수정신고에 대하여 수정신고 일로부터 60일이 되는 날(1990.12.28)이 경과할 때까지 경정하지 아니한 데에는 위와 같은 관련법규 및 사실관계를 간과한 잘못이 있다 할 것임

[주 문] 을지로세무서장은, 청구법인이 1989사업년도(1989.7.1부터 1990.6.30까지)법인세 43,529,040원을 추가환급세액으로, 동 방 위세 5,441,130원을 추가납부세액으로 하여 1990.10.29 수정신 고한 데 대하여 OO증권금융주식회사에 1년이상 예탁되 지 아니한 우리사주조합원의 출자금액 543,355,000원과 우리 사주조합원 이외의 개인주주출자금액 6,711,485,000원에 대한 증자소득공제율을 20퍼센트로 하여 해당 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사 실 청구법인은 서울특별시 중구 OOOO가 OOOOOO에 본점을 두고 단기금융업을 영위하는 상장법인으로, 1988.6.12 자로 9,000,000,000원을 증자하고 1989사업년도(1989.7.1부터 1990.6.30 까지) 법인세신고시 우리사주조합원의 출자금액중 OO증권금융주식회사에 1년이상 예탁분에 대해서만 『높은 공제율(20퍼센트)』을 적용하고 나머지 우리사주조합원의 출자금액과 기타 개인출자금액에 대해서는 상장법인공제율(18퍼센트)을 적용하여 증자소득공제액을 1,557,200,200으로 계산함으로써 동 사업년도 법인세 808,558,081원 및 동 방위세 73,464,128원을 환급세액으로 신고한 후 위 상장법인공제율 18퍼센트의 적용이 잘못된 것으로 인식하고 조세감면규제법 제7조의2 제5항 및 동법시행령 제4조의2 제10항·동 제11항의 규정에 의거 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 20퍼센트 이상이라는 이유로 당초 상장법인공제율(18퍼센트)을 적용하였던 출자금액에 대해서도 높은 공제율(20퍼센트)을 적용하여 증자소득공제액을 1,702,297,000원으로 계산함으로써 동 사업년도 법인세 43,529,040원을 추가환급세액으로, 동 방위세 5,441,130원을 추가납부세액으로 하여 1990.10.29 수정신고를 하였는 바, 이에 대하여 처분청에서 수정신고 일로부터 60일이 되는 날(1990.12.28)이 경과할 때까지 필요한 처분(환급결정)을 하지 아니함에 따라 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 1991.5.10 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은, 조세감면규제법 제7조의2 제5항 및 동법시행령 제4조의2 제10항과 제11항에 의하면, 내국법인이 금전출자를 받아 자본을 증가한 경우에 우리사주조합원이 금전출자를 한 금액이 있는 때에는 법인세법에 의한 증자소득공제를 함에 있어서 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 100분의 20이상인 경우에는 자본증가액중 내국법인외의 자로부터 출자받은 금액에 대하여 상장법인의 경우에는 100분의 20을 공제해 주도록 규정되어 있는바, 청구법인이 1988.6.12 증자한 금액 9,000,000,000원중 증자시점에 적법하게 결성된 우리사주조합원이 출자한 금액은 1,800,000,000원으로서 이는 증자금액의 20퍼센트에 해당되고 우리사주조합원이 취득한 주식을 증자시점이후 1년 이내에 인출한다 하더라도 당초 취득한 주식을 소급해서 그 자격을 부정할 수 없을 뿐만 아니라 조세감면규제법 어느 규정에도 해당 법인세를 추징한다는 내용이 명시되어 있지도 아니하며, 소득세법시행령 제42조의 우리사주조합의 요건은 우리사주조합에 가입한 자가 당해 법인의 주식을 그 조합을 통하여 취득한 경우 그 주식의 취득가액과 시가와의 차액으로 인하여 발생하는 소득을 근로소득으로 보지 아니함으로써 비과세 혜택을 주기 위한 조건을 설정하기 위해서 소득세법 제21조 제4항에 한정해서 위임한 규정으로 보아야 할 것이고, 설령 소득세법시행령 제42조의 우리사주조합의 요건이 모법인 소득세법 제21조 제4항만의 수권규정이 아니고 모든 세법이 인용할 수 있는 일반적인 규정이라고 한다면 구태여 조세감면규제법시행령 제4조의2 제6항 제2호 및 동 제8항 제2호의 규정을 따로 신설할 필요가 없다고 보여지며, 따라서 법인에게 적용할 수 없는 위 소득세법시행령 제42조 제1항의 규정을 적용하여 우리사주조합원이 취득한 주식을 1년이내에 인출하였다 하여 높은 공제율을 적용하지 아니함으로써 청구법인의 적법한 수정신고에 대해 필요한 처분을 하지 아니함은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이에 대하여 국세청장은, 조세감면규제법 제7조의2 제5항, 동법시행령 제4조의2 제10항과 제11항, 법인세법 제10조의3 및 소득세법시행령 제42조의 규정을 종합하여 