자산양도차익예정신고 및 수정신고하였음에도 가산세를 과세한 처분의 당부(경정)

[참조결정] 국심1990서1367 / 국심1991서0148

[주 문] 양도소득세 25,260,810원 및 동 방위세 5,052,170원의 과세처 분은 쟁점아파트의 양도차익을 아래 산식에 의하여 계산하여 과세표준과 그 세액을 경정한다. 아 래 {양도아파트 토지평수 × 양도시 토지평당기준시가 + 양도아 파트 건물평수 × 양도시 건물평당기준시가 } - {종전토지평 수 × 취득시 평당기준시가 + 취득당시 등록세 과세표준액 × 7/100} = 양도차익

[이 유]

1. 사실 청구인은 85.1.12. 서울특별시 동작구 OO동 OOOOO 소재 대지 132평방미터를 취득한 후 이 중 50평방미터는 86.8.21. 그의 처 OOO에게 양도하고 나머지 82평방미터(이하 “이 건 토지”라 한다)는 88.8.30. OO제1구역 제1지구 주택개량재개발조합(이하 “주택재개발조합”이라 한다)에 출자하기로 하면서 명수대 OOOOO OOOO OOOO(44평형, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 42,788,625원에 분양받기로 하고 이 건 토지를 88.9.12. 출자하고, 나머지 정산금 14,614,894원을 납입하고 89.2.27. 쟁점아파트를 취득한 후 89.4.24. 청구외 OOO에게 양도하였다. 또한 청구인은 89.5.31. 처분청에 자산양도차익예정신고를 하였고, 89.6.30.에 수정신고를 하였는 바, 처분청은 쟁점아파트의 양도가액을 국세청고시 아파트 기준시가인 93,000,000원으로, 취득가액은 양도가액에 대한 환산가액에 청구인이 납부한 정산금을 합친 31,509,910원으로 하여 양도차익을 계산하여 90.9.16.자 청구인에게 양도소득세 25,260,810원, 동 방위세 5,052,170원을 결정고지하자, 청구인은 이에 불복하여 90.11.12. 이의신청 및 91.1.8 심사청구를 거쳐 91.4.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장

(1) 청구인은 85.1.12. 서울특별시 동작구 OO동 OOOO OOO 소재대지 39.9평을 매수한 이후 무주택자로서 주택을 신축하려 하였으나 인근 일대가 재개발지구로 지정되었는 바, 위 청구인 소유 토지의 보상조로 아파트 입주권을 발부해 주었던 것인데 사정에 의하여 청구인 앞으로 분양되었던 쟁점아파트에 입주하지 못하고 89.4.24. 청구외 OOO에게 쟁점아파트를 양도하였으나 청구인은 쟁점아파트 외 타주택이 없으므로 1세대1주택으로서 비과세되어야 하므로 이 건 처분은 취소되어야 하며,

(2) 89.5.31.과 89.6.30. 두차례에 걸쳐 예정신고 및 수정신고하고 해당세액을 신고납부하였으므로 신고를 태만히 하였다고 할 수 없는데도 청구인에게 가산세를 부과함은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

(1) 청구인은 청구인 소유 토지를 주택재개발조합에 출자하고 대신 쟁점아파트를 분양받은 것으로 1세대1주택으로 비과세되어야 한다는 주장이나, 1세대 1주택으로서의 비과세에 해당되려면 쟁점아파트에 3년이상 거주하거나 5년이상 보유하여야 하나 청구인은 쟁점아파트에 거주한 사실없이 89.2.27. 취득하여 89.4.24. 청구외 OOO에게 소유권 이전등기하였음이 등기부등본에 의하여 확인되고 있으므로, 쟁점아파트 양도에 대하여 비과세하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다 하겠으며,

