다른 법인의 주식을 소유하는 법인에 대한 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서 다른 법인의 주식중 이익잉여금의 자본전입으로 취득한 무상주의 가액을 포함하여 계산하는 것이 타당한지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울특별시 구로구 OO동 OOOOOOO에서 식품제조업을 영위하는 법인으로서 각 사업년도(1.1～12.31)소득에 대한 법인세신고시 법인세법(90.12.31 법률 제4282호로 개정되기 이전의 것을 말한다. 이하 같다) 제18조의3의 규정에 의하여 지급이자중 손금불산입액을 계산함에 있어서 보유하는 다른 법인의 주식 중 무상주의 가액은 제외하고 손금불산입액을 계산하여 신고·납부하였는 데, 처분청에서는 무상주도 법인세법 제18조의3 제1항 제1호에 규정하는 다른 법인의 주식에 해당되는 것으로 보아 무상주의 액면가액을 다른 법인의 주식가액에 포함하여 지급이자 손금불산입액을 계산하여 90.11.16 청구법인에게 다음과 같이 법인세등을 부과한 바, 청구법인은 이에 불복하여 91.1.14 심사청구를 거쳐 91.5.6 심판청구를 제기하였다. 사 업 년 도 법 인 세 방 위 세 86.1.1～12.31 87.1.1～12.31 88.1.1～12.31 89.1.1～12.31 23,506,240원 20,609,870원 17,298,910원 17,290,870원 3,999,450원 3,914,520원 3,879,430원 3,828,210원 합 계 76,705,890원 15,621,610원

2. 청구법인 주장 청구법인은 81.1.1 현재 OO투자금융주식회사의 주식 725,624주(장부가액 498,838,000원)를 소유하고 있었으며, 잉여금의 자본전입에 의하여 82.10.4 자 121,161주 84.10.17 자 239,302주를 수령하여 82, 84 각 사업년도의 법인세를 신고할 때에 법인세법 제19조 2호 및 동시행령 제45조의3에 의하여 각 사업년도 소득금액계산시 익금산입한 사실이 있는데 처분청은 이에 대하여 위의 잉여금의 자본전입에 의한 무상주 360,463주를 법인세법 제18조의 3의 규정에 의하여 주식취득자금적수계산시 불포함하였다 하여 86사업년도부터 89사업년도까지 이 건 법인세등을 고지한 바 있다. 그런데 법인세법시행령 제43조의2 제2항 후단은 89.12.30 신설되어 법인이 보유하고 있는 다른 법인의 주식은 장부가액을 기준으로 지급이자 손금불산입되는 것으로 개정되었으므로 90.1.1 이후부터 적용하여야 함에도 불구하고 이를 소급적용하여 이 건 법인세등을 경정고지한 처분은 다음과 같은 이유로 부당하다는 주장이다. 첫째, 85.12.23 법인세법 제18조의3 《지급이자의 손금불산입》이 개정된 입법취지는 차입금 비율이 높은 법인이 비생산적 자금에 기업차입금이 사용되는 것에 대하여 불이익을 주기 위하여 다른 법인의 주식을 취득하는 경우 당해 차입금 이자를 비용으로 인정하지 않는 것을 확대하여 차입금으로 비업무용 부동산을 보유하거나 주주등에 대해 자금대여(가지급금)를 한 경우에도 당해 차입금이자를 비용으로 인정하지 않도록 한 것이다. 둘째, 구 법인세법 시행령 제43조의2 제1항에서는 다른법인 주식가액은 취득가액으로 한다고 명시되어 있으나 85.12.31 개정된 동 시행령 제43조의2 제1항에서는 자산의 합계액으로 한다고 되어 있을 뿐 자산가액에 대한 명문조항이 없다. 따라서 청구인은 구법인세법 신고서식 별지 제6-14 서식(을) (86.12.31 신설)에 “주식취득자금적수”로 되어 있고, 동작성 요령 4호 및 국세청예규법인 1264.21-2554(1983.7.21) 재무부 예규소득 1264-1389(1984.12.27)에 “주식취득자금 적수”는 주식을 취득하기 위하여 지급하였거나 지급할 금액을 말한다고 되어 있으므로 동 서식의 작성요령 및 예규에 따라 잉여금의 자본전입에 의한 무상주식의 취득은 지급하였거나 지급할 금액이 없으므로 지급이자 손금불산입 대상에 포함시키지 않았고 상기 법인세법 신고서식 별지 제6-14 서식 (을)은 89.12.30 법인세법 시행령 제43조의2 제2항 후단이 신설되면서 90.4.4 개정되어 “주식취득자금적수”가 “타법인 주식의 적수”로 바꿔졌으며 동 작성요령에서도 “주식취득자금적수”는 “주식을 취득하기 위하여 지급하였다가 지급할 금액을 기입한다”는 조항이 삭제되었다. 