과세건설용역과 면세건설용역을 함께 공급하는 사업자가 지급받은 선수금의 과세표준을 안분계산하는 방법(경정)

[참조결정] 국심1985중2091

[주 문] 아파트 신축공사도급계약서상의 과세분 비율 60.4%로 공급 가액을 안분계산하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사 실 청구법인은 서울특별시 중구 O동 OOOO에 본점을 두고 주택건설업을 영위하는 영리법인으로서 청구외 OO물산(주)가 발주한 서귀포 OO아파트(이하 “쟁점아파트”라 한다) 신축공사를 140억원에 90.2.13 도급계약을 체결하고 동 공사의 착수금으로 10억원을 받고 위 도급계약서상의 부가가치세 과세표준 비율 60.4%에 해당하는 공급가액 549,099,440원에 대하여 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 90.2.21 발행한 데 대하여 처분청은 청구법인이 선수금으로 수령한 10억원에 대한 과세분과 면세분 공급가액의 실지 귀속이 불분명한 것으로 보아 청구외 OO물산(주)가 90.2.8 서귀포시장으로부터 승인받은 주택건설사업계획서상의 과세분 비율 67.56%로 안분계산하여 그 차액 65,080,786원을 과세분 매출액으로 보고 청구법인이 90년2월부터 5월까지 기간에 중기사용료 14,500,000원을 지급하고 OO교통(대표 OOO)으로부터 교부받은 세금계산서 3매의 매입세액 1,450,000원을 위장거래로 보아 동 매입세액의 공제를 배제하여 90년제1기 해당 부가가치세 10,776,300원을 91.1.3 경정고지하자, 청구법인은 이에 불복하여 91.4.8 심사청구를 거쳐 91.7.31 심판청구에 이른 것이다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 위장매입세액 공제배제에 대하여는 다툼이 없으나 쟁점아파트 신축공사 대금중 선수금에 대하여 처분청이 선수금 공급시기 이전에 청구외 OO물산(주)가 당O 쟁점아파트 95세대분에 대하여 서귀포시장이 90.2.8 자 승인한 주택건설사업승인서상의 건축예정면적중 과세분 건축예정면적 비율 67.56%로 보아 이 건 부가가치세를 경정하였으나 청구법인과 청구외 OO물산(주)간에 체결한 90.2.13 자 쟁점아파트 230세대분의 공사도급계약서상에는 부가가치세 과세분 공급가액 비율이 60.4%이고 동 도급계약서상의 주택건설사업 아파트 세대수가 230세대로 당O 승인서상의 내역과 다르고 동 공사대금 지급시기가 중간지급조건부로 기성고에 따라 3개월마다 지급하기로 약정되어 있으므로 당해 선수금도 기성고에 따른 중간지급조건부로 공사대금 영수시 정산하였음이 청구법인의 관련장부와 증빙서류에 의하여 확인되고 있으므로 이 건 실질과세원칙에 따라 쟁점아파트의 과세분 공급가액을 도급계약서상의 과세분 비율인 60.4%로 하여야 함에도 청구외 OO물산(주)가 쟁점아파트 공사착수를 위하여 90.2.8 자 서귀포시장으로부터 승인받은 쟁점아파트 95세대분의 주택건설사업계획서상의 과세분 공급면적 비율 67.56%를 근거로 선수금 10억원을 안분계산함은 실질과세원칙에도 어긋날 뿐 아니라 그 귀속이 불분명한 것으로 본 처분이 부당하다 할 것이므로 당O 처분을 경정하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이 건 건설업법에 의하여 면허를 받은 사업자가 부가가치세가 과세되는 주택과 면세되는 주택의 공OO대시설의 건설용역을 제공하는 경우 부가가치세 과세표준은 실지 귀속에 따라 계산하는 것이나 이 건 선수금의 경우는 실지 귀속이 불분명한 경우이므로 국세청예규에 따라 부가가치세가 과세되는 주택의 예정건축면적이 총예정건축면적중 차지하는 비율로 안분하여 과세표준을 경정함은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁 점 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 받은 선수금을 쟁점아파트 건설 