[주 문] 는 부분과 양도차익계산시 설계감리비 136,000,000원을 공제 하여야 한다는 부분은 이를 기각하고, 나머지 심판청구는 이 를 각하한다.
[이 유]
1. 사실 청구법인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO에 영업소를 두고 철근도매업을 영위하는 법인으로, 처분청에서 1990.8.17 서울지방검찰청으로 부터 『청구법인의 대표이사인 OOO이 국내에 소유하고 있는 재산을 처분하여 미국등지로 도피할 것을 기도하고 있으므로 청구법인이 1990.7.6 강원도 속초시 O동 OOOOOO외 4필지 소재 대지 12,850 평방미터(이하 “이 건 토지”라 한다)를 OO개발주식회사에게 1,554,800,000원에 양도한 데 따른 세금에 대하여 긴급히 동인의 재산을 압류하는 등의 조치가 필요하다』는 내용의 과세자료를 통보받고 1990년 1기분 사업수입금액에 소득표준율을 적용하여 계산한 추계소득금액과 쟁점토지의 양도차익을 합계하여 이에 대하여 1990년 수시분 법인세 704,173,380원(특별부가세 320,560,000원 포함) 및 동 방위세 176,043,340원을 1990.8.27 납세고지함에 따라 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 1991.1.14 이건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 청구법인은, 첫째, 이 건 토지를 주택건설등록업자인 OO개발주식회사에 국민주택건설용지로 양도하였는바, 이 건 토지에 대해서는 조세감면규제법 제62조(국민주택건설용지에 대한 양도소득세등 감면)의 규정에 의해 특별부가세를 감면하여야 하고(이하 “청구1”이라 한다), 둘째, 당초 OO개발주식회사와 이 건 토지에 아파트건설사업을 공동으로 추진하기로 하여 청구법인이 설계감리비 136,000,000원을 지급하였는바, 동 설계감리비는 특별부가세 양도차익 계산시 공제되어야 하고 (이하 “청구2”라 한다), 셋째, 이 건 토지취득시 납부한 취득세 5,451,200원, 등록세 2,826,000원과 추가분 취득세 35,432,800원, 동 등록세 5,350,000원, 동 O육세 1,070,160원 및 분양사무실 토지임차료 2,800,000원도 특별부가세 양도차익 계산시 공제되어야 하고(이하 “청구3”이라 한다), 넷째, 처분청은 1990년 1기분 사업수입금액에 소득표준율을 적용하여 소득금액을 추계결정하였으나 근거과세원칙에 의거 전기이월결손금 85,210,592원 및 당기결손금 11,135,810원은 사업소득금액에서 공제되어야 하고(이하 “청구4”라 한다), 다섯째, 처분청은 1990.8.27 오후 5시30분경 납세고지서를 O부하고 당일 납부하지 않았다 하여 그 익일부터 가산금을 부과함은 부당하다(이하 “청구5”라 한다)는 주장이다.
3. 국세청장 의견 이에 대하여 국세청장은, 청구1의 경우 조세감면규제법 제62조의 규정에 의하여 특별부가세를 감면받기 위해서는 양수자가 감면신청을 하여야 하는데, 이 건 토지의 양수자인 OO개발주식회사가 감면신청을 한 바가 없으므로 특별부가세를 감면하여야 한다는 청구법인 주장은 이유없고, 청구2의 경우 청구법인이 지출하였다는 설계감리비는 이 건 토지양도와 관련하여 지출한 비용이 아니므로 이를 특별부가세 양도차익계산시 공제하여야 한다는 청구법인 주장 역시 이유없다는 의견이다(청구3과 청구4 및 청구5는 청구법인이 이건 심판청구시 새로이 제기한 주장이고 국세청장은 이건 심판청구에 대한 의견을 심사결정문으로 대신하고 있어 이에 대한 국세청장의 의견은 없음).
4. 쟁점 따라서 이건 심판청구의 쟁점은,
- 가. 청구1의 경우 청구법인의 이 건 토지양도에 대해 조세감면규제법 제62조의 규정을 적용하여 특별부가세를 감면할 수 있는지의 여부를,
- 나. 청구2의 경우 청구법인이 지출하였다는 설계감리비를 특별부가세 양도차익계산시 공제할 수 있는지의 여부를,
- 다. 청구3 내지 청구5의 경우는 심사청구시 다투지 아니하다가 이 건 심판청구시 새로이 제기한 주장인 바, 본안 심리를 할 수 있는지의 여부를 각각 가리는 데 있다 할 것이다.
