부동산을 청구법인의 고유목적에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부와 법인이 74.12.31 이전에 양도한 부동산 양도시 양도차익 결정방법을 어떻게 보아야 하는 것인지 여부(취소)

[참조결정] 국심1989서2263 / 국심1990서0986

[주 문] 청량리세무서장이 90.6.1자로 청구법인에게 부과한 87.1.1-12.31사업년도분 법인세(특별부가세) 76,360,280원은 이 를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울시 동대문구 OO동 OO에 주사무소를 두고 있는 OOO OOO OOOO교 한국연합회 유지재단이라는 비영리법인으로서 청구법인이 취득하여 청구법인 산하의 학교법인 OO학원이 OOOO국민학교의 학교부지 및 교사로 사용하여 오던 광주시 서구 OO동 OOO외 5필지 토지 4,422평방미터 및 동지상건물 96.79평방미터(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 87.11.7 양도하고 구법인세법 제59조의3 제1항 제17호(종교법인의 고유목적에 사용하는 토지에 대한 특별부가세 비과세)의 규정을 적용하여 당해사업년도 법인세 신고시 특별부가세를 비과세 신고하였는 바, 처분청은 청구법인과의 별개의 법인인 학교법인 OO학원이 쟁점부동산을 학교부지등으로 사용하였으므로 이를 청구법인의 교육목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다는 이유를 들어 특별부가세 비과세적용을 배제하고 90.6.1자로 법인세(특별부가세) 76,360,280원을 부과하였고 청구법인은 이에 불복하여 90.7.30자 심사청구를거쳐 90.11.8자로 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인의 주장 89.12.30 개정된 법인세법 제59조의3 제1항 제17호에는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격이 없는 사단·재단 기타 단체를 포함한다)이 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 비과세한다”라고 규정하고 있고, 여기서 법인의 고유목적에 직접 사용하였는지의 여부를 판단하기 위해서는 법인의 목적사업이 무엇인지를 살펴보아야 할 것인 바, 민법 제32조에 의하여 설립된 청구법인의 목적사업이라 함은 정관에서 정하고 있는 목적에 의하여 판단될 것으로서 청구법인의 정관(85.5.8 문화공보부 정관변경인가) 제3조(목적)에는 “본법인은 OOO OOO OOOO교의 교리에 입각한 선교, 교육, 의료, 출판, 구호사업을 행하며 구주예수그리스도의 영원한 복음과 하나님의 뜻을 온세상에 전파하는데 필요한 재산을 소유 관리하고 그 비용을 공급함을 목적으로 한다”라고 정하고 있어 OOO OOO OOOO교 교리에 입각한 교육사업은 청구법인의 고유목적사업이라 할 것이며, 또한 청구법인이 쟁점부동산을 취득하여 양도할 때까지 고유목적사업인 교육사업에 직접 사용하였다는 사실은 청구법인이 1962년도에 OOOO국민학교를 설립하여 이를 직접 운영하여 왔고 쟁점부동산을 위 학교의 교사부지 및 교사로 사용하여 왔다는 사실이나 청구법인이 교육사업의 운영을 위하여 청구법인 산하에 교육부를 두고 전국에 걸쳐 설립되어 있는 학교법인 OO학원 소속 초·중·고·대학교등의 교육업무를 관장하고 있으며, 비용의 조달 및 이의 감사 업무뿐만 아니라 교원의 채용 및 승진과 해고에 관한 업무를 직접 수행하고 있는 사실과 63.6.26에 사립학교법이 제정되어 그에 따라 청구법인의 산하에 별도의 학교법인 OO학원을 설립하고 학교운영에 관한 대외적인 업무 및 교육의 실행업무를 수행하도록 하였으나 학교법인 OO학원의 제반업무에 관해서 여전히 청구법인이 직접 관장하고 있는 사실등에 의하여 명백히 밝혀지고 있으므로 쟁점 부동산 양도에 대하여는 위 법인세법 제59조의 3 제1항 제17호의 규정이 적용되어 특별부가세가 비과세되어야 하며, 설사 쟁점부동산 양도에 대하여 특별부가세가 과세되더라도 처분청은 이 건 양도차익을 부당하게 결정한 잘못이 있는 바, 즉 처분청은 쟁점부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 취득당시의 실지거래가액이 불분명하여 소득세법시행령 제170조 제1항 단서의 규정을 준용하여 소득세법 시행규칙 제56조의 5 제5항에 규정된 방법인 양도가액을 양도 및 취득당시의 과세시가표준액으로 환산한 금액을 취득가액으로 삼아 특별부가세의 과세표준을 계산하였으나, 특별부가세의 과세표준인 양도차익의 계산방법에 대한 규정은 법인세법 제59조의2 제3항 및 동법시행령 제124조의 제6항에서 규정하고 있을 뿐인데, 동 조항에서 양도당시의 실지거래가액만 확인되고 취득당시의 실지거래가액이 불분명한 경우에 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서 조항을 준용한다는 규정이 없으며, 법인세법 제59조의 2 제3항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 하도록 되어있으므로 74.12.31 이전에 취득하여 의제취득일(75.1.1)현재의 시가를 알 수 없는 쟁점부동산의 양도차익은 양도 및 취득가액 모두 기준시가를 적용하여 경정하여야 한다는 주장이다(대법원판례 89서2263, 90.2.28자, 국세심판례 90서986, 90.8.28자등 같은 뜻임).

