청구인이 주장하는 등록세 및 취득세등 00원을 필요경비로 공제할 수 있는지 여부(경정)

[주 문]

1. 관악세무서장이 90.8.16자로 청구인에게 한 89년 귀속분 양 도소득세 25,759,820원 및 동 방위세 5,528,430원의 부과처분 은 741,313원을 필요경비로 공제하여 당해 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울시 관악구 OO동 OOOOO에 주소를 둔 사람으로 청구외 OOO, 동 OOO과 공동으로 88.7.25 청구외 OOO으로부터 취득한 경기도 여주군 점동면 OO리 O OOOO 소재 임야 295,570평방미터(이하 “이 건 임야”라고 하며 이중 청구인 지분은 1/3임)와 청구인 단독으로 88.11.6 청구외 OOO으로부터 취득한 위 같은리 OOO 소재 답 3,921평방미터(이하 “위 임야와 함께 이 건 부동산”이라 한다)를 89.5.2 청구외 OO에게 양도하고 위 부동산중 청구인 소유지분에 관한 취득 및 양도가액을 기준시가(지방세법상의 과세시가표준액)로 계산하여 89.5.2 처분청에 자산양도차익예정신고 및 자진납부한데 대하여 처분청은 당초 청구인의 자산양도차익을 기준시가로 계산하여 납부세액 미달로 결정(이하 “당초결정”이라 한다)하였다가 청구인이 이 건 부동산을 취득하여 1년이내 단기양도하였다 하여 구소득세법 시행령 제170조 제4항 제2호 및 재산제세조사사무처리규정(국세청 훈령 제980호, 87.1.26) 제72조 제3항 제5호의 규정에 의거 청구인의 자산양도차익을 실지거래가액으로 계산하여 90.8.16 청구인에게 89년 귀속분 양도소득세 25,759,820원 및 동 방위세 5,528,430원을 결정고지하였다.

2. 청구인 주장 처분청은 이 건 부동산거래가 1년미만의 단기양도한 경우에 해당된다 하여 구소득세법 시행령 제170조 제4항 제2호 및 국세청훈령(제980호, 87.1.26)인 재산제세조사사무처리규정 제72조 제3항 제5호의 규정에 의거 청구인의 자산양도차익을 실지거래가액으로 결정하였으나 위 시행령 규정은 1년미만의 단기양도거래에 있어서도 특정지역으로 고시된 지역에 한하여 적용되어야 할 것이므로 특정지역이 아닌 이 건 부동산에 대하여 위 시행령을 적용하여 과세함은 위법하고, 또한 위 재산제세조사사무처리규정 제72조 제3항은 모든 납세자가 인지하여 지킬수 있도록 적법한 절차에 의거 공포하거나 고시한 바 없으므로 동 규정에 의거 이 건 과세함은 위법하다는 주장이고, 예비적 청구로서 청구인등 3인이 이 건 임야를 취득시 취득세, 등록세 및 동 방위세 등으로 2,223,940원을 납부하였음이 관련 영수증에 의거 확인되므로 청구인의 양도차익을 계산시 위 납부액중 청구인지분(1/3)에 해당하는 741,313원을 필요경비로 공제하여야 함에도 처분청이 이를 공제하지 아니함은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 구소득세법 시행령 제170조 제4항 제2호의 규정은 특정지역에만 적용되는 규정이 아니고 위 시행령의 위임을 받아 제정 시행된 국세청훈령도 소득세법 시행령이 적법하게 공포 시행된 것이므로 동일한 효력이 있다 할 것이어서 처분청이 이 건 양도차익을 위 규정에 의거 실지거래가액으로 결정한 당초처분은 정당하고, 한편, 청구인은 취득세, 등록세등 2,223,240원중 청구인지분 1/3에 해당되는 741,313원을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나 처분청이 당초처분시 소득세법 시행령 제94조 제5항에 의거 917,252원을 필요경비로 공제하였으므로 기공제액을 초과하지 않은 청구인의 주장은 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 쟁점은 구소득세법 시행령 제170조 제4항 제2호의 규정이 특정지역에만 적용되는 규정인지와 국세청장의 훈령인 재산제세조사사무처리규정이 공포하지 아니한 것이어서 무효의 규정인지를 가리고, 예비적청구로서 청구인이 주장하는 등록세 및 취득세등 741,313원을 필요경비로 공제할 수 있는지를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

