장기보유특별공제 대상인지의 여부(경정)

[주 문] 90.2.16 반포세무서장이 청구인에게 결정고지한 90년도 수 시분(89년귀속분)양도소득세 8,968,130원 및 1,793,630원의 처분은 장기보유특별공제액을 공제하는 것으로 하여 그 과 세표준과 세액을 경정 결정한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울특별시 서초구 OO동 소재 OOOOO OO OOOO에 거주하는 사람으로서 82-84년도에 취득 보유하던 서울특별시 강남구 OO동 OOO소재 토지(田) 1,644평방미터, 같은 동OOOOO소재 토지(田) 49평방미터, 같은동 OOOOOO소재 토지(田) 314평방미터 및 같은동 OOOOOO소재 토지(田) 13평방미터를 1989.2.18 양도하고 1989.3.30 처분청에 장기 보유 특별공제를 하여 양도차익을 산정 자진납부신고하였으나 처분청은 쟁점 토지가 사실상 대지라는 이유로 이를 인정하지 않고 90.2.16 청구인에게 90년도 수시분(89년도 귀속) 양도소득세 8,968,130원 및 동방위세 1,793,630원을 결정고지하자, 청구인은 이에 불복하여 심사청구를 거쳐 90.8.9 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 처분청은 청구인이 쟁점 토지를 5년이상 보유한 사실은 인정되나 사실상 지목이 대지이며 인근에 주택이 있고 재산세도 대지로 평가 과세하였다 하여 장기보유특별공제를 부인, 과세하였으나 쟁점 토지는 지적법상 대지가 아닌 “전”이며 이 건 토지에 건축물을 신축하기 위하여는 토지형질변경허가를 득하지 아니하고는 건축법상 건축허가가 불가한 토지임에도 대지로 보아 장기보유특별공제를 부인, 과세한 것은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이 건의 경우, 청구인은 쟁점 토지들을 1982.11.1과 1984.3.16에 취득하여 보유하다가 1989.2.18 양도하여서 5년이상 보유한 사실은 인정이 되나 처분청의 현지 확인시에 사실상의 지목이 대지로 확인되었고 인근에 주택이 건축되어 있는등 토지대장상 지목이 전으로 표기된 내용과는 다른 것으로 보아 조사되었고 1989.12.28자 강남구 OO OO동장이 발급한 재산세 과세증명서상 재산세액이 261,350원으로서 이 건 쟁점 토지의 재산세 과세시가표준액에 대한 세율이 적용되어서 농지에 적용된 세율이 아닌 지방세법상의 기타 토지의 세율이 적용되었음을 알 수가 있어서 장기보유특별공제를 배제한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 쟁점 토지가 장기보유특별공제 대상인지의 여부에 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 이 건 처분경위를 보면, 청구인은 89.2.18 쟁점 토지를 양도한 후 89.3.30 장기보유특별공제를 한 자산양도차익예정신고를 하였는 바, 처분청은 동 토지의 사실상 지목이 대지라 하여 장기보유특별공제를 부인, 이 건 양도소득세등을 고지한 것임을 알 수 있고, 이에 대하여 청구인은 위 토지의 지목이 전이고 건축법상 건축허가가 불가한 토지임에도 장기보유특별공제를 부인, 과세한 것은 부당하다는 주장이므로 우선 관련 법규를 본다. 소득세법 제23조 제2항에서 “양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다.

(1) 제1항 제1호에 규정하는 자산에 있어서 그 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 그 취득일로부터 양도일까지의 기간을 곱한 금액, 단서 생략

(2) 제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액(이하 “장기보유특별공제액”이라 한다) (가) 당해 자산의 보유기간이 5년이상 10년미만인 것: 양도차익의 100분의 10 (나) 당해 자산의 보유기간이 10년이상인 것: 양도차익의 100분의 30

(3) 이하 생략”으로 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제46조의 3에서는 법 제23조 제2항 제2호에서 ‘대통령령이 정하는 토지’라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 토지는 장기보유특별공제대상이 되는 것으로 되어 있어 장기보유특별공제대상이 안되는 토지는 지적법상 지목이 대지로서, 첫째, 건물이 없는 토지와 건물 바닥 면적에 배율을 곱한 면적을 초과하는 경우 그 초과부분 토지로 한정하고 있으며, 이 경우에 해당되는 경우에도 양도일 현재 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 토지와, 둘째, 토지소유자의 책임없는 사유로 인하여 사용할 수 없는 재무부령이 정하는 토지는 장기보유특별공제대상이 되는 것으로 규정하고 있는 바, 이 건 쟁점 양도토지가 지적법상 지목이 대지가 아닌 “전”으로 되어 있는 것에 대하여는 다툼이 없으며, 또한 청구인이 서울특별시 강남구청장에게 질의하여 회신(건축 30420-10965, 90.8.8)받은 내용에 의하면 “쟁점 토지는 지목이 전으로서 도시계획법 제4조에 의거 시장 또는 군수의 토지형질변경 허가를 득하지 아니하고는 건축법상 건축허가가 불가한 토지”라는 내용인 점등을 종합하여 볼 때, 지적법상 지목이 “전”이고 건축법상 건축이 불가한 이 건 양도토지는 장기보유특별공제 대상임에도 이를 인정하지 않고 과세한 당초 처분은 부당한 반면 청구주장은 이유있다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.