[요지] 청구법인은 낙농가들로부터 매입한 원유를 면세와 과세재화용도별로 구분기장하여 과세재화용 원유구입액에 대하여는 의제매입세액공제를 받았고 그 당시는 원유생산량이 수요량을 초과하였던 시기이었으므로 과다매입된 원유는 불가피하게 전지분유상태로 가공하여 보관하였던 것이며 보관중에 있던 전지분유중 타사에 판매한 수량에 대하여는 부가가치세법 시행령 제62조 제2항의 규정에 의거 기공제받은 세액을 매신고시마다 정확하게 추가납부한 것으로 확인되고 있는 바 처분청이 89.6.30 현재 보관하고 있는 전지분유에 대하여 기공제받은 의제매입세액 상당액을 배제하고 부가가치세를 추가 경정과세하였음은 위법 부당함
[주 문] 청주세무서장이 90.1.5 청구법인에게 결정고지한 89년도 제1기 과세기간분 부가가치세 74,611,420원의 처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 사실 청구법인은 충청북도 청원군 옥산면 OO리 OOOOO에 본점을 두고 낙농가들로부터 원유를 수매하여 시유 및 유가공제품을 제조하는 법인으로 89년도 제1기 과세기간분 부가가치세 신고납부시 원유매입액에 대한 공제받을 의제매입세액을 92,624,835원으로 신고하였으나, 처분청이 원유를 전지분유상태로 가공하여 보관하고 있다는 사유로 89.6.30 현재 보관중인 전지분유 재고량에 대한 의제매입세액 상당금액을 부당공제로 보고 90.1.5 89년도 제1기 과세기간분 부가가치세 74,611,420원을 경정고지하자 이에 불복 90.3.2 심사청구를 거쳐 90.6.19 이 건 심판청구를 제기한 것이다.
2. 청구주장 청구법인은 낙농가들로부터 원유를 수매하여 우유를 제조·판매하는 중소기업체로서 88년도 하반기부터 원유의 생산량이 과다하여 낙농가들로부터 수매하는 원유가 사용하는 수량을 훨씬 초과하였던 실정으로 수매한 원유의 재고는 그 특성상 저장이 불가능하여 전지분유로 가공하여 보관하고 있었고 한번 전지분유로 가공된 반제품은 전량 과세재화인 유가공제품에만 투입하고 있는 바(식품제조허가서도 전지분유는 가공유의 제조에만 투입하도록 되어있다) 원유구입시점에서 과세재화용 원유매입액에 대한 의제매입세액을 적법하게 신청하여 공제하였음에도 불고하고 처분청이 과세제품원재료인 전지분유 재고량에 대하여 과세재화를 생산하지 않고 보관하고 있다는 사유로 그에 상당하는 의제매입세액 공제를 배제하고 이 건 부가가치세를 경정고지하였음은 부당하다는 주장이다.
3. 국세청장 의견 청구법인은 낙농가들로부터 원유를 구매하면서 이에 대한 의제매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고납부하여 왔고, 89년도 제1기 과세기간분 의제매입세액 공제를 받은 원유를 보면 구입된 원유중 대부분이 전지분유로 생산되고 생산된 전지분유중 과세재화로 투입된 량은 1,080㎏에 불과하고 대부분의 전지분유는 판매하였으며 일부만 재고량으로 보관하고 있음을 관계기록 및 확인서등으로 알 수 있는 바, 89년도의 경우 원유공급과잉으로 원유상태로는 보관이 불가능하여 전지분유로 생산하여 보관하고 있었고, 한번 전지분유로 제조한 제품은 전량 과세제품인 가공유에만 투입하고 있다는 청구주장과는 상호 배치되는 사실로 청구주장은 이유가 될 수 없다는 의견이다.
4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 유가공제품(과세재화)을 생산하여 판매하는 기업이 의제매입세액 공제를 받은 원유를 전지분유상태로 가공하여 보관하고 있는 경우 그에 상당하는 의제매입세액을 배제한 처분이 정당한 것인지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.
