법인이 74.12.31 이전에 취득한 자산으로서 75.1.1 현재의 시가가 불분명한 경우에 그 양도차익계산을 어떠한 방법으로 할 것인가 여부(경정)

[참조결정] 국심1989서2263 / 국심1989서0664

[주 문] 서대전세무서장은 청구법인의 89.3.29 신고, 납부한 88.1.1-12.31 사업년도 특별부가세분 법인세 34,118,000원 및 동방위세 1,892,705,450원과 관련하여 89.9.26 수정신고한데 대하여, 청구법인이 양도한 토지, 건물중

1. 74.12.31 이전에 취득한 부동산의 취득가액은 74.12.31 이 전의 장부가액에 취득일로부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한가액으로 하고 양도가액은 기준시가(국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액)로 하여 양도차 익을 계산하고,

2. 74.12.31 이후에 취득한 부동산의 취득가액과 양도가액은 실지거래가액으로 하여 양도차익을 계산하여, 그 과세표준과 세액을 경정하고, 청구법인이 89.9.26 수정신 고한 환급세액(특별부가세분 법인세 26,952,060원 및 동방 위세 1,046,917,300원)을 한도로 하여 이미 납부한 세액에서 환급한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 56.3.26부터 66.9.14까지 취득한 대전직할시 중구 OO동 OOO 외 3필지 공장용지 117,042평방미터에 58.12.31부터 83.11.29까지 공장을 신축하고, 68.11.24 대전직할시 중구 OO동 OOOOOO 외 1필지를 취득하여 72.12.30 사택을 신축(이하 공장과 사택을 “쟁점부동산”이라 한다)하여 공장은 88.5.17 청구외 OOOO주식회사에게 18,706,000,000원에 양도(연불조건으로 양도)하고 사택은 88.12.15 청구외 OOO(서울특별시 강동구 OO동 OOOOO)에게 170,000,000원에 양도하였다. 그리고 청구법인은 89.3.29 취득 및 양도가액을 실지거래가액으로 한 양도차익을 산정하여 88.1.1-12.31 사업년도 특별부가세분 법인세 34,118,000원 및 동방위세 1,892,705,450원을 신고납부한 후 89.9.26 취득 및 양도가액을 기준시가로 한 양도차익을 산정하면 신고납부하여야 할 특별부가세분 방위세는 7,165,940원 및 동방위세는 845,788,140원이므로 기납부세액에서 특별부가세분 법인세는 26,952,060원을, 동방위세는 1,046,917,300원을 환급하여야 한다는 수정신고를 하였으나, 처분청이 89.11.23 당초 신고납부한 세액이 정당하다고 청구법인에게 회신(환급거부처분)한 바, 청구법인은 이에 불복하여 89.12.2 심사청구를 거쳐 90.2.5 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점부동산을 74.12.31 이전에 취득하였으므로 법인세법 제59조의 2 제3항 단서의 규정에 의한 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”라는 조항에 해당되고, 이 경우 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라, 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에도 위 규정에 따라 두 가액을 모두 기준시가에 의한 금액으로 양도차익을 산정하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 법인세법 제59조의2 (과세표준) 제3항에 “제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”라고 규정하고 있고, 법인세법 기본통칙 제7-2-2.....59의2(취득가액 및 양도가액 계산) 제1항에 “특별부가세가 부과되는 토지등의 취득가액 및 양도가액은 다음 각호의 1에 의하여 계산한다(1호생략) 2호:1974.12.31 이전에 취득한 토지등의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 경우에는 75.1.1 현재의 기준시가)에 의하여 평가한 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로 부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가 상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 금액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 계산한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”라고 규정하고 있다. 그리고 청구법인은 쟁점부동산을 양도한 후 취득가액은 75.1.1 현재 장부가액으로 양도가액을 실지거래가액으로 하여 특별부가세를 신고납부하였다. 이 건은 실지거래가액에 의하여 결정하는 경우로서 74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가나(시가가 불분명한 경우는 기준시가)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 하거나 74.12.31 이전의 장부가액에 취득일로 부터 75.1.1 까지의 보유기간에 도매물가 상승율을 곱하여 계산한 금액이 큰 경우는 큰 금액을 취득가액으로 산출하도록 되어 있는 바, 처분청은 이 건 심사청구후 청구법인의 신고내용중 취득가액이 74.12.31 이전의 장부가액에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 가액의 합계액 1,626,199,720원이 75.1.1 현재의 시가(기준시가) 769,060,065원 보다 크므로 1,626,199,720원을 취득가액으로 (청구법인이 신고시 계산한 취득가액 1,287,397,633원)오류를 정정하여 결정하였다. 따라서 취득가액은 실지거래금액을 장부에 기장한 것이고 이는 실지 취득한 가액이므로 취득 및 양도의 실거래가액이 모두 확인된다고 하겠다. 그렇다면 전시한 관련 법규정과 사실관계를 모두어 볼 때 처분청의 이 건 특별부가세 결정에 달리 잘못이 발견되지 아니한다는 의견이다.

