다른 법인의 주식을 소유하는 법인에 대한 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서 다른 법인의 주식중 무상주의 가액을 계산하는 것이 타당한지의 여부(경정)

[주 문] 강서 세무서장이 90.9.16 청구법인에게 결정고지한 90/9 수시 분 법인세 228,026,550원 및 동방위세 46,008,740원의 과세처 분중

1. 86사업년도분(85.7.1-86.6.30) 법인세 44,620,170원 및 동방 위세 7,338,100원의 과세처분은 지급이자의 손금불산입액을 계산함에 있어서 청구법인이 소유하는 다른법인의 주식중 무상주의 가액은 제외하고 손금불산입액을 계산하여 그 과 세표준과 세액을 경정하고,

2. 87사업년도분(86.7.1-87.6.30) 법인세 53,751,570원 및 동 방위세 9,822,320원의 과세처분과 88사업년도분(87.7.1-88.6.30) 법인세 69,412,300원및 동방위세 14,279,810원의 과세처분과 89사업년도 분(88.7.1-89.6.30) 법인세 60,242,510원 및 동방 위세 14,568,510원의 과세처분은 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서 청구법인이 소유하는 다른법인의 주식중 1980.12.31 이전에 취득한 무상주 가액은 제외하고 손금불 산입액을 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울특별시 영등포구 OO동OO OOOO에서 과자 제조업을 영위하는 법인으로서 각사업년도 소득에 대한 법인세 신고시 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서 보유하는 다른 법인의 주식중 무상주의 가액은 제외하고 손금불산입액을 계산하여 신고, 납부하였는데 처분청에서는 무상주도 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호에 규정하는 다른 법인의 주식에 해당되는 것으로 보아 무상주의 액면가액을 다른법인의 주식가액에 포함하여 지급이자 손금불산입액을 계산하여 청구법인의 제26기 사업년도(85.7.1-86.6.30)로 부터 제29기 사업년도(88.7.1-89.6.30)까지의 법인세 228,026,550원 및 동방위세 46,008,740원을 90.9.16 결정고지 하였는바, 청구법인은 이에 불복하여 90.11.14 심사청구를 거쳐 91.3.8 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

(1) 청구법인의 제26기 사업년도 (85.7.1-86.6.30)의 법인세 계산에 있어서 다른법인의 주식을 소유함에 따른 지급이자 손금불산입액은 당시 적용되던 법인세법 제18조의 3 제1항에서 『다른법인의 주식을 소유』하는 경우 적용하도록 규정하고 있고, 동법시행령 제43조의 2 제1항 제1호에서 『당해법인이 소유하고 있는 주식의 취득가액』으로 계산하도록 규정되어 있으며, 또한, 재무부 유권해석 소득 1264-1389(84.12.27)에 의하면 『“당해법인이 소유하고 있는 주식의 취득가액” 에는 주식취득을 위하여 지급하였거나 지급할 금액』을 말한다고 하였으며, 역시 재무부 유권해석 소득 1264-1390(84.12.27)도 같은 내용의 회신을 하고 있으므로 주식취득 대금을 지급하지 않는 무상주는 손금불산입액 계산의 대상이 아닌 것이 타당하며,

(2) 청구법인의 제27기 사업년도(86.7.1-87.6.30)부터 제29기 사업년도(88.7.1-89.6.30)의 법인세 계산에 있어 다른법인의 주식을 보유함에 따른 지급이자 손금불산입액은

① 85.12.23 법인세법 제18조의 3 개정시 종전 법률에서 다른 법인의 주식을 “소유”하는데 대한 규제를 하도록 되어있던 규정을 개정법률에서는 다른 법인의 주식을 “보유”하는데 대한 규제로 바뀌었으나 이러한 개정 내용만으로는 무상주도 포함된다고 볼 수 없고

② 85.12.31 법인세법 시행령 제43조의 2 개정시 동법시행령에서 “당해법인이 소유하고 있는 주식의 취득가액”이라고 규정되어 있던 것을 개정시행령에서는 법률에 규정된 “다른법인의 주식”이라는 표현을 그대로 인용하고 있을 뿐이므로 조문의 표현만으로는 새로 무상주를 포함하는 것으로 개정되었다고 보이지 않으며

