기술개발준비금의 익금산입시기가 도래하기 전에 기술개발적립금을 임의적립금으로 처분한 경우, 기술개발준비금 손금산입액을 당초 손금산입한사업연도로 소급하여 부인하여 법인세 부과한 처분의 당부(경정)

[주 문]

1. 남대문세무서장이 90.12.17 청구법인에게 한 87.1～12사업 년도분 법인세 96,013,450원 및 동 방위세 16,071,010원의 과 세처분은 기술개발준비금 손금부인액 174,117,312원을 손금에 산입하여 이를 경정하고,

2. 같은 날 청구법인에게 한 88.1～12사업년도분 법인세 26,896,030원 및 동 방위세 5,OO3,630원의 과세처분은 이를 취 소한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 외부 회계감사 대상법인으로서 87사업년도(1.1～12.31)와 88사업년도에 기술개발준비금을 신고 조정에 의하여 손금산입하고 당해 사업년도분 잉여금 처분시 당해 준비금에 상당하는 이익을 기술개발적립금으로 처분하였으며 당해 준비금도 법소정 기준에 합당하게 사용하였으나, 당해 준비금과 상계할 수 없는 연구시설건축등 자본적지출에 사용한 기술개발준비금을 3년 경과후 3년간 균분하여 익금산입할 때 기술개발적립금을 처분(移入) 하지 아니하고 그 이전인 89.3.4 과 90.3.16 의 각 88, 89사업년도 결산확정시 임의적립금으로 처분한 사실이 있는 바, 처분청은 기술개발준비금의 익금산입시기가 도래하기 전에 기술개발적립금을 임의적립금으로 처분한 것이 위법하다 하여 당초 기술개발준비금 전입액을 손금산입한 사업년도의 손금을 소급하여 부인함으로써 90.12.17 청구법인에게 87사업년도분 법인세 96,013,450원 및 동 방위세 16,071,010원, 88사업년도분 법인세 26,896,030원 및 동 방위세 5,OO3,630원을 과세하였으며, 청구법인은 이 건 심판청구에서 당해 처분의 경정(87사업년도분) 또는 취소(88사업년도분)를 구한다.

2. 청구법인 주장 기술개발준비금의 손금산입을 규정한 조세감면규제법 제16조는 손금산입 및 손금산입한도액·준비금의 사용기준 및 비용계상방법·준비금 잔액 등의 익금산입에 따른 제반사항을 상세히 열거하고 있으며, 대통령령으로 위임한 사항도 준비금을 계상할 수 있는 사업의 범위·준비금의 사용기준등에 한하고 있는 바, 기왕에 정당하게 손금산입한 금액을 당초 손금산입년도로 소급하여 손금부인하는 규정은 본법은 물론 대통령령에 위임한 규정도 없고 또한 법인세법 시행령 제84조는 외부회계감사 대상법인의 경우 기업회계기준에 의거 각종 준비금을 손금계상함에 있어 일반법인과 같이 부채로 계상할 수 없기 때문에 기업회계기준과의 차이를 조정하기 위한 단순한 회계절차를 규정하기 위한 조항으로서 법률의 위임이 없이 대통령령만으로는 법인의 손금여부를 제한할 수 없으므로 조세감면규제법 제16조의 규정에 의하여 적립한 손금산입액을 법인세법 시행령 제84조의 규정만으로는 손금산입을 배제할 수 없고, 뿐만 아니라 청구법인의 경우 법인세법 시행령 제84조 제1항 및 제2항 전단의 규정에 따라 당초 손금산입년도의 잉여금처분시 적법하게 기술개발준비금을 적립하였으며, 다만, 동 규정후단의 규정과 달리 목적 사용된 금액만을 임의적립금으로 이입하였는 바, 동 규정을 법인세법기본통칙 4-1-13...26 과 같이 해석 집행함은 법률의 위임없이 일부 회계처리 잘못을 가지고 전체를 부인하는 잘못이 있고, 경우에 따라서는 당초 손금산입년도로부터 5년이 경과한 후에도 당초 손금산입년도로 소급과세함에 따라 조세시효가 소멸된 후의 과세문제가 제기되며, 일반법인의 경우 조세감면규제법 기본통칙 2-4-2...13 제4항의 규정에 의하여 목적에 사용된 기술개발준비금을 초과환입하는 경우 당초 손금산입을 부인하는 것이 아니라 오히려 초과환입액을 익금에 산입하지 않도록 