보면, 상장법인이 금전출자를 받아 자본을 증자한 경우에 우리사주조합원이 금전출자를 한 금액이 있는 때에는 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 100분의20 미만인 경우에는 우리사주조합원의 출자금액(당해 조합원이 취득한 주식을 취득일로부터 1년간 OO증권금융주식회사에 예탁하는 것일 것)에 대해서만 높은 공제율(100분의20)을 적용하도록 규정하고 있는 바(재무부 소득 22601-129, 1989.2.2 동지), 이 건의 경우 처분청에서 위 관련법규에 의하여 우리사주조합원이 취득한 주식중 만기까지 예탁분 1,256,645,000원에 대해서만 높은 공제율을 적용하는 것으로 하여 수정신고에 대한 환급결정을 하지 아니한 데에는 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁 점 따라서 이 건 심판청구의 쟁점은, 상장법인에 대해 증자소득공제를 함에 있어서 증자일 현재 우리사주조합원의 출자금액은 자본증가액의 100분의20이상되나 OO증권금융주식회사에 1년이상 예탁된 우리사주조합원의 출자금액을 기준으로 하면 자본증가액의 100분의20에 미달되는 경우, 높은 공제율(20퍼센트)적용대상은 내국법인외의 자의 출자금액 전액인지, 아니면 OO증권금융주식회사에 1년이상 예탁된 우리사주조합원의 출자금액에 한하는 것인지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 위 쟁점사항에 대해 살피건대, 먼저 법인세법 제10조의 3(증자소득공제) 제1항에 의하면 『내국법인(영리법인에 한한다)이 내국법인외의 자로부터 금전출자를 받아 자본을 증가한 경우에는 자본에 관한 변경등기를 한 날이 속하는 달의 다음달부터 36월간 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 각 사업년도의 소득금액에서 공제한다』고 규정되어 있고, 증가된 자본금××금융기관의 대출금리 수준을 감안한 공제율 = 공제금액 동 제4항에는 『제1항의 산식중 금융기관의 대출금리수준을 감안한 공제율은 대통령령으로 정하되 상장법인과 제18조의2 제1항 제3호에 규정한 중소기업에 대하여는 높은 공제율로 정할 수 있다』고 규정되어 있고, 동법 시행령 제11조의2 제3항에서는 『법 제10조의3 제4항의 규정에 의한 공제율은 100분의15로 하되, 당해 사업년도 종료일 현재 상장법인에 해당하거나 제68조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 법인에 대하여는 100분의18로 한다』라고 규정되어 있으며, 조세감면규제법 제7조의 2(우리사주 취득시의 세액공제 등) 제5항에 의하면 『내국법인이 금전출자를 받아 자본을 증가한 경우에 우리사주조합원이 금전출자를 한 금액이 있는 때에는 법인세법 제10조의 3의 규정을 적용함에 있어서 당해 자본증가액 중 대통령령이 정하는 금액에 대한 공제율은 대통령령으로 정하되 동조 제4항에 규정하는 공제율보다 높은 공제율로 정할 수 있다』고 규정되어 있고, 동법 시행령 제4조의2 제10항에는 『법 제7조의2 제5항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 100분의 20이상인 경우에는 자본증가액중 내국법인외의 자로부터 출자받은 금액을, 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 100분의 20 미만인 경우에는 자본증가액중 우리사주조합원의 출자금액을 말한다』고 규정되어 있고, 동 제11항에서는 『법 제7조의2 제5항에서 “높은 공제율”이라 함은 100분의18을 말하되, 당해 사업년도 종료일 현재 제11조에 규정된 중소기업에 해당하거나 법인세법 제22조 제2항에 규정된 상장법인에 해당하는 법인의 경우에는 100분의20을 말한다.』고 규정되어 있는 바, 첫째, 기업이 차입보다는 자기자본에 의하여 자금을 조달함으로써 재무구조를 개선해 나가도록 유도하기 위하여 비생산적인 용도에 사용된 차입금의 지급이자를 손금에 불산입하는 한편 증자를 하는 경우에는 증자금액의 일정율을 과세소득에서 공제하는 증자소득공제제도를 시행하고 있음을 알 수 있고, 조세감면규제법에서 종업원지주제를 실시하고 있는 상장법인에 대하여 증자소득공제제도를 적용함에 있어서 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 100분의20 이상인 경우에는 자본증가액 중 내국법인외의 자로부터 출자받은 금액에 대해 높은 공제율(20퍼센트)을 적용하고 100분의20 미만인 경우에는 자본증가액중 우리사주조합원의 출자금액에 한하여 높은 공제율을 적용하도록 한 것은 기업으로 하여금 종업원지주제에 대한 인식을 새롭게 하여 자본증가액의 100분의20 이상에 해당하는 주식을 종업원에게 배정하도록 유도하기 위한 것으로 보여지며, 둘째, 구 소득세법 시행령 제42조 제1항에서 