셋째, 국세청예규 법인 22601-2002(90.10.18)에 의하면 다른 법인이 잉여금을 자본에 전입함으로써 교부받은 주식은 지급이자 손금불산입계산대상에 포함하는 것이라고 유권해석을 내렸으나, 이때 지급이자 손금불산입을 계산함에 있어 적용할 무상주식의 장부가액계산에 있어서는 의문의 여지가 있다. 즉, 기업회계에 따르면 잉여금의 자본전입에 의한 무상주취득은 별도의 거래로 인식치 않으며 원칙적으로 세무회계에서도 기업회계와 동일한 것이다. 다만, 법인세법 제19조에 의한 의제배당과세제도에 따라 이익잉여금의 자본전입에 따른 무상주취득은 그 액면가액에 상당하는 금액을 익금에 산입하도록 하고 있으나 의제배당과세의 대상에 해당하는 이익잉여금의 자본전입에 따른 무상주식은 동 의제배당 익금산입액을 동 무상주식의 취득가액으로 하여 타법인 주식의 자산가액으로 할 것인가가 분명치 않다. 넷째, 국세기본법 제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지) 제3항에 의하면 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다고 명백히 규정되어 있고, 위의 국세청예규(법인 22601-2002, 90.10.18)해석이 나오기 전에는 국세청예규(법인 1264.21-2554, 83.7.21) 및 재무부예규(소득 1264-1389, 84.12.27)해석에 의하면 청구인이 행한 계산은 정당하다. 이상에서 열거한 바와 같이 시행령 개정의 시행일 이전인 89.12.31까지는 지급이자의 손금불산입대상이 되는 다른 법인의 주식가액은 취득가액 기준으로 해석되어 잉여금의 자본전입에 대한 무상취득 주식은 다른 법인 주식의 적수에 포함되지 아니하는 것이고 90.1.1부터 장부가액을 기준으로 계산하도록 시행령이 개정되었으므로 세무회계상 익금가산사항으로 규정한 잉여금의 자본전입에 따른 무상취득주식은 타법인 적수에 포함되지 아니하는 것이다.

3. 국세청장 의견 법인세법 제18조의3 《지급이자의 손금불산입》제1항에서는 “다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각사업년도에 지급한 차입금의 이자중 다음각호의 자산합계액 한도내에서 대통령령이 정하는 금액은 각사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.” 제1호 다른 법인의 주식, 출자금액을 포함하며, 대통령령이 정하는 주식은 제외한다(제2호～제3호 생략)고 규정하고 있고, 동법시행령 제43조의2 제1항에서는 “법제18조의3 제1항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액의 합계액을 말한다. 지급이자 ×지급이자 × 제2항에서 제1항의 산식중 총차입금, 자기자본 및 법 제18조의3 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 해당하는 자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말하며 자기자본의 계산에 관하여는 제67조의4의 규정을 준용한다. 이 경우 법 제18조의3 제1항 제1호의 자산은 장부가액으로 하며(이하생략)”라고 규정하고 있으며, 동법 제19조에서는 “다음 각호에 게기하는 금액은 법인으로부터 이익을 받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다. (제1호 생략) 제2호 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자의 금액에 전입함으로써 취득하는 주식 또는 출자의 가액, 다만, 상법 제459조의 규정에 의한 자본준비금과 자산재평가세법의 규정에 의한 재평가적립금을 자본에 전입하는 경우는 제외한다”고 규정하면서 동법시행령 제45조의3 제2항에서는 “법 제19조의 규정의 적용에 있어서 금전 이외의 재산의 가액은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액에 의한다. 