총수입금액을 추계결정하여 과세한 당초처분의 당부(경정)

[주 문] OO세무서장이 91.2.16 청구인에게 한 89년도귀속분 종합소 득세 2,956,250원 및 동 방위세 646,500원의 부과처분은 이를 실지조사하여 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울특별시 중구 OOO O가 OOOOOOO에 사업장을 두고 의료업(비뇨기과)을 영위하고 있는 의사로서, 90.5월 89년도 소득세 과세표준 확정신고를 하면서 총수입금액을 36,800,000원(일반진료수입 11,456,000원, 의료보험진료 수입 25,335,000원)으로 하고 소득금액을 7,642,390원으로 하여 실사신고한 후 해당 종합소득세를 납부하였는 바, 처분청은 청구인이 신고한 총수입금액이 실제보다 과소하게 신고된 것으로 보아 의료수가 대비 의약품투입비율(20%)을 기준으로 총수입금액을 49,075,000원으로 추계결정하고, 소득금액은 청구인이 당초 신고한 금액에 위 추계총수입금액과 신고총수입금액과의 차액 12,275,000원을 가산한 금액인 19,917,390원으로 결정하여 91.2.16 청구인에게 89년도귀속분 종합소득세 2,956,250원 및 동 방위세 646,500원을 결정고지하자 청구인은 이에 불복하여 91.4.15 심사청구를 거쳐 91.7.30 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 처분청은 청구인이 신고한 총수입금액중 일반진료수입금액이 전년도보다 적게 신고되었음을 이유로 막연히 수입금액누락이 있는 것으로 추정하여 청구인이 비치·기장하고 있는 장부·증빙서류 등에 대한 확인·조사 등의 절차도 없이 총수입금액을 추계결정하여 이 건 과세하였는 바, 이 건 청구인이 신고한 89년도의 일반진료수입(11,465,000원)이 전년도(28,846,000원)보다 적게 나타나고 있는 이유는 88과세년도까지는 총수입금액신고를 국세청서면신고 기준율에 맞추어 매년증액 신고하여 온 관계로 그동안 전국민의료보험제도의 시행으로 일반진료수입이 의료보험진료수입의 50%미만으로 현격히 감소되었음에도 불구하고 일반진료수입금액의 신고금액이 의료보험수입금액의 130% 이상으로 되어 실제의 일반진료수입금액에 비하여 배이상으로 증액신고하는 불합리한 결과가 초래되어 이 건 89과세년도의 경우는 일반진료수입금액을 사실대로 하여 신고한 것인데 처분청에서는 이를 부인하고 의약품투입 비율을 기준으로 총수입금액을 추계결정하여 이 건 과세한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이 건의 경우 청구인의 사업장관할 세무서장이 총수입금액을 추계결정한 이유는 청구인이 당초 신고한 총수입금액을 확인할 수 있는 장부·증빙서류 등이 미비하여 의약품투입비율(20%)을 기준으로 추계결정한 것이고, 청구인은 이 건 심사청구에 대한 심리기간중에도 관련 장부와 증빙서류를 제시한 사실이 없는 점등으로 볼 때 소득세법시행령 제159조 제6항 제4호의 규정에 의거 총수입금액을 추계결정한 당초처분은 잘못이 없으며, 이 건 소득금액결정도 소득세법 제120조의 규정에 의하여 추계조사결정하여야 할 것으로 보여지나 그렇게 할 경우 처분청의 당초처분 보다 불이익한 결과를 가져오므로 추계결정총수입금액과 신고총수입금액과의 차액을 청구인의 신고소득금액에 가산하여 과세한 당초처분은 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구는 총수입금액을 추계결정하여 과세한 당초처분의 당부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단 먼저 관련법령을 보면, 소득세법 제114조(총수입금액의 신고)에서 부가가치세 면세사업자는 당해년도의 총수입금액을 과세기간 종료후 25일 이내에 정부에 신고하도록 규정되어 있으며, 같은법 제114조의2(사업장별 수입금액의 결정 및 경정) 제1항에서 정부는 제114조의 규정에 의한 총수입금액의 신고대상자에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득이 발생한 장소별로 당해년도의 총수입금액을 조사·결정하여야 하고 같은조 제2항에서 제117조 내지 제120조의 규정은 총수입금액의 조사결정에 관하여 이를 준용하도록 규정되어 있으며, 같은법 제118조(실지조사결정) 제3항에서 제114조의2의 규정에 의하여 사업장별로 수입금액이 결정된 경우에 그 사업장의 수입금액이 추계조사결정된 경우에도 비치·기장된 장부와 증빙서류를 근거로 하여 그 소득금액을 계산할 수 있을 때에는 그 비치·기장된 장부에 의하여 당해년도의 과세표준과 세액을 조사결정하도록 규정되어 있으며, 같은법 제120조(추계조사결정)와 같은법시행령 제169조 제1항에서 