감정가액으로 안분한 토지.건물의 가액을 실지거래가액으로 볼 수 있는지 여부(취소)

[참조결정] 국심1987서0287 / 국심1991서0244

[주 문] 도봉세무서장이 90.9.4 자로 청구인에게 결정고지한 부가가 치세 52,041,220원의 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울특별시 도봉구 OOO동 OOOOO에서 부동산임대업을 영위했던 사람으로, 청구인이 같은 곳 OOOOO 소재 대지 및 건물(대지: 661평방미터, 업무시설 및 근린생활시설 1,296평방미터, 주택 229평방미터)과 같은 곳 OOOOOO 소재 대지 123평방미터(합계 총 대지면적: 784평방미터, 건물면적: 1,525평방미터, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 89.12.29 청구외 주식회사 OOOO은행에 1,350,000,000원에 양도계약하고, 90.2. 청구인이 위 매매대금 1,350,000,000원을 기준으로 국세청 기준시가로 안분한 건물의 가액 445,023,309원을 과세표준으로 하여 90. 제1기분 부가가치세 48,964,450원을 확정신고납부한 데 대하여 처분청은 쟁점부동산중 토지 및 건물의 가액이 불분명하다하여 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항의 규정에 의거 지방세법상 과세시가표준액으로 안분한 건물의 가액 841,713,961원(주택 229평방미터 제외)을 과세표준으로 하여 90.9.4 자로 청구인에게 부가가치세 52,041,220원을 결정고지한 바, 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 91.2.20 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 쟁점자산은 매매계약체결전에 취득법인인 주식회사 OOOO은행이 감정의뢰하여 대지의 가액이 901,600,000원, 건물의 가액이 354,329,000원 합계 1,255,929,000원으로 감정평가되어 이를 1,350,000,000원에 매매계약한 것이고, 위 법인은 매매가액 1,350,000,000원에 취득관련비용 76,677,100원을 가산한 금액 1,426,695,300원을 감정가액으로 안분하여 토지가액 1,024,224,406원, 건물가액 402,470,894원으로 업무용 부동산 관리대장에 구분기장하였으며, 비록 이 건 매매계약서상에 토지와 건물의 가액을 구분하지는 않았으나 감정평가된 가액을 기초로 청구인과 위 법인간에 토지 969,160,000원, 건물 380,840,000원 합계 1,350,000,000원에 실지거래된 것이므로, 이 건 건물의 과세표준액을 380,840,000원으로 하여 과세해야 된다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구인은 쟁점부동산의 취득시 위 주식회사 OOOO은행이 이 건 부동산에 대한 감정평가한 사실이 있고, 취득자의 자산·부채장에도 건물가액이 표시되어 있으므로, 총 양도가액 1,350,000,000원중 토지가액 901,000,000원을 차감한 448,400,000원을 건물가액으로 하여 이 건 부가가치세를 결정해야 한다는 주장이므로, 이 부분에 대해 살피건대, 쟁점부동산의 감정평가서에 의하면 건물가액은 354,329,000원으로, 토지가액은 901,600,000원으로 평가되어 있고 주식회사 OOOO은행의 업무용 부동산 관리대장에 의하면 건물가액은 402,470,894원, 토지는 1,024,224,406원에 각각 취득한 것으로 기재되어 있는바, 이는 취득자의 장부가액과 감정가액 그리고 청구인이 주장하는 건물가액이 서로 일치하지 않고 있음을 알 수있고, 그렇다면 이 건의 경우 토지와 건물가액이 불분명한 경우에 해당되고, 따라서 처분청이 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항의 규정에 의하여 지방세법상 과세시가표준액으로 안분계산한 건물가액에 의하여 결정한 이 건 부가가치세에 달리 잘못이 있어 보이지 않는다는 의견이다.

