[주 문]
1. 90.4.18 OOO세무서장이 청구인에게 결정 고지한 88년도 귀속분 양도소득세 382,741,560원 및 동방위세 76,680,480원의 부과 처분은,
- 가. 서울시 강남구 OO동 OOOOOO, OO, OO소재 토지에 대한
(1) 실지거래가액 4,100,000,000원을 양도가액으로 하되 각 필 지별 양도가액은 88.1.1 현재 3필지 토지대상장의 등급가액 (각각 196, 196, 221등급)에 국세청장이 정하는 배율을 곱한 금액을 각 필지별 기준시가로 하여 이에 의거 실지양도가액 (4,100,000,000원)을 안분 계산한 금액으로 하고,
(2) 취득가액은 실지거래가액이 확인되는 부분은 실지거래가 액으로 하고 그 실지거래가액이 확인되지 아니하는 부분은 위 (가)에 의하여 계산한 각 필지별 양도가액에 취득당시의 시가표준액을 곱하고 양도당시의 시가표준액(221등급)으로 나 누어 환산한 금액으로 하며,
- 나. 동소 지상 건물 4,997.75평방미터에 대한 취득가액을 1,621,158,494원(청구인 지분 405,289,623원)으로 하여 양도차 익을 계산, 과세표준과 세액을 경정한다.
2. 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 사실 청구인은 서울시 영등포구 OOO동 OOOOO OO OOOOO에 거주하는 사람으로서 서울시 강남구 OO동 OOOOOO, OO, OO소재 대지 1,533.8평방미터(464평)를 85.3.19, 86.6.19 취득하여 청구외 OOO과 소유하여 왔으며 동소 건물 4,997.45평방미터(1,135평) 신축하여(86.11.20 준공삼시필, 86.11.26 소유권보존등기) 청구외 OOO와 같이 소유하여 오다 OOOO주식회사에 88.12.29 양도하고 청구인 지분 25%에 대하여 89.1.31 자산양도차익예정신고를 하였던 바, 처분청에서 토지 양도가액인 실거래가액 4,100,000,000원을 위 3필지별로 안분계산시 기준시가가 동일한 것으로 안분계산하여 과세하였으며 건물에 대한 양도가액은 1,409,000,000원, 취득가액은 건물등의 공사비인 878,200,000원을 취득가액으로 하여 과세함으로서 90.4.18 청구인에게 88년도 귀속분 양도소득세 382,741,560원 및 동방위세 76,680,480원을 결정 고지하자 청구인은 이에 불복, 심사청구를 거쳐 90.8.10 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장
- 가. 양도가액을 기준시가로 안분계산시와 취득가액 기준시가 환산시 서울시 강남구 OO동 OOOOOO, OO의 토지 등급이 196등급임에도 88.12.2 동소 OOOOOO와 합병하였다 하여 2필지 토지의 등급은 221등급을 적용함은 부당하고, 또한 이 건 토지의 양도당시 기준시가(88.1.1고시)는 고시일 이후에 등급이 변동되었다고 하더라도 등급변동후에 국세청 기준시가가 다시 수정고시될 때(89.3.15 수정)까지는 변동된 등급을 적용하여서는 안되고
- 나. 건물취득가액은 장부 및 제증빙과 소득세 실지조사결정을 받은 결과에 의하여 확인되는 건물 신축가액 1,524,272,884원, 구축물가액 37,473,000원, 시설장치가액 58,882,500원 및 기계장치가액 530,000원등 도합 1,621,158,494원을 취득가액으로 하여야 하는 것임에도 단지, 건물 뼈대공사의 시공자인 OOOO(주) 와의 공사도급금액 878,200,000원만을 취득가액으로 인정하여 과세한 것은 부당하다는 주장이다.
3. 국세청장 의견
- 가. 서울시 강남구 OO동 OOOOOO, OO, OO의 토지등급은 88.12.2 합병되었고 동 합병으로 인하여 OOOOOO, OO의 등급은 소멸됨과 동시에 OOOOOO의 등급인 221등급으로 가치가 증대된 것으로 판단되므로 이 건 토지등급의 적용은 합병후 가장 높은 등급인 221등급을 적용하여 기준시가 환산 및 양도가액 안분계산함이 타당하며,
- 나. 청구외 OOOO(주)와 한 건축공사(전기공사 포함)도급금액 878,200,000원(청구인 지분 219,550,001원)외에는 증빙이 불비하거나 유상 양도된 건물가액에 직접 대응되는 비용으로 인정할 수 없는 것들이어서 이들을 필요경비로 인정할 수는 없다는 의견이다.