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때 등에 한하여 과세표준과 세액을 업종별 소득표준율에 의하여 조사결정하는 것으로 규정되어 있는 바, 이와같이 소득세법상 추계과세는 수입금액이나 과세표준결정의 근거가 되는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 실액조사가 불가능한 경우에 예외적으로 인정되는 것이며, 과세표준과 그 세액을 추계조사방식에 의하여 결정할 경우에도 가장 합리적이고 타당성 있는 근거에 의하여 결정하여야 하고 자의적인 추계방법은 허용되지 않는다고 하여야 할 것이다. (대법원 85누 426, 85.10.8 참조) 다음으로 이 건 총수입금액을 추계결정하여 과세한 당초처분에 대한 당부를 본다. 첫째, 처분청에서 이 건 총수입금액을 추계결정한 내용을 보면, 청구인이 89과세년도중에 일반진료수입 11,465,000원, 의료보험진료수입 25,335,000원, 합계 36,800,000원을 총수입금액으로 신고한 데 대하여, 처분청은 일반진료수입의 경우 전년도(88년)보다 오히려 12,275,000원이 적게 신고되어 수입누락이 있는 것으로 추정하고 당시 청구인이 비치·기장하고 있던 장부·증빙서류 등이 사실과 부합되는 진실된 것으로 볼 수 없다하여 그 내용 등에 대하여는 구체적인 확인조사 등을 하지도 아니하고 의료수가 대비 의약품투입비율(20%)과 의약품구입비(9,815,800원)를 기준으로 역산하여 이 건 총수입금액을 49,075,000원으로 산출한 다음 의료보험진료수입금액은 청구인이 당초신고한 대로 25,335,000원으로 결정하고 나머지금액 23,740,000원을 일반진료수입금액으로 결정한 후 소득금액은 당초 신고금액 7,642,390원에 일반진료수입금액 증가분 12,275,000원을 더하여 19,917,390원으로 결정하였음이 이 건 관계서류에 의해 확인되고 있는 바, 이와같이 처분청의 이 건 총수입금액의 결정은 수입금액에 관련된 장부·증빙 등에 의하지 아니하고 추계결정한 것인데 명백한 산출근거도 없는 의약품투입비율을 가지고 이 건 총수입금액을 추계결정한 것은 소득세법시행령 제159조 제6항 각호에서 정하고 있는 추계결정방법에 해당되는 것으로 보기 어려울 뿐만 아니라 추계방법으로서의 합리성과 타당성을 결한 것으로 보아지며, 둘째, 청구인이 신고한 이 건 총수입금액중 일반진료수입금액이 전년도 보다 적게 나타나고 있는 이유를 보면, 청구인이 80.4월 개업한 이후 88과세년도까지는 국세청서면신고기준율에 맞추어 일반진료수입금액을 매년 증액신고하여 온 관계로 그동안 의료보험제도의 확대실시로 의료보험수입금액이 일반진료수입금액보다 훨씬 많은데도 불구하고 88과세년도의 경우를 보면, 수입금액의 비율이 일반진료수입이 56.8%, 의료보험진료수입이 43.2%로 되는 모순이 발생하여 이 건 89과세년도의 경우는 이를 사실대로 바로잡기 위하여 일반진료수입금액을 11,465,000원(총수입금액의 31.2% 차지)으로 하여 실사신고한 것인 바, 국세청에서 정한 88년 병과별 “조사면제기준”에서도 비뇨기과의 경우 의료보험수입비율이 전체수입금액의 85%까지 인정하고 있고 일반의원의 경우 현실적으로 의료보험수입비율이 70%～80% 정도의 수준에 달하고 있음을 감안할 때, 이 건 89과세년도의 경우 일반진료수입금액이 총수입금액의 31.2% 정도라는 청구인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 보여지며, 셋째, 청구인이 당심에 제시하고 있는 이 건 관련 장부와 원시기록노트등 제증빙자료를 보면 일반진료수입금액이 11,465,000원으로 나타나고 있고, 일반진료환자의 진료카드(464매)에 의하여 수입금액을 개략적으로 산출하여 보아도 11,692,800원 정도인 것으로 나타나고 있어서 청구인이 주장하는 수입금액과 비슷한 것으로 밝혀져 청구인이 일반진료수입을 누락시켜 신고한 것으로는 보여지지 아니하며, 넷째, 청구인의 86～88 각 과세년도중의 총수입금액대비 소득금액의 비율(소득율)을 보면, 매년 17% 내외로 나타나고 있으나 이 건 89과세년도의 경우 처분청이 결정한 내용대로 소득율을 계산하여 보면 40.6%로 나타나고 있어 전년도보다 2배이상 증가한 것으로 되어 처분청이 산출한 이 건 총수입금액과 소득금액이 합리적인 방법에 의하여 계산된 것으로 볼 수는 없다 하겠다. 위 사실들을 종합하여 보면, 이 건의 경우 청구인이 비치·기장하고 있는 장부나 증빙서류 등의 내용이 허위 또는 미비인 상태여서 총수입금액등에 대한 실액조사가 불가능한 것이 아닌데도 불구하고 처분청이 명백하고 객관적인 근거도 없이 이 건 총수입금액을 추계결정하여 과세한 처분은 부당한 것으로 보여진다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.