법인이 신축분양한 복합건물에 대하여 상가와 아파트를 각각 별개의 부동산으로 보아 법인세 특별부가세 과세여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 경상북도 경주시 OO동 OOOOO OO에 본점을 두고 상가·주택건설업을 영위하는 법인으로서 90.6.15 경주세무서장이 결정 고지한 87사업년도(87.1.1-87.12.31)분 법인세 246,838,550원 및 동 방위세 36,866,050원, 88사업년도(88.1.1-88.12.31)분 법인세 81,501,290원 및 동 방위세 12,932,430원 중 법인세 특별부가세 231,997,060원 및 동 방위세 34,241,570원의 부과처분에 불복하여 90.8.11자 심사청구를 거쳐 90.12.10자로 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 청구법인은 경북 경주시 OO동 OOOOO OO와 같은 곳 OOOOO OOO 지상에 1, 2층은 상가, 3층내지 5층은 아파트인 복합건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 분양한 상가ㆍ주택 건설업 영위 법인으로서 87사업년도중 상가를 준공하여 그중 일부를 분양하고 88사업년도중에는 아파트를 준공하여 분양을 하였는 바, 쟁점부동산은 아파트 건축 면적이 상가 건축면적 보다 넓어 특별부가세 과세 대상이 아니라는 주장이다.

3. 국세청장 의견 쟁점 부동산이 법인세 특별부가세 과세대상인지 여부를 보면 건축물 관리대장 등본 및 쟁점 부동산의 설계도면 등에 의하면 1, 2층 상가면적이 7,474.6평방미터로 6,994.47평방미터의 아파트 면적을 초과하고 있어 쟁점부동산의 양도에 대하여 법인세 특별부가세를 과세한 당초 처분에 잘못이 있어 보이지 않는다는 의견이다.

4. 쟁점 따라서, 이건 심판청구의 다툼은 청구법인이 87사업년도와 88사업년도에 신축·분양한 쟁점부동산 중 상가부분에 대하여 법인세 특별부가세를 과세할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다할 것이다.

