비과세할 수 있는지 여부(경정)

[주 문] 반포세무서장이 90.2.16자로 청구인에게 결정고지한 89귀속분 양도소득세 18,242,220원 및 동방위세 3,648,440원의 부과 처 분은 쟁점 부동산중 건물 716.17평방미터에서 20.84평방미터 와 이에 부수된 토지도 435.4평방미터에서 공제하여 그 과세 표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOOO OO OOOO에 주소를 둔 사람으로 같은 OO동 OOOOOOOO 소재 대지 552.4평방미터를 서울특별시로부터 취득한 후 87.11.16 동지상에 상가주택 908.61평방미터(이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 신축하여 사용하여 오다가 89.2.20 쟁점 부동산을 청구외 OOOO(주)에 양도하고 89.3.29자로 쟁점 부동산의 총 양도가액 515,000,000원중 건물가액 265,000,000원, 토지가액 250,000,000원으로 하여 주택 부문을 공제한 상업용 해당 부동산에 대하여 자산양도차익예정신고 납부한 바, 처분청은 서울지방국세청장이 청구외 OOOO(주) (양수인운영 법인)에 대한 세금계산서 추적 조사시(89.10) 쟁점 부동산의 거래가 토지, 건물가액을 구분없이 총매매가액이 515,000,000원에 매매한 사실을 적출하고, 이 건 양도차익을 총매매가액 515,000,000원으로 하여 소득세법 시행령 제170조 제2항에 의거 토지, 건물의 가액을 기준시가에 비례하여 안분계산하여 양도 및 취득가액을 산출하고 이에 따라 자산양도차익계산하여 90.2.16 청구인에게 이 건 양도소득세등을 결정고지한 데 대하여 청구인은 이에 불복하여 90.4.14 심사청구를 거쳐 90.8.10 이 건 심판청구를 제기하기에 이르렀다.

2. 청구인 주장 청구인은 86.3.18 서울 서초구 OO동 OOOOOOOO 소재 대지 552.4평방미터를 서울시로부터 금 131,000,000원에 취득한 후 87.11.16 동 지상에 상가주택 908.61평방미터를 신축하여 사용해 오다가 89.2.20 청구외 OOOO주식회사에 토지가액 250,000,000원, 건물가액 265,000,000원 도합 515,000,000원에 양도하고 89.3.29 양도소득세 44,711,820원 및 동방위세 8,942,360원을 자진신고 납부한 바 있는데, 처분청에서는 89.10월경 위 청구외 법인에 대한 유통과정 추적조사에서 토지, 건물 가액이 구분되지 아니한 부동산 매매계약서가 발견되었다 하여 이 건 부동산을 토지, 건물가액의 구분없이 515,000,000원에 양도한 것으로 간주하여 토지, 건물가액을 안분계산하여 이 건 과세 처분하였으나, (가) 청구인은 89.2.17 당초 매매계약서 작성시에는 비록, 토지 건물가액을 구분하지 아니하고 총액으로 작성하였으나, 그 익일 매수인의 요청에 의하여 토지는 평당 1,500,000원을 기준하여 250,000,000원으로 하고, 건물은 평당 신축비 1,000,000원을 감안하여, 265,000,000원으로 하여 토지건물 가액을 구분하여 매매계약서를 재작성하였는데도 이를 기준하지 아니하고 기준시가에 의하여 안분한 가액을 기준으로 이 건 과세함은 부당하니 수정된 계약 내용을 그대로 인정해 달라는 주장이고, (나) 청구인은 당초 예정신고시 건축물 관리대장상의 용도(지하: 유치원 및 보일러실, 1층: 사무실, 2층: 독서실, 3층: 주택)대로 세액으로 계산하여 자진 납부하였으나, 이 건 건물의 위치는 교통이 불편하여 독서실이 맞지 않아 주택으로 개조하여 2, 3층을 모두 주택으로 사용하였으므로 2층 독서실 부분도 1세대 1주택으로서 비과세하고, 아울러 상가와 주택의 공용부분(지하실 및 현관등)의 안분 계산과 부수된 토지의 면적 계산도 달리하라는 주장이다.

