[요지] 부동산의 취득가액이 불분명하여 기준시가에 의하여 산정할 수 밖에 없다면 양도가액이 실지거래가액으로 분명히 밝혀진다 하더라도 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 밖에 없음
[요지] 부동산의 취득가액이 불분명하여 기준시가에 의하여 산정할 수 밖에 없다면 양도가액이 실지거래가액으로 분명히 밝혀진다 하더라도 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 밖에 없음
[참조결정] 국심1988서0205
[주 문]
1. 동래세무서장이 90.10.19. 청구법인에게 결정고지한 특별부 가세 114,241,350원 및 동 방위세 19,843,110원의 부과처분은 청구법인이 양도한 부산직할시 OO구 OO동 OOOO 대 200평방미터, 위 같은 동 OOO, OOOOO, OOOOO, OOOOO, OOOOO, 등 5필지 대지 합계 942평방미터의 양 도 및 취득가액을 각 기준시가로 하여 그 과세표준액 및 세 액을 경정한다.
2. 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 사실 청구법인은 부산직할시 OO구 OO동 OOO에 소재한 대한불교 OO종 OOOO 본사인 종교법인 OO사로서 동 법인이 소유하던 부산직할시 OO구 OO동 OOOO 대지 200평방미터(이하 “쟁점①토지”라 한다)를 89.12.30. 청구외 OOO에게 양도하고 27.7.4. 승려인 청구외 OOO으로부터 기증받아 소유하던 위 같은 동 OOO, OOOOO, OOOOO, OOOOO, OOOOO 답 합계 942평방미터(이하 “쟁점②토지”라 한다)를 88.9.30. 청구외 OOO 등에게 양도한데 대하여 처분청은 청구법인의 쟁점①,②토지 양도가 종교법인의 고유목적에 사용하는 토지의 양도에 해당하지 아니하여 법인세법상의 특별부가세 비과세 규정을 적용할 수 없다고 보고 쟁점①토지의 양도가액을 양도계약서상 매매금액 152,000,000원, 쟁점②토지의 양도가액을 법원 화해조서 및 공탁서 영수증에 의한 확인금액 194,052,000원으로 하고 취득가액은 취득시기를 77.1.1.로 의제하여 환산한 가액으로 한 뒤 90.10.19. 법인특별부가세 114,241,350원 및 동 방위세 19,843,110원을 부과하자, 이에 불복하여 90.10.27. 이의신청, 91.1.22. 심사청구를 거쳐 91.5.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 청구인은
3. 국세청장 의견 먼저 청구법인이 양도한 쟁점①토지가 종교법인의 고유목적에 사용한 토지의 양도로서 특별부가세 비과세대상에 해당한다는 주장에 대하여 보면, 관련 법령인 89.12.30. 개정전 법인세법 제59조의3 제1항 제17호에서 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 고유목적 사업에 직접 사용하는 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에는 특별부가세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 이 건 쟁점 ①,②토지가 종교법인인 청구법인의 고유목적사업에 직접사용한 토지에 해당하는지 여부에 관하여 본다. 쟁점①토지의 소유자는 청구법인이나 동 지번상 건축된 지상건물은 청구외 OOO이 54.6.21. 신축하여 양도 및 89.12.30. 현재 청구외 OOO의 소유임이 등기부등본등 관련공부에 확인되며, 양도일 현재 동 건물의 용도는 OO설비라는 상호로 난방장치소매업 등의 점포로 사용되고 있는 반면 청구법인은 승려의 기숙사로 사용하였다고 주장하면서도 이를 입증할 아무런 증빙제시가 없어 청구법인이 종교 고유목적에 직접 사용한 토지로 볼 수 없다고 판단되므로 청구주장 받아들이지 아니하며, 다음으로 쟁점②토지의 양도에 대하여 청구법인은 사찰운영을 위한 기본재산으로 고유목적사업에 사용하는 토지의 양도이며, 또한 8년이상 자경농지의 양도이므로 특별부가세가 비과세되어야 한다는 주장에 대하여 살펴보면, 쟁점②토지는 도시계획법상 주거지역에 위치하고 있으며 농지세 과세나 비과세 처리된 사실도 없었음이 관련공부에 의거 확인되고, 인근 토지인 같은 동 OOO의 토지의 용도는 건물이 정착된 대지임이 건축물관리대장 등에 의하여 확인되므로 쟁점②토지가 청구법인의 양도일 현재 농작물을 경작하였다는 주장은 신빙성이 없다고 판단되므로, 고유목적사업에 사용한 양도일 현재 농지로 볼 수 없다고 할 것이어서 청구주장 받아들이지 아니하며 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다는 의견이며, 기준시가로 과세하여야 한다는 주장은 심사청구시 없었으므로 별다른 의견이 없다.
