쟁점건물 매입시 납부한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사 실 청구인은 서울특별시 관악구 OOO동 OOOOOO에 주소를 두고 있는 사람으로 88.3.15 같은 시 영등포구 OO동 OOOOO 소재 OOO상가 점포6개(지하 1, 6, 7호, 2층 2, 3, 4호 공유지분 대지면적 319.53평방미터, 건물면적 계 950.83평방미터, 이하 “쟁점건물”이라 한다)를 OO구역 제1지구 OOOOOOO조합으로부터 287,590,000원에 취득하여 88.3.15부터 동년 6.17 사이에 OOO외 30인에게 306,000,0000원에 양도한 데 대하여 처분청은 청구인을 부가가치세법상 부동산매매업을 영위하는 사업자로 보아 쟁점건물의 과세표준을 전시 실지 양도가액을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산하여 산출한 금액인 238,529,221원으로 하여 91.1.31 청구인에게 부가가치세 31,008,790원을 결정고지하자, 청구인은 이에 불복하여 91.3.20 심사청구를 거쳐 91.7.4 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구주장 처분청은 쟁점건물의 과세표준을 산출하면서 실지 양도가액 306,000,000원을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산하여 산출한 238,529,221원으로 하였으나, 쟁점건물 매입시 토지와 건물의 가액이 구분되고 있으므로 이 건 과세표준이 되는 양도시 건물가액을 매입시 건물가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 하는 것이 타당하므로 경정해야 되며, 부동산매매업으로 보아 부가가치세를 결정하였으므로 청구인이 쟁점건물 매입시 부담한 부가가치세는 공제되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구인이 89.5.31 관악세무서에 신고한 88귀속 소득세신고서중 손익계산서를 보면, 토지와 건물가액이 구분되지 아니하였고 토지와 건물가액의 구분없이 분양한 사실에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으므로 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항 단서의 규정에 의하여 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산하여 과세표준을 산출하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없으며, 사업자등록을 하지 아니하고 교부받은 세금계산서의 매입세액을 공제하지 아니한 처분 역시 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁 점 이 건의 다툼은 쟁점건물의 과세표준을 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항 단서의 규정에 의하여 산출한 것이 타당한지의 여부와 쟁점건물 매입시 납부한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다고 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저 쟁점건물의 과세표준 산출이 적법한지에 대하여 살펴보면, 부가가치세법 제13조(과세표준) 제1항에서 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가를 과세표준으로 하도록 하고 과세표준의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있고, 그 위임에 따라 쟁점건물의 공급시기인 88.6월 당시 시행된 부가가치세법 시행령 제48조의2(과세표준의 안분계산) 제3항을 보면, “사업자가 토지와 그 토지와 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명할 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”라고 규정하고 있어 쟁점건물과 같이 공급가액이 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 경우에는 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 과세표준을 산출하도록 규정되어 있음을 알 수 있다. 따라서 쟁점건물의 양도당시 공급가액이 쟁점건물의 매매계약서 사본 이외에 금융관련 증빙서류 등 입증서류가 없어 실지거래가액으로 인정할 수 있는지의 여부는 별론으로 하더라도 청구인이 제시하고 있는 매매계약서상의 양도가액은 토지와 건물가액의 구분없이 306,000,000원으로 나타나고 있을 뿐이므로, 처분청이 쟁점건물의 과세표준을 전시 법규정에 따라 산출한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다. 다음으로 쟁점건물 취득시 청구인이 납부한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지에 대하여 살펴보면, 부가가치세법 제17조 제2항 제5호에서 법 제5조 제1항의 규정에 의한 사업자등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다라고 규정되어 있는 바, 청구인이 동법 제5조 제1항에 의하여 관할세무서에 부동산매매업을 영위하는 신규사업자로 등록한 사실이 없음에는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없으므로, 청구인이 쟁점건물 매입시 납부한 이 건 매입세액은 전시 규정에 따라 공제되지 않는 것이 타당하다고 할 것이므로, 이 건 매입세액을 매출세액에서 공제해야 된다는 청구주장은 받아들이기 곤란하다고 하겠다.

6. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.