3년이상 보유한 주택의 양도당시 다른주택을 보유하고 있지는 않았으나, 주택 보유기간중 또다른 주택을 취득하였다가 양도한 사실이 있는 경우 주택의 양도가 소득세법상 양도소득세를 비과세하는 1세대1주택을 양도한 경우에 해당되는지의 여부(취소)

[참조결정] 국심1989서0273

[주 문] OO세무서장이 90.2.16 청구인에게 결정고지한 88년도 귀소분 양도소득세 5,349,180원 및 동방위세 1,069,830원의 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOOO에 거주하는 사람으로서 71.9.9 취득한 전라북도 전주시 덕진구 OO동 OO OO 대지 621평방미터 및 지상주택건물 155.02평방미터와 84.3.8 취득한 같은곳 OO OOOO 대지 354평방미터[위 주택은 당초 OO동 OOOO 및 OO OOOO(문화재관리국 소유대지)2필지의 대지상에 정착된 건물이었던 바 청구인은 84.3.8 OO동 OO OOOO 대지를 불하받은 것으로 이하 “쟁점주택”이라 한다]를 88.6.2 양도한 사실이 있는 바, 처분청은 청구인이 쟁점주택 보유기간중 서울특별시 서초구 OO동 OOOOO 소재 OOOOOO OOOO(16평형으로 이하 “다른주택”이라 한다)를 85.7.1 취득하였다가 88.5.9 양도한 사실이 있으므로 쟁점주택은 소득세법상 1세대1주택에 해당되지 않는다 하여 90.2.16 88년도 귀속분 양도소득세 5,349,180원 및 동방위세 1,069,830원을 결정고지하자 청구인은 이에 불복 90.4.18 심사청구를 거쳐 90.7.31 이 건 심판청구를 제기한 것이다.

2. 청구주장 청구인은 쟁점주택을 취득하여 거주한 사실은 없으나 3년이상을 보유하였고 양도당시 1세대1주택이었으므로 쟁점주택은 소득세법상 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택을 양도한 것으로 당초처분은 취소하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구인의 경우 쟁점주택의 보유기간이 3년이상인 사실등에 있어서는 상호간 다툼이 없다 하겠으나, 청구인은 쟁점주택을 보유할 당시에 또다른 주택을 소유한 사실이 있어 소득세법시행령 제15조 및 동법시행규칙 제6조의 규정에 의한 1세대1주택의 요건을 갖추지 못하였던 것으로 쟁점주택의 양도사실에 대하여 이 건 양도소득세등을 과세한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 3년이상 보유한 주택의 양도당시 다른주택을 보유하고 있지는 않았으나, 쟁점주택 보유기간중 또다른 주택을 취득하였다가 양도한 사실이 있는 경우 쟁점주택의 양도가 소득세법상 양도소득세를 비과세하는 1세대1주택을 양도한 경우에 해당되는지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 청구인이 쟁점주택을 3년이상 보유하였고 양도당시 또다른 주택을 보유하고 있지 않았던 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없는 바, 쟁점주택 양도당시 시행하던 관계법령을 보면 소득세법 제5조 제6호 (자)목에서 “대통령령이 정하는 1세대1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 10배를 넘지 아니하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있고, 동 법 시행령 제15조 제1항에서 “법 제5조 제6호 (자)에서 “1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 1년이상 거주하는 것으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 거주기간의 제한을 받지 아니한다”라 하였고, 동항 제2호에서 “당해 주택의 보유기간이 3년이상으로서 거주자가 재무부령이 정하는 바에 의하여 1세대1주택임을 입증하는 경우”라고 규정하고 있는 바, 위 법령상의 규정만 놓고 볼 때는 2주택을 보유한 1세대가 1주택을 양도한 후 나머지 1주택을 마저 양도한 경우 나중에 양도한 주택에 대한 1세대1주택 보유기간을 당해 주택의 취득일로부터 기산할 것인지 또는 당해 세대가 1주택을 보유하게 된 때로 부터 기산할 것인지에 대하여 논란의 소지가 있다 하겠으나 그동안의 국세청 예규 및 소득세법 기본통칙을 보면, 국세청 재산 01254-280호(86.1.29)의 예규에서 “1년이상 거주한 주택과 인접되어 있는 지역에 다른 주택을 함께 소유하고 있는 1세대2주택을 가진 거주자가 동일인에게 동시에 2주택을 전부 양도한 때에는 1년이상 거주한 주택은 1세대1주택으로 양도소득세가 비과세되는 것”이라고 해석한 것 이외에도 88.5.9 소득세법 기본통칙을 개정하여 비과세 요건을 갖춘 2이상의 주택을 동시에 양도시 1세대1주택 판정방법까지 명확히 신설하였는 바, 동 통칙 1-2-50...(5) 에 의하면, “양도소득세가 비과세되는 1세대1주택의 요건을 갖춘 2개 이상의 주택을 동시에 양도할 경우 1세대1주택으로 비과세되는 주택은 다음 각호의 순서에 의한다. ① 양도한 주택중에서 거주기간이 가장 오래된 주택 ② 거주기간이 동일한 주택이 2이상일 경우에는 보유기간이 가장 오래된 주택 ③ 거주기간 및 보유기간이 동일한 주택이 2이상일 경우에는 양도당시 거주한 주택”이라고 규정하고 있음을 알 수 있다. 국세청장의 이러한 예규·통첩의 태도는 소위 1세대1주택의 양도소득세 비과세요건의 다툼에 있어서 양도당시 1세대1주택이기만 하면 당해 양도주택에서 1년이상 거주하거나 3년이상 보유한 사실로써 족하고 더 나아가 1세대1주택의 소유자가 그 1주택을 양도한 것이 아니라 1세대다주택의 소유자가 그 다주택을 동시 전부 양도한 경우에도 그 중에서 1세대1주택의 비과세요건을 갖춘 1개의 주택에 대해서만은 비과세 처분할 것임을 스스로 선언한 것이라 할 것이어서 양도당시 1세대1주택이기만 하면 나중에 양도하는 주택의 보유기간 계산은 당해 주택의 취득일로부터 기산하는 것이라고 이해되고 이러한 국세청의 태도는 납세자에게 널리 받아들여져 국세행정의 관행이 되었다고 보는 것이 무리가 없다 하겠다(국심 89서273, 89.6.22 합동회의, 국심 90서980, 90.10.13 합동회의 동지). 그렇다면, 국세기본법 제18조 제3항에서 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있음을 감안해 볼 때 이 건의 경우, 청구인이 쟁점주택을 3년이상 보유하였고 쟁점주택 양도당시 청구인의 세대가 국내에 또다른 주택을 소유한 사실이 없음이 확인되므로 청구인의 쟁점주택양도는 1세대1주택의 양도로서 비과세하여야 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.