3. 국세청장 의견 (가) 먼저, 이 건 부동산 양도가액을 토지가액 250,000,000원, 건물가액 265,000,000원으로 인정하여 달라는 주장에 대하여 보면, 청구인 89.2.18 당초 서초구청장에게 신고한 관인 부동산 매매계약서상 토지, 건물가액의 구분없이 515,000,000원에 양도계약 체결한 점, 이 건 부동산을 매수한 청구외 OOOO 주식회사 대표이사 OOO이 작성한 확인서에서 토지, 건물가액의 구분없이 매입한 사실을 밝히고 있는 점등으로 미루어 보아 적어도 이 건 부동산을 양도할 당시는 토지와 건물 가액을 구분하지 아니한 것으로 보여지고, 89.3.30 자산양도차익예정신고와 관련하여 뒤늦게 그 가액을 구분한 것으로 여겨진다. 그렇다면 이 건 부동산의 양도시기에 토지, 건물가액이 구분하지 아니한 데 대하여 기준시가로 계산한 가액을 기준으로 안분 계산하여 과세한 처분에는 잘못이 인정되지 아니하는 것이고, (나) 다음, 2층 독서실을 주택으로 개조하여 사용하였다는 주장에 대하여 보면, 이부분 청구인 스스로가 89.3.30 자산양도차익예정신고를 하면서 상가로 판단하고 신고했떤 사항을 양도일로부터 1년여가 훨씬 지나 양도당시의 상황을 판단하기 어려운 시점에 이르러 당초 신고 사항을 번복하는 것은 신의 성실의 원칙에도 위배될 뿐만 아니라 그 신빙성도 인정하기 어렵다 하겠다. 그렇다면 당초 처분청에서 3층 주택만을 비과세로하고 이를 기준하여 공용 부분을 안분 계산하고, 부수된 토지의 면적 계산도 이를 기준한 처분 역시 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 (가) 쟁점 부동산 매매계약서 체결시 건물가액과 토지가액을 구분 계약체결하였는지 여부와, (나) 공부상 2층 독서실을 실제 주택으로 사용하였는지 여부와, (다) 공용(상가 및 주택) 건물의 공용으로 사용된 건축물 및 토지를 안분계산하여 주택에 해당하는 자산을 비과세할 수 있는지 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저 이 건 과세경위를 보면, 청구인은 쟁점 부동산을 양도하고 89.3.29 자산양도차익 신고 납부한 바 있으나 89.10 서울지방국세청장이 양수인이 운영하는 법인인 청구외 OOOO(주)에 대한 세금계산서 추적조사시 쟁점 부동산을 토지, 건물가액 구분없이 총매매가액 515,000,000원에 양도한 사실을 적출하고 위 가액을 자산별로 기준시가에 의하여 안분한 가액으로 양도차익계산하여 이 건 양도소득세등을 고지한 데 대하여 청구인은 이에 불복하고 있는 바, 쟁점별로 살펴보면, (가) 청구인은 89.2.17 당초 매매계약서 작성시에는 비록 토지, 건물가액을 구분하지 아니하고 총액으로 작성하였으나 그 익일(89.2.18) 매수법인의 요청에 따라 토지는 평당 1,500,000원을 기준으로 250,000,000원으로 하고, 건물을 평당 신축비 1,000,000원을 감안하여 265,000,000원으로 하여 자산별 가액을 구분한 매매계약을 재작성하게 되었다면서 당시 실지 평당건축비는 1,000,000원, 쟁점 토지의 평당가액이 1,500,000원내외였음을 확인한 (주)OOOOOOO OOOO등이 감정서 및 확인서등을 제시하고 위 자산별 가액이 실지거래가액을 반영 구분 계약한 것이라 하는 바, 과세기록에 의하면, 청구인은 당초 매매계약 체결시 쟁점 부동산을 건물, 토지의 양도가액을 구분하지 아니하고 계약을 체결한 것이 사실임을 89.10.31 처분청 조사시 청구인 스스로가 확인하고 있을뿐만 아니라 양수법인 대표이사 청구외 OOO도 쟁점 부동산 매매계약 체결시 토지와 건물가액을 구분하지 아니한 사실을 밝히고 있는 점등으로 보아 적어도 이 건 부동산을 양도할 당시는 토지와 건물가액을 구분하지 아니한 것으로 보여지고 청구인이 양도소득세 예정신고와 관련, 절세코자 사후에 이를 구분한 것으로 보여진다 할 것이다. 그렇다면 소득세법 시행령 제170조 제2항의 규정에 의거 기준시가에 의하여 안분계산하여 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이며, (나) 청구주장 쟁점 부동산의 2층 217.91평방미터는 공부상 독서실이나 실제는 주택으로 개조 사용하였다고 하면서 2층 설계도(평면도)와 양수인의 확인서를 제시하고 있으나 실제 주택으로 개조한 사실을 알 수 있는 시공업체에 대한 공사비 지급관계, 만일 전세를 놓았다면 전세입자의 주민등록등본등 주택으로 사용한 사실을 객관적으로 거증할 수 있는 입증자료의 제시가 전혀 없어 이 또한 받아들이기 어려우며, (다) 쟁점 부동산중 상가와 주택의 공용으로 사용한 지하보일러실 15.98평방미터와 1층 현관 계단실 73.48평방미터는 주택 192.44평방미터에 공한 비율(192.44/908.61평방미터)만큼은 주택으로 보아 비과세하여야 한다는 주장인 바, 당심의 현장조사에 의하면 쟁점 부동산의 출구가 1개로 1층계단실은 1층, 2층, 3층으로 연결된 계단실로서 상가(1층, 2층)와 주택(3층)에 공동 사용되고 있었고, 또한 지하보일러실도 상가와 주택에 공동 사용되는 보일러실로 조사되고 있는 있는 한편, 쟁점 부동산의 공부상에도 위와 같은 내용이 기재된 사실을 등기부등본에 의해 확인할 수 있다. 따라서 위의 1층 계단실 73.43평방미터와 지하보일러실 15.98평방미터, 합계 98.41평방미터를 쟁점 부동산 908.61평방미터중 주택 192.61평방미터중 주택 192.44평방미터 차지 비율대로 안분한 건평 20.84평방미터(즉 192.44/908.61평방미터×98.41평방미터=20.84평방미터)와 이에 부수되는 토지도 주택으로 보아 비과세(대법원 88누 1004. 89.2.28, 국심 89구 678. 89.7.18, 국심 89서 1999. 89.12.29 같은 취지)함이 타당한 것으로 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.