4. 쟁점 따라서 이 건의 쟁점은 법인이 74.12.31 이전에 취득한 자산으로서 75.1.1 현재의 시가가 불분명한 경우에 그 양도차익계산을 어떠한 방법으로 할 것인가를 가리는데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 청구법인은 쟁점부동산은 74.12.31 이전에 취득한 자산으로서 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없어 취득 및 양도가액을 모두 기준시가에 의한 가액으로 하여 양도차익을 결정하고 과세함이 정당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 관계법령규정을 보면 법인세법 제59조의 2(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서, 같은법 시행령 제124조의 2 제6항에서 “법제59조의2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙 (74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의 2에 규정하는 토지등으로서 74.12.31 이전에 취득한 것은 75.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 부칙 (74.12.31 대통령령 제7464호)제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가 이하같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정함으로써 74.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있다. 따라서 이 건 쟁점부동산의 양도가액 및 취득가액의 산정에 있어서는 취득시기가 74.12.31 이전인 쟁점부동산의 취득가액은 앞에서 열거한 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조 및 같은법 시행령부칙 (74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조의 규정에 의하여 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가하여야 하나 그 시가를 알 수 없는 때에 해당되고 또한 법인세법 제59조의 2 제3항 후단에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하면서 같은법시행령 제124조의2 제6항에서 위의 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정된 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을뿐 법인세법과 같은법시행령 어디에도 소득세법시행령 제170조 제4항 제1·2호(국가·지방자치단체, 기타법인과의 거래, 부동산투기거래)의 거래에 대한 양도차익계산방법을 규정한 소득세법시행령 제170조 제1항 단서와같은 조항(환산가액)이나 소득세법 시행령을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준 계산방법을 규정한 위 법인세법 및 같은법 시행령의 해석에 있어서는 비록 그 거래유형이 소득세법시행령 제170조 제4항 제1·2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 같은법시행령 같은조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다. 이러한 취지에서 대법원판례는 물론 최근의 심판결정례에서도 법인세법 제59조의2 제3항에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우”라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만아니라 두가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다는 태도를 견지하여 왔음을 알 수 있는 바, 결국 74.12.31 이전에 취득한 자산의 경우 75.1.1 현재의 시가를 알 수 있다면 그 시가가 실지취득가액이 되므로 양도가액 역시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이나, 그 시가를 알 수 없다면 75.1.1 현재의 기준시가에 의하여 취득가액을 결정하여야 할 것이며 양도가액 역시 기준시가에 의하여야 한다고 해석하는 것이 위 관계법령, 부칙규정 및 판례의 취지등에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다. ［동지 대법원판례 86누 935(86.10.28), 86누 671(87.10.26), 심판결정 88서 1427(89.2.5), 88전 1653(89.3.22)］ 그렇다면 74.12.31 이전에 취득하고 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 쟁점부동산의 경우에는 취득가액을 75.1.1 현재의 기준시가로 하고 양도가액 역시 양도당시의 기준시가로 하여 양도차익을 산정하는 것이 적법타당하다 할 것이다. 그러나 국세청장의 이 건 심사청구에 의한 결정내용을 보면, 쟁점부동산의 경우 청구법인의 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 기준시가에 의하여 평가한 가액보다 많으므로, 법인세법시행령 (88.12.31 개정이전의 것)부칙 제7조 후단의 규정에 의하여 장부가액에 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액을 취득가액으로 하고 양도가액은 기준시가(국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액)로 양도차익을 산정하는 것이 적법 타당하다 할 것이다(국심 89서2263, 90.2.28 결정 참조). 다만, 청구법인이 양도한 쟁점부동산중에는 74.12.31 이후에 취득한 건물(대전직할시 중구 OO동 OOOOO 건물면적 202.98평방미터의 검사실등 창고, 보일러실, 공장, 체육관등으로서 처분청에 취득 및 양도일자를 알 수 있는 증빙이 이미 제출된 바 있으므로 기재하지 아니함)이 일부 있는 바, 74.12.31 이후에 취득한 그 건물에 대하여는 앞에서 열거한 법인세법부칙 제13조 및 같은법시행령 부칙 제7조의 규정이 적용되지 아니하므로, 법인세법 제59조의2 제3항 본문의 규정에 의하여 취득 및 양도가액을 실지거래가액으로 양도차익을 산정(74.12.31 이전에 취득한 건물과 74.12.31 이후에 취득한 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 법인세법시행령 제124조의 2 제3항의 규정을 준용하여 안분계산하여야 함)하여야 할 것이고, 쟁점부동산중 74.12.31 이전에 취득한 부동산의 취득가액은 74.12.31 이전의 장부가액에 취득일로부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액으로 하고, 양도가액은 기준시가(국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액)로하여 양도차익을 산정함에 따라, 이 건 심판청구의 대상이 된 수정신고한 환급세액(특별부가세 26,952,060원 및 방위세 1,046,917,300원)을 초과하여 환급하여야 할 세액이 발생하더라도, 수정신고한 환급세액을 초과하여 환급할 수는 없는 것(88누6436, 89.6.15 대법원의 전원합의부 판결, 국심88서 1302, 89.3.2, 국심 89서664, 89.8.1 참조)이므로 수정신고한 환급세액을 한도로 하여 환급세액을 경정하여야 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.