하고 있어 법인세법 기본통칙과는 정반대로 규정하고 있으므로 법인세법 기본통칙 4-1-13...26의 규정은 조세감면규제법 기본통칙 2-4-2...13의 규정에 따라 수정되어야 하고 대법원판례(88누 7613, 89.7.11)의 취지로 볼 때에도 이 건 처분은 부당하고, 청구법인의 경우 주식을 상장한 공개법인으로서 주주총회 결의를 거쳐 기술개발준비금으로 확정하고 이후 대차대조표 공고일까지 이행된 사항을 당초 손금산입년도로 소급과세함에 따라 적법한 절차를 이행한 부분까지 소급하여 무효화시키는 것은 부당하며, 동 기술개발준비금이 임의적립금으로 이입되었을 뿐 배당등으로 사외유출된 사실이 없으므로 이 건 과세처분이 위법 부당하다고 주장한다.

3. 국세청장 의견 조세감면규제법 제16조 제1항에 “제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 기술개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 다음 각호의 금액의 범위안에서 당해 과세년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.” 제2항에 “제1항의 규정에 의하여 기술개발준비금을 손금으로 계상한 내국인이 기술개발비등 대통령령이 정하는 비용을 지출한 때에는 그 비용은 이미 손금으로 계상한 기술개발준비금과 먼저 상계하여야 한다.” 제3항에 “제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 기술개발준비금으로서 그 준비금을 손금에 산입한 과세년도의 종료일 이후 4년이 되는날 까지 제2항의 규정에 의하여 상계하고 남은 준비금의 잔액은 그 4년이 되는 날이 속하는 과세년도부터 제13조 제2항의 규정을 준용하여 익금에 산입한다.” 동시행령 제13조 제3항에 “법 제16조 제2항에서 대통령령이 정하는 비용이라 함은 재료·제품·기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 기술개발비·기술정보비등 기술개발촉진법이 정하는 비용으로서 별표5의 비용을 말한다”고 되어 있고, 법인세법 제84조[준비금등의 손금계상특례] 제1항에 “법률의 규정에 의하여 외부의 감사인으로부터 회계감사를 받는 법인이 조세감면규제법에 규정한 준비금을 제82조 제3항에 규정하는 조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세 표준 신고서에 손금으로 산입한 경우에는 그 금액을 각 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입한 것으로 한다” 제2항에 “제1항의 규정은 그 손금에 산입한 금액 상당액을 당해 사업년도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립하고 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하는 경우에 한하여 적용한다”고 되어 있는 바, 청구법인은 외부회계감사를 받은 법인으로서 기술개발준비금을 신고조정에 의하여 손금산입하고 손금으로 산입한 사업년도의 이익처분시 동 금액을 기술개발적립금으로 적립하였으나 그중 연구시설등 자산취득에 사용된 금액(87사업년도 손금산입금액중 174,113,312원, 88사업년도 손금산입금액중 94,416,617원)에 상당하는 기술개발준비금에 대하여는 손금산입한 사업년도 종료일로부터 4년이 되는날이 속하는 사업년도부터 분할하여 익금산입하여야 하고, 그 익금산입하는 사업년도의 이익처분시 기술개발적립금으로 적립한 금액을 처분하여야 기술개발준비금의 손금산입요건이 충족될 수 있음에도 불구하고, 동 준비금을 연구시설취득등 목적에 사용되었음을 이유로 동 준비금의 익금산입시기가 도래하기 전인 88, 89사업년도의 이익처분시 적립금을 임의로 