취득 및 양도시 토지면적에 따라 양도차익계산에 영향이 있는지 및 쟁점토지가 장기보유특별공제대상인지 여부(경정)

[주 문]

• 가. 용산세무서장이 90.9.23 청구인에게 결정고지한 양도소득 세 136,245,230원 및 동 방위세 27,249,040원은 쟁점토지 519.4 평방미터중 449분의330지분의 면적 381.74평방미터에 대하여 장기보유 특별공제액(양도차익의 100분의10)을 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,
• 나. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울특별시 용산구 OO동 OO OOOOO에 주소를 둔 사람으로서, 영등포구 OO동 OOOOO 대지 519.4평방미터(이하 “쟁점토지”라 한다)를 85.2.14(449분의330 지분 이전)과 86.7.28(나머지 지분 전부 이전) 취득한후 동 지상에 건물 1,003.44평방미터를 87.4.22. 신축하여 청구외 OOO에게 90.2.17. 양도하고 예정신고를 하지 아니한 바, 처분청은 쟁점토지와 건물의 취득 및 양도가액을 기준시가로 양도차익을 계산하여 청구인에게 양도소득세 136,245,230원 및 동 방위세 27,249,040원을 90.9.23. 결정고지하자, 청구인은 이에 불복하여 90.11.19. 심사청구를 거쳐 91.3.7. 심판청구에 이른 것이다.

2. 청구인 주장 청구인이 90.2.17. 양도한 쟁점토지 면적 519.4평방미터는 89.3.2.자 환지확정으로 권리면적 475.6평방미터가 양도시 토지면적인데도 처분청에서 권리면적 475.6평방미터에 과도면적 43.8평방미터를 합한 519.4평방미터를 양도시 토지면적으로 계산하여 양도가액을 산정하고, 이와는 별도로 과도면적 43.8평방미터를 취득 및 양도가액 34,353,728원으로 계산함으로써 양도시 권리면적 475.6평방미터에 과도면적 43.8평방미터를 가산하여 중복계산함은 부당하고, 또한 쟁점토지의 지번과 건물의 지번이 상이한 것으로 보고 장기보유특별공제액을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세하였으나 89.3.2. 환지처분으로 지번이 변경된 것임이 당해 건축물관리대장 및 등기부등본에 의하여 확인된다 할 것이므로 쟁점토지를 5년이상 장기보유특별공제대상으로 하여 경정처분하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구주장 과도면적 43.8평방미터가 양도가액에 중복계상되었다는 내용을 보면, 등기부등본과 토지대장상만으로 환지후 권리면적이 얼마인지 확인할 수 없고 중복계상의 주장근거를 입증하는 자료제시가 없어 청구인의 주장은 일방적인 주장에 불과하고 처분청의 결정내용을 살펴보면, 양도가액과 취득가액에 청구인이 중복이라고 주장하는 43.8평방미터의 가액이 동일 금액으로 계상되어 양도차익 계산에 영향이 없다고 할 것이며, 장기보유특별공제 해당 여부를 살펴보면, 이 건 양도 건물등기부등본상 영등포구 OO동 OOOOO의 환지전 구 지번은 같은 동 OOOOO, OOOOOO (나) OOOOO이고, 이 건 양도토지 OOOOO의 구 지번은 같은 동 OOOOOO, OOOOOO로서 서로 상이한 위치임이 공부상 알 수 있는 바, 이 건 토지상에 건축물이 있다고 본다는 것은 옳지 않다고 보아야할 것이므로, 소득세법시행령 제40조의 규정에 의거 나대지는 장기보유특별공제할 수 없다는 처분청의 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점토지의 취득 및 양도시 토지면적을 권리면적으로 할 것인지 아니면 권리면적에 과도면적을 합한 환지면적으로 계산할 것인지 여부와 쟁점토지가 장기보유특별공제대상인지 여부를 가리는 데 있다하겠다.