3. 국세청장 의견 법인세법 제59조의3 제1항 제17호의 규정은 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 양도함으로서 발생하는 소득”에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니하는 것으로 되어 있어, 종교재단이 당해 고유목적에 직접 사용하는 토지를 매각하는 경우에 특별부가세를 부과하지 아니하는 것이므로 이 건의 경우 쟁점부동산이 재단법인 OOO OOO OOOO교 한국연합회 유지재단의 고유목적에 직접 사용되었는지의 여부를 보면 청구법인이 69.11.17 취득한 쟁점부동산은 양도일 현재까지 학교법인 OO학원이 광주시 서구 OO동 소재 OOOO국민학교 부지 및 교사로 사용한 사실과 64.4.23자로 문교부장관 인가된 학교법인 OO학원은 교육사업을 목적으로 설립된 법인으로서 청구법인과는 그 인격이 다른 것에는 다툼이 없으며, 다만 종교재단인 청구법인의 고유목적사업중의 하나인 교육사업을 청구법인이 전액 출자하여 설립한 학교법인 OO학원이 청구법인을 대신하여 수행한 것이므로 위 학교법인이 사용한 쟁점부동산은 결국 청구법인이 사용한 것과 같다는 주장이나, 청구법인의 목적사업을 열거한 정관에는 국민학교 교육에 대한 것은 전혀 언급한 사실이 없는 점이 청구인이 제시한 입증서류중 청구법인의 “정관”에 의하여 확인되며 조세감면에 관한 세법규정을 적용함에 있어 이 건과 같이 학교법인의 고유목적인 교육목적으로 사용하던 타법인(청구법인) 소유의 부동산처분에 따른 양도소득까지도 감면 또는 비과세할 수는 없다 할 것이므로 청구주장은 받아들일 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 청구는 쟁점부동산을 청구법인의 고유목적에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부와 법인이 74.12.31 이전에 양도한 부동산 양도시 양도차익 결정방법을 어떻게 보아야 하는 것인지 여부에 각각 그 다툼이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 쟁점부동산이 청구법인의 고유목적에 직접 사용되었으므로 특별부가세가 비과세되어야 한다는 청구주장에 대하여 살펴본다. 먼저, 쟁점부동산의 취득 및 양도경위를 보면 청구법인이 1904.9.4 창립되어 OOO OOO OOOO교의 교리에 입각한 선교·교육·의료·출판 및 구호사업등을 영위하여 오면서 62.11.5자로 OOOO국민학교(이하 “학교”라 한다)를 설립하였고(전남교학 제O호, 62.11.5 전라남도지사) 69.11.17자로 쟁점토지를 취득하여 학교부지 및 운동장으로 사용하다가 79.5.12자로 쟁점토지상에 건물을 신축하여 학교교사로 사용하여 오다가 87.11.6자로 쟁점부동산(토지 및 건물)을 주식회사 OO에 214,080,000원에 양도하고 그 양도대금을 학교법인 OO학원에 무상으로 지급함으로써 새로운 학교교사를 신축한 것으로 밝혀지고 있는 바(기본재산처분 및 동재산 처분금 무상양도승인, 86.7.22자, 문화공보부장관등), 청구법인은 88.3.30자로 87.1.1-12.31사업년도분 법인세등 신고하면서 쟁점부동산은 청구법인의 고유목적사업인 교육사업에 사용하였다는 이유로 구법인세법 제59조의3 제1항 제17호의 규정을 적용하여 특별부가세를 비과세신고하였고, 처분청은 쟁점부동산을 소유하고 있는 청구법인과 쟁점부동산을 교사등으로 사용하고 있는 학교법인 OO학원은 각각 별개의 법인이라는 이유로 청구법인이 쟁점부동산을 학교법인 OO학원에 무상으로 임대한 것으로 간주하여(무상임대사실을 실제로 확인한 근거는 없음) 쟁점부동산을 청구법인의 고유목적에 사용한 부동산으로 볼 수 없다 하여 특별부가세 비과세 적용을 배제한 것으로 나타나고 있다. 