• 가. 주청구에 대하여 청구인등이 이 건 부동산을 취득하여 1년이내 단기양도한 사실과 관련, 처분청이 구소득세법 시행령 제170조 제4항 제2호 및 재산제세조사사무처리규정(국세청훈령 제780호, 87.1.26) 제72조 제3항 제5호의 규정에 의거 청구인의 양도차익을 실지거래가액으로 결정하여 이 건 과세한 데 대하여 청구인은 위 시행령규정은 특정지역으로 고시된 지역의 부동산에만 적용되는 규정임을 전제로 특정지역이 아닌 이 건 부동산의 거래에 적용함은 위법하고 또 위 국세청 훈령은 적법한 절차에 따라 공포하지 아니한 무효의 규정이니 동 규정에 의거 이 건 과세함은 위법하다고 주장한다. 살피건대, 이 건 부동산 양도당시(89.5.2) 시행된 구소득세법 시행령 제170조 제4항의 규정에 의하면, “법 제23조 제4항 단서 및 법 제45조 제1항 제1호 단서에서 『대통령령이 정하는 경우』라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다”라고 규정하면서 그 제2호에서 “국세청장이 지역에 따라 정하는 일정규모 이상의 거래, 기타 부동산투기의 억제를 위하여 필요하다고 인정되어 국세청장이 지정하는 거래에 있어 양도 또는 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우”라고 규정하고 있고, 위 시행령의 위임에 따라 국세청장이 정한 재산제세조사사무처리규정(국세청 훈령 제980호, 87.1.26 개정) 제72조 제3항에서 『“국세청장이 지역에 따라 정하는 일정규모 이상의 거래 기타 부동산투기의 억제를 위하여 필요하다고 인정되어 국세청장이 지정하는 거래”라 함은 양도 또는 취득당시의 실지거래가액이 확인된 경우로서 그 거래내용이 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다』라고 규정하고, 그 거래내용을 제1호에서 8호까지 열거하고 있는 바, 구소득세법 시행령 제170조 제4항 제2호의 규정은 동 규정의 위임에 따라 국세청장이 정한 거래에 해당하는 경우에는 당해 부동산이 특정지역으로 고시된 지역이든 일반지역이든간에 관계없이 실지거래가액이 확인되면 그 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 결정하도록 한 규정인 것으로 풀이되고, 한편, 위 국세청훈령은 국세청장이 구소득세법 시행령 제170조 제4항 제2호에 해당할 거래를 행정규칙의 형식으로 지정한 것으로서 이것 자체가 법령은 아닌 것이므로 이를 “법령등 공포에 관한 법률”이 정하는 바에 따라 공포(관보게재)하지 아니하였다고 하여 그 효력이 없다고 할 수는 없는 바(대법원 89누3328호, 89.10.24 동지), 이 건의 경우, 위 재산제세조사사무처리규정 제72조 제3항 제5호에서 규정한 “부동산을 취득하여 1년이내 양도한 때”에 해당되므로 처분청이 청구인의 양도차익을 확인된 실지거래가액으로 결정하여 과세함은 적법타당하다고 판단되고, 따라서 이와 다른 견해에서 이 건 처분이 위법하다는 청구인의 주장은 관계법리를 오해한 독자적인 견해에 불과하여 이유가 없다.
• 나. 예비적청구에 대하여 청구인이 청구외 OOO외 1인과 공동으로 이 건 임야를 취득하면서 취득세 786,210원과 등록세 1,179,320원 및 동 방위세 235,860원, 인지세 22,550원, 계 2,223,940원을 납부한 바 있으니 위 납부액중 청구인지분(1/3)에 해당하는 741,313원을 필요경비로 공제하여야 한다는 주장에 대하여 국세청장은 처분청이 소득세법 시행령 제94조 제5항의 규정에 의거 917,252원을 필요경비로 기공제한 사실이 있으므로 이 부분 청구주장은 이유 없다는 의견이므로 이를 살펴보건대, 처분청이 제시한 이 건 처분과 관련한 당초결정 및 경정결정결의서 각 기재에 의하면, 처분청은 이 건 양도차익을 기준시가로 계산한 당초 결정시에는 위 국세청장 의견에서와 같이 917,252원을 필요경비로 공제하였다가 당해 양도차익을 실지거래가액으로 경정결정하면서 위 필요경비를 공제하지 아니하였음이 확인되는 바, 위 취득세, 등록세 등은 소득세법 제45조 제1항 소정의 필요경비에 해당되고 청구인등이 위 2,223,940원을 납부한 사실이 관련 영수증에 의거 확인되므로 위 납부액중 청구인 지분에 해당하는 741,313원은 이를 필요경비로 공제함이 타당하다 할 것이어서 이 부분 청구주장은 이유 있다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.