법인이 74.12.31 이전에 취득한 부동산을 88.12.28 양도한데 대한 특별부가세과세표준의 계산에 있어서 양도가액을 실지거래가액으로, 취득가액을 환산한 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한 처분의 적부(경정)

[참조결정] 국심1988서1359 / 국심1989서2263 / 국심1988서1359 / 국심1990서0349

[주 문] 논산세무서장이 법인의 89.7.19 자 특별부가세 수정(환급)신고에 대하여 환급거부한 처분(거부처분간주일 89.9.17)은 당해부동산의 양도가액을 양도일 현재의 기준시가로 하고 취득가액을 75.1.1 현재의 기준시가로 하여 양도차익을 계산, 특별부가세 및 방위세를 경정, 환급한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 충남 OO군 OO읍 OO리 OOOOO에 본점을 둔 비영리법인으로서 67.4.7 국가로부터 취득한 충남 OO군 OO읍 OO리 OOOOO외 9필지 토지 10,232평방미터와 67.9.26 신축한 같은리 OOOOO 소재 건물(축사) 105.79평방미터(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 88.12.28 청구외 OOO에게 282,000,000원에 일괄 양도하고 89.3.14 자 88사업년도 법인세과세표준 신고시 특별부가세 과세표준을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액인 282,000,000원으로 하고, 취득가액은 소득세법 시행령 제115조 제1항(다)목 및 동령 제170조 제1항 단서규정에 의한 환산가액(이하 “환산한 기준시가”라 한다)으로 하여 특별부가세를 신고납부한 후 89.7.19에는 쟁점부동산에 대한 양도가액을 양도일 현재의 기준시가에 의하여, 취득가액을 75.1.1 현재의 기준시가에 의하여 양도가액을 수정하여 특별부가세 49,419,950원 및 방위세 9,883,990원의 환급신고를 하였으나 처분청은 위 당초신고와 같이 양도가액을 실지거래가액으로, 취득가액을 위 환산한 기준시가에 의한 양도차익계산방법이 정당하고 양도가액 및 취득가액을 각각 기준시가에 의거 양도차익을 계산한 수정신고방법은 부당하므로 위 특별부가세 및 동 방위세를 환급할 수 없다는 내용의 환급거부회신을 89.11.15 통지하자 청구인은 이에 불복하여 수정신고대로 환급해 줄 것을 구하면서 89.11.15 이의신청, 90.1.18 심사청구를 거쳐 90.4.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 이 건과 관련하여 대법원의 계속적인 판례(86누201, 88.11.22 등) 및 심판결정례(국심 88서1359, 89.2.3 등)를 모두어 볼 때 특별부가세의 계산은 실지거래금액에 의함을 기본원칙으로 하고, 취득·양도가액이 실지거래금액이 아닌 기준시가에 의한 경우에는 양도·취득가액 모두를 기준시가에 의한 계산만이 가능하다고 할 수 있는 바, 그 이외의 여타 계산방법에 의한 환산가액은 특별부가세 계산에 있어 적용할 여지가 없다고 볼 때 청구법인의 경우에는 취득가액을 구법인세법 시행령 부칙 제7조(74년 12월 31일 대통령령 7464호)에 따라 지방세법상 시가표준액 3,850,426(청구법인 수정신고시 산정한 3,715,462원은 계산상 오류임) 원으로 하고, 양도가액은 1988년 12월 28일 지방세법상 시가표준액으로 한 39,436,010원(청구법인의 양도토지등은 취득·양도시 모두 일반지역으로 현재까지도 일반지역임)으로 특별부가세를 계산한 1989년 7월 19일 과세표준 수정신고서는 적법한 법률해석에 의한 신고이며, 처분청이 달리 수정신고를 거부처분할 하등의 이유가 없다고 하겠으며, 구법인세법 시행령 부칙(74년 12월 31일 대통령령 제7464호) 제7조의 규정에 의한 의제취득가액(75.1.1 현재의 기준시가) 3,850,426원에 의하여 취득금액을 계산한 경우라면 당연히 양도가액도 기준시가 39,436,010원으로 특별부가세를 산정함이 법인세법 제59조의 2 및 동법기본통칙 7-2-2...59의 2(취득가액 및 양도가액 계산) 규정에 합당하므로 처분청의 환급거부통지처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 법인세법 제59조의 2 제3항의 규정에 의하면, 법인의 특별부가세 과세표준은 원칙적으로 실지거래가액에 의하여 계산하는 것이고 다만 양도와 취득가액이 불분명한 경우에만 그 당시의 기준시가에 의한다고 할 것이나 이 건은 청구법인의 장부상 기록된 실지거래가액이 확인되므로 취득가액이 불분명한 경우가 아니고, 구법인세법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 7464호) 제7조의 규정은 75.1.1 특별부가세 과세제도를 처음 시행하면서 그 시행이전에 취득한 자산의 시가상승율상당액에 대한 소급과세의 배제를 위한 특례 규정이지 법인세법 제59조의 2 제3항 단서에서 규정한 취득가액이 불분명한 경우에 해당된다는 것을 의미하는 것이 아니므로 쟁점부동산의 양도가액 및 취득가액은 공히 실지거래가액이 확인되고 있다고 볼 수 있으며, 따라서 이 건의 양도 및 취득가액은 확인된 실지거래가액에 의하는 것이 적법한 것이나 청구법인이 당초 신고한 취득가액(환산한 기준시가 26,568,617원)이 장부상 확인되는 실지취득가액(421,970원)보다 크므로 이 건 취득가액을 실지 취득가액으로 할 경우 청구법인은 불이익한 처분을 받게 되므로 불이익변경금 지원칙에 입각하여 결국 청구법인의 당초 신고방법을 채택하고 수정신고방법은 적용할 수 없다는 처분청의 환급거부통지는 