종교단체가 교회신축용 토지를 취득하였다가 교회를 신축하지 못하고 양도한 경우, 당해 토지를 고유목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 교회당을 신축하기 위하여 88.1.14 목포시 OO동 OOOOO 답 1,028평방미터를 9,330,000원에 취득하였으나 농지전용허가를 받지 못함에 따라 교회를 신축하지 못하고 89.10.7 이를 청구외 OOO·OOO에게 133,730,000원에 양도한 사실이 있는 바, 처분청은 이 건 토지의 양도가 청구법인의 고유목적(종교의 보급 및 교화등)에 직접 사용하는 토지의 양도에 해당하지 아니한다고 보아, 비과세를 배제하여 90.8.1 청구법인에게 89.1～12 사업년도분 법인세 특별부가세 43,540,000원 및 동 방위세 7,464,000원을 과세하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 교회당을 건립코자 88.1.4 이 건 토지를 기본재산으로 취득하였으나 농지인 이 건 토지의 전용불가로 건축이 불가능하게 되어 다른 곳에 교회당을 건립하려고 89.10.7 이 건 토지를 청구외 OOO 외 1인에게 양도하고, 그 대금으로 89.8.31 목포시 OOO OOOOO 전 1,150평방미터를 새로이 취득하였는 바, 종교의 보급 및 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 사용하는 토지를 양도함으로써 발생한 양도소득은 법인세가 비과세됨에도 청구법인의 이 건 토지의 양도소득에 대하여 이 건 법인세 등을 과세함은 부당하므로 취소하여야 한다고 주장한다.

3. 국세청장 의견 이 건에 있어서는 법인세법에 의한 특별부가세 비과세 여부를 가려야 할 것인데, 동법 제59조의3 [비과세 및 면제] 제1항에 “다음 각호의 소득에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니한다”고 규정하고, 그 제17호에 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격 없는 사단, 재단, 기타 단체를 포함한다)이 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 양도하는 소득”을 정하고 있는 바, 종교법인이 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 특별부가세를 비과세하여야 할 것이나, 이 건의 경우 청구법인이 취득한 이 건 토지는 건축이 불가능한 농지이고 당초 취득 목적대로 교회당을 건립하여 청구법인의 고유목적에 사용한 사실이 없이 양도한 것이어서, 청구법인의 이 건 토지 양도소득은 위법에서 규정한 특별부가세가 비과세되는 종교법인이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 해당하지 아니한다는 의견이다.

4. 쟁점 종교단체가 교회신축용 토지를 취득하였다가 교회를 신축하지 못하고 양도한 경우, 당해 토지를 고유목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단 법인세법 제59조의2(과세표준)에서 법인이 토지등을 양도함에 따라 발생한 양도차익에 대하여는 법인세, 특별부가세를 부과하는 것이나, 다만, 제59조의3 (비과세 및 면제) 제1항 제17호의 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니하는 것인 바, 청구법인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인으로서 교회당을 신축하기 위하여 이 건 토지를 취득하였다고 하나, 이 건 토지가 농지로서 당초부터 교회의 신축이 불가능하여 청구법인의 고유목적에 사용할 수도 없고, 따라서 직접사용된 바도 전혀 없으므로 이러한 경우까지 종교의 보급 기타 교화등의 목적에 직접 사용되었다고는 볼 수 없다 할 것이다. 따라서, 이 건 토지의 양도에 따른 양도소득에 대하여 법인세 특별부가세를 과세한 처분은 적법타당하다고 판단된다. (선결정례 국심 83서 2460, 84.2.23 동지).

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.