[요지] 농지의 경우는 당연히 장기보유특별공제의 적용대상이 되는 것인데도 불구하고 처분청은 농경지로 사용되는 나대지의 경우 연간수입금액이 토지가액의 4%이상이면 그 지목이 대지이더라도 장기보유특별공제를 적용하겠다는 규정을 오해하여 지목이 전, 답으로 되어있는 농지인 경우까지도 동 규정을 적용한 위법부당함이 있었다고 판단됨
[요지] 농지의 경우는 당연히 장기보유특별공제의 적용대상이 되는 것인데도 불구하고 처분청은 농경지로 사용되는 나대지의 경우 연간수입금액이 토지가액의 4%이상이면 그 지목이 대지이더라도 장기보유특별공제를 적용하겠다는 규정을 오해하여 지목이 전, 답으로 되어있는 농지인 경우까지도 동 규정을 적용한 위법부당함이 있었다고 판단됨
[주 문] 반포세무서장이 90.3.10 청구인에게 결정고지한 89년도 귀속분 양도소득세 38,927,460원 및 동방위세 7,785,490원의 처분은 쟁점부동산에 대한 양도소득금액을 소득세법 제23조 제2항 제2호 (가)목의 규정에 의한 장기보유특별공제액을 차감한 금액으로 하여 그 과세표준금액과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 사실 청구인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOOO 소재 OOOOO OOO OOOO에 거주하는 사람으로서 84.7.6 취득한 경기도 오산시 OO동 OOOOO 대지 671평방미터 및 지상건물 100평방미터와 같은곳 OOOOO외 4필지의 전 5,555평방미터(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 89.8.4 양도한 사실이 있는 바, 처분청이 쟁점부동산의 양도소득금액 계산시 소득세법 제23조 제2항 제2호의 규정에 의한 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 그 소득금액을 계산하여 90.3.10 89년도 귀속분 양도소득세 38,927,460원 및 동방위세 7,785,490원을 결정고지하자 청구인은 이에 불복 90.5.7 심사청구를 거쳐 90.8.18 이 건 심판청구를 제기한 것이다.
2. 청구주장 소득세법 제23조 제2항 제2호의 규정에 의한 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외되는 토지는 지적법상 대지로서 건축물이 정착되어 있지 아니한 나대지로 한정되어 있음에도 불구하고 처분청은 청구인이 84.7.6 취득하였다가 89.8.4 양도한 쟁점부동산에 대한 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제의 적용을 배제한 위법부당함이 있었는 바 이는 시정하여야 한다는 주장이다.
3. 국세청장 의견 소득세법 시행규칙 18조의3 (나대지에서 제외되는 토지) 제1항 제2호에서 『농경지, 묘포장용토지로서, 1년간의 수입금액이 토지가액의 100분의 4이상인 토지』라고 규정되어 있는 바, 이 건의 경우, 청구인의 쟁점토지는 일부가 대지(1필지, 671평방미터)이고 전 6필지는 5,555평방미터로서 대지는 건축물이 없고, 전은 농경지로서 1년간의 수입금액이 토지가액의 100분의 4 이상인 사실을 입증하지 못하고 있으므로 청구주장은 이유가 될 수 없다는 의견이다.
4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구인이 84.7.6 취득하였다가 89.8.4 양도한 쟁점부동산이 소득세법상 장기보유특별공제의 적용대상이 되는지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.
5. 심리 및 판단 청구인은 84.7.6 쟁점부동산을 취득하였다가 89.8.4 양도하였으므로 그 보유기간이 5년이상이 된다는 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 이 건 당초처분경위를 보면 처분청은 청구인이 양도한 부동산은 대지 671평방미터와 전 5,555평방미터로 쟁점부동산의 경우 대지는 건물이 정착되어 있지 아니한 나대지이고 전(농지)은 소득세법시행규칙 제18조의3 제1항 제2호(농경지, 묘포장용토지로서 1년간의 수입금액이 토지가액의 100분의4이상인 토지)의 규정에 의한 수입금액 기준이 적합하지 못한 것으로 인정하여 장기보유특별공제의 적용을 배제한 것임을 알 수 있고, 이에 대하여 청구인은 쟁점부동산중 대지의 지상에는 정착된 건물 100평방미터가 있었고, 농지의 경우는 소득세법상 장기보유특별공제의 적용대상이 됨에도 불구하고 처분청이 이의적용을 배제한 것은 위법부당하다는 주장이다. 먼저 소득세법 제23조 제2항을 보면, 『양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다.