사업승인서상의 과세분 예정면적비율로 안분계산할 것인지 아니면 쟁점아파트 건설 도급계약서상의 과세분 예정가액비율로 안분계산할 것인지의 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 이 건 처분청 과세경위를 보면, 청구법인이 청구외 OO물산(주)가 발주하는 쟁점아파트를 90.2.13 공사금액 14,009,380,000원에 계약을 체결한 후 동 공사를 90.2.23 착수하기로 하고 선수금으로 받은 10억원에 대하여 청구법인은 90.2.13 자 공사도급계약서상의 과세분 공급가액 비율 60.4%인 공급가액 549,099,440원에 대하여 세금계산서를 발행한 데 대하여 처분청은 쟁점아파트 신축공사대금중 선수금으로 수령한 10억원이 실지 귀속이 불분명한 것으로 보고 청구외 OO물산(주)가 서귀포시장으로부터 90.2.8 승인받은 주택건설사업계획서상의 과세분 면적비율 67.56%로 안분계산하여 그 차액 65,080,786원을 과세분 매출액으로 보고, 또한 청구법인이 90년2월부터 동년 5월까지 기간에 중기사용료 14,500,000원을 지급하고 청구외 OO교통(대표 OOO)으로부터 교부받은 세금계산서 3매의 매입세액 1,450,000원을 위장거래로 보아 동 매입세액의 공제를 배제하여 이 건 부가가치세를 과세한 것임이 처분청 관련서류에 의하여 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 위장거래분 매입세액 1,450,000원의 공제배제한 처분에 대하여는 다툼이 없으나, 90.2.13 자 청구법인과 청구외 OO물산(주)간에 체결한 쟁점아파트 도급공사계약서상 과세분 공급가액 비율은 60.4%이고 쟁점아파트 세대는 230세대이나 당O 주택건설사업계획승인서상의 세대는 95세대로 계약서와 다를 뿐만 아니라 주택세대수가 100세대가 O과되면 관할도지사의 사업승인을 받아야하므로 쟁점아파트 공사착수를 위하여 관할시장으로부터 쟁점아파트 95세대분만을 승인받아 공사를 착수한 것이므로 실질과세원칙에 따라 쟁점아파트의 신축도급계약서상의 과세분 비율인 60.4%로 계산하여 세금계산서를 교부함이 정당하다는 주장이므로 이를 살펴본다. 먼저 이 건 관련법령을 보면, 부가가치세법 제9조(거래시기) 제2항에서 “용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다”고 규정하고 있고, 동조 제3항에서 “사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 간이세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다”고 규정하고 있으며, 동법시행령 제22조(용역의 공급시기) 본문에서 “법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다”고 하면서 다음 각호중 제2호에서 “완성도 기준지급, 중간지급, 연불 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때”로 규정하고 있고, 『동법시행령 제48조의2(과세표준의 안분계산) 제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정하고 있고』, 또한 동법시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. ”으로 규정하고 있다. 다음으로 이 건 사실관계를 보면, 청구법인은 청구외 OO물산(주)가 발주하는 서귀포 OO아파트 230세대(제주도 서귀포시 OO동 OOO 소재)를 공사금액 14,009,380,000원에 90.2.13 공사도급계약을 체결한 후 동 공사를 90.2.23 착수하기로 하고 선수금 10억원을 90.2.21 수령한 사실이 쟁점아파트의 공사도급계약서 등 관련서류에 의하여 확인되고 있고, 청구외 OO물산(주)가 쟁점아파트 공사를 당O 230세대를 240세대로 하고, 공사기간도 90.2.22부터 91.5.22까지를 90.2.22부터 91.7.22까지로 2개월 연장하여 관할 제주도지사로부터 90.6.27 사업승인을 받았음이 당해 주택건설사업계획변경 승인서에 의하여 확인되고 있으며, 또한 이 건 쟁점아파트의 공사대금 지급시기가 중간지급조건부로 기성고에 따라 3개월마다 지급하기로 약정하고 선수금 10억원을 기성고 비율에 따라 공사대금으로 5회에 걸쳐 안분계산하여 정산하였음이 청구법인의 관련장부와 증빙자료에 의하여 확인되고 있다. 