우리사주조합원의 출자금액 계산은 증자시점을 기준으로 할 것인지 아니면 ○○주식회사에 1년이상 예탁한 것에 한할 것인지의 여부(경정)

[참조결정] 국심1983서1130 / 국심1983서1131 / 국심1983서1809 / 국심1983서1809

[주 문] 을지로세무서장이 89.12.30 청구법인에게 한 87.1.1～12.31사업 년도분 법인세 554,263,870원 및 동방위세 170,835,370원과 88.1.1～12.31사업년도분 법인세 737,934,730원 및 동방위세 331,102,070원(심사청구에 대한 국세청장의 결정에 의하여 법 인세 470,000,950원 및 동방위세 264,784,050원으로 감액하여 경정함)을 부과한 처분은

1. 조세감면규제법 제69조 제2항 제1호 및 제3호에 규정한 감 면소득을 다음과 같이 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정 한다. 감면소득=외화표시채권의 수입이자-(일반관리비×) (일반관리비는 제세공과금, 퇴직급여위로금, 인건비 경비 및 감가상각비를 말한다)

2. 법인세법 제10조의 3의 규정에 의하여 증자소득공제금액을 계산함에 있어 “자본증가액중 내국법인이외의 자로부터 출자 한 금액”의 100분의 20에 해당하는 금액을 각사업년도 소득 금액에 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울특별시 중구 OOOOO가 OOOO에 본점을 두고 금융업을 영위하는 상장법인으로서, 처분청이 89.12.30에 87.1.1～12.31사업년도분 법인세 554,263,870원 및 동방위세 170,885,370원과 88.1.1～12.31사업년도분 법인세 737,934,730원 및 동방위세 331,102,070원(심사청구에 대한 국세청장의 결정에 의하여 법인세 470,000,950원 및 동방위세 264,784,050원으로 감액하여 경정함)을 부과하였는 바, 청구법인은 이에 불복하여 90.2.26 심사청구를 거쳐 90.7.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 (청구주장 1) 조세감면규제법 제7조의 2 제5항 및 같은법시행령 제4조의 2 제10항과 제11항에 의하면, 상장법인이 자본을 증자한 경우에 법인세법 제10조의 3(증자소득공제)을 적용함에 있어서 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 100분의 20이상인 때에는 “자본증가액중 내국법인외의 자로부터 출자받은 금액”의 100분의 20에 해당하는 금액을 소득금액에서 공제하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 88.5.3 유상증자를 함에 있어, 증자한 금액 1,890억원중 100분의 20에 해당하는 378억원을 우리사주조합원으로부터 출자받았으므로, 증자한 금액 1,890억원중 “내국법인외의 자로부터 출자받은 금액”의 100분의 20에 해당하는 금액(당해사업년도 기간중 증자소득 공제기간에 해당하는 금액을 말함)을 88.1.1～12.31사업년도의 소득금액에서 공제하여, 정당하게 과세표준과 세액을 산출한 후 해당법인세와 방위세를 신고납부하였음에도 불구하고, 처분청은 구소득세법시행령 제4조의 2 제1항에 따라 우리사주조합원이 취득한 주식을 OOOOOO주식회사에 1년간 예탁(청구법인은 1년이내에 인출함)하지 아니하였다는 이유로, 그 예탁하지 아니한 주식에 해당하는 청약금액에 대하여는 우리사주조합원이 취득한 주식으로 보지 아니하여 조세감면규제법 제7조의 2 제5항 및 같은법시행령 제4조의 2 제10항 제1호에 규정한 내국법인이외의 자가 출자한 금액과 같은조 제11항에 규정한 상장법인에 규정한 “공제율 100분의 20”을 적용하지 아니하고, 법인세법시행령 제11조의 2 제3항에 규정한 “공제율 100분의 18”을 적용하여 증자소득공제금액을 계산하여 이 건 법인세등을 경정하였으나, 청구법인은 유상증자할 당시에, 우리사주조합원이 배정받은 주식을 모두 청약(증가된 자본금액의 100분의 20)하였으므로 이미 “공제율 100분의 20”의 적용요건을 충족하였고, 또한 우리사주조합원이 배정받은 주식을 OOOOOO주식회사에 1년간 예탁하지 아니한 귀책사유는 청구법인에게 있다고 할 수 없으므로 이 건 처분청의 경정처분은 부당하다는 주장이다. (청구주장 2) 조세감면규제법(88.12.26 개정이전의 것) 제69조 제2항 제1호와 제3호에서 “국가 또는 내국법인이 발행하는 외화표시 채권의 이자 및 수수료”와 “외국환관리법이 정하는 바에 의하여 외국환은행이 인수·매입 또는 발행하는 외화표시어음에 대한 이자 또는 할인액”(이하 “외화표시채권의 수입이자”라 한다)에 대하여는 법인세를 면제한다고 규정하고 있는 바, 청구법인이 감면소득을 계산함에 있어 재무부장관의 예규(조법 1264-382, 83.4.9)와 국세심판소의 심판결정례(83서 1809, 83.11.16외 다수)에 따라, 외화표시채권의 수입이자(보유하고 있는 외화표시 채권의 총수입이자에서 중도에 매각함으로서 발생한 환출이자를 차감한 순계액을 말함)에서 이에 대응하는 비용으로 다음의 산식에 의하여 산출한 금액을 공제하여 정당하게 과세표준과 세액을 신고 납부하였고, 그 계산방식은 국세기본법 제18조에 의한 국세행정의 관행이 받아들여졌음에도 불구하고 처분청이 조세감면규제법 제86조와 법인세법시행령 제69조 및 법인세법시행규칙 제25조의 규정에 의한 “공통손익의 계산방법”에 의하여 계산한 비용을 외화표시채권의 수입이자에 대응하는 비용으로 보아 경정결정한 과세처분은 부당하다는 주장이다. (다 음) 외화표시채권의 수입이자에 대응하는 비용 ※ 일반관리비는 제세공과금·퇴직위로금·인건비·경비·감가상각비의 합계액임