5. 심리 및 판단 이 건 당초 과세경위를 보면 처분청은 청구법인이 89년도 제1기 과세기간중 낙농가들로부터 매입한 원유로 전지분유를 생산한 수량은 506,300㎏인데 그중 과세재화생산에 사용한 량은 1,080㎏이고 외부에 판매한 량이 125,380㎏이나 되며 89.6.30 현재 379,840㎏을 보유하고 있는 바, 과세재화의 생산에는 주로 원유가 사용되었다는 확인서를 근거로 89.6.30 현재 보유하고 있던 전지분유재고량에 대하여 기공제받은 의제매입세액 상당금액을 추가 경정고지한 것임을 알 수 있는 반면 이에 대하여 청구법인은 낙농가들의 원유생산량은 88년도 하반기부터 수요를 초과하기 시작하여 정부시책에 따라 불가피하게 그 수요초과분 원유를 전량 매입하게된 것이나 원유의 특성상 보관이 되지 아니하여 초과원유를 분유상태로 가공, 반제품으로 보유하고 있었던 것으로 그 전지분유는 전량 과세재화의 생산에 사용할 것인데도 불구하고 처분청이 이에 대하여 기공제받은 의제매입세액 상당금액에 추가경정고지한 것은 위법 부당하다는 주장이다. 살피건대, 먼저 의제매입세액의 공제에 대하여 규정하고 있는 부가가치세법 제17조 제3항 동법시행령 제62조 제1항 제2항 및 동법시행규칙 제19조 제1항 제1호의 규정을 보면 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받은 농·축·수산물등을 원재료로 하여 과세재화를 생산하는 경우 그 원재료가 국내에서 생산된 경우 그 공급가액에 100분의 5를 곱하여 계산한 금액을 매입세액으로 하여 공제받을 수 있고 전시와 같이하여 공제받은 매입세액으로서 공제한 농·축·수산물등 원재료를 그대로 판매하거나 부가가치세가 면제되는 재화의 생산에 전용한 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제(차감)하도록 규정하고 있는 바, 의제매입세액 공제시기는 당해 원재료를 공급받은 때가 속하는 예정신고 또는 확정신고를 하는 때가 된다 할 것이다. [국세청부가 1265.2-1109(82.5.3), 부가1265.1-2411(84.11.14)동지] 다음으로 청구법인의 제품생산 및 원유구입등에 대한 사실관계를 보면, 첫째, 청구법인은 원유를 구입하여 면세재화인 시유(원유를 소독 내지 열처리한 백색우유)와 원유 및 전지분유에 첨가물료를 투입하여 제조하는 유가공제품(커피, 바닐라, 딸기우유 및 팻션쿨등으로 이는 부가가치세 과세대상 제품으로 이하 “유가공제품”이라 한다)을 생산하고 있는 바, 상기제품의 제조방법서등에 의하면 면세재화인 시유는 원유를 단순가공처리한 것으로 원유를 원재료로 사용하여야만 하나 과세재화인 유가공제품은 원유와 전지분유 및 탈지분유를 원재료로 사용할 수 있도록 되어있고, 둘째, 청구법인이 비치기장하고 있는 원유수불부에 의하면 청구법인은 낙농가들로부터 구입한 원유를 구입시점에 면세 및 과세재화용도별로 구분하여 기장하고 있는 바, 88년도 하반기부터 낙농가들의 원유생산량은 수요량을 훨씬 초과하였으므로 청구법인도 정부시책에 따라 그 초과분을 전량매입하였고 시유에 사용되는 원유를 제외한 매입원유는 모두 과세재화용 원유로 기장한 후 그중 원유상태로 투입되는 량을 초과하는 원유는 그 특성상 보관이 되지 않으므로 전지분유상태로 가공하여 과세재화에 사용할 반제품으로 보관하고 있었던 것으로 89년 제1기 과세기간분 전지분유생산 및 사용량은 다음과 같다. (단위:㎏) 전기이월 입고(생산) 출 고 당기재고 판 매 과세제품사용 98,920 506,300 125,380 1,080 478,760 [판매]: 청구법인의 계열법인인 주식회사 OO(아이스크림제조법인)에게 판매한 것임 또한 청구법인은 유가공제품특성상 탈지분유를 필요로 하나 자체 생산능력이 없어 OOOO주식회사로부터 일부를 매입하여 사용한 사실도 있는 바 89년도 제1기 과세기간분부터 90년도 제1기 과세기간분까지의 기간중 전지 및 탈지분유의 입고 및 사용명세서는 『별표1』과 같다. 