사립학교법인에 기부한 기부금은 특별부가세의 과세표준인 양도차익계산시 공제항목인지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 대구시 동구 OO동 OOOOOOO에 소재를 두고 건축공사 및 유통업을 영위하는 법인으로서 90.4.1～91.3.31 사업년도 중 상가 및 아파트 신축양도 등으로 올린 수입금액 가운데서 일금 5,600,047,159원을 학교법인 OO학원에 기부(이하 “이 건 기부금”이라 한다)한 바 있다. 91.6.29 자 당초 법인세신고시에 청구법인은 이 건 기부금을 법인소득금액계산시 전액 손금으로 산입하였고, 상기 상가등의 양도로 발생한 양도차익 4,587,542,429원에 대하여는 특별부가세를 신고납부하였다. 그러나 91.8.8 자 수정신고시에 청구법인은 이 건 기부금이 특별부가세 과세표준계산시에도 공제대상이 되는 것으로 하여 수정신고하였으나, 처분청에서 91.8.19 자로 공제대상이 되지 않는 것으로 통보하자, 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 91.10.28 자로 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 청구법인은 제6기 수입금액 중 일금 56억원을 1983년 3월 5일자 사립학교법 제10조의 규정에 의거 설립허가 되어 현재 운영되고 있는 학교법인 OO학원-OO산업대학(충남 금산군 추부면 OO리 O OOOO 소재)에 기부한 사실이 있고, 이에 동 “기부금” 전액이 조세감면규제법 제49조 제2항 제6호에 해당되어 당 법인의 당해년도 법인세 과세표준 및 세액계산상 전액 손비로 처리됨은 물론이고, 동 기간내에 법인이 소유한 부동산의 양도로 인해 발생한 양도차익에 대해서 부과되는 “특별부가세”도 타법률의 규정에 불구하고 전액이 감면처리 되어야 한다는 견해이다. 이렇게 법의 규정을 해석 적용하는 것이 사립학교를 조세정책적인 측면에서 지원, 육성 발전 시키겠다는 정부의 교육활성화 지원정책과 일치하며 아울러 낙후된 지방교육과 농업 기술교육을 육성 발전시켜야 한다는 정책적인 방향과 목적에 일치한다고 본다. 또한 청구법인의 경우 문제가된 “특별부가세”는 부가가치세와 같은 유통과정에 따라 부가되는 거래세가 아닌 법인소득의 일종인 바, 조세감면규제법 제49조 제2항 제6호의 규정에 따라 당연히 당 법인의 과세표준계산시 공제대상금액이 되어야 만 조감법의 입법취지와 정신에도 부합된다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구법인이 학교법인인 OO학원에 기부한 현금 5,600,047,159원은 조세감면규제법 제49조 제2항 제6호에 의하여 법인세 소득금액계산에 있어 손금으로 산입할 수는 있으나 법인세법 제59조의2 및 제59조의3에 의한 특별부가세 과세표준계산시 공제금액이거나 비과세 및 면제대상이 되지 아니하므로 청구인이 특별부가세를 면제하여 달라는 주장은 전혀 근거없는 주장으로 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점 따라서 이 건 심판청구의 쟁점은 사립학교법인에 기부한 기부금을 조세감면규제법 제49조 제2항 제6호의 규정에 따라 특별부가세 과세표준계산시 공제하여야 하는지 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 먼저 관련법규를 살피건대, 조세감면규제법 제49조 제2항 제6호는 당해 과세연도의 소득금액을 계산함에 있어서 사립학교에 지출한 기부금을 이월결손금 차감후의 소득금액범위 안에서 손금산입할 수 있음을 규정하고 있다. 살피건대, 동호에서 규정하고 있는 『당해 과세연도의 소득금액』이란 소득세 및 법인세 과세표준의 기초가 되는 것으로서 특별부가세 과세표준인 『양도차익』과는 다른 개념이라고 할 것이다. 특별부가세의 과세표준인 양도차익의 계산에 관하여는 법인세법 제59조의2에서 규정하고 있는 바, 동조에서 법인이 사립학교에 기부한 기부금을 특별부가세의 과세표준인 양도차익계산시 공제할 금액으로 규정하고 있지 않으며, 다른 세법의 조문에서도 이를 공제할 금액으로 규정하고 있지 아니하므로 청구주장을 받아들일 수 없다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.