청구인의 주택 양도가 비과세되는 1세대1주택의 양도에 해당되는지 여부(경정)

[참조결정] 국심1989서0273

[주 문] 양천세무서장이 90.6.8자로 청구인에게 한 88년도 귀속분 양 도소득세 17,068,730원 및 동 방위세 3,413,760원의 부과처분 은, 쟁점주택(서울시 성북구 OO동 OOOOOO OO 소재 대지 192평방미터 및 건물 76.7평방미터)을 과세대상에서 제 외하여 위 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울시 성북구 OO동 OOOOOO OO 소재 대지 192평방미터 및 건물 76.6평방미터(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 76.6.8 취득하여 88.9.28 양도하고, 인천시 동구 OO동 OOOOO OOO 대지 57.9평방미터, 같은동 OOOOO OOO 대지 44.6평방미터 및 건물 52.89평방미터(이하 “인천시 OO동 주택”이라 한다)를 82.6.14 취득하여 88.9.27 양도하고, 부천시 OO동 OOOOOO OOO(지번이 당초 같은시 OO동 OOOOOO OO → OO동 OOOOOO OO → 현재의 OO동 OOOOOO OOO로 변경) 대지 184.8평방미터 및 건물 82.64평방미터(이하 “부천시 OO동주택”이라 한다)를 74.5.28 취득하여 88.5.2 양도한 사실에 대하여, 처분청은 위 세주택의 양도 및 취득가액을 기준시가에 의하여 양도차익을 계산(다만, 부천시 OO동 주택은 대지부분만 계산)하고 청구인의 부천시 OO동주택(대지부분) 및 인천시 OO동주택에 대한 89.5.31자 자진납부세액을 공제한 후 90.2.28자 공시송달로 청구인에게 양도소득세 20,815,770원 및 동 방위세 4,163,170원을 과세(처분청은 쟁점주택 대지부분의 취득시 등급적용착오로 인하여 90.6.8자로 양도소득세 17,068,730원 및 동 방위세 3,413,760원으로 경정)하였는 바, 청구인은 이에 불복하여 90.5.8 심사청구를 거쳐 90.8.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 청구인은 쟁점주택을 88.9.28 양도하고 인천시 OO동주택을 88.9.27 양도하고 부천시 OO동주택을 88.5.2 양도한 후, 위 3주택 중 먼저 양도한 인천시 OO동주택과 부천시 OO동 주택은 89.5.31 해당 양도소득세를 자진납부하였으므로 쟁점주택의 양도는 1세대1주택의 양도로서 비과세되어야 함에도 이 건 과세한 것은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구인이 쟁점주택에 거주하지 아니한 사실에 다툼이 없는 이 건의 경우 소득세법 시행령 제15조 제1항 단서 및 동 법 시행령 제1항 제2호의 규정과 동법 시행규칙 제6조 제3항에 의하여 청구주장이 정당한지를 판단하여야 할 것인데 청구인이 쟁점주택을 취득한 76.6.8 이후 양도한 88.9.28간에 쟁점주택이외에 인천시 OO동주택을 82.6.14 취득하여 소유한 사실(88.9.27 양도할 때까지 소유)이 등기부등본에 의해 확인되므로 위 법 규정에 비추어 볼 때 1세대1주택의 양도로 인정할 수는 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은 청구인의 쟁점주택 양도가 비과세되는 1세대1주택의 양도에 해당되는지 여부를 가리는 데에 있다고 할 것이다.