(2) 또한 가산세의 적용이 부당하다는 주장에 대하여 보면 청구인이 89.5.31. 및 89.6.30. 쟁점아파트 양도에 대한 자산양도차익예정신고와 수정신고를 각각 한 사실은 확인되나 소득세법 제121조 제1항 및 제3항에서 보는 바와 같이 자진신고납부한 사실이 있다하여 가산세 적용이 배제되는 것은 아니므로 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 금액 및 납부하여야 할 세액에 미달하여 납부한 세액에 대하여 가산세를 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은

• 가. 주택재개발조합에 나대지를 출자하고 취득한 쟁점아파트를 거주한 바 없이 양도한 경우 1세대1주택으로서 비과세할 수 있는지의 여부와,
• 나. 자산양도차익예정신고 및 수정신고하였음에도 가산세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다고 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저 쟁점아파트의 취득 및 양도경위와 이에 대한 처분청의 과세경위를 보면, 청구인은 85.1.12. 이 건 토지 132평방미터를 취득한 후 86.8.21. 그의 처 OOO에게 50평방미터를 양도하였고, 이 건 토지가 속하는 지역이 도시재개발법에 의한 재개발구역으로 지정되어 동 구역내의 주민을 조합원으로 하는 OO 제1구역 제1지구 주택개량재개발조합이 재개발사업시행자가 되어 재개발사업을 시행함에 따라 청구인은 88.8.30. 이 건 토지를 출자하고 명수대 OOOOO OOOO OOOO(44평형)를 42,788,625원에 분양받기로 계약하면서 정산금 14,614,894원을 납입하고 이 건 토지는 88.9.12. 출자하여 89.2.27 쟁점아파트를 취득하였으나 거주한 바 없이 89.4.24. 청구외 OOO에게 양도하였음이 심리자료 등 관련서류에 의하여 확인되고 있다. 또한 청구인은 쟁점아파트 양도후 89.5.31. 처분청에 자산양도차익예정신고하였고 89.6.30.에 수정신고를 하였는 바, 처분청은 쟁점아파트의 양도가액을 국세청 기준시가인 93,000,000원으로, 취득가액은 양도가액을 환산한 가액에 전시 정산금을 합친 31,509,910원으로 하여 양도차익을 계산하여 90.9.16.자 이 건 양도소득세 등을 결정고지하였다.

• 가. 먼저 청구주장(1) 1세대1주택 비과세 해당 여부에 대하여 살펴보기로 한다. 쟁점아파트 양도시 시행된 관계법령을 보면, 소득세법 제5조 제6호 (자)목에서 대통령령이 정하는 1세대1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 10배를 넘지 아니하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 비과세소득으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제15조(1세대1주택의 범위) 제1항에서는 “법 제5조 제6호 (자)에서 1세대 1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 단독주택을 신축하여 양도하는 경우