살피건대, 위 법인세법 제59조의3 제1항 제17호의 규정을 적용받기 위하여는 양도부동산이 종교법인의 고유목적에 직접 사용하던 부동산이어야 할 것을 요건으로 하고 있고 쟁점부동산이 교육사업에 사용된 사실에는 다툼이 없으므로 교육사업을 청구법인의 고유목적사업으로 볼 수 있는지 여부를 보면, 첫째, 청구법인의 설립이후 계속적으로 변경된 정관(69.6.12자와 74.3.8자 및 85.5.8자로 각각 문공부장관으로부터 변경허가)상에 교육사업이 사업목적으로 명시되어 있었고 교리에 입각한 선교, 교육사업등을 행하는데 필요한 재산을 소유, 관리하고 그 비용을 공급하는 것을 사업목적으로 나타내고 있으며, 둘째, 청구법인이 실질적으로 교육사업의 운영을 위하여 청구법인 산하에 교육부를 두고 전국에 걸쳐 설립되어 있는 학교법인 산하의 초·중·고·대학교의 교육업무를 관장하면서 비용의 조달 및 감사업무등을 수행하고 있는 사실이 청구법인의 행정지침(89.3.25자)이나 청구법인의 재단이사장이 당연직으로 산하기관인 학교법인 OO학원의 이사장을 겸직하고 있는 사실등에 의하여 밝혀지고 있으며, 셋째, 청구법인이 창립(1904.9.4)된 이래 계속적으로 전국에 걸쳐 초·중·고·대학교를 설립하여 왔으며 OOOO국민학교도 청구법인명의로 설립신청를 하여 62.11.5자로 설립인가(전라남도지사) 받은 것으로 확인되고 있고 청구법인이 69.11.17자로 쟁점토지를 취득하고 79.5.12자로 쟁점건물을 신축한 후 양도시까지 쟁점부동산을 법인의 기본재산에 등재하여 운영하여온 사실이 문공부장관에게 매년 보고하는 기본재산목록등에 의하여 나타나고 있어 위와 같은 사실등에 비추어 볼 때 교육사업은 청구법인의 고유목적사업에 포함되는 것으로 보지 아니할 수 없다 할 것이다. 다음으로 처분청이 본 바와 같이 쟁점부동산의 소유주체(청구법인)와 사용주체(학교법인 OO학원)가 다르다는 이유로 이를 고유목적에 사용한 것으로 볼 수 없는 것인지 여부를 살펴보면, 첫째, 위에서 본 바와 같이 학교법인 OO학원은 청구법인 산하의 별도법인으로서 학교운영에 관한 대외적인 업무 및 교육의 실행업무를 수행하고 있고 청구법인은 학교법인 OO학원의 제반업무를 관장하고 있으므로 실질적인 측면에서 소유주체와 사용주체가 다르다는 사실은 그다지 문제가 되는 것이라고 볼 수는 없으며(법인세법 기본통칙 7-3-18...59의3에서도 종교법인이 취득한 기본재산은 등기부상의 명의에 불구하고 고유목적에 사용하는 경우 고유목적용 기본재산으로 보고 있음), 둘째, 쟁점부동산 처분시 청구법인은 처분계획 및 처분대금 사용에 대하여 문화공보부로부터 사전승인(86.7.22 문화공보부장관)을 받은 바 있고 실제로 쟁점부동산 처분대금은 학교법인 OO학원에 귀속되어 OOOO국민학교의 신축자금에 사용된 것으로 나타나고 있어(문화공보부장관에게 제출한 보고서 88.3.8자등) 결과적으로 그 처분대금은 교육목적에 사용된 것으로 볼 수 있고, 셋째, 등기상의 명의에 불구하고 쟁점부동산의 실질소유자를 그 사용자인 학교법인 OO학원으로 볼 경우에도 쟁점부동산은 학교법인의 기본재산에 해당되어 특별부가세가 면제(법인세법 제59조의 3 제2항 제3호)될 수 있는 것이므로 위와 같은 실질적인 측면에서 볼 때에도 쟁점부동산의 등기상의 소유주체와 실제 사용주체가 각각 별개의 법인이라는 이유만으로 비과세적용을 배제할 수는 없는 것으로 판단된다. 따라서 청구법인의 고유목적인 선교·교육사업에 직접 사용된 쟁점부동산의 양도에 대하여 처분청이 법인세법 제59조의3 제1항 제17호의 규정의 적용을 배제하고 이 건 법인세(특별부가세)를 부과한 처분은 부당하다 할 것이다. 한편, 쟁점부동산의 양도차익 결정방법이 부당하다는 청구주장은 위 청구가 받아들여져 비과세되는 경우 다툼에 실익이 없어 그 심리를 생략한다.

6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다