5. 심리 및 판단

• 가. 쟁점토지의 취득 및 양도시 토지면적을 권리면적으로 할 것인지 아니면 환지면적으로 할 것인지에 대하여 본다. 먼저 이 건 사실관계를 보면, 청구인은 서울특별시 영등포구 OO동 OOOOO 대지 환지면적 519.4평방미터(권리면적 475.6평방미터, 과도면적 43.8평방미터)의 환지 예정지인 OO동 구획 OOO 나 환지 예정면적 517평방미터(권리면적 475.6평방미터, 징수면적 41.4평방미터)를 전 소유자인 OOO과 OOO(공동소유자)으로부터 매매로 취득하여 85.2.14 쟁점토지의 449분의330 지분을 소유권이전등기하고, 86.7.28.쟁점토지의 나머지 지분 전부를 소유권이전등기함으로써 환지예정지를 취득하였고, 쟁점토지상에 87.4.9.상가건물 1,003.44평방미터를 신축하여 87.4.22.보존등기를 하였으며, 쟁점토지가 89.3.2.자로 환지확정(권리면적 475.6평방미터, 과도면적 43.8평방미터)되어 지번이 OO동 OOOOO으로 변경되고, 쟁점토지의 환지전 당초 지번이 OO동 OOOOOO 대지 324평방미터와 동소 OOOOOO 대지 229평방미터로 합계 553평방미터임이 쟁점토지의 등기부등본 및 토지대장등본과 영등포구청장이 91.5.3.발급한 환지확정사실확인서등에 의하여 확인되고 있고, 쟁점토지의 과도면적 43.8평방미터에 대한 청산금 42,223,200원을 3년 거치(89.6.30.-91.6.30) 10년 분할납부(1992.6.30.-2001.6.30.)하도록 청구인에게 영등포구청장이 89.9.20 청산금 징수방법결정통지를 한 사실이 확인되고 있으며, 청구인은 쟁점토지와 건물을 89.3.2. 환지확정처분이후인 90.2.17. 청구외 OOO에게 양도한 데 대하여 처분청은 쟁점토지의 취득시의 면적을 517.03평방미터로 하고 양도시의 면적을 519.4평방미터로 하여 기준시가로 양도차익을 계산하고 과도면적 43.8평방미터를 이와는 별도로 취득 및 양도가액을 34,353,728원으로 하여 양도차익을 계산한 사실이 처분청 관련서류에 의하여 확인되고 있다. 다음으로 쟁점토지 양도시 시행된 관련 법령규정을 보면, 소득세법시행규칙 제16조(환지예정지등의 양도차익 계산) 제1항에서 “실지거래가액이 불분명한 경우의 양도차익 계산에 있어서 토지구획정리사업법 또는 농촌근대화촉진법에 의한 환지지구내의 토지를 양도한 경우에 그 양도차익의 계산은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다”라고 규정하면서 그 제2호에서 환지예정지구내의 토지를 취득한 자가 당해 토지를 양도한 경우 그 양도차익을 “환지예정(교부)평수 × 양도시의 평당가액 - (환지예정평수 × 취득시의 평당가액 + 기타의 필요경비)”로 계산하도록 규정하고 있고, 소득세법 제23조 제4항 및 제45조 제1항과 동 법시행령 제170조 제1항의 규정을 종합하여 보면, 개인간의 거래분에 대한 양도차익계산은 기준시가에 의하되 취득 및 양도가액중 어느하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른하나도 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하도록 규정하고 있음을 알 수 있는 바, 전시한 사실관계와 관련법령을 종합하여 볼 때, 쟁점토지의 양도시 면적은 권리면적 475.6평방미터에 과도면적 43.8평방미터를 합한 519.4평방미터를 양도한 것이고, 취득시 면적은 환지예정평수인 517평방미터로 계산하여야 할 것이므로 처분청이 쟁점토지의 취득시의 면적을 517평방미터로, 양도시의 면적을 519.4평방미터로 계산한 당초 처분은 달리 잘못이 없다할 것이다. 다만, 과도면적 43.8평방미터를 중복계상하였으나 과도면적의 취득 및 양도가액을 34,353,728원으로 동일한 금액으로 계산하여 별도의 양도차익이 없는 것으로 계산되었으므로 중복계산하였다하더라도 양도소득에는 영향이 없으므로 청구주장 이유없다할 것이다.
• 나. 쟁점토지가 장기보유특별공제대상인지 여부를 본다. 먼저 이 건 관련법령을 보면, 소득세법 제23조(양도소득) 제2항 제2호에서 “제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액(이하 “장기보유특별공제액”이라 한다)”을 양도차익에서 순차로 공제한다고 규정하고 그 각 목중 가목에서 “당해 자산의 보유기간이 5년이상 10년미만인 것은 양도차익의 100분의10”으로 규정하고 있고, 동 법시행령 제46조의3(나대지의 범위)에서(89.8.1 개정전) “법 제23조 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 토지 라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 토지는 그러하지 아니하다.

1. 양도일 현재 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 토지

2. 토지소유자의 책임없는 사유로 인하여 사용할 수 없는 재무부령이 정하는 토지”라고 규정하고 있다. 다음으로 이 건 사실관계를 보면, 청구인은 쟁점토지를 85.2.14.과 86.7.28 2회에 걸쳐 지분별로 구분 취득한 후 87.4.22. 상가건물을 신축하여 90.2.17. 양도하였는 바, 이 건 쟁점토지 519.4평방미터중 85.2.14 자 취득한 449분의330 지분의 토지 381.74평방미터를 청구인이 5년이상 보유하고 나대지가 아닌 사실이 확인되는지를 살펴본다. 청구인은 85.2.14. 쟁점토지 519.4평방미터중 449분의330 지분을 취득하여 90.2.17.양도시까지 5년1개월간 보유한 사실과 동 지상에 상가건물 1,003.44평방미터를 87.4.22.신축하여 쟁점토지와 함께 양도한 사실이 토지 및 건물의 등기부등본에 의하여 확인되고 있고, 쟁점토지의 종전 지번인 OO동OOOOOO 대지 449평방미터는 당초 OO동 OOOOOO에서 분할 이기되고, OO동 OOOOOO 대지 360평방미터는 당초 OO동 OOOOO에서 분할되어 이기된 것임이 토지등기부등본에 의하여 확인되고 있으며, 건축물관리대장을 보면 환지확정처분으로 토지 지번이 변경되어 종전 지번인 OO동 OOOOO 및 OOOOOO과 OOOOO를 OO동 OOOOO으로 89.7.10. 변경 기재한 사실이 확인되고 있어 쟁점토지 위에 건물이 있어 나대지 상태가 아님이 확인되고 있다. 따라서 전시한 법규정과 사실관계를 모두어 보면, 쟁점토지의 경우 쟁점토지 519.4평방미터중 449분의330 지분인 381.74평방미터는 청구인이 5년1개월동안 보유하였고 쟁점토지 위에 건축물이 있었음이 토지 및 건물의 등기부등본 및 건축물관리대장등에 의하여 확인되고 있으므로 쟁점토지중 381.74평방미터 지분에 대한 장기보유특별공제액을 계산하여 경정함이 정당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.