3. 국세청장 의견 (청구주장1에 대하여) 조세감면규제법 제7조의 2 제5항, 동법시행령 제4조의 2 제10항, 제11항, 법인세법 제10조의 3 및 소득세법시행령 제42조 제1항의 규정을 모두어 보면, 상장법인이 금전출자를 받아 자본을 증자한 경우에 우리사주조합원이 금전출자를 한 금액이 있는 때에는 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 100분의 20이상인 경우에는 우리사주조합원의 출자금액(당해 조합원이 취득한 주식을 취득일로부터 1년간 OOOOOO주식회사에 예탁하는 것일 것)에 대한 공제율은 높은 공제율(100분의 20)을 적용하도록 규정하고 있는 바(재무부소득 22601-129, 89.2.2 동지) 이 건의 경우 우리사주조합원이 취득한 주식중 만기까지 예탁분 3,862,750,500원에 대하여만 처분청이 전시 법규정에 의하여 높은 공제율을 적용하여 과세한 당초처분은 잘못이 없다고 판단되고, 예탁하지 않은 부분도 우리사주조합 출자금액에 해당되므로 전체 증자액에 높은 공제율인 100분의 20을 적용해달라는 청구주장은 이유없다는 의견이다. (청구주장2에 대하여) 현행세법은 일반적으로 금융업이외의 경우에 이자소득이라 하면 특별한 비용없이 수입금액과 소득금액이 동일한 것으로 취급되나, 금융업의 경우에는 수입금액에서 비용을 공제하여 소득금액을 계산하는 것이므로 구조세감면규제법(88.12.26 개정이전의 것) 제69조 제2항 제1호 및 제3호에 규정한 외화표시채권이자의 수입이자 역시 위 이자수입금액에 대응비용을 공제한 금액을 감면소득으로 하여 이 감면소득에 대하여 법인세를 면제함이 타당하다 하겠고 법인세법시행령 제11조 제1항에서 “내국법인의 각사업년도에 있어서 법 및 다른법률에 의하여 법인세를 면제하는 경우에는 법 제22조의 규정에 의하여 산출한 당해사업년도의 법인세액에 법인세가 면제되는 소득이 법 제8조의 규정에 의한 당해사업년도의 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 면제한다”라고 규정하고 같은법시행령 제69조 및 동법시행규칙 제25조 제1항 제2호에서는 감면소득과 과세소득의 업종이 동일한 경우의 공통되는 손금은 감면소득과 과세소득의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다. 이 건의 경우 청구법인은 면세이자수입금액에서 이 금액이 총수입금액에 차지하는 비율을 일반관리비에 곱한 금액을 대응비용으로 공제하여 면제소득을 계산하였으나, 청구법인이 계상한 각사업년도의 손금은 과세와 면세의 관련여부가 구분되어 있지 아니하므로 처분청이 전시 법인세법 시행규칙 제25조 제1항 제2호의 규정에 의한 공통손금의 구분계산방식에 따라 면세이자 수입금액과 과세되는 이자수입금액의 비율에 따라 안분한 금액을 대응비용으로 하여 면제소득을 계산하였음은 잘못이 있다고 보여지지 아니한다는 의견이다.