4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은
5. 심리 및 판단 쟁점 “가”에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점①토지상에는 54.6.21. 청구법인 대처승들의 기숙사로 사용하기 위한 주택을 건립하여 기숙사로 사용하여 왔고, 쟁점②토지는 청구법인 소속 승려들의 식량조달을 위하여 자경한 토지로서 각 고유목적에 사용한 토지라고 주장하고 있으며, 그 처분 목적은 OOO 건립 비용을 조달하기 위한 것이었다고 주장하면서 OOO 건립 관련서류를 제시하고 있다. 관련법령인 법인세법 제59조의3 제1항 제17호(89.12.30. 개정전)에 의하면 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인의 고유목적에 직접 사용하는 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 과세하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 청구법인은 대한불교 OO종 OOOOO 본사인 OO사로서 비영리 종교법인이므로 청구법인이 양도한 쟁점①,②토지가 그 고유목적에 직접 사용하는 토지에 해당하면 그 양도소득에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니하여야 할 것이므로 이에 관하여 본다. 쟁점①토지가 청구법인의 고유목적에 직접 사용된 토지인지 여부에 대하여 보면, 쟁점①토지상에는 54.6.21. 청구외 OOO이 건평 23.14평의 주택을 지어 소유하다가 66.2.16. 청구법인의 승려이던 청구외 OOO에게 이전되고 다시 75.7.11. 청구외 OOO에게 근린생활시설로 용도변경되어 이전된 사실이 쟁점①토지상의 건축물관리대장에 의하여 확인되고 있고, 위 OOO은 그의 확인서에서 위 주택이 OO사의 대처승 사옥으로 건립된 것이라고 확인하고 있으나 위 건물의 소유명의가 청구법인이 아닌 개인들로 되어있어 위 자료만으로는 쟁점①토지가 청구법인의 대처승 승려의 기숙사로서 동 법인의 고유목적에 직접 사용된 토지라고 인정하기에 부족하고 달리 이 부분에 관한 청구주장을 인정할 자료가 없으며, 또한 쟁점②토지가 청구법인의 고유목적에 직접 사용된 토지인지 여부에 대하여 보면 쟁점②토지는 그 지목은 답으로서 88.9.30. 양도이후인 89.3.24. 대지로 지목변경되었으며, 그 일부 토지상에 양수인들에 의하여 89년2,3월경 다세대주택이 신축되었음이 등기부등본, 토지대장 및 건축물관리대장에 의하여 확인되며, 도시계획법상 주거지역에 위치한 토지로서 인근토지의 용도는 건물이 정착된 토지임이 건축물관리대장에 의하여 확인되므로, 청구법인의 양도일 현재 농지로 볼 수 없어 동 토지에서 경작된 농산물을 승려들의 주·부식으로 사용하여 고유목적에 직접 사용한 토지라는 이 부분의 청구주장은 신빙성이 없는 것으로 판단된다. 쟁점 “나”에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점②토지를 그 취득시인 27.7.4.부터 양도시인 88.9.30.까지 자경한 양도일 현재의 농지로서 그 양도로 인한 소득에 대하여는 특별부가세를 비과세하여야 한다고 주장한다. 관련법령인 법인세법 제59조의3 제1항 제4호 및 동법 시행령 제124조의 제3항에 의하면 취득한 때로부터 양도할 때까지 사이에 8년이상 당해 법인이 경작한 사실이 있는 양도일 현재의 농지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 비과세한다고 규정하고 있어 쟁점②토지가 이에 해당하면 그 양도로 인한 소득에 대하여는 특별부가세를 비과세하여야 할 것이므로 이에 관하여 살펴보면, 쟁점②토지의 등기부등본에 의하면 청구법인은 쟁점토지를 27.7.4.