양도일 현재 나대지인상태로 양도하는 경우 장기보유특별공제 대상에서 배제되는지(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 부산시 해운대구 O동 OOOOOO OOOO OO OOOO에 현주소를 둔 사람으로서 부산시 동구 OO동 OOOOO 외 8필지 대지 798.7㎡(부동산 목록 별지, 이하 “쟁점토지”라 한다)와 그 지상건물 410.7㎡를 74.9.5취득하여 동 지상 건물을 88.2.7 발생된 화재로 전소당한 후, 89.8.28 쟁점토지를 양도하고 장기보유특별공제액 113,430,706원을 공제하여 89.9.28 자산양도차익예정신고 자진납부를 하였는 바, 처분청이 이에 대하여 쟁점토지는 화재로 그 지상건물이 소실된 후 나대지 상태에서 양도된 것이라는 이유등을 들어 장기보유특별공제를 배제하고 91.5.16 청구인에게 89년도 귀속분 양도소득세 76,604,900원 및 동 방위세 15,518,910원을 부과처분하자, 청구인이 이에 불복하여 91.6.27 심사청구를 하고 91.8.14 심사결정서를 받은 후 91.9.30 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구주장

(1) 10년이상 장기보유하다가 단지 불가항력적인 화재로 인하여 그 지상 건물이 전소되는 바람에 나대지 상태로 양도한 것일 뿐이고, 소득세법시행규칙 제18조의 3 제2항의 90.3.15자 개정 규정은 그 부칙에서 동 규칙 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다고 되어있지만 이는 창설적 규정이 아니라 해석적(선언적)규정이라 할 것으로서 동 개정규정에 의하면 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지등에 해당되지 아니하는 토지의 경O에는 소득세법 시행령 제46조의3 제2호에 의하여 장기보유특별공제대상 토지로 보게 되어있고, 토지초과이득세법을 보면 법 제8조 제3항에서, 토지의 취득후 지상건축물의 소실·도괴·기타 대통령령이 정하는 부득이한 사유로 유휴토지등에 해당하게 된 토지에 대하여는 대통령령이 정하는 기간동안에는 이를 유휴토지로 보지 아니한다고 하여, 동법시행령 제23조 제2호에서는 “토지의 취득후 지상건축물이 소실·도괴 또는 철거된 경O에는 그 소실·도괴 또는 철거된 날로부터 2년간”으로 규정하고 있으므로, 화재로 인한 소실후 1년6개월여만에 양도한 쟁점토지에 대하여는 장기보유특별공제를 함이 타당하며, 또 위와 같은 불가항력적인 경O에 대하여는 법인세법시행규칙 제18조(지급이자 손금불산입) 제4항 제2호와 조세감면규제법 시행규칙 제20조의2(특별부가세의 비과세 및 감면의 배제) 제2항 제2호에서도 오래 전부터 같은 규정을 두어 2년이 경과되지 아니한 토지에 대하여는 비업무용으로 보지 아니 해왔으므로, 이 건의 경O 소득세법시행규칙 제18조의3 제2항 규정의 개정일자에 불구하고 동 규정을 하나의 조리적 규정으로 보아 장기보유특별공제가 되어야 한다는 주장이고,

(2) 또한, 주택의 경O에는 그 지상주택이 전소된 후의 토지에 대하여도 1세대1주택의 부수토지로 보아 비과세 해주고 있으므로, 그 지상건물의 50％이상이 세입자의 주거용으로 사용되다 화재로 인한 소실로 인하여 나대지 상태로 양도된 이 건의 경O에도 같은 맥락에서 보아 장기보유특별공제를 하여야 하며,