셋째, 청구법인의 89년도 제1기 과세기간분 부가가치세 신고내용을 보면 청구법인은 원유구입량 6,086,545㎏에 대한 공제받을 의제매입세액은 106,139,597원이었으나 탈지분유등 구입량 50,000㎏과 대두구입량 73,000㎏을 공제받을 의제매입세액 대상 원재료에 추가한 반면 전지분유판매량 140,000㎏(주식회사 OO에게 판매한 수량임)에 대한 의제매입세액 상당금액은 공제받을 세액에서 차감(납부세액에 추가)하여 당기중 공제대상 의제매입세액을 92,624,835원으로 신고하였던 것이고 그 이후 각 예정 및 확정신고시에도 위와같은 방법으로 보유하고 있던 전지분유를 주식회사 OO에 판매한 량에 대하여는 기공제받은 의제매입세액 상당액을 납부할 부가가치세액에 추가납부하였음이 확인되는 바, 청구법인이 판매한 전지분유 수량과 부가가치세 신고시 납부할 세액에 추가한(공제할 세액에 차감한) 전지분유수량은 상호 부합되고 있다. (『별표2』부가가치세신고시 추가 납부한 명세서 및 『별표1』전지분유등 수불내용 참조) 전시 관계법령과 사실관계들을 종합하여 보면 청구법인은 낙농가들로부터 매입한 원유를 면세와 과세재화용도별로 구분기장하여 과세재화용 원유구입액에 대하여는 의제매입세액공제를 받았고 그 당시는 원유생산량이 수요량을 초과하였던 시기이었으므로 과다매입된 원유는 불가피하게 전지분유상태로 가공하여 보관하였던 것이며 보관중에 있던 전지분유중 타사에 판매한 수량에 대하여는 부가가치세법 시행령 제62조 제2항의 규정에 의거 기공제받은 세액을 매신고시마다 정확하게 추가납부한 것으로 확인되고 있는 바 처분청이 89.6.30 현재 보관하고 있는 전지분유에 대하여 기공제받은 의제매입세액 상당액을 배제하고 이 건 부가가치세를 추가 경정과세하였음은 위법 부당하다 할 것이고, 반면 청구주장은 이유가 있다고 판단된다.
6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별표1] 전지 및 탈지분유 수불내용 (단위: ㎏) 기간 이월 입 고 출 고 잔고 제조 구입 소계 판매 제품제조 소계 89.1-3 137,760 276,380 20,000 296,380 40,000 19,160 59,160 374,980 4-6 229,920 30,000 259,920 100,000 28,460 128,460 506,440 1기소계 506,300 50,000 556,300 140,000 47,620 187,620 506,440 89.7-9 506,440 128,400 0 128,400 22,900 22,820 45,720 589,120 10-12 182,700 0 182,700 2,000 15,720 17,720 754,100 2기소계 311,100 0 311,100 24,900 38,540 63,440 754,100 89년계 137,760 817,400 50,000 867,400 164,900 86,160 251,060 754,100 90.1-3 754,100 395,955 0 395,955 10,870 18,780 29,650 1,120,405 4-6 0 0 0 87,630 88,880 176,510 943,895 1기소계 754,100 395,955 0 395,955 98,500 107,660 206,160 943,895
• (84,320,000원) 89년도 2,000㎏ 7,000,000×5/105=333,333원 제2기확정분
• (7,000,000원) 90년도 10,870㎏ 39,187,500×5/105=1,866,071원 제1기예정분
• (39,187,500원) 90년도 87,630㎏ 328,612,500×5/105=15,648,214원 제1기확정분
• (328,612,500원)