양도차익계산을 어떠한 방법으로 할 것인가 여부(경정)

[참조결정] 국심1988서1427 / 국심1988전1653 / 국심1990서0694

[주 문] 서대전세무서장이 90.8.29자로 청구법인에 환급거부한 89사업 년도 법인세(특별부가세)분 방위세 66,391,470원을 환급거부한 처분은 이를 취소하고 취득가액을 법인세법시행령 부칙(대통 령령 제7464호 74.12.31) 제7조의 규정에 의거 기준시가에 의 하여 평가한 가액과 장부가액에 물가상승율을 감안한 가액중 많은 금액으로 하고 양도가액은 양도당시의 기준시가에 의한 가액으로 양도차익을 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하 고 청구법인이 수정신고한 환급세액의 범위내에서 이를 환급 한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 대전직할시 서구 OO동 OOO OOO에 본점을 두고 건설 및 토목업등을 영위하는 법인으로서, 68.2.5 대전직할시 서구 OO동 OOO O외 1건의 토지 14,658평방미터(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 이를 89.6.30 양도하고 90.3.31 특별부가세분 법인세 신고시 쟁점부동산에 대한 양도가액은 양도당시의 실지양도가액으로 하는 한편, 취득가액은 기준시가(실지 거래가액 불명)로 양도차익을 계산하여 89사업년도 특별부가세분 방위세 99,511,050원(특별부가세분 법인세는 89.12.30 개정전 조세감면규제법 제57조 제1항 제2호의 규정에 의거 면제)을 자진신고납부한 후 청구법인은 쟁점부동산의 취득 및 양도가액을 모두 기준시가로 한 양도차익을 산정하는 것이 타당하다고 판단하고 90.7.5 위와 같이 계산하면 동방위세가 33,119,570원이 되므로 기납부세액중 66,391,480원을 환급하여야 한다는 수정신고를 하였으나 처분청이 당초 신고납부한 세액이 정당하다고 보아 청구법인에게 90.8.29 환급거부처분을 함에 따라 청구법인은 이에 불복하여 90.9.15 심사청구를 거쳐 90.11.26 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점부동산을 76.12.31 이전에 취득하였으므로 쟁점부동산의 거래가액이 법인세법 제59조의2 제3항 단서의 규정에 의한 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”라는 조항에 해당되고, 위 조항에서 말하는 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라, 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에도 위 규정에 따라 두 가액을 모두 기준시가에 의한 금액으로 양도차익을 산정하는 것으로 보아야 할 것이므로 청구법인이 법인세법 시행령 부칙(74.12.31, 대통령령 제7464호) 제7조의 규정에 의거 쟁점부동산의 거래가액을 취득 및 양도당시 기준시가로 하여 수정신고한 이 건은 정당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 실지거래에 의한 장부의 기장의무가 있는 법인의 특별부가세 과세표준은 원칙적으로 실지거래가액에 의해 계산하도록 되어있으므로 이 건과 같이 취득시에 그 실지거래가액이 존재하고 양도당시 실지거래가액도 확인되는 경우에는 양도가액은 실지거래가액으로 하고 그 취득가액은 법인세법시행령 부칙(대통령령 제7464호, 74.12.31) 제7조에 의하여 계산한 금액으로 양도차익을 계산하여야 할 것이므로 처분청의 당초처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 심판청구의 다툼은 76.12.31 이전에 취득한 자산으로서 77.1.1 현재의 시가가 불분명한 경우에 그 양도차익계산을 어떠한 방법으로 할 것인가를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 청구법인은 쟁점부동산이 76.12.31 이전에 취득한 자산으로서 77.1.1 현재의 시가를 알 수 없어 취득 및 양도가액을 모두 기준시가에 의한 가액으로 하여 양도차익을 결정하고 과세함이 정당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 이 건 쟁점부동산의 양도당시 관계법령규정을 보면 법인세법 제59조의2(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서, 같은법 시행령 제124조의2 제6항에서 “법 제59조의2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조에서 “제59조의2에 규정하는 토지등으로서 76.12.31 이전에 취득한 것은 77.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조 및 동시행령부칙(88.12.31 대통령령 제12565호) 제12조(이하 “법인세법시행령 부칙 제7조”라 한다)에서 “76.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 77.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 77.1.1 현재의 기준시가. 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 76.12.31 이전의 장부가액에 76.12.31 이전의 취득일로부터 76.