 이 건의 경우, 청구법인이 별지기재의 제2호토지를 취득하게 된 목적이 국유재산법상의 교환요건을 갖춤으로써 이 건 교환거래를 성립시키기 위한 것이라 하더라도 청구법인의 제2호토지 취득거래와 이 건 교환거래는 거래일자·거래상대방·거래대상·거래금액 등의 측면에서 모두 상이하므로 위 두거래는 별개의 독립된 거래로 인정되어야 하고, 이 건 교환거래는 청구법인과 국가(해운O만청)간의 거래로서 특수관계자간의 부당한 거래도 아니며, 제2호토지의 처분손실이 발생하게 된 것은 감정가액에 의하여 토지를 교환함에 있어서 통상적으로 감정가액이 시가에 비하여 보수적으로 평가되는 데 기인한 것으로, 이는 해운O만청과 동일조건하에 이루어진 것이고, 청구법인만의 일방적인 불이익도 아니며, 나아가서 청구법인이 이 건 취득토지를 처분하는 경우에는 그때 이 건 처분손실상당액 만큼 처분이익이 더 실현되게 되어 과세될 것이어서 결과적으로 관련조세의 일탈도 없다 할 것인 바, 청구법인의 제2호토지 처분손익과 교환취득토지의 취득가액은 각각 별도로 계산함이 타당하다고 판단된다(선결정례 91서1555, 1991.12.3 동지). 그러하다면 처분청에서 이 건 교환거래로 인하여 청구법인에게 전체적으로 고정자산 처분손실이 발생하였음에도 제1호토지의 처분이익은 문제삼지 아니하고 제2호토지의 처분손실만을 문제삼아 이를 교환취득토지에 대한 자본적지출로 보아 손금불산입한 이 건 처분은 관계법리를 오해한 위법부당한 처분이라 할 것이다.
- 나. 청구2에 대하여: 처분청은, 청구법인이 별지 기재와 같이 이 건 양도자산의 양도가액을 감정가액으로 하여 자산별 양도차손익을 가감한 후의 양도차익 227,886,416원을 과세표준으로 하여 법인세 특별부가세를 계산하여 동 방위세만을 신고납부한 데 대하여 실지취득가액보다 저가인 감정가액으로 양도한 제2호토지의 양도가액을 실지취득가액인 4,344,552,050원으로 결정함으로써 제1호토지의 양도차익전체에 대해서 법인세 특별부가세분 방위세를 과세하였으나, 위 청구1의 심리 및 판단에서 살펴본 바와같이 감정가액에 의해 교환하면서 차액을 정산한 경우, 양도자산의 양도가액은 감정가액이고 이를 실지거래가액으로 보는 것인 바, 아무런 법적근거도 없이 실지취득가액을 양도가액으로 본 이 건 처분은 위법부당하다 할 것이다(선결정례 91부1060, 1991.8.10등 다수, 국세청예규 법인22601-1381, 1987.5.27 등 다수 동지).
6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1O 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.