4. 쟁점
- 가. 쟁점 토지의 양도당시 토지등급이 몇 등급인지의 여부,
- 나. 토지의 취득가액 환산시 쟁점 3필지 토지의 실지양도가액을 양도당시 필지별 기준시가로 안분계산한 양도가액을 기준으로 환산하되 이때의 양도가액은 어느때의 토지등급 및 국세청장이 정하는 배율을 적용하여 안분계산할 것인지 및,
- 다. 쟁점 건물의 취득가액을 878,200,000원(청구인 지분 219,550,001원)으로 본 당초 처분의 당부에 있다 하겠다.
5. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 “가”에 대하여 살펴본다. 이부분 처분 경위를 보면, 청구인은 청구외 OOO과 소유하여 오던 OO스포츠의 대지인 서울시 강남구 OO동 OOOOOO, OO, OO소재 1,533.8평방미터(464.4평)를 청구외 88.12.29 양도하고 토지실지거래 양도가액인 4,100,000,000원을 기준시가에 의하여 안분 계산하여 자산양도차익예정신고를 하였으나 서울시 강남구 OO동 OOOOOO, OO, OO의 토지등급이 각각 196, 196, 221등급이나 동 토지가 88.12.2 합병되었다 하여 221등급으로 보아 양도가액을 기준시가대로 안분하여 실지거래가액을 계산하였는 바, 청구인은 서울시 강남구 OO동 OOOOOO, OO의 토지등급이 196등급임에도 88.12.2 합병되었다 하여 동번지 등급을 221등급으로 적용한 것은 부당하다는 주장이나 당심판소에서 서울시 강남구청장에게 조회한 결과 이 건 토지등급 관계로 소송이 진행되어(원고: 청구인, 피고: 강남구청장)강남구청장이 대법원에 제출한 답변서 내용 요지에 따르면 토지합병전의 각 필지별 토지의 등급이 각각 다르게 등재되어 있을지라도 토지합병후 단일 등급설정원칙에 따라 한개등급만 존재하는 것이 원칙이며, 토지소유자의 재산권행사로서의 법률행위인 토지합병신청이 있게 되면 처리시에 말소되어야 할 토지에까지 별도의 토지등급 수정에 따른 행위를 하여야 한다는 법규가 없고, 이 건 토지가 위치한 그 주변 유사토지가 모두 221등급으로 설정되어 있으므로 이 건 토지가 221등급으로 된 것은 그 타당성 면에서도 입증되고 있다는 내용이며, 이 건 3필지 토지상에 동일건물이 점유되어 있어 그 건물바닥 토지는 동일한 효용가치가 있을 것인 점등을 종합하여 볼 때, 이 건 전체 토지의 양도당시 토지등급은 221등급으로 보여지므로 청구주장은 이유없다고 판단된다.
- 나. 쟁점 “나”에 대하여 살펴본다. 이부분 처분경위를 보면 청구인과 청구외 OOO이 소유하여 오던 OO스포츠의 대지인 서울시 강남구 OO동 OOOOOO, OO, OO 소재 1,533.8평방미터(464.4평)를 청구외 88.12.29 양도하고 토지실지 양도가액인 4,100,000,000원을 기준시가에 의거 안분 계산하여 자산양도차익 예정신고한 사실에 대하여 처분청은 서울시 강남구 OO동 OOOOOO, OO, OO의 토지등급이 각각 196, 196, 221등급이나 동 토지가 88.12.2 합병되었다 하여 221등급으로 보아 양도가액을 기준시가대로 안분하여 실지거래가액을 계산하였고 취득시의 가액계산시도 양도당시221등급을 적용하여 기준시가로 환산하여 과세하였으며, 이중 일부 취득가액이 실지거래가액으로 확인되는 경우는 실지거래가액에 의하여 과세한 처분임을 알 수 있고, 이에 대하여 청구인은 이 건 토지의 양도당시 기준시가(88.1.1고시)는 고시일이후에 등급이 변동되었다고 하더라도 등급변동후에 국세청 기준시가가 다시 수정고시될 때(89.3.15 수정)까지는 변동된 등급을 적용하여서는 안되고 88.1.1 현재의 등급에 배율을 곱한 것이 국세청 기준시가이므로 이 방법에 의거 필지별 기준시가를 산출한 후 실지양도가액(41억)을 필지별로 안분계산하여야 한다는 주장이므로 이의 당부를 살펴본다. 