① 제1항 제1호에 규정하는 자산에 있어서 그 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 그 취득일로부터 양도일까지의 기간을 곱한 금액, (단서생략)
② 제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액(이하 “장기보유특별공제액”이라 한다) (가) 당해자산의 보유기간이 5년이상 10년미만인 것: 양도차익의 100분의 10 (나) 당해자산의 보유기간이 10년이상인 것: 양도차익의 100분의 30』으로 규정되어 있고, 동법시행령 제46조의3에서는 『법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다』라고 규정하였으며, 동법시행규칙 제18조의3 제1항은 『다음 각호의 1에 해당하는 토지로서 양도일전 2년이상의 기간동안 계속하여 당해 용도에 사용하는 토지는 영 제46조의3의 규정에 의한 나대지에 포함되지 아니하는 것으로 한다.
① (생략)
② 농경지·묘포장용토지로서 1년간의 수입금액이 토지가액의 100분의 4이상인 토지
③ ～ ⑥ (생략)』라고 규정하였고, 또한 동법시행령 제15조 제9항은 『법 제5조 제6호 (자)에서 “지역별로 대통령령이 정하는 배율”이라 함은 다음의 배율을 말한다.
① 도시계획구역안의 토지 5배
② 도시계획구역밖의 토지 10배』라고 규정되어 있는 바, 보유기간이 5년이상인 토지 및 건물을 양도하는 경우 전시 법령에 의한 장기보유특별공제를 적용하는 것을 원칙으로 하나 양도한 토지중 건축물이 정착되어 있지 아니한 나대지로서 소득세법시행규칙 제18조의3 제1항 각호에 게기하고 있는 나대지에 해당하지 아니하는 나대지의 경우에는 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외되는 것임을 알 수 있다. 다음으로 쟁점부동산의 공부(토지대장, 건축물관리대장, 등기부등본 및 도시계획확인원)상 나타나고 있는 사실관계를 보면, 쟁점부동산중 지목이 대지로 되어있는 오산시 OO동 OOOOO 대지 671평방미터 지상에는 세멘브럭조 스레트지붕 단층주택 및 창고 100평방미터가 정착되어 있고 동소재지는 도시계획구역밖의 토지에 해당되며 나머지 농지 5,555평방미터는 그 지목이 전(田)으로 되어있음이 확인되고 있다. 위에서 살펴본 당초처분경위·관계법령 및 사실관계를 종합하여 볼 때 청구인이 건물 100평방미터가 정착된 대지 671평방미터와 전 5,555평방미터를 양도하였음에도 불구하고 처분청은 나대지 671평방미터는 건물이 정착되어 있지 아니한 나대지이고 농지는 연간 수입금액이 토지가액의 4%이상이 됨을 소명하지 못하고 있다는 이유를 들어 장기보유특별공제의 적용을 배제한 것이나 쟁점부동산중 대지 671평방미터는 지상에 100평방미터의 건물이 정착되어 있었고 동 소재지가 도시계획구역밖의 토지로 대지 671평방미터는 건물바닥면적의 10배이내의 면적에 해당되고 있어 대지 및 건물은 모두 장기보유특별공제의 적용대상이 된다 할 것이고, 또한 농지의 경우는 당연히 장기보유특별공제의 적용대상이 되는 것인데도 불구하고 처분청은 농경지로 사용되는 나대지의 경우 연간수입금액이 토지가액의 4%이상이면 그 지목이 대지이더라도 장기보유특별공제를 적용하겠다는 규정을 오해하여 지목이 전, 답으로 되어있는 농지인 경우까지도 동 규정을 적용한 위법부당함이 있었다고 판단된다.
6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.