신의성실원칙과 소급과세금지원칙에 위반한 처분인지 여부(취소)

[주 문] 분 부가가치세 110,112,450원 (85.2기 부가가치세 9,232,190 86. 1기 부가가치세 9,586,050 86.2기 부가가치세 10,527,890 87.1 1기 부가가치세 9,936,630 87.2기 부가가치세 10,443,950 88.1 기 부가가치세 12,407,610 88.2기 부가가치세 15,065,020 89.1 기 부가가치세 12,759,430 89.2기 부가가치세 3,243,430 89.2기 부가가치세 1,742,040 90.1기 부가가치세 10,071,580 90.1기 부 가가치세 5,096,630)의 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 청주 및 주정등 주류의 제조와 판매업을 영위하는 법인으로서 청주의 주원료인 백미 또는 현미를 구입하여 자가도정 시설에서 재도정하여 정백미를 생산하고 재도정 과정에서 생산된 부산물(쌀가루, 싸래기, 배아, 설미)을 사료 판매상 등에게 판매하고 이를 면세로 인식하여 부가가치세 신고 납부를 이행치 아니하였는 바, 처분청은 위 부산물을 주된 사업과 관련하여 주된 재화인 청주의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화이므로 과세대상 이라하여 90.10.16 청구법인에게 90년도 수시분 부가가치세 110,112,450원(85.2기 부가가치세 9,232,190원 86.1기 부가가치세 9,586,050원 86.2기 부가가치세 10,527,890원 87.1기 부가가치세 9,936,630원 87.2기 부가가치세 10,443,950원 88.1기 부가가치세 12,407,610원 88.2기 부가가치세 15,065,020원 89.1기 부가가치세 12,759,430원 89.2기 부가가치세 3,243,430원 89.2기 부가가치세 1,742,040원 90.1기 부가가치세 10,071,580원 90.1기 부가가치세 5,096,630원)을 결정고지하자 청구법인은 이에 불복하여 심사청구를 거쳐 91.4.26 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 이 건 부산물은 청주의 주원료인 백미 또는 현미를 구입하여 자가 도정시설에서 재 도정하여 정백미를 생산하고 이 재도정 과정에서 생산된 부산물이며 주제품인 청주의 제조 과정에서 필수적으로 생산되는 부산물은 주박, 미문박이고 이 건, 부산물은 청주의 제조과정에서 생산되는 것이 아니며 면세 재화인 정백미의 부산물로 보아 면세되어야 할 것이고, 또한 이 건 부산물의 과세여부를 77.9.20 재무부에 질의하여 받은 회신문에서 면세 재화에 해당된다는 유권 해석에 의거 현재까지 면세재화로 보아 공급하였음에도 불구하고 처분청은 과세재화로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 것은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이 건 부산물인 싸래기 등이 면세 재화인지 아니면 과세재화에 해당되는지를 청구법인의 주류제조 과정을 살펴보면, “주류의 제조공정은 3공정으로 되어 있는 데 제1공정은 청주의 주원료인 백미를 외부에서 구입하여 양질의 청주를 제조코자 백미에 붙어 있는 지방질과 단백질을 제거하기 위하여 제1공정에서 백미를 재도정하여 정 백미와 부산물인 싸레기 등이 생산되며 제2 담근공정은 정 백미를 발효 숙성시켜 과세 재화인 청주원주(알콜도수 22.5도)와 부산물인 주박, 미분박이 생산되고 제3공정에서는 배합 및 병입하여 완제품인 청주(알콜도수 16도)를 생산하여 공급하고 있는 바, 이와 같은 일련의 공정을 종합하여 볼 때 이 건 부산물은 주된 재화인 청주의 제조업과 관련하여 청주의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화이므로 이 건 부산물을 독립된 재화로 볼 수 없고, 주된 재화인 청주의 제조와 관련하여 생산된 부산물로 보여지므로 과세재화라는 의견이다.

4. 쟁점

• 가. 주류제조공정의 하나인 도정공정에서 현미 또는 백미를 재도정하여 정백미를 생산하는 과정에서 생산되는 부산물(쌀가루, 싸래기, 배아, 설미)이 과세재화인지 아니면 면세재화인지의 여부.
• 나. 부가가치세 시행이후 면세재화로 공급한 위 부산물을 과세재화로 보아 5년간 소급과세한 것이 타당한 처분인지의 여부에 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 “가”에 대하여 살펴본다. 이 건 처분경위 및 청구주장에 대해 보면, 처분청은 청구법인의 자체도정공장에서 백미를 재도정하여 정백미를 생산하는 과정에서 부산물로 생산되는 쌀가루, 싸래기, 배아 설미등(85년 2기-90년 1기 817,539,604원 상당)은 주된 사업과 관련하여 주된 재화인 청주의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화이므로 과세대상이라 하여 이 건 부가가치세를 과세하였고 이에 대하여 청구법인은 주 제품인 청주의 제조과정에서 필수적으로 생산되는 부산물은 주박, 미분박이고 이 건 부산물은 청주의 제조과정에서 생산되는 것이 아니고 면세 재화인 정백미의 부산물로 보아 면세되어야 함에도 이를 과세재화로 보아 과세한 것은 부당하다는 주장이므로, 이 건 부산물이 과세재화인지 아니면 면세재화인지의 여부를 살펴본다. 관련법령을 보면 부가가치세법 제1조 제4항에서 “주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 포함되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다”라고 규정 하고 있고, 이에 따라 동법 시행령 제3조에서는 법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래의 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

1. 당해대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함 되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급 에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일반적으로 공급되는 재화 또는 용 역