이입하여 배당 또는 향후 처분가능한 임의적립금등으로 처분함으로써 법인세법 시행령 제84조에서 규정한 준비금의 손금산입 요건을 위배하였기에 기술개발준비금을 손금으로 산입한 사업년도에 소급하여 손금부인한 당초처분은 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 법소정 사용기준에 따라 자본적지출에 사용된 기술개발준비금에 상당하는 기술개발적립금을 당해 준비금의 익금산입시기가 도래하기 전에 임의적립금으로 처분한 경우, 기술개발준비금 손금산입액을 당초 손금산입한 사업년도로 소급하여 부인할 수 있는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단 먼저, 이 건 사실관계를 살펴본다. 청구법인은 외부회계감사대상법인으로서 87사업년도에 기술개발준비금 310,000,000원을 신고조정에 의하여 손금에 산입한 후, 88사업년도에 수익적지출인 기술개발비로 135,882,688원과 연구시설건축등 자본적지출인 기술개발비로 9,723,491원을 사용하고, 89사업년도에 연구시설건축등 자본적지출로 164,393,8OO원을 사용함으로써 기술개발준비금 전액을 그 용도에 맞게 사용하였으며, 88사업년도에는 기술개발준비금 520,000,000원을 신고조정에 의하여 손금에 산입한 후 당해 사업년도에 수익적지출인 기술개발비로 405,241,OO0원과 연구시설건축등 자본적지출인 기술개발비로 94,416,617원을 사용하여 그 용도에 맞게 사용하였으며, 그후, 청구법인은 기술개발준비금의 익금산입시기(91사업년도 이후)가 도래하기 전에 당해 준비금을 법에서 정한 사용목적대로 사용하였다는 이유로 87사업년도에 기술개발준비금으로 손금산입한 금액중 88사업년도에 자본적지출에 사용한 기술개발준비금 9,723,491원을 89.3.4 에 89사업년도에 연구시설건축등 자본적지출에 사용한 기술개발준비금 164,393,8OO원을 90.3.16 의 결산확정시 임의적립금으로 각각 처분(이입)하고, 88사업년도에 기술개발준비금으로 손금산입한 금액중 89사업년도에 연구시설건축등 자본적 지출에 사용한 기술개발준비금에 상당한 기술개발적립금 94,416,617원을 90.3.16 의 결산확정시 임의적립금으로 처분(이입)하였는 바, 처분청은 이와같이 자본적지출에 사용한 기술개발준비금에 대하여는 상당기간 경과후에 당해 기술개발준비금을 익금산입할 때 그에 상당하는 기술개발적립금을 처분하여야 함에도 위에서 본 바와같이 미리 임의적립금으로 처분한 것은 위법하다 하여 87사업년도에 기술개발준비금으로 손금산입한 금액중 88사업년도와 89사업년도에 자본적지출에 충당한 금액 174,117,312원을 87사업년도로 소급하여 손금부인하고, 88사업년도에 기술개발준비금으로 손금산입한 금액중 89사업년도에 자본적지출에 충당한 금액 94,416,617원을 88사업년도로 소급하여 손금부인대상금액으로 한 후, 청구법인이 수정신고시 한도초과부인액 36,487,331원을 차감한 후의 잔액 57,929,286원을 손금부인 함으로써 이 건 과세처분에 이른 것이다. 이와 관련된 대법원 판례를 보면, 법인이 기술개발준비금계정을 설정하여 손금으로 인정받고 각 법정기한내에 이를 그 본래의 목적대로 모두 사용한 이상 법인으로서는 그 준비금을 3년간에 걸쳐 분할하여 법인소득에 익금가산함으로써 법인세의 징수를 유예받을 수 있는 권리가 있고, 법인세법 시행령 제84조 제2항은 위 준비금을 손금으로 인정받기 위한 세무회계처리방법 및 요건을 규정한 것이지 이미 그 본래의 목적대로 사용된 준비금을 일시에 법인소득에 환입시킬 수 있다는 취지의 규정이 아닐 뿐 아니라, 법인이 회계처리의 미숙으로 당해준비금 명목으로 이익처분하여야 할 것을 잘못하여 “이익준비금” 명목으로 이익처분하였다 하여 곧 법인이 임의로 그 기술개발 준비금을 일시에 이익준비금 명목으로 처분한 사업년도에 소득으로 환입한 것으로는 볼 수 없다고 판단된다(대법원 88누7613, 89.7.11 판결 참조)는 견해를 밝히고 있다. 