국민주택건설용지로 주택건설업자에게 토지를 양도하였으나 그 매입자가 소정기한내에 면제신청서를 제출하지 않은 경우 법인특별부가세를 면제할 수 있는지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 인천직할시 서구 OOO동 OOOOOOO에 본점을 두고 주택건설업을 영위하는 법인으로 87.3.31 취득하여 보유하고 있던 인천직할시 서구 OO동 O OOOO외 1필지 임야 3,904평방미터(이하 “쟁점토지”라 한다)를 88.4.12 OO건설주식회사에 양도한 사실이 있는 바, 처분청이 위와같은 쟁점토지의 거래에 대하여 그 양도차익을 계산하고 89.9.6 88사업년도분 법인특별부가세 97.053,520원 및 동 방위세 16,634,190원을 결정고지하자 청구법인은 이에 불복, 전심절차를 거쳐 89.12.22 이 건 심판청구를 제기한 것이다.

2. 청구주장 처분청은 청구법인이 88.4.12 쟁점토지를 주택건설등록업체인 OO건설주식회사에게 양도한 사실에 대하여 이 건 법인특별부가세를 청구법인에게 과세하였으나 국민주택건설용지로 양도한 경우 그 매입자가 국민주택을 건설하지 아니한 때에는 그 매입자로부터 추징하도록 되어있는 바, 당초처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이 건의 경우 쟁점토지에 대한 특별부가세를 면제받기 위하여는 그 매입자가 OO건설주식회사가 조세감면규제법 제62조 제3항 및 동법시행령 제50조 제10항에 의하여 면제신청을 하였어야 함에도 동 면제신청을 한 바 없으므로, 동 매입자가 국민주택을 실제로 전부 건설한 것인지 여부등에 대한 심리할 필요없이 쟁점토지의 양도소득에 대한 특별부가세에 대하여는 조세감면규제법 제62조에 의한 면제규정이 적용될 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 국민주택건설용지로 주택건설업자에게 토지를 양도하였으나 그 매입자가 소정기한내에 면제신청서를 제출하지 않은 경우 법인특별부가세를 면제할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 처분청과 청구법인간에 다툼이 없는 사실관계를 보면, 청구법인은 88.4.12 쟁점토지를 주택건설업체인 OO건설주식회사에게 양도하였으나 매입자인 OO건설주식회사는 조세감면규제법 제62조 제3항 단서의 규정에 의한 면제신청서를 소정기한내에 제출한 바가 없고, 쟁점토지에 국민주택을 건설하지도 아니하였으며 88.9.6 주식회사 OO건설에게 재차 양도한 것임을 처분청의 과세근거서류와 쟁점토지의 등기부등본을 통하여 알 수 있다. 먼저, 국민주택건설용지의 양도에 대하여 특별부가세를 면제하도록 규정하고 있는 조세감면규제법 제62조 제1항 본문 및 단서, 같은법시행령 제50조 제2항, 제3항의 규정에 의하면, 내국인이 토지를 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자에게 양도하고 이를 취득한 주택건설등록사업자가 3년이내에 주택건설촉진법에 의한 국민주택규모 이하의 주택을 건축한 경우에는 당해 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세를 면제하도록 되어 있고, 한편 같은법 제62조 제3항 단서, 같은법시행령 제50조 제10항에 의하면, 위 규정에 의한 특별부가세의 면제를 받으려면 주택건설등록업자인 매입자가 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 세액면제신청을 하도록 규정하고 있는 바, 위 각 규정을 종합하여 보면, 같은법 제62조 제1항 단서의 규정에 의한 특별부가세의 면제를 받기 위하여는 반드시 그 매입자가 같은법시행령 제50조 제10항의 소정기간내에 면제신청을 하여야 하며 위 기간내에 면제신청을 하지 아니한 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없다고 해석하여야 할 것이고(88.5.24 대법원 88누1462도 같은 취지임), 같은법 같은조 제2항에 의하면 소관세무서장은 제1항 단서의 규정에 의한 실수요자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해토지에 국민주택을 건설하지 아니하는 경우에는 제1항 단서의 규정에 의하여 면제된 세액에 상당하는 금액을 그 실수요자로부터 법인세에 가산하여 징수하도록 규정하고 있다. 다음으로 매입자인 OO건설주식회사가 국민주택을 건설하지 아니 하였으므로 이 건 법인특별부가세를 그 매입자로부터 추징하여야 한다는 청구주장에 대하여 보면 전시관계규정 및 사실관계에서 본 바와 같이 청구법인은 쟁점토지를 국민주택건설용지로 양도하였으나 그 매입자는 소정기한내에 세액면제신청서를 제출하지 않았을 뿐만 아니라 국민주택을 건설하지도 않고 단기간(5개월)내에 제3자에게 양도하였으므로 청구법인의 경우는 특별부가세를 면제받을 수 없는 것이라 할 것이다. 따라서 쟁점토지의 양도에 관련하여 법인특별부가세를 면제받은 사실이 없는 상태에서 쟁점토지의 양도에 대한 특별부가세상당액을 그 매입자인 OO건설주식회사로부터 추징하여야 한다는 청구주장은 관계법령을 오해한 것으로 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.