제1호, 취득한 재산이 주식인 경우에는 그 액면금액, 출자자인 경우에는 그 출자금액”으로 규정하고 있는 바, 청구법인은 전시 법인세법 제18조의3 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어 타법인의 주식 중 무상주의 취득은 그 취득을 위한 자금의 지출이 없다는 점에서 제외하여야 한다고 주장하고 있으나 법인세법 제18조의3 제1항 제1호의 규정은 다른 법인의 주식을 보유하고 있는 경우에 적용하는 것으로서 다른 법인이 잉여금을 자본에 전입함으로써 교부받은 주식은 지급이자 손금불산입계산 대상에 포함되는 것(법인 22601-2002, 90.10.18 법인 22601-3574, 89.9.28 동지)이므로 위에 열거한 법령의 규정에 의하여 주식취득자금에 사용한 차입금 지급이자에 대하여 손금불산입한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 다른 법인의 주식을 소유하는 법인에 대한 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서 다른 법인의 주식 중 이익잉여금의 자본전입으로 취득한 무상주의 가액을 포함하여 계산하는 것이 타당한지의 여부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단 먼저 이 건 처분경위 및 청구주장을 보면, 처분청에서는 서울지방국세청의 정기감사 결과 지적에 따라 무상주도 법인세법 제18조의3 제1항 제1호에 규정하는 다른 법인의 주식에 해당되는 것으로 보아 무상주의 액면가액을 다른 법인의 주식가액에 포함하여 지급이자 손금불산입액을 계산하여 관련 법인세등을 결정고지 하였고, 이에 대하여 청구법인은 85.12.31 개정전 법인세법과 동법시행령에서 “주식의 취득가액”으로 계산하도록 하는 명문 규정이 있었고 재무부 유권해석(소득 1264-1389, 84.12.27, 소득 1264-1390, 84.12.27)에서도 “주식취득을 위하여 지급하였거나 지급할 금액”을 계산대상으로 한다고 하였으나 85.12.31 개정된 동법시행령의 관련 규정에서 종전에 주식의 “소유”에 대한 규제가 주식의 “보유”에 대한 규제로 개정되었고, 종전에 “주식의 취득가액”이라는 표현이 “다른 법인의 주식”으로 바뀌었지만 이와 같은 개정만으로 무상주를 포함하는 것으로 개정되었다고 보기는 어렵고, “주식을 취득하기 위하여 지급하였거나 지급할 금액”을 계산대상으로 한다는 전시 재무부 유권해석이 그대로 유효하였으며, 이와 입장을 달리하는 유권해석은 89.9.28에야 있었고, 또한 86.3.31 신설된 법인세신고 서식 별지 제6-14호 서식(을)에서도 90.4.4 서식 개정되기 전까지는 그 작성요령에 “주식을 취득하기 위하여 지급하였거나 지급할 금액을 기입”하도록 되어 있었으므로 이 건 무상주를 다른 법인의 주식가액에 포함하여 계산함에 따라 법인세등을 추가고지한 처분은 소급과세에 해당된다는 주장이다. 살피건대, 법인세법 제18조의3 제1항의 규정을 보면, 당초 80.12.31 신설이후 85.12.23 개정전까지는 다른 법인의 주식 “소유”에 대한 규제이었으나 85.12.23 개정되어 다른 법인의 주식 “보유”에 대한 규제로 바뀌었고, 동법시행령 제43조의2 제1항 제1호의 규정에 보면 당초 80.12.31 신설이후 85.12.31 개정전까지는 “당해법인이 소유하고 있는 주식의 취득가액”에 의하여 계산하도록 하는 명문규정이 있었으나 85.12.31 개정시 동 규정이 삭제되면서 “법 제18조의3 제1항 제1호에 해당하는 자산의 합계액”으로 한다고 하였는데 자산의 합계액이란 이 건과 같은 무상주의 경우 법인세법 시행령 제45조의3의 규정에 의하여 평가하는 것이므로 다른 법인에서 잉여금의 전부 또는 일부를 자본에 전입함에 따라 취득하는 주식가액은 포함되지만 장부가액을 증가시키지 아니하는 상법 제459조의 규정에 의한 자본준비금과 자산재평가법의 규정에 의한 재평가적립금을 자본에 전입함에 따라 취득하는 주식가액은 제외하는 것이 타당하다고 본다. 또한, 당시 적용되던 법인세법 시행규칙 별지 제6-14호 서식(을)의 작성요령은 상위 법령의 개정에 따른 개정이 미쳐 안되었을 뿐이지 동 서식이 개정되지 않았다하여 상위법령의 효력에까지 그 영향을 미치는 것은 아니라고 본다. 그러므로 청구법인이 취득한 무상주는 이익잉여금의 자본전입에 따라 취득한 주식이므로 처분청이 법인세법 제18조의3의 규정에 의하면 각사업년도에 지급한 차입금중 손금에 산입하지 아니하는 금액을 계산함에 있어 이 건 관련 무상주를 포함하여 계산한 처분은 정당하고 청구법인의 주장은 이유없다고 판단된다.

6. 결론 이건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.