4. 쟁점 감정가액으로 안분한 건물의 가액 380,840,000원을 이 건 건물의 실지거래가액으로 볼 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단 이 건 처분경위를 살펴보면, 청구인이 임대에 공하던 쟁점부동산을 89.12.29 청구외 주식회사 OOOO은행에 토지·건물가액의 구분없이 1,350,000,000원에 양도계약하고 90.2. 청구인이 위 매매대금 1,350,000,000원을 기준으로 국세청 기준시가로 안분한 건물의 가액 445,023,309원을 과세표준으로 하여 90. 제1기분 부가가치세 48,964,450원을 확정신고납부한 데 대하여 처분청은 쟁점부동산 양도가액중 토지 및 건물의 가액이 불분명하다하여 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항의 규정에 의거 지방세법상 과세시가표준액으로 안분한 건물의 가액 841,713,961원(주택 229평방미터 제외)을 과세표준으로 하여 이 건 처분을 하였음을 알 수 있고, 이에 대하여 청구인은 쟁점부동산 매매계약체결전 취득법인이 감정의뢰하여 쟁점부동산중 대지의 가액이 901,600,000원, 건물의 가액이 354,329,000원 합계가액 1,255,929,000원으로 감정평가되어 이를 1,350,000,000원에 매매계약한 것이고, 비록 이 건 매매계약서상에 토지와 건물의 가액을 구분하지는 않았으나 감정평가된 가액을 기초로 청구인과 매수법인간에 토지 969,160,000원, 건물 380,840,000원 합계 1,350,000,000원에 실지거래한 것이므로 이 건 건물의 과세표준액을 380,840,000원으로 하여 과세해야 된다고 주장하고 있어 다툼이 없는 실지거래가액 1,350,000,000원중 토지의 가액과 건물의 가액이 불분명한지에 대해 본다. 먼저 이 건 관련법조인 부가가치세법시행령 제48조의2(과세표준의 안분계산) 제3항을 살펴보면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 합계 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하되 다만 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산토록 규정하고 있는 바, 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 동 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시되어 있으며, 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지, 건물의 가액등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 건물의 공급가액으로 하는 데에는 하등의 문제가 없다고 할 것이나, 매매계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시되어 있다고 하더라도 그 매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액인지 여부가 불분명하고 구분표시된 토지의 가액과 건물의 가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 사회통념등에 비추어 합당하지 않다고 인정되는 경우에 동 계약서상에 표시된 건물가액을 건물의 공급가액으로 할 수 없다고 할 것이며, 한편으로 매매계약서상에는 비록 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시되어 있지는 않지만 매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계약서 체결전에 계약당사자간의 합의로 공인감정기관의 감정을 받아 동 감정가액대로 거래를 하거나 동 감정가액을 일정금액 할증한 금액으로 거래를 한 경우라든가 거래당사자중 일방 또는 쌍방이 국가, 지방자치단체 또는 법인으로서 거래당사자가 토지·건물가액을 관련 장부에 구분하여 기표하고 있고, 동 기장내용을 신뢰할 수 있는 경우등에는 그 감정가액, 감정가액을 일정비율 할증한 금액 또는 거래당사자의 기장금액중에서의 건물가액 상당을 건물의 공급가액으로 하는 것이 실지거래가액을 지방세법상 과세시가표준액으로 안분하여 계산한 가액을 공급가액으로 하는 것보다는 보다 더 합리적이라고 할 것이다(국심 87서287, 87.5.1 동지, 90.12.31 신설된 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항도 같은 취지인 것으로 해석됨). 위와 같은 해석에 따라 이 건 사실관계를 살피건대, 첫째, 이 건 부동산 매수법인이 이 건 부동산매매계약(계약일 89.12.29) 체결전인 89.12.19자 한국감정원 OO지점의 감정평가서에 의하면 쟁점부동산중 토지의 가액이 901,600,000원, 건물의 가액이 354,329,000원(4층 주택부분: 64,349,000원, 지하층 및 1-3층 부분: 289,980,000원) 합계가액 1,255,920,000원으로 평가된 사실이 확인되고 있고(OO OOOOOOO), 둘째, 이 건 매수법인인 주식회사 OOOO은행 OOO지점은 쟁점부동산(대지 237평, 건물 461.31평)의 관인 매매계약서에는 대지, 건물의 가액을 구분표시하지는 않았지만 당시 한국감정원 평가가액인 대지 901,600,000원, 건물 354,329,000원과 당시 주변시세를 감안 대지 969,160,000원, 건물 380,840,000원 총계 1,350,000,000원으로 매입하기로 하고 89.12.29 당행업무용 부동산으로 취득하였음을 사실증명확인하고 있는 점, 셋째, 주식회사 OOOO은행의 업무용 부동산관리대장 내용에서 쟁점건물의 가액을 402,470,894원으로 기장처리되어 있어 이를 살펴본 바 위 법인은 이 건 부동산매매가액 1,350,000,000원을 한국감정원 감정가액으로 안분한 가액 380,840,000원에다가 제비용(76,677,100원)을 다시 한국감정원가액으로 안분한 21,630,894원의 합계액(402,470,894원)으로 산출되고 있는 점, 넷째, 지방세법상 시가표준액으로 안분한 건물의 평당가액과 감정가액을 기준으로 안분한 건물의 평당가액을 비교하여 보면, 시가표준액으로 안분한 건물의 평당가액은 무려 1,825,844원이나 되고, 감정가액으로 안분한 건물의 평당가액은 평당 826,117원으로 산출되고 있는 점등을 종합하여 볼 때, 이 건 부동산(토지·건물)의 가액 1,350,000,000원은 감정가액을 기초로 하여 주변시세를 감안한 실지거래가액임을 인정하지 아니할 수 없으므로, 이 건 건물(4층 주택 229평방미터 포함)의 실지거래가액은 이 건 매매대금 1,350,000,000원을 토지·건물 감정가액으로 안분계산한 가액 380,868,783원(1,350,000,000 × 354,329,000/1,255,929,000)이고, 이 중 부가가치세 과세대상이 되는 지하층 및 1-3층의 건물가액은 위 건물의 실지거래가액 380,868,783원에서 4층 주택부분이 차지하는 감정가액 비율에 따라 안분계산한 가액 69,168,838원(380,868,783 × 64,349,000/354,329,000)을 차감한 가액 311,699,945원을 이 건 건물의 부가가치세 과세대상 건물의 공급가액으로 하는 것이 타당하다고 할 것이다(국심 91서244, 91.5.6 동지). 그러나, 이건 건물의 공급가액을 311,699,945원으로 할 경우 이건 심판청구의 대상이 된 고지세액을 초과하여 청구인이 확정·신고 납부한 세액의 일부를 환급하게 되는 바 이는 자진신고 납부한 세액이 착오 등으로 과다 납부되었다는 이유로한 환급청구는 행정심판 또는 행정 소송의 대상이 될 수 없으므로(대법원 전원 합의부 판결 88누 6436, 88.6.30 및 당 심판 결정 국심 88서 1302외 다수 동지) 청구인이 불복하고 있는 이건 처분에 의한 고지 세액만을 취소하는 것이 적법하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.