4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되 는 재화로 규정하고 있고, 동법 제12조 제3항에서는 “제1항의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.” 라고 규정하고 있으며, 재무부예규(간세 1235-3548, 77.10.4.)에 의하면, “전분제조업자가 전분의 원료로 사용되는 옥수수가루의 생산시 발생되는 부산물인 옥배아 또는 청주제조업자가 청주의 원료로 사용되는 쌀의 선별시 발생되는 설물인 쌀겨 등은 그 자체가 면세되는 재화인 미가공식료품에 해당되나 과세사업자인 제조업자가 판매하는 경우에 있어서는 이를 과세되는 재화로 보아 그 처분에 대하여 부가가치세를 거래 징수하도록하며, 이러한 제조업자로부터 이를 구입하여 판매하는 자의 단계에 있어서는 면세가 된다”고 하고 있고, 다른 예규(간세 1235-3625, 77.10.7)에서는 “제분업을 영위하는 사업자가 주된 면세재화의 제조에 필수적으로 부수해서 생산된 부산물의 공급은 당해 제조단계에서는 부가가치세법 제12조 제3항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나 사업자가 부가가치세가 과세되는 주된 재화인 물엿과 전분의 제조에 필연적으로 부수하여 생산한 부산물의 공급은 당해 제조단계에서는 부가가치세가 과세됨”이라고 되어 있다. 다음, 청구법인의 주류제조과정을 살펴보면, 국세청장 의견과 같이 주류의 제조 공정은 3공정으로 되어 있는 바, 제1공정은 청주의 주원료인 백미를 외부에서 구입하여 양질의 청주를 제조코자 백미에 붙어 있는 지방질과 단백질을 제거하기 위하여 제1공정에서 백미를 재도정하여 정백미와 이 건 부산물이 생산되며 제2담금 공정은 정백미를 발효, 숙성시켜 과세재화인 청주원주(알콜도수 22.5도)와 부산물인 주박, 미분박이 생산되고 제3공정에서는 배합 및 병입하여 완제품인 청주(알콜도수 16도)를 생산하여 공급하고 있어 위 제1공정에서 생산되는 것이 정백미와 이 건 부산물이며 제2공정에서 생산되는 것이 청주원주와 주박, 미분박이고 제3공정에서 생산되는 것이 청구법인의 최종 제품인 청주임을 알 수 있는 바, 술은 기호식품으로 맛·향 등이 제품의 판매에 절대적 영향을 끼치는 것으로서 청주제조시의 현미 또는 백미의 도정은 식용백미를 생산하기 위한 일반적인 도정과는 달리 도정율 70%이상으로 하여 정백미를 만들고 정백미는 다시 주조과정에 투입되어 최종제품인 청주가 공급되고 있는 점 등을 위 법규내용과 종합하여 볼 때, 이 건 부산물은 청구법인의 주된 사업인 청주 제조과정과 관련하여 필수적으로 부수하여 생산되는 부산물로 인정되므로 이를 면세재화로 보아야 한다는 청구주장은 이유없다고 판단된다.

• 나. 쟁점 “나”에 대하여 살펴본다. 이 부분 처분경위 및 청구주장을 보면, 처분청에서 과거 5년간 이 건 부산물의 공급실적에 대하여 부가가치세를 과세한 처분에 대하여 청구법인은 재무부의 질의회신을 신뢰하고 이 건 부산물을 면세로 공급하였으며, 처분청에서도 현재까지 청구법인의 신고내용에 이의가 없어 면세재화로 확신하게 되었음에도 이 건 부산물을 과세재화로 보고 소급과세한 것은 부당하다는 주장이므로, 이 건 처분이 국세기본법상의 신의성실의 원칙과 소급과세금지의 원칙에 반하는 처분인지의 여부를 본다. 우선 청구법인의 질의회신 내용을 보면, 청구법인이 77.9.20. OO업무 제1111호로 재무부에 질의한 내용은 “폐사는 주류제조업자(청주 제조업체)로서 청주의 주원료인 백미(현미)를 구입 폐사에서 재도정을 하고 있는 바, 도정과정중 생산되는 부산물 즉 미분(쌀가루)과 쇄미(싸라기)를 판매함에 있어 부가가치세법 제12조 제1항 제1호에 의거 부가가치세 면제품목으로 보아 공급받는 자로부터 부가가치세를 징수하지 않으려고 하는 데, 폐사의 해석이 온당하온지 유권해석을 하기 바랍니다.”라는 내용이며, 이에 대한 재무부의 회신(부가 1.1235-3993, 77.10.5.)은 “정미과정에서 생기는 관세율표 세번 제1006호에 해당하는 싸래기 및 제1102호에 해당되는 식용의 쌀가루는 부가가치세가 면제되는 미가공식료품인 것입니다.”라는 내용임을 알 수 있다. 국세기본법 제15조의 규정에 의하면, “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 쫓아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.”고 되어 있으며, 동법 제18조 제3항에서는 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.”고 되어 있고, 판례(대법 87누156, 88.3.8.)에 의하면, “조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실이 적용되는 요건으로서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책 사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하 고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침 해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이다.”라고 하고 있는 점 등을 이 건 질의회신 및 사실내용과 종합하여 볼 때, 일반인이 아닌 청주를 제조·판매하는 청구법인이 위와 같은 내용으로 질의하여 그 회신을 받은 것이 면세재화라는 회신이므로 지난 10여년간 이 건 부산물을 면세재화로 인식하여 이에 대한 부가가치세를 신고납부하지 않았음에도 처분청은 그동안 아무런 조치를 취하지 아니하다가 이 건 과세시 5년간의 동 부산물 공급실적에 대한 부가가치세를 소급과세한 것은 국세기본법 제15조 및 제18조에 규정된 신의성실의 원칙과 소급과세금지의 원칙에 위반된 처분이라고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81호 및 제65호 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.