5. 심리 및 판단
- 가. 청구1에 대하여 위 쟁점 『가』에 대해 살피건대, 먼저 법인세법 제36조(수시부과결정) 제1항에 의하면 『내국법인이 그 사업년도중에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 법인세포탈의 우려가 있다고 인정될 때에는 정부는 수시로 그 법인에 대한 법인세를 부과(이하 “수시부과”라 한다)할 수 있다. 이 경우에도 각 사업년도의 소득에 대한 제26조의 규정에 의한 신고는 하여야 한다』고 규정되어 있고, 동 제2항에는 『제1항의 규정은 그 사업년도 개시일로부터 대통령령이 정하는 사유가 발생한 날까지를 수시부과기간으로 하여 이를 적용한다』고 규정되어 있고, 동법 제26조(과세표준의 신고) 제1항에 의하면 『납세의무 있는 내국법인은 각 사업년도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다』고 규정되어 있으며, 동법 제31조(납부) 제1항에는 『제26조의 규정에 의하여 신고한 내국법인은 그 신고한 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준에 제22조의 규정을 적용하여 계산한 법인세액에서 (1) 당해사업년도의 감면세액 (2) 제30조의 규정에 의한 당해사업년도의 중간예납세액 (3) 제36조의 규정에 의한 당해사업년도의 수시부과세액 (4) 제39조의 규정에 의하여 당해사업년도에 원천징수된 세액(가산세액을 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업년도의 소득에 대한 법인세로서 당해신고기한내에 정부에 납부하여야 한다』고 규정되어 있고, 동법 제59조의5 (신고·납부·결정·경정과 징수)에는 『제59조의2의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 토지등의 양도일이 속하는 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준에 관한 규정을 준용한다』고 규정되어 있다. 다음으로 이 건 사실관계에 대해 살피건데, 처분청에서는 1990.8.17 서울지방검찰청으로부터 청구법인이 이 건 토지양도에 대한 법인제세를 포탈할 우려가 있다는 내용의 과세자료를 통보받고 당해 사업년도개시일(1990.1.1)로부터 동과세자료 수보일까지를 수시부과 기간으로 하여 1990.8.27 이 건 법인세를 수시부과한 것으로 나타나고 있고, 특별부가세면제 신청서에 의하면 주택건설등록업자인 OO개발주식회사는 1990.7.6 쟁점토지를 청구법인으로부터 1,554,800,000원에 국민주택건설용지(국민주택비율 54.2368퍼센트)로 취득하고 1990.12.20 청구법인에 대한 특별부가세 면제신청서를 처분청에 제출한 것으로 나타나고 있어 이 건 수시부과 기간이 경과된 후 제출되었음을 알 수 있는 바, 위 관련법규에 비추어 볼 때, 청구법인이 1990사업년도(1990.1.1부터 동년 12.31 까지) 법인세(특별부과세 포함) 신고시 이 건 수시부과세액을 공제세액으로, 당해 특별부과세중 감면대상부분의 50퍼센트를 감면세액으로 신고하여 당해사업년도의 납부세액 또는 환급세액을 계산함이 적법하다고 판단된다. 그러하다면 처분청에서 이 건 법인세를 수시부과함에 있어서 이 건 토지양도에 따른 특별부가세중 감면대상부분의 50퍼센트를 감면하지 아니한 이 건 처분은 정당하다 하겠고 이에 반하는 청구법인의 주장은 이유없다 할 것이다.
- 나. 청구2에 대하여 위 쟁점 『나』에 대해 살피건대, 당초 청구법인은 이 건 토지를 제공하고 OO개발주식회사는 토목·건축공사등의 비용을 부담하여 아파트 신축사업을 공동으로 시행하되, 청구법인이 추가로 부담하는 설계감리비는 투자금액으로 인정하기로 OO개발주식회사와 약정하였으나, 그후 당해 동업계약은 해지되고 결국 이 건 토지를 OO개발주식회사에게 양도하게 된 것으로 나타나고 있는 바, 위 설계감리비의 경우 청구법인의 지급여부 및 OO개발주식회사의 정산여부등이 불분명하고, 청구법인이 동 금액을 부담한 것으로 인정된다 하더라도 이는 이 건 토지에 대한 자본적지출액 또는 이 건 토지를 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용에 해당되지 아니하므로 특별부가세 양도차익 계산시 양도가액에서 공제될 수 없다고 판단된다.
- 다. 청구3 내지 청구5에 대하여 위 쟁점 『다』에 대해 살피건대, 청구3 내지 청구5의 경우 청구법인은 당초 심사청구시 다투지 아니하다가 이 건 심판청구시 새로이 주장하고 있고 국세기본법 제55조(불복) 제2항의 규정에 의하면 심판청구는 심사청구를 거쳐 제기하도록 규정되어 있는 바, 이는 적법한 전심절차를 거치지 아니한 부적법한 청구에 해당된다고 판단된다.
6. 결론 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구1 및 청구2는 이유없다고 인정되고 청구3 내지 청구5는 부적법한 청구로 인정되므로 국세기본법 제81조와 제65조제1항 제1호 및 동 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.