소득세법 제170조 제2항의 규정에 의하면 “토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우에 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당자산의 가액에 비례하여 안분계산한다”고 되어 있으며, 또 다른 예규(국세청 재산 01254-1196, 89.3.31)에 의하면 “2필지 이상의 토지를 법인에게 양도하여 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 실지거래가액을 확인할 수 없어 환산한 가액으로 하는 경우에는 실지양도가액을 양도당시의 필지별기준시가로 안분한 가액을 기준으로 하여 환산하는 것임”이라고 되어 있고, 예규(국세청 재산 01254-107, 89.1.12)에 의하면 “88.1.1 현재 등급이 상이한 특정지역내에 있는 토지를 88.2.28 합병하여 88.4.1 두필지 전부를 양도한 경우 양도가액은 피합병된 토지의 88.1.1 현재 토지등급가액에 배율을 곱하여 산정한 가액으로 함”이라고 되어 있는 바, 이 건 토지는 88.1.1 현재 등급이 상이한 특정지역내에 있는 3필지 토지를 88.12.2 합병하여 88.12.29 3필지 토지 전부를 양도한 경우이므로 위 법규내용과 같이 이 건 토지의 양도차익계산시 실지 양도가액은 확인된 가액(4,100,000,000원)으로 하되 각 필지별 양도가액은 88.1.1 현재 3필지 토지대장상의 등급가액(각각 196, 196, 221등급)에 국세청장이 정하는 배율을 곱한 금액을 각 필지별 기준시가로 하여 이에 의거 실지양도가액(4,100,000,000원)을 안분 계산한 금액으로 하고, 취득가액은 실지거래가액이 확인되는 부분은 실지거래가액으로 하고 그 실지거래가액이 확인되지 아니하는 부분은 위 (가)에 의하여 계산한 각 필지별 양도가액에 취득당시의 시가표준액을 곱하고 양도당시의 시가표준액(221등급)으로 나누어 환산한 금액으로 하여 각 필지별 양도차익을 산출하여야 한다고 판단된다.
- 다. 쟁점 “다”에 대하여 살펴본다. 이 건 처분 내용을 보면, 청구인은 서울시 강남구 OO동 OOOOO의 OO, OO, OO호 지상 건물 4,997.66평방미터(청구인 지분 25/100, 3,748.245평방미터)를 88.12.29 청구외 OOOO(주)에 1,550,000,000원(청구인 지분 387,500,000원)에 양도한 것에 대하여 처분청은 이 건 건물의 취득가액이 확인된다 하여 양도가액은 청구주장 실지양도가액으로 하고, 취득가액은 청구외 OOOO(주)와의 도급금액 878,200,000원(청구인 지분 658,649,999원)을 실지 취득가액으로 하여 과세한 것임을 알 수 있으며, 이에 대하여 청구인은 건물 신축가액 1,524,272,884원, 구축물가액 37,473,000원, 시설장치가액 58,882,500원 및 기계장치가액 530,000원등 도합 1,621,158,494원을 쟁점 건물의 취득가액으로 하여야 한다는 주장이므로 우선 청구인이 주장하고 있는 건물 취득가액 건물신축가액 1,524,272,994원의 내역을 보면 처분청이 인정한 건축 및 전기공사 비용 878,200,000원외에 86.3.4～86.6.18간 OOOO(주)에 지급한 철근비용 86,625,000원, 86.3.31～86.10.31간 (주)OOO에 지급한 레미콘 비용 115,465,630원, 86.8.8～86.10.31간 (주)OO요업, OO건재, OO에 지급한 타일비용 46,036,757원, 86.3.24～86.11.27 OO전기(주) 및 OO엘레베이터에 지급한 54,000,000원, 85.12.17～86.7.23간 (주)OOO에 지급한 설계비 29,000,000원, 86.10.2～86.11.14간 OO기업에 지급한 스텐레스 비용 12,200,000원, 86.11.1～86.11.9 OO강관에 지급한 백관설비비용 12,109,680원, 86.9.30 OOOO장치(주)에 지급한 여과장치 비용 13,500,000원, 86.9.29 (주)OO공영에 지급한 급탕설비비용 12,000,000원, 86.9.13 OO기계(주)에 지급한 보일라 비용 33,908,000원 86.9.15 (주)OO보일러에 지급한 보일러부스터비용 22,500,000원, 86.9.15～86.10.23 OOOOO(주), OO기전에 지급한 발전기비용 15,580,000원, 기타(펌프설비, 바닥재, 도장공사, 방수공사, 합판, 엘보, 목재, 페인트)비용 193,147,927원이며, 구축물 가액 37,473,000원의 내역은 86.11.20 OO콘크리트에 지급한 불록공사비용 13,500,000원, 