다음으로 이 건 관련법령인 조세감면규제법 제13조 및 제16조의 규정을 보면, 위 조세감면규제법 소정의 기술개발준비금은 이를 설정한 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 손금으로 산입하고 그후 4년이 되는 날이 속하는 사업년도 종료일까지 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용등을 지출 한 때에는 그 비용은 이미 손금으로 계상한 기술개발준비금과 먼저 상계하고 연구시설건축등 자본적 지출에 사용하여 기술개발준비금과 상계할 수 없는 준비금은 4년이 되는 날이 속하는 사업년도부터 3년간 균등하게 익금으로 환입하도록 되어 있으며, 법인세법 시행령 제84조 제1, 2항의 규정을 보면, 외부회계감사 대상법인의 경우 조세감면규제법에 규정한 준비금을 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세과세표준신고서에 손금으로 산입한 경우에는 그 금액을 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한 것으로 한다고 규정하면서 이와 같은 방법으로 기술개발준비금을 손금으로 산입하는 경우에는 그 손금산입 상당액을 당해 사업년도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립하고 당해 준비금을 익금에 산입할 때에 그 적립금을 처분하는 경우에 한하여 적용하도록 되어 있다. 따라서, 외부회계감사 대상법인에 대하여는 기술개발준비금을 장부상손금으로 계상하지 아니하고 세무조정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 특례를 두면서, 그에 따른 규제규정을 두고 있는 바, 그 첫째는, 기술개발준비금에 상당하는 적립금의 적립이고, 둘째는, 동 적립금은 기술개발준비금을 익금에 산입(환입)할 때에 그 처분이 가능하도록 한 것이다. 이러한 법령 규정의 취지는 외부회계감사 대상법인의 경우 기술개발준비금을 장부상에 손금으로 계상하는 것에 관계없이 손금으로 용인하게 되면 조정계산에 의하여 미리 손금에 산입한 당해 준비금의 사용여부와 익금산입(환입)에 따른 세무조정계산등 그 관리가 곤란하므로 그 적립금을 통하여 이를 관리하고자 하는 데 목적이 있는 것이고, 또한 이렇게 함으로써 미리 당해 준비금의 손금계상에 따른 조세부담의 유예가 그후 익금산입하면서 조세를 부담하게 될 때까지 당해 적립금이 배당·상여 등으로 유출되지 아니하고 사내에 유보되도록 하여 부담을 유예 시켜준 조세채권의 확보에도 그 목적이 있는 것이다. 그러므로, 기술개발준비금의 손금산입에 따른 적립금은 당해 준비금과 불과분의 관계에 있는 것이므로 준비금이 익금산입(환입)될 때에만 배당·상여등 외부로의 유출이 가능한 임의적립금으로 처분할 수 있는 것이고, 청구법인의 경우와 같이 기술개발준비금의 익금산입시기가 도래하기 전에 그 적립금을 미리 처분하는 것은 허용되지 않는다고 해석되며, 적립금을 미리 처분한 경우에는 앞서 법령에서 본 바와같이 3년에 걸쳐 분할하여 익금에 산입할 수 있는 권리를 청구법인 스스로 포기하여 익금에 산입하여야 하는 의사표시로 볼 수 있는 것이므로 결국 익금산입하는 결과를 초래한다고 보아야 될 것이며, 이렇게 보는것이 동 기술개발준비금 제도의 취지에 합당하다 할 것이다. 그렇다면, 이 건 처분청이 기술개발준비금을 손금에 계상한 사업년도로 소급하여 손금부인하는 것은 관련법리를 오해한 것으로 보여지므로 이 건 과세처분은 위법 부당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.