(3) 또, 이건 부동산은 청구인의 건설중기도급대여업의 사업장으로 사용되었고 1년간의 수입금액이 부동산 기준시가의 7/100이상인 경O이었으므로 장기보유특별공제대상이 되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 장기보유특별공제는 원칙적으로 나대지를 양도하는 경O에는 적용하지 않는 것으로, 나대지의 판단은 양도 당시의 현황에 의하므로 건물이 전소된 이후 대지만을 양도한 쟁점토지의 경O 소득세법 시행령 제46조의3 본문에 의거 장기보유특별공제의 대상이 아니라고 여겨지고, 나대지인 쟁점토지는 양도일 현재 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 토지가 아니며, 또한 청구인은 쟁점토지를 중기대여업의 사업용 자산으로 사용하였다고 주장하나 사업용 자산으로 사용하였는지를 입증할 거증서류의 제시가 없고 청구인사업(OO중기)의 88.12.31 현재 대차대조표를 보더라도 쟁점토지가 자산으로 계상되어 있지 아니한 점에 비추어 쟁점토지는 청구인의 사업에 계속하여 사용한 사업용 토지로 볼 수 없다고 여겨지므로 소득세법 시행령 제46조의3 단서규정(나대지로서 장기보유 특별공제 대상)을 적용할 수 없다 할 것이므로 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은 10년이상 보유하다 화재로 인하여 지상건축물이 전소된 후 1년6개월여만에 나대지 상태에서 양도된 토지의 경O 장기보유특별공제대상인지를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저, 본건 과세기록에 의하면, 처분청은 쟁점토지의 양도에 대하여 동 토지는 그 양도 당시 나대지 상태이었고 또 소득세법시행규칙 제18조의3 제6호에서 정한 “나대지에서 제외되는 토지”의 요건에도 해당되지 아니한다는 이유를 들어 장기 보유특별공제를 배제한 것임이 확인된다. 이에 대하여 청구인은 앞의 청구주장에서 본 바와 같은 이유를 들어 장기보유특별공제대상이라는 주장이다. 살피건대, 쟁점토지는 청구인이 74.9.5 취득하여 89.8.28 양도한 토지로서 보유기간이 10년이상이었으나 그 지상건물이 88.2.7 발생된 화재로 인하여 전소된 관계상 동 양도일 현재 건축물이 없는 나대지 상태이었음에는 다툼이 있을 수 없고 소득세법 시행령 제46조의3 제2호에 의하면 지적법상의 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지에 대하여는 장기보유특별공제대상에서 제외하게 되어있는 한편,

(1) 청구인이 지적한 소득세법 시행규칙 제18조의3 제2항의 90.3.15자 개정규정에 대하여는 그 부칙(90.3.15 재무부령 제1812호) 제4조 제1항에서 동 규칙 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다고 하고 또 동 제2항에서 『이 규칙 시행당시 종전의 제18조의3 제1항의 규정에 의하여 장기보유특별공제대상이 되는 토지에 대한 장기보유특별공제는 종전의 제18조의3 제1항의 규정에 의한다』고 규정하고 있고 또 이 건 양도 당시에는 토지초과이득세법이 시행도 되지 않았을 때이므로 위 개정규정을 이 건 89.8.28 양도된 토지에 적용하는 것은 불가하다 할 것이고,

(2) 청구인은 쟁점토지의 지상건물 이외에 동 건물의 보유기간중 타주택(부산시 해운대구 O동 OOOOOO OOOOOOO OOOOO, 85.10.15 취득, 현재 보유중)을 소유했었으므로, 쟁점토지의 경O 1세대1주택의 부수토지의 요건에 해당되지 아니하며 또 국세청예규(재산 01254-952, 88.4.2, 거주주택이 화재로 소실되어 1세대1주택에 부수되었던 대지만 양도한 경O 당해 토지는 1세대1주택과 이에 부수되는 토지로 보는 것임)는 1세대1주택의 양도에 대한 양도소득세 비과세 목적상의 관련 예규이고 이 건은 그와 달리 장기보유특별공제에 관한 것인 바, 동 예규의 맥락에서 보아 이 건 장기보유특별공제를 하여야 한다는 주장은 논리의 지나친 비약으로서 타당성이 없다 하겠으며,

(3) 또한 소득세법 시행규칙 제18조의3 제1항 제6호에서 “제1호 내지 제5호 이외에 행정기관의 허가·인가·면허·승인·지정·결정등을 받거나 행정기관에 등록·신고등을 하고 사업을 하는 자가 당해사업에 계속하여 사용하는 사업용 토지로서 1년간의 수입금액이 토지가액의 100분의 7이상인 토지”에 대하여는 나대지에 포함하지 아니한다고 정한 규정은 그 지상건축물이 있던 때에는 적용되지 아니하고, 나대지 상태로 있던 기간 동안에 적용되는 규정으로서 당해 나대지상에서 동 나대지를 사업의 객체(필수불가결한 요소)로 사용하고 그 사업에서 발생된 1년간의 수입금액이 토지가액의 100분의 7이상일 때 적용되는 것이며 이 건과 같이 나대지가 사업의 객체가 아닌 중기임대업의 사무실로 사용되는 경O에는 적용되지 아니하는 것이라 할 것인 바, 이상의 내용을 모두어 볼 때 쟁점토지는 그 양도당시 나대지 상태이었고 기타 나대지에서 제외하는 요건에도 해당되지 아니하므로 소득세법 시행령 제46조의3 제2호에 의하여 장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지라 하겠다. 따라서 본 건 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분은 적법한 반면, 이와 다른 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장에 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【별지】 부동산 목록 소 재 지 지 목 면적(㎡) 부산시 동구 OO동 OOOOO 대 지 36.4 〃 OOO 〃 205.0 〃 OOOOO 〃 129.6 〃 OOO 〃 413.2 〃 OOOOO 〃 4.6 〃 OOOOO 〃 0.3 〃 OOOOO 〃 6.6 〃 OOOOO 〃 1.7 〃 OOOOOO 〃 1.3 계 (9필지) 798.7