87.1.7 OO실비에 지급한 설비공사 비용 18,000,000원, 기타 비용 5,973,000원이고, 시설장치가액 58,882,500원의 내역은 86.12.5 (주)OOOO에 지급한 보링장공사 비용 25,000,000원 86.11.21 OO도기에 지급한 샤워기등 비용 9,862,500원, 86.11.17 OO기업에 지급한 미끄럼틀 비용 2,600,000원, 86.12.15 OO산업에 지급한 전기사우나 비용 2,000,000원, 기타 비용 19,420,000원이며, 기계장치가액 530,000원은 87.7.30 OO기계에 지급한 배수펌프비용인 바, 이에 대한 장부기장은 물론 거래상대방으로부터 받은 세금계산서를 보관하고 있고, 이 건 건물은 85.9.20 건축허가를 받아 86.11.20 준공검사를 필한 후 86.11.26 청구인들 명의로 보존등기되었음이 건축허가서, 건축물관리대장 및 등기부등본에 의거 확인되고 있으며 청구인은 쟁점 건물 신축시 건자재 매입에 따른 매입세액을 공제받았으며 동 건물의 임대 및 음식점등 운영에 부가가치세를 85년 제2기부터 이 건 양도시인 88.12.29까지 신고 납부하였다고 하면서 그 증빙으로 부가가치세 과세표준 신고서, 매입매출장, 사업자등록증등을 제시하여 이를 확인한 바, 동 신고에 대하여 처분청이 신축관련 비용 및 그 부대시설 설치비용을 부인, 경정한 바 없고, 청구인은 쟁점 건물 운영(임대수영장, 음식점등)에 따른 소득금액에 대하여 종합소득세등을 신고 납부하였으며 87～88년도에는 동 소득금액에 대하여 실지조사결정을 받은 바 있다고 하면서 그 증빙으로 종합소득세 과세표준 및 세액결의서, 신고서, 결산서, 장부, 전표등을 제시하여 이를 확인한 바 청구인의 신고 내용에 대하여 처분청이 실지조사결정시 건물 신축비용 및 그 부대시설 설치비용에 대하여는 부인, 경정한 바 없으며 건물취득가액에 대한 계정처리 및 내역을 확인한 바, 청구인은 85.9.20부터 쟁점 건물 신축공사를 하면서 86.11.4까지의 비용을 건설가계정에 기재하였다가 건물계정으로 대체(845,295,381원)하였으며 86.11.15부터 87년 말까지의 건물 신축비용(678,977,613원)은 86-87년도 건물계정에 기재하였고 기타 구축물(37,473,000원)은 86-87년도 구축물 계정에, 시설장치 (58,882,500원)은 86년도 시설장치계정에, 기계장치(530,000원)은 87년도 기계장치계정에 기재되어 있고, 또한 처분청이 인정한 이 건 건물 취득가액 878,200,000원은 청구인들과 OOOO(주)가, 85.10.10(1, 2차 변경계약: 86.9.30과 86.11.3) 체결한 “건설공사표준도급계약서”에 기재된 도급금액만을 인정한 것인 바, 동 도급계약내용중 공사비 내역을 보면 건축공사와 전기공사만을 위한 비용이 전체 도급금액 878,200,000원이며, 청구인이 구입, 지급하는 레미콘, 철근, 타일은 제외하는 것으로 되어 있을뿐만 아니라 카리프트 및 2단 주차시설, 보링장 및 은행시설, 풀장 및 외산타일 시공, 전기·전화·상수도 인입공사·지하우물기초·지하수개발·조경공사·흙막이 공사 설계 및 감리 등에 따른 비용은 제외하는 것으로 되어 있으며, 자기가 건설한 이 건 건물의 경우 그 취득가액은 재료비, 노무비, 경비등 공사원가와 동 부대비용의 합계액과 시설비, 개량비, 자본적지출액의 합계액으로 하도록 소득세법 제94조와 동법시행령 제86조에 규정되어 있는 점등을 종합하여 볼 때, 청구인들이 비치한 장부 및 제증빙과 소득세 실지조사결정을 받은 결과에 의하여 확인되는 건물 신축가액 1,524,272,884원, 구축물가액 37,473,000원, 시설 장치가액 58,882,500원 및 기계장치가액 530,000원등 1,621,158,494원을 이건 건물의 취득가액으로 하여야 하는 것임에도 단지 건축 및 전기공사만을 시공한 OOOO(주)와의 공사도급금액 878,200,000원만을 취득가액으로 인정, 과세한 당초 처분은 부당한 것으로 보여지는 반면 청구주장 취득가액 1,621,158,494원(청구인 지분 405,289,623원)은 타당한 것으로 판단된다.
6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.