2. 당해 주택의 보유기간이 5년이상으로서 거주자가 재무부령이 정하는 바 에 의하여 1세대 1주택임을 입증하는 경우” 라고 규정하고 있는 바, 도시재개발구역내의 토지소유자가 도시재개발사업 시행자에게 소유하던 토지를 출자하고 그 대가로 쟁점아파트를 분양받은 후 3년이상 거주하지 아니하거나 5년이상 보유한 바 없이 양도한 쟁점아파트의 경우에는 위의 규정에 따르는 1세대1주택의 양도로서 비과세하기는 곤란하다고 하겠다. 더우기 청구인의 처 OOO은 쟁점아파트와 같은 소재지인 명수대 OOOOO OOOO OOOO(33평형)을 89.7.20.에 취득하여 89.8.5.양도하였음이 확인되고 있어 쟁점아파트의 양도에 대한 1세대1주택의 적용은 어렵다고 할 것이다. 다만, 처분청이 이 건 과세하면서 산출한 양도차익계산에 있어 문제가 있으므로 직권으로 이에 대하여 살펴보기로 한다. 쟁점아파트 취득과 관련한 도시재개발법 제49조 제1항에 규정한 관리 처분계획에 따라 대지 또는 건축시설을 분양받은 자는 재개발사업에 관한 공사완료후의 분양처분고시가 있는 날 다음날에 그 분양받은 대지 또는 건축시설을 취득한다고 규정하면서 동 제2항에서는 위 규정에 따라 취득한 토지 또는 건축시설은 “토지구획정리사업법에 의한 환지”로 보도록 규정하고 있고, 소득세법 시행규칙 제16조는 토지구획정리사업법상의 환지지구내의 토지를 양도한 경우에 그 양도차익계산 방법을 규정하고 있으므로 청구인처럼 도시재개발법에 의한 재개발구역내의 토지 등을 소유한 자가 재개발사업에 관한 공사완료후에 취득한 토지 또는 건축시설을 양도한 경우 이에 따른 양도차익은 전시 시행규칙 제16조의 규정을 준용하여야 할 것이고, 청구인이 주택건설업자로부터 신규로 아파트를 분양받아 이를 양도한 것으로 보아 과세한 처분청의 과세방법은 청구인의 쟁점아파트 양도에 따른 양도차익계산에는 적용하기 어렵다 하겠다. 그런데 양도자산인 쟁점아파트의 분양가액(42,788,625원)에 관련된 분양계약서 등을 보면, 종전토지평가액등 권리가액 이외에 추가로 현금 14,614,894원을 추가 정산한 사실이 나타나고, 동 금액 14,614,894원(이하 “추가 정산금”이라 한다)이 분양가액에 포함되어 정산되었음이 조합원용 정산금납입의뢰서에서 확인되고 있다. 한편 공제되는 필요경비의 범위를 소득세법 시행규칙 제16조에는 명확한 규정이 없으므로 자산양도의 필요경비를 규정하고 있는 소득세법 제45조 제1항의 규정을 보면, 제1호에서 당해자산의 취득당시의 기준시가에 의한 금액 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로, 제2호 내지 제4호에서 설비비와 개량비, 대통령령이 정하는 자본적지출액 및 양도비를 규정하고 있고, 동법 시행령 제94조(양도자산의 필요경비) 제5항을 보면, “법 제45조 제1항 제1호 본문의 규정에 의한 방법으로 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 경우에는 제1항 내지 제4항의 규정에 불구하고 취득당시의 기준시가에 다음 각호의 1에 금액을 가산한 금액을 한다”라고 규정하면서 제1호에서 그 금액을 법 제23조 제1항 제1호 및 제44조 제4항 제1호에 규정하는 자산의 경우에는 취득시 등록세과세표준액 × 7/100로 규정하고 있어 전시 추가 정산금은 전시한 규정에 의한 기준시가에 해당되지 아니하므로 필요경비로서 공제하기는 곤란하다고 하겠다. 따라서 취득시 필수적으로 소요되는 취득세·등록세 등 기타 필요경비는 소득세법 시행령 제94조 제5항에서 규정한 계산공제방법에 의하여 “취득 당시의 등록세과세표준액 × 7/100”에 해당하는 금액만을 공제하는 것이 타당하다고 할 것이다(국심 90서1367 합동회의 90.11.24. 및 91서148 합동회의 91.5.25. 동지).

• 나. 청구주장(2) 가산세 과세여부에 대하여 살펴보기로 한다. 먼저 관련되는 법규정을 보면, 소득세법 제121조 (가산세 제1항에서 “거주자가 과세표준확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 종합소득금액, 퇴직소득금액, 양도소득금액 또는 산림소득금액에 대하여 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의10에 상당하는 금액을 산출세액에 가산한다”고 규정하고, 동조 제3항에서 “거주자가 제107조의 규정에 의한 소득금액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 산출세액에 가산한다”라고 규정하고 있다. 따라서 청구인이 쟁점아파트의 양도에 대한 자산양도차익예정신고 및 수정신고를 하였다고 하더라도 신고할 금액에 미달한 소득금액에 대한 가산세와 납부할 세액에 미달한 세액에 대한 가산세의 적용은 타당하다고 할 것이나, 다만 전항에서 살펴본 바에 따라 이 건 가산세도 경정되는 것이 타당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.