5. 심리 및 판단 먼저, 이건 심판청구와 관련된 관계법규를 살펴본다. 법인세법 제59조의2 [과세표준] 제1항에는 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물과 부동산에 관한 권리(이하 ”토지 등“이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. (78.12.5 개정)”고 규정되어 있고, 동법시행령 제124조의3 [토지등의 범위] 제1항에는 “법 제59조의2 제1항에 규정하는 토지는 지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것으로 한다(78.12.30 개정)”고 규정되어 있으며 동조 제3항에는 “법 제59조의2 제1항에 규정하는 건물에는 그 건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다. (74.12.31 신설)” 고 규정되어 있고 동조 제5항에는 “주택을 신축하여 판매하는 경우에는 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 10배 이내의 토지는 제1항 및 제3항에 규정한 토지 및 건물에서 제외한다. (78.12.30 신설)” 고 규정되어 있으며 동조 제6항에는 “제5항의 경우에 주택건물의 일부에 점포등 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일 지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 주택의 면적이 다른 목적의 건물의 면적보다 같거나 그보다 큰 경우에는 그 전체를 주택으로 보고, 그보다 작은 경우에는 그 전체를 주택으로 보지 아니한다.(78.12.30 신설)”고 규정되어 있다. 다음으로, 쟁점상가, 아파트 신축ㆍ분양 경위를 살펴본다. 청구법인은 86.2.11 경북 경주시 OO동 OOOOO 대지 3,599.5평방미터 및 같은 동 OOOOOO 대지 3,515.3평방 미터를 취득하여 위 지상에 지하1층, 지상2층의 주용도가 시장으로 되어 있는 연면적 5,176.59평방미터의 건물을 각각 신축하는 내용의 건축허가를 86.9.2 경주시장으로부터 받은 후 설계를 변경하여 위 지상에 지하1층 지상5층의 주용도가 시장이고 부속용도가 공동주택(아파트)으로 되어 있는 연면적 8,840.01평방미터(지하층 1,244.31평방미터, 1층 1,963.08평방미터, 2층 1,963.08평방미터, 3층내지 5층 각각 1,223.18평방미터)와 연면적 8,117.68평방미터(지하층 1,244.31평방미터, 1층 1,774.22평방미터, 2층 1,774.22평방미터, 3층 내지 5층 각각 1,108.31평방미터)의 복합건물을 각각 신축하는 내용의 건축허가를 87.5.28 다시 받아 건물을 준공한 후 지하층과 1,2층 부분(상가)은 87.9.10 준공검사를 필하고 3층내지 5층 부분 (아파트)는 88.4.20 각각 준공검사를 필하였음이 청구법인이 제시하고 있는 관계서류에 의하여 확인되고 있고 청구법인은 87사업년도중 총117호의 1층상가 점포중 53호 779.49평방미터를 분양하고 88사업년도 중에는 미분양된 나머지 1층 상가 점포중 31호 462.2평방미터와 3층 내지 5층의 아파트 114세대분 6,994.47평방미터 전체를 분양하였음이 처분청이 제시하는 관계서류에 의하여 확인되고 있다.(미분양된 2층 상가부분은 91사업년도중 아파트로 개조하여 분양중에 있음) 위와 같은 사실에 대하여 처분청은 청구법인이 신축·판매한 건물중 상가부분에 대하여 취득 및 양도시의 실지거래가액을 조사 확인한 후 사업년도별로 분양면적을 계산하여 이에 상당하는 법인세 특별부가세를 과세하였음을 알 수 있고 이에 반하여 청구법인은 청구법인이 신축·분양한 건물 중 1, 2층 상가건축면적에 포함되어 있는 아파트 출입 전용계단면적을 아파트 건축 면적에 포함시키면 상가면적보다 아파트 면적이 커지고 법인세법 시행령 제124조의3 제6항에서 주택면적이 다른 목적의 건물 목적보다 같거나 큰 경우에는 전체건물을 주택으로 보도록 규정하고 있으므로 처분청이 법인세 특별부가세를 과세한 상가부분도 주택으로 보아 특별부가세를 과세하지 않아야 한다고 주장하고 있는 바 (아파트 부분에 대하여는 처음부터 특별부가세를 과세하지 아니함), 상가건축면적에 포함되어있는 아파트 전용계단 면적을 상가부분에 포함시킬 것인가 아파트 부분에 포함시킬 것인가를 가리기에 앞서 용도가 상이하고 상호독립되어 있는 상가와 주택부분이 있는 복합건물의 경우 그 건축물의 활용도에 따라 계산한 건물면적의 다과에 의거 전체 건물의 용도를 주택 또는 상가로 규정짓는 것이 합리적인 법해석인지 여부를 살펴본다. 앞서 살펴본 법인세법 시행령 제124조의3 제6항에서 주택 건물의 일부에 점포등 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일 지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 주택의 면적과 다른 목적의 건물면적을 비교하여 용도별 면적의 다과에 따라 전체건물을 주택으로 보거나, 다른 목적의 건물로 보도록 규정하고 있는 바, 위 규정을 적용하기 위해서는 건물의 용도별 면적의 다과에 따라 주택으로 볼 것인지 아니면 다른 목적의 건물로 볼 것인지의 판단 대상건물을 확정하여야 할 것으로서 그 대상은 용도와 기능이 상이한 부분이 1개동의 건물안에 존재하거나 같은 지번상에 용도와 기능이 상이한 수 동의 건물이 개별적, 병렬적으로 위치하고 있다하더라도 하나의 건물 또는 한 단위의 부동산으로 공부상 표시가 되고 그에 대한 재산권 행사도 같이 이루어지는 등 하나의 거래 객체 또는 물건으로 인식되어질 수 있는 경우를 말하는 것이지 비록 1개동의 건물안에 그 내부구조상 기능과 용도가 상이한 부분이 함께 존재하거나 같은 지번상에 용도와 기능이 상이한 건물이 병렬적으로 위치하고 있다하더라도 각각의 부분 또는 각각의 건물에 대하여 공부상 표시가 개별적으로 이루어지고 그에 대한 재산권행사도 독자적, 독립적, 개별적으로 이루어지는 경우에는 건물·면적의 다과에 따라 전체 건물의 성격을 규정할 수는 없다고 할 것이다. 위와 같은 법해석의 취지에 따라 이건의 경우를 살펴보면, 청구법인이 신축·분양한 2개동의 복합건물은 각각 같은 지번에 1개동으로 존재하면서 하나의 구조로 되어 있으므로 건물 각동을 하나의 부동산으로 인식할 수도 있겠지만 이 건 신축 건물의 상가와 주택부분은 그 용도와 기능이 확연히 구별되고 있고, 상호 단절되어 있으며 처음에는 상가용도의 건물만을 신축하려고 하였다가 설계변경을 통해 상가, 주택 겸용의 건물을 신축한 점으로 미루어 볼 때, 상가와 주택부분은 각각 별개의 기능과 용도를 가진 건물이라고 보는 것이 타당하다고 할 것이고 더욱이 이 건 건물내부를 살펴보면, 1,2층 상가에는 총 180개의 점포가 있고 3,4, 5층에는 총 114세대분의 아파트가 있었는 바, 각 점포와 아파트는 상호 단절되어 있고 각 개별점포와 개별아파트 별로 등기부와 건축물 관리대장에 등재되어 있어 독자적인 재산권 행사가 가능하며 각 점포와 각 아파트의 분양시기가 상이할 뿐 아니라 분양 받은 사람도 각각 상이하므로 각 점포와 각 아파트는 별개의 물건이요 독립적인 부동산으로 파악하여야 할 것이다. 이와 같이 인식하여 판단할 경우 청구법인이 신축·분양한 각 개별점포는 순수한 상가이므로 당연히 각각에 대하여 법인세 특별부가세가 과세되어야 할 것이고, 각 개별아파트의 경우에도 주택용 건물에 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우가 아니므로 건물면적의 다과를 따져볼 여지가 없다 할 것이다. 따라서, 청구법인이 신축·분양한 점포의 총체인 위 복합 건물의 상가 부분에 대하여 법인세 특별부가세를 과세하고 주택부분의 총체인 아파트 부분에 대해서는 처음부터 특별부가세를 과세하지 아니한 당초 처분은 잘못이 없다고 판단되며, 주택면적이 상가면적보다 더 크기 때문에 법인세특별부가세 과세대상이 되지 않는다는 청구법인의 주장은 심리할 필요가 없다고 할 것이다.

6. 결론 이건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.