③ 지급이자 손금 불산입액을 계산하는 법인세 신고 첨부서류인 법인세법 시행규칙 별지 제6-14호 서식(을) 비업무용 부동산등에 관련한 차입금 이자 조정명세서(을)의 작성요령중 제4호에는 “주식을 취득하기 위하여 지급하였거나 지급할 금액을 기입한다”는 표현이 90.4.4 동서식이 개정되기 전까지 엄연히 남아있었고

④ 전시 재무부 유권해석(소득1264-1389, 84.12.27, 소득1264-1390 84.12.27)이후 동 유권해석이 유지되어 오다가 89.9.28에 이르러서야 무상주 가액도 지급이자손금 불산입액 계산시 포함하여 계산한다는 유권해석(법인 22601-3574, 89.9.28)이 있었던 점등 이상의 여러가지 내용을 종합하여 볼 때 적어도 새로운 해석이 있은 날인 89.9.28 이전에는 전시 재무부 유권해석을 신뢰하여 그에 따라 법인세등을 신고한 납세자를 보호함이 타당하므로 청구법인의 제27기로부터 제29기 사업년도 (86.7.1-89.6.30)의 지급이자 손금불산입액 계산에 있어서 무상주를 포함한 타법인 주식가액으로 지급이자 손금불산입액을 계산하여 법인세등을 추가 고지한 처분은 국세기본법 제18조 제3항에 규정하는 소급과세 금지에 위반하는 위법한 처분이라는 주장이다.

3. 국세청장 의견 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호의 규정은 다른 법인의 주식을 보유하고 있는 경우에 대하여 적용하는 것으로서 다른 법인이 잉여금을 자본에 전입함으로써 교부받은 주식은 지급이자 손금불산입액의 계산 대상에 포함되는 것(법인 22601-2002, 90.10.18 법인 22601-3574, 89.9.28 동지)이므로 전시 법률의 규정에 의하여 주식 취득자금에 사용한 차입금 지급이자를 손금불산입한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 다른 법인의 주식을 소유하는 법인에 대한 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서 다른 법인의 주식중 무상주의 가액을 포함하여 계산하는 것이 타당한지의 여부를 가리는데 있다.

5. 심리 및 판단 먼저 이 건 처분경위 및 청구주장을 보면 처분청에서는 서울지방국세청의 정기감사 결과 지적에 따라 무상주도 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호에 규정하는 다른 법인의 주식에 해당되는 것으로 보아 무상주의 액면가액을 다른 법인의 주식가액에 포함하여 지급이자 손금불산입액을 계산하여 관련 법인세등을 결정고지 하였고, 청구법인은 이에 대하여

① 청구법인의 제26기 사업년도(85.7.1-86.6.30)에는 85.12.23 개정전 법인세법과 동법시행령에서 “주식의 취득가액”으로 계산하도록 하는 명문 규정이 있었고 재무부 유권해석(소득1264-1389, 84.12.27 소득 1264-1390, 84.12.27)에서도 “주식취득을 위하여 지급하였거나 지급할 금액”을 계산대상으로 한다고 하였으므로 무상주를 포함하여 지급이자 손금불산입액을 계산한 과세처분은 위법이고,

② 청구법인의 제27기 내지 제29기 사업년도(86.7.1-89.6.30)에는 85.12.23 및 85.12.31 개정된 법인세법 및 동법시행령의 관련 규정에서 종전에 주식의 “소유”에 대한 규제가 주식의 “보유”에 대한 규제로 개정되었고, 종전에 “주식의 취득가액”이라는 표현이 다른 법인의 주식”으로 바뀌었지만 이와같은 개정만으로 무상주를 포함하는 것으로 개정되었다고 보기는 어렵고, “주식을 취득하기 위하여 지급하였거나 지급할 금액”을 계산대상으로 한다는 전시 재무부 유권해석이 그대로 유효하였으며 이와 입장을 달리하는 유권해석은 89.9.28에야 있었고, 또한 86.3.31 신설된 법인세 신고 서식 (별지 제6-14호 서식(을))에서도 90.4.4 서식 개정되기 전까지는 그 작성요령에 “주식을 취득하기 위하여 지급하였거나 지급할 금액을 기입”하도록 되어 있었으므로 청구법인의 제27기 사업년도 부터 제29기 사업년도까지에 대하여 무상주를 다른 법인의 주식가액에 포함하여 계산함에 따라 법인세등을 추가고지한 처분은 소급과세에 해당된다는 주장이다. 살피건대,