부터 88.9.8.까지 60여년간을 소유한 사실이 확인되며 OO중학교장의 모내기등 지원확인서, OOO 외2인의 확인서, 청구법인의 74, 83, 85년도의 영농비지출결의서 및 관련 세금계산서에 의하면 청구법인의 그 소속 승려들이 쟁점②토지를 그 소유기간중 경작한 사실은 인정할 수 있으나 위에서 본 바와 같이 그 양도일 현재 농지라고 할 수 없으므로 이는 특별부가세가 비과세되는 청구법인이 8년이상 자경한 양도일 현재의 농지에 해당한다고 볼 수 없어 이 부분에 관한 청구주장은 이유없다고 하겠다. 쟁점 “다”에 대하여 본다. 처분청이 쟁점①,②토지의 양도차익을 계산함에 있어 양도가액을 실지거래가액으로 하고 취득가액은 의제취득시기인 77.1.1. 현재로 환산한 가액으로 하여 이 건 법인특별부가세를 과세하였고, 이에 대하여 청구인은 쟁점①,②토지의 실지양도가액은 확인되나 실지취득가액은 확인되지 아니하므로 양도 및 취득가액을 각 기준시가로 하여 양도차익을 계산하여야 한다고 주장하므로, 처분청의 당초 처분과 같이 쟁점①,②토지의 부동산의 양도차익을 계산함에 있어 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액인 기준시가로 할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점①토지를 조선총독부로부터 사정받아 31.10.19. 보존등기하였고, 쟁점②토지는 청구법인의 주지이던 청구외 OOO으로부터 기증받아 27.7.4. 취득하였는 바, 이 건에 관한 관계법령인 법인세법(법률 제2685호) 부칙 제13조(토지등의 취득시기의 의제 88.12.26. 개정), 동법 시행령(대통령령 제7464호) 부칙 제7조(양도 자산취득가액에 관한 적용예 88.12.31. 개정)의 규정을 보면, 토지등으로서 76.12.31. 이전에 취득한 것은 77.1.1.에 취득한 것으로 보도록 되어 있고, 76.12.31. 이전에 취득한 자산의 취득가액은 77.1.1. 현재의 시가를 알 수 없는 때에는 77.1.1. 현재의 기준시가에 의하여 평가한 가액으로 한다고 되어 있어 이 건 부동산의 취득시기를 모두 77.1.1.로 보아야 하며, 간주취득일인 77.1.1. 현재의 취득가액이 불분명한 사실에는 다툼이 없다. 또한 법인세법 제59조의2(과세표준) 제3항 단서규정에 의하면, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 결정하도록 규정하고 있는 바, 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에도 위 규정에 따라 위 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 산정하여야 하며, 이와 달리 불분명한 쪽의 가액은 기준시가에 따라 산정하고 다른 쪽 가액은 실지거래가액에 따라 산정함은 형평상 허용되지 않는다고 보아야 하겠다. 따라서 이 건 부동산의 취득가액이 불분명하여 기준시가에 의하여 산정할 수 밖에 없다면 양도가액이 실지거래가액으로 분명히 밝혀진다 하더라도 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 밖에 없다 할 것이므로(대법원 84누531, 85.6.25. 82누557, 83.4.26. 82누282, 81누200, 국심 88서205, 88.5.9. 동지), 쟁점①,②토지의 양도가액을 실지거래가액으로 하고, 취득가액은 환산가액으로 하여 양도차익을 계산하고 법인특별부가세를 과세한 당초 처분은 부당한 처분이라고 하겠다.
6. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.