부동산 임대업자로서 일반과세자인 청구인이 과세특례자로 전환된 것으로 인정하여 종전에 일반과세자로서 공제 환급받은 건물신축에 관련된 부가가치세 매입세액을 재고납부세액으로 하여 과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 사업개시전인 88.1.10 일반과세자로 사업자등록을 하고 서울시 강남구 OO동 OOOOOO, OO의 지상에 건물을 신축하면서 건물신축에 관련된 부가가치세 매입세액을 공제환급 받았으며 같은해 11.23 준공을 한 후 부동산 임대업을 개시하였는 바, 처분청은 청구인의 88년 제2기분 공급가액이 1,112,083원으로서 이를 연간 공급대가로 환산한 금액이 6,672,498원에 불과하여 3,600만원에 미달하므로 89년 제2기분부터 청구인이 일반과세자에서 과세특례자로 전환된 것으로 보아 재고납부세액에 대하여 90.9.1 청구인에게 89년 제2기분 부가가치세 7,789,340원을 과세하였다.

2. 청구인 주장 청구인은 88.1.10 서울시 강남구 OO동 OOOOOO, OO에 일반사업자 (업태: 부동산, 종목: 임대)로 등록신청하여 사업자등록증을 발급받아 건물을 신축하고 88.11.23 건물준공검사를 필한 후 임대를 개시하고 시설투자에 의한 매입세액 22,358,510원을 부가가치세 신고시에 정상환급받은 사실이 있는데, 처분청이 89년 제2기 해당분에 있어 직전년도 연간수입금액이 1,112,083원으로 과세특례자에 해당된다고 보아 재고납부세액에 대하여 추징하였는 바 평당 임대수입금액에 의한 청구인의 88년의 년간 임대수입가능 금액이 98,102,944원(461.8평 × 평당 17,703원 × 12월 = 98,102,944원)으로서 일반과세자에 해당되므로 이 건 과세처분이 부당하다고 주장한다.

3. 국세청장 의견 부가가치세법 제25조(과세특례)제2항 의거 직전년 또는 직전과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일로부터 그 과세기간 종료일 까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 3,600만원에 미달하는 경우에는 과세특례의 규정을 적용한다”라고 되어 있으며 일반과세자로 신청하여 직전기 과세기간의 수입금액이 과세특례의 금액에 미달되어 계속 일반과세자로 적용받고자 하는 자는 부가가치세법 제30조(과세특례의 포기)제2항 및 같은법 시행령 제78조 제1항에 의거 “그 적용받고자 하는 과세기간 개시 10일전에 사업자의 인적사항, 과세특례를 포기하고자 하는 과세기간 기타 참고 사항등을 기재한 과세특례 포기 신고서를 소관세무서장에게 제출하여야 한다”라고 되어 있으며 같은법 시행령 제74조의2(과세특례 및 일반과세 적용시기)제3항에 의거 직전년도 수입금액이 36,000,000원에 미달되어 과세특례의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 과세유형 전환통지에 관계없이 과세특례의 규정을 적용한다. 청구인은 88.1.10 전시한 소재지에 일반과세자로 사업자 등록신청을 하고 건물을 신축하여 88.11.23부터 임대개시 하여 연간 수입금액이 1,112,083원이고 신축관련매입세액 22,358,510원을 정상신고하고 부가가치세를 환급받은 사실이 있으며 직전년도 연간 환산 수입금액이 6,672,498원(1,112,083 ÷ 2개월 × 12개월 = 6,672,498원)으로서 36,000,000원에 미달되므로 89.2기부터는 과세특례의 규정을 적용받게 되어 같은 법 시행규칙 제23조의3(과세특례전환시의 세액계산 특례) 제3호의 규정에 의하여 감가상각 대상 자산인 건물의 신축에 관련된 공제받은 매입세액 10,620,292원(22,358,510 × 50% × 95/100 = 10,620,292원)에 대하여 부가가치세 재고납부세액 7,789,340원을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 부동산 임대업자로서 일반과세자인 청구인이 과세특례자로 전환된 것으로 인정하여 종전에 일반과세자로서 공제 환급받은 건물신축에 관련된 부가가치세 매입세액을 재고납부세액으로 하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단 이 건 관련법령인 부가가치세법 제25조(과세특례)제1항·제2항, 제30조(과세특례의 포기)제1항·제2항과 동법 시행령 제74조(과세특례의 범위)제1항 제1호, 제74조의2(과세특례 및 일반과세의 적용시기)제1항·제3항 및 제78조(과세특례의 포기)제1항의 규정을 종합하여 보면 신규로 사업을 개시한 개인 사업자가 그 사업개시일로부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 3,600만원에 미달하는 때에는 미달하는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지 과세특례가 적용되나, 일반과세자로 계속하여 적용을 받기 위해서는 그 적용받고자 하는 과세기간 개시 10일전에 과세특례포기신고를 하여야 하며, 이 때 소관세무서장이 과세특례전환통지를 하지 아니한 경우에도 그 통지에 관계없이 위에서 본 시기에 과세특례로 전환되는 것임을 알 수 있으며, 이와 같이 일반과세자에서 과세특례자로 전환되는 경우에는 동법 시행령 제63조(납부세액 또는 환급세액의 재계산)제2항 및 제74조의3(과세특례자의 과세표준 및 세액의 계산)과 동법 시행규칙 제23조의3(과세특례 전환시의 세액계산 특례)제1항 제4호, 제2항·제3항 제3호의 규정에 의하여 일반과세자에서 과세특례자로 전환되는 날 현재의 감가상각자산에 대한 매입세액에 당해 감가상각자산을 취득한 날로 부터 일반과세자로 변경되는 날까지의 기간경과에 따른 감가율(감가율 계산의 당부는 청구인에게 불이익한 처분이 될 수 있으므로 별론으로 함)을 적용하는 등의 소정의 산식에 의하여 계산한 재고 납부세액을 납부하여야 하는 것임을 알 수 있다. 이 건의 경우, 위의 1. 사실에서 본 바와같이 청구인이 부동산임대업을 하기 위하여 사업개시전인 88.1.10 일반과세자로 사업자등록을 하여 건물신축에 관련된 매입세액을 공제받고 같은해 11.23 준공을 한 후 사업을 개시하였으며, 최초의 과세기간(88.11.23-88.12.31)인 88년 제2기분 공급가액이 1,112,083원으로서 이를 연간 공급대가로 환산하면 3,600만원에 미달함에도 청구인이 89년 제2기 과세기간 개시 10일전까지 처분청에 과세특례포기신고를 한 사실이 없으므로 청구인은 89년 제2과세기간부터 과세특례로 전환된다 할 것이다. 그러나, 청구인은 과세특례 전환여부를 가리기 위한 년간 공급대가의 환산에 있어서 평당 임대료에 임대가능예정 면적을 곱하여 계산하여야 한다고 주장하나, 이는 법령에 근거가 없는 독자적인 견해에 불과할 뿐 위 법령의 규정에 의하여 실제의 공급가액에 의하여 환산하는 것이 적법하다 할 것이다. 따라서 청구인이 당초 일반과세자로서 공제받은 건물신축에 관련된 매입세액은 과세특례 전환시 이와 관련 재고납부세액을 납부하여야 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.