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 77.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”라고 규정함으로써 76.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있다. 따라서 이 건 쟁점부동산의 양도가액 및 취득가액의 산정에 있어서는 취득시기가 76.12.31 이전인 쟁점부동산의 취득가액은 앞에서 열거한 법인세법 부칙 제13조 및 같은법 시행령부칙 제7조의 규정에 의하여 77.1.1 현재의 시가에 의하여 평가하여야 하나 그 시가를 알 수 없는 때에 해당되고 또한 법인세법 제59조의2 제3항 후단에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하면서 같은법시행령 제124조의2 제6항에서 위의 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정된 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을 뿐 법인세법과 같은법시행령 어디에도 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1·2호(국가·지방자치단체, 기타법인과의 거래, 부동산투기거래)의 거래에 대한 양도차익계산방법을 규정한 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서와 같은 조항(환산가액)이나 소득세법 시행령을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준계산방법을 규정한 위 법인세법 및 같은법 시행령의 해석에 있어서는 비록 그 거래유형이 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1·2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 같은법시행령 같은조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다. 이러한 취지에서 대법원판례는 물론 최근의 심판결정례에서도 법인세법 제59조의2 제3항에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우”라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 두가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다는 태도를 견지하여 왔음을 알 수 있는 바, 결국 76.12.31 이전에 취득한 자산의 경우 77.1.1 현재의 시가를 알 수 있다면 그 시가가 실지취득가액이 되므로 양도가액 역시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이나, 그 시가를 알 수 없다면 77.1.1 현재의 기준시가에 의하여 취득가액을 결정하여야 할 것이며 양도가액 역시 기준시가에 의하여야 한다고 해석하는 것이 위 관계법령, 부칙규정 및 판례의 취지등에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다.[동지 대법원판례 86누935(86.10.28), 86누671(87.10.26), 심판결정 90서694(90.7.13), 88서1427(89.2.5), 88전1653(89.3.22)]. 그런데 처분청은 청구법인이 당초에 신고한 장부상 취득가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있다고 본 반면에 청구법인은 이를 실지거래가액이 불분명한 경우로 보아야 한다는 주장인 바 76.12.31 이전에 취득된 쟁점부동산의 경우에 있어서 77.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 한 위에서 설시한 바와 같이 실지거래가액이 불분명한 것으로 볼 수 밖에 없다 하겠고 따라서 77.1.1 현재의 기준시가는 결국 법인세법 시행령부칙 제7조가 규정하는 의제가액에 따라야 할 것인데 동 규정에 의하면 77.1.1 현재의 기준시가를 취득가액으로 하거나 76.12.31 이전의 장부가액에 76.12.31까지의 보유기간에 물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 77.1.1 현재의 기준시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 때에는 그 금액을 취득가액으로 하고 양도가액은 기준시가(국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액)로 하여 양도차익을 산정하는 것이 적법타당하다고 할 것이다. 그러하다면 청구법인이 법인세법 시행령부칙 제7조의 규정에 의거 77.1.1 현재의 기준시가를 쟁점부동산의 취득가액으로 하고 양도당시 쟁점부동산의 기준시가를 양도가액으로 하여 수정신고한 내용중 취득가액을 기준시가와 장부가액에 물가상승율을 감안한 가액중 많은 가액으로 양도차익을 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하고 청구법인이 수정신고한 환급세액의 범위내에서 환급함이 타당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.