5. 심리 및 판단 이 건 청구인의 부동산 취득 양도에 관한 국세청 전산자료와 청구인의 주민등록표등본 및 동 등본상 주소지 주택의 등기부등본 등 자료를 보면, 청구인은 쟁점주택을 76.6.8 취득 88.9.28 양도하였고, 인천시 OO동주택을 82.6.14 취득 88.9.27 양도하였으며, 부천시 OO동주택을 74.5.18 취득 88.5.2 양도하였고, 또한 쟁점주택 양도당시 청구인은 쟁점주택 이외 다른 주택을 소유한 사실이 없는 바, 이와 같은 경우 청구인의 쟁점주택 양도가 비과세되는 1세대1주택의 양도에 해당되는지 여부를 살펴본다. 관련 법 규정을 살펴보면, 소득세법 제5조 제6호 (자)목에서 “대통령령이 정하는 1세대1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 10배를 넘지 아니하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득”에 대하여는 양도소득세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있고, 동 법 시행령 제15조 제1항에서 “법 제5조 제6호 (자)목에서 “1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 거주기간의 제한을 받지 아니한다(88.8.25 개정)”라고 하였고, 동항 제2호에서 “당해 주택의 보유기간이 5년이상으로서 거주자가 재무부령이 정하는 바에 의하여 1세대1주택임을 입증하는 경우(88.8.25 개정)”라고 규정[경과조치(대통령령 제12509호, 88.8.25)에 의하여 88.8.25 개정당시 1년이상 소유 및 거주하였거나 또는 3년이상 소유한 주택은 6월이내에 그 주택을 양도하고 소유권 이전등기를 마친 경우에는 비과세됨]하고 있는 바, 위 법령상의 규정만 놓고 볼 때는 2주택을 보유한 1세대가 1주택을 양도한 후 나머지 1주택을 마저 양도한 경우 나중에 양도한 주택에 대한 1세대1주택 보유기간을 당해 주택의 취득일로부터 기산할 것인지 또는 당해 세대가 1주택을 보유하게 된 때로부터 기산할 것인지에 대하여 논란의 소지가 있다 하겠으나 그동안의 국세청 예규 및 소득세법 기본통칙을 보면, 국세청 재산 01254-280호(86.1.29)의 예규에서 “1년이상 거주한 주택과 인접되어 있는 지역에 다른 주택을 함께 소유하고 있는 1세대2주택을 가진 거주자가 동일인에게 동시에 2주택을 전부 양도한 때에는 1년이상 거주한 주택은 1세대1주택으로 양도소득세가 비과세되는 것”이라고 해석한 것 이외에도 88.2.1 소득세법 기본통칙을 개정하여 비과세 요건을 갖춘 2이상의 주택을 동시에 양도시 1세대1주택 판정방법까지 명확히 신설하였는 바, 동 통칙 1-2-50...(5)에 의하면, “양도소득세가 비과세되는 1세대1주택의 요건을 갖춘 2개 이상의 주택을 동시에 양도할 경우 1세대1주택으로 비과세되는 주택은 다음 각호의 순서에 의한다. 1. 양도한 주택중에서 거주기간이 가장 오래된 주택 2. 거주기간이 동일한 주택이 2이상일 경우에는 보유기간이 가장 오래된 주택 3. 거주기간 및 보유기간이 동일한 주택이 2이상일 경우에는 양도당시 거주한 주택”이라고 규정하고 있음을 알 수 있다. 국세청장의 이러한 예규·통첩의 태도는 소위 1세대1주택의 양도소득세 비과세요건의 다툼에 있어서 양도당시 1세대1주택이기만 하면 당해 양도주택에서 1년이상 거주하거나 3년이상 보유한 사실로써 족하고 더 나아가 1세대1주택의 소유자가 그 1주택을 양도한 것이 아니라 1세대다주택의 소유자가 그 다주택을 동시 전부 양도한 경우에도 그 중에서 1세대1주택의 비과세요건을 갖춘 1개의 주택에 대해서만은 비과세 처분할 것임을 스스로 선언한 것이라 할 것이어서 양도당시 1세대1주택이기만 하면 나중에 양도하는 주택의 보유기간 계산은 당해 주택의 취득일로부터 기산하는 것이라고 이해되고 이러한 해석은 납세자에게 널리 받아들여져 국세행정의 관행이 되었다고 보는 것이 무리없다 하겠다(국심 89서273, 89.6.22 합동회의, 국심 90서980, 90.10.13 합동회의 동지). 그렇다면, 국세기본법 제18조 제3항에서 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있음을 감안해 볼 때 이 건의 경우, 청구인이 쟁점주택을 76.6.8 취득하여 88.9.28 양도함으로써 3년이상 보유하였고 쟁점주택 양도당시 청구인의 세대가 국내에 다른 주택을 소유한 사실이 없으므로 청구인의 쟁점주택 양도는 1세대1주택의 양도로서 비과세하여야 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.