우리사주조합의 요건 중 하나로 당해 조합원이 취득한 당해 법인의 주식은 그 취득일로부터 1년간 OO증권금융주식회사에 예탁하는 것으로 규정하고 1988.12.31 개정된 동조에서는 우리사주조합에 대해 자본시장 육성에 관한 법률 제2조 제5호의 규정에 의한 우리사주조합을 말한다고 규정하고 있으나, 동 규정은 우리사주조합원이 우리사주조합을 통하여 취득한 주식의 취득가액과 시가와의 차액으로 인하여 발생하는 소득을 근로소득으로 보지 아니함으로써 비과세 혜택을 주기 위한 조건을 설정한 규정으로 보아야 할 것이고, 셋째, 우리사주취득시의 세액공제를 받은 우리사주조합원에 대한 추징요건을 정한 조세감면규제법시행령 제4조의2 제8항 제2호에 의하면 『우리사주조합원이 취득한 주식을 취득 일로부터 1월이내에 OO증권금융주식회사에 예탁하지 아니하거나 예탁일로부터 1년이 경과되기 전에 인출한 경우에는 인출한 금액에 대하여 공제한 세액상당액을 지체없이 추징한다』고 규정하고 있지만, 증자법인에 대한 증자소득공제를 함에 있어서는 조세감면규제법 제7조의2 제5항에서 『우리사주조합원이 금전출자를 한 금액이 있는 때에는 법인세법 제10조의3의 규정을 적용함에 있어서 당해 자본증가액중 대통령령이 정하는 금액에 대한 공제율은 대통령령으로 정하되 동조 제4항에 규정하는 공제율 보다 높은 공제율로 정할 수 있다』고 규정하고 있을 뿐 우리사주조합원이 취득한 주식을 예탁일로부터 1년이 경과되기 전에 인출한 경우에 대한 별도의 사후관리 또는 추징요건을 정한 바가 없으므로, 내국법인의 자본증가액중 우리사주조합원이 금전출자를 한 금액이 있는 경우 우리사주조합원에 대한 세액공제등 세제상지원과 증자법인에 대한 증자소득공제는 각각 구분하여 별도의 법적요건충족여부에 따라 적용되는 것으로 보아야 할 것이며, 넷째, 증자당시 적법하게 결성된 우리사주조합원이 금전출자를 하여 증자법인이 그 조합원에게 주식을 배정한 후에는 당해 법인은 그 조합원에게 배정한 주식에 대하여 사후관리를 하거나 요건 위배시 어떤 제재조치를 취할 수 있는 권한도 있지 아니하며, 그 조합원이 그 주식을 예탁하지 아니하거나 예탁후 1년이 경과되기 전에 인출한다 하더라도 당초 결성된 우리사주조합원의 자격이 상실된다고는 볼 수 없고, 이러한 조합원의 행위에 대하여는 당해법인에게는 아무런 귀책사유도 없다는 점 및 증자당시 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 100분의20 이상으로써 높은 공제율의 적용요건을 갖춘 후에 OO증권금융주식회사에의 1년이상 예탁여부에 따라 증자소득공제율을 수시로 변경시킨다면 경제활동에 있어서의 법적 안정성과 예측가능성을 해치게 된다는 점등을 종합하여 볼 때, 상장법인에 대해 증자소득공제를 함에 있어서 증자일 현재 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 100분의20이상되는 경우에는 우리사주조합원의 예탁기간 만료 전 인출여부와 관계없이 내국법인외의 자의 출자금액 전액에 대해 높은 공제율(20퍼센트)을 적용함이 타당하다고 판단된다(국심 90서 1123, 1990.10.10 동지). 다음으로 이 건 사실관계에 대해 살피건대, 상장법인인 청구법인의 1988.6.12자 자본증가액(9,000,000,000원)중 증자일 현재 우리사주조합원의 출자금액(1,800,000,000원)이 100분의20 이상된다는 점에 대해서는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없고, 청구법인은 1989사업년도(1989.7.1부터 1990.6.30 까지)법인세신고시에는 우리사주조합원의 출자금액중 OO증권금융주식회사에 1년이상 예탁분에 대해서만 높은 공제율(20퍼센트)을, 나머지 우리사주조합원의 출자금액과 기타 개인출자금액에 대해서는 상장법인공제율(18퍼센트)을 적용하여 신고하고, 1990.10.29 수정신고시에는 당초 상장법인공제율(18퍼센트)을 적용하였던 출자금액에 대해서도 높은 공제율(20퍼센트)을 적용하여 수정신고한 것으로 나타나고 있는 바, 청구법인의 1989사업년도분 증자소득공제액을 계산함에 있어서는 위에서 살펴본 관련법규에 비추어 볼 때, 우리사주조합원의 출자금액(18,000,000,000원)중 OO증권금융주식회사에의 1년이상 예탁분(1,256,645,000원)뿐만 아니라 나머지 우리사주조합원의 출자금액(543,355,000원)과 기타 개인출자금액(6,711,485,000원)에 대해서도 높은 공제율(20퍼센트)을 적용함이 타당하다고 판단된다. 그러하다면 처분청에서 청구법인의 1990.10.29 자 수정신고에 대하여 수정신고 일로부터 60일이 되는 날(1990.12.28)이 경과할 때까지 경정하지 아니한 데에는 위와 같은 관련법규 및 사실관계를 간과한 잘못이 있다 할 것이다.

6. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.