살피건대, 기성고기준지급 및 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 용역을 제공함에 있어서 그 대가의 일부로 계약금을 거래상대방으로부터 받는 경우에는 당해 계약조건에 따라 계약금을 받은 때를 그 공급시기로 하나 착수금 또는 선수금 등의 명칭으로 받은 경우 당해 착수금 또는 선수금이 계약금의 성질로 인정되는 경우에는 계약금으로 보아 그 때를 공급시기로 보아야 하지만 당사자간에 공사계약의 이행을 보다 확고히 하고 공사이행을 원활히 추진하기 위한 자금지원목적 또는 공사이행담보목적으로 기성고에 따라 지급받는 총공급대가 이외에 별도로 지급된 성질로 볼 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 보야야 할 것인 바 쟁점아파트 공사기간(90.2.22～91.7.22)과 청구외 OO물산(주)가 쟁점아파트의 공사착수를 위하여 우선적으로 100세대 미만인 95세대분만을 관할시장으로부터 90.2.8자 주택건설사업계획승인을 받은 다음 90.2.23 공사착수를 위하여 선수금을 지급한 것이라는 청구법인의 주장과 기성고에 따른 5회에 걸친 공사대금지급시 정산한 점 등으로 보아 청구법인이 90.2.21 자 받은 선수금 10억원은 대가의 일부로서 계약금적인 성질이기 보다는 공사이행의 담보로 제공된 착수금 내지 자금지원명목으로 보아야 할 것이다(국심 85중2091, 86.3.6 동지). 그러나 이 건의 경우에는 90.2.21에 쟁점세금계산서를 발행하였으므로 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때의 도래여부에 관계없이 당해 세금계산서를 발행한 때인 90.2.21 자가 선수금의 공급시기가 되는 것이므로 논의의 실익이 없고 이 선수금의 과세분과 면세분의 합리적인 배분만이 문제된다 하겠다. 전시한 부가가치세법시행령 제48조의2 및 제61조의 규정에 의하면, 과세사업과 면세사업을 겸영시 실지귀속에 따라 구분계산하여야 하는데 그 실지귀속이 불분명한 경우에는 당해 공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 공급가액도 불분명한 경우에는 면적비율로 안분계산함이 합리적이라 할 것이다. 이 건의 경우에는 선수금으로서 그 귀속이 불분명한 경우인데, 먼저 청구법인의 공사도급계약서에 의하여 과세분 공급가액을 산정하여 보면, 60.4%이나 당해 계약서상 과세분과 면세분의 공급가액을 확연히 구분하여 계약한 것이 아니므로 쟁점아파트의 면적비율에 의하여 계산하여 보면, 당O 90.2.8 자 사업계획승인서상 95세대분의 과세분 면적비율이 67.56%이나, 90.6.27 추가승인받은 사업계획서상의 240세대 과세분 면적비율 52.22%, 청구법인의 계약서상의 230세대 과세분 면적비율 58.2%로 각각 확인되고 있어 청구법인이 신고한 60.4% 보다도 과세분 비율이 적음을 알 수 있다. 따라서 이 건 선수금 10억원에 대하여 쟁점아파트의 신축공사도급계약서상의 과세분 공급가액 비율인 60.4%로 안분계산함은 전시한 부가가치세법령 및 실질과세원칙에 부합된다 할 것인 바, 이 건 처분청이 쟁점아파트의 공사착수를 위하여 실지 세대수보다 적은 95세대분에 대한 주택건설사업 계획승인서상의 과세분 비율 67.56%로 선수금을 안분계산하여 당해 공급가액을 경정한 처분은 사실관계조사를 소홀히 한 부당한 처분이라 할 것이므로 주문과 같이 결정한다.

6. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.