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건은 법인이 74.12.31 이전에 취득한 부동산을 88.12.28 양도한데 대한 특별부가세과세표준의 계산에 있어서 양도가액을 실지거래가액으로, 취득가액을 환산한 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한 처분의 적부를 가리는 데 그 다툼이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 먼저 이 건의 수정신고경위와 청구주장을 살펴보면, 청구법인은 67.4.7 취득한 토지와 67.9.26 신축한 건물(쟁점부동산)을 88.12.28에 일괄 양도하고 법인세 특별부가세 및 동 방위세를 신고납부한 다음 양도차익계산방법을 변경하여 수정(환급)신고하였으나 처분청은 양도가액은 확인되는 실지거래가액으로 하고, 취득가액은 환산한 기준시가에 의하여 계산한 당초신고의 양도차익계산 방법을 채택하고 양도가액은 양도일 현재의 기준시가에 의하고, 취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가에 의하여 계산한 수정신고의 양도차익계산방법은 받아들일 수 없다는 의견으로 환급신고에 대한 거부회신을 통지하였고 청구법인은 쟁점부동산은 74.12.31 이전에 취득한 것이므로 취득가액을 75.1.1 현재의 기준시가에 의하고 이때 75.1.1 현재의 기준시가는 의제취득가액으로 시가를 알 수 없는 불분명한 경우 해당한다고 할 것이므로 양도가액도 기준시가에 의하여 양도차익을 계산함이 법인세법 제59조의 2 제3항 단서규정에 부합된다고 주장하고 있다. 이 경우 양도차익계산에 대한 관계법령규정을 보면, 법인세법 제59조의 2(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서 동법 시행령 제124조의 2 제6항에서는 “법 제59조의 2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의 2에 규정하는 토지등으로서 74.12.31 이전에 취득한 것은 75.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며, 동법시행령부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다” 규정함으로써 74.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있다. 그렇다면 이 건 청구법인의 양도차익을 계산함에 있어서 그 소유토지 및 건물을 74.12.31 이전에 취득하여 88년도에 양도한 것이므로 전시한 법인세법 시행령 부칙 제7조의 규정에 의거 취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가를 적용하야야 할 것이고, 이때 75.1.1 현재의 기준시가를 적용하는 것은 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 경우 즉 취득가액이 불분명한 경우를 의미하는 것이라고 볼 수 있으며, 전시한 법인세법 제59조의 2 제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 형평상 두가액중 어느 한쪽이 불분명한 경우도 포함된다고 보는 것이 대법원판례나 최근의 심판결정례의 견해이며(동지 대법원 86누201, 88.11.22 및 심판결정 국심 89서2263, 90.2.28), 한편 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서에서는 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 동령 제115조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 기준시가(환산가액)에 의하여 결정하도록 규정하고 있으나 이 건 양도당시(88년)의 법인세법과 그 시행령에는 어느 조항에도 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1, 2호의 거래(국가·지방자치 단체와의 거래, 부동산투기거래)유형에 따른 양도차익계산방법을 규정한 동법 시행령 제170조 제1항 단서와 같은(환산가액 적용) 조항이나 또는 같은 조항을 준용한다는 규정이 없으므로 법인세 특별부가세의 양도차익계산방법을 규정한 전시 법인세법 및 그 시행령의 해석적용에 있어서는 비록 그 거래유형이 위 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1, 2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 위 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다(동지 대법원 88누6269, 88.12.13 및 심판결정 국심 88서1359, 89.2.3). 그러므로 이 건의 경우 양도가액은 실지거래가액이 확인되나 그 취득가액은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당된다 할 것이므로 양도가액과 취득가액 모두를 전시한 법인세법 시행령 제124조의 2 제6항과 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호의 규정에 의하여 산정한 기준시가에 의하여야 한다는 것이 관계법령 및 판례등의 취지에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다(동지 대법원 86누671, 87.10.26 및 국심 90서349, 90.5.6등).

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.