(1) 청구법인의 제26기 사업년도(85.7.1-86.6.30) 법인세 결정처분중 지급이자 손금불산입액 계산에 대하여 보면, 당시에 적용되던 법인세법 제18조의 3 제1항 및 동법 시행령 제43조의 2 제1항 제1호에서 “당해법인이 소유하고 있는 주식의 취득가액”에 의하도록 규정되어 있었고, 또한 재무부 유권해석(소득 1264-1389, 84.12.27 및 소득1264-1390, 84.12.27)에서도 『“당해 법인이 소유하고 있는 주식의 취득가액”에는 주식취득을 위하여 지급하였거나 지급할 금액』을 말한다고 하였으며, 이에 따른 과세관행이 형성되어 그 동안 다른 법인의 주식을 보유한 법인에 대한 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서 적용되어 왔으므로 청구법인의 제26기 사업년도(85.7.1-86.6.30)에 있어서도 주식취득을 위하여 지급하였거나 지급할 금액이 있는 다른법인의 주식을 지급이자 손금불산입액 계산 대상으로 하는 것이 타당하다고 본다.

(2) 청구법인의 제27기 내지 제29기 사업년도(86.7.1-89.6.30) 법인세 결정 처분중 지급이자 손금불산입액 계산에 대하여 보면, 법인세법 제18조의 3 제1항의 규정에 보면 당초 80.12.31 신설이후 85.12.23 개정전까지는 다른 법인의 주식 “소유”에 대한 규제이었으나 85.12.23 개정되어 다른 법인의 주식 “보유”에 대한 규제로 바뀌었고, 동법시행령 제43조의 2 제1항 제1호의 규정에 보면 당초 80.12.31 신설이후 85.12.31 개정전까지는 “당해 법인이 소유하고 있는 주식의 취득가액”에 의하여 계산하도록 하는 명문규정있었으나 85.12.31 개정시 동 규정이 삭제되면서 “법 제18조의 3 제1항 제1호에 해당하는 자산의 합계액”으로 한다고 하였는데 자산의 합계액이란 이 건과 같은 무상주의 경우 법인세법 시행령 제45조의 3의 규정에 의하여 평가하는 것이므로 다른 법인에서 잉여금의 전부 또는 일부를 자본에 전입함에 따라 취득하는 주식가액은 포함되지만, 상법 제459조의 규정에 의한 자본준비금과 자산재평가법의 규정에 의한 재평가적립금을 자본에 전입함에 따라 취득하는 주식가액은 제외하는 것이 타당하다고 본다. 또한, 당시 적용되던 법인세법 시행규칙 별지 제6-14호 서식(을)의 작성요령은 상위 법령의 개정에 따른 개정이 미쳐 안되었을 뿐이지 동 서식이 개정되지 않았다 하여 상위법령의 효력에까지 영향을 미치는 것은 아니라고 본다. 따라서, 청구법인의 제27기 내지 제29기 사업년도(86.7.1-89.6.30)의 지급이자 손금불산입액 계산에 있어서 이익잉여금의 자본전입에 따라 취득한 주식의 가액을 포함하여 지급이자 손금불산입액을 계산한 처분에 잘못이 없다고 판단되나, 다만, 법인세법 시행령 제43조의 2 제6항에서 1980.12.31 이전에 취득한 주식과 1981.1.1이후에 취득한 주식을 함께 가지는 법인이 그 일부를 처분하는 경우 장부처리에 대하여 규정하고 있고, 지급이자 손금불산입 제도가 신설된 1980.12.13 개정시 법률 제3270호 부칙 제6조에서 “이법 시행후”(81.1.1) 취득한 주식으로 부터 지급이자 손금불산입액 계산 대상으로 한다고 규정하고 있으므로 청구법인이 보유하는 무상주중 80.12.13 이전에 취득한 주식은 전시 규정에 의하여 다른 법인의 주식가액에서 제외하고 지급이자 손금불산입액을 계산하여야 한다고 본다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.