4. 쟁점

• 가. 내국법인이 금전출자를 받아 자본을 증가한 경우로서 우리사주조합원이 금전출자를 한 금액이 있는 때, 높은 공제율을 적용하여 증자소득공제를 함에 있어, 우리사주조합원의 출자금액 계산은 증자시점을 기준으로 할 것인지 아니면 OOOOOO주식회사에 1년이상 예탁한 것에 한할 것인지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 금융업을 영위하는 법인에 있어서 외화표시채권의 수입이자에 대응하는 손금을 계산할 때에 법인세법 시행규칙 제25조 제1항 제2호의 규정에 의한 공통손금의 구분계산방식에 따라 계산할 것인가 아니면 국세심판소의 심판결정례에 따라 일반관리비를 감면소득과 과세소득으로 안분계산한 금액으로 할 것인가를 가리는데 있다

5. 심리 및 판단 (청구주장1에 대하여) 청구법인은 금융업을 영위하면서 88.1.1-12.31사업년도 법인세 신고시 청구법인이 88.5.3 출자한 금액 189,000,000,000원(개인주주증자분: 93,726,183,600원, 우리사주조합원증자분: 37,800,000,000원, 기타 주주증자분: 57,473,816,400원)중 우리사주조합원의 출자분이 총출자금액의 20% 이상이라 하여 조세감면규제법시행령 제4조의 2 제10항 제1호의 규정에 따라 증자소득공제액을 15,344,721,350원으로 계상한데 대하여 처분청은 구소득세법 시행령 제42조 제1항의 규정을 들어 위 사업년도말 현재 예탁분 3,862,750,500원만 높은 공제율(20%)을 적용하고 이 건 법인세를 경정고지하였는 바, 이에 대하여 청구법인은 조세감면규제법의 증자소득공제의 입법취지와 법조문상 증자시점에서 적법하게 결성된 우리사주조합원이 금전출자를 한 금액이 있는 때에는 당연히 그에 해당하는 공제율을 적용하여야 함에도 이를 인정하지 아니한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 구법인세법 제10조의 3(증자소득공제) 제1항 및 제4항에 의하면 “① 내국법인(영리법인에 한한다)이 내국법인외의 자로부터 금전출자를 받아 자본을 증가한 경우에는 자본에 관한 변경등기를 한 날이 속하는 달의 다음달부터 36월간 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 각 사업년도의 소득금액에서 공제한다. 증가된 자본금액××금융기관의 대출금리 수준을 감안한 공제율=공제금액

④ 제1항의 산식중 금융기관의 대출금리수준을 감안한 공제율은 대통령령으로 정하되 상장법인과 제18조의 2 제1항 제3호에 규정한 중소기업에 대하여는 높은 공제율을 정할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제11조의 2 제3항에서는 “법 제10조의 3 제4항의 규정에 의한 공제율은 100분의 15로 하되, 당해 사업년도 종료일 현재 상장법인에 해당하거나 제68조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 법인에 대하여는 100분의 18로 한다”라고 규정하고 있으며, 조세감면규제법 제7조의 2(우리사주 취득시의 세액공제등) 제5항에 의하면 “내국법인이 금전출자를 받아 자본을 증가한 경우에 우리사주조합원이 금전출자를 한 금액이 있는 때에는 법인세법 제10조의 3의 규정을 적용함에 있어서 당해 자본증가액중 대통령령이 정하는 금액에 대한 공제율은 대통령령으로 정하되, 동조 제4항에 규정하는 공제율보다 높은 공제율로 정할 수 있다”고 규정하고 같은법 시행령 제4조의 2 제10항 및 제11항에 의하면 “⑩ 법 제7조의 2 제5항에서 ‘대통령령이 정하는 금액’이라 함은 다음 각호의 1의 금액을 말한다.

1. 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 100분의 20 이상인 경우에는 자본증가액중 내국법인외의 자로부터 출자받은 금액

2. 우리사주조합원의 출자금액이 자본증가액의 100분의 20 미만인 경우에는 자본증가액중 우리사주조합원의 출자금액

⑪ 법 제7조의 2 제5항에서 ‘높은 공제율’이라 함은 100분의 18을 말하되, 당해 사업년도 종료일 현재 제11조에 규정된 중소기업에 해당하거나 법인세법 제22조 제2항에 규정된 상장법인에 해당하는 법인의 경우에는 100분의 20을 말한다”라고 규정하고 있는 바, 청구법인이 88.4.19 출자한 금액중 우리사주조합원의 증자분이 총출자금액의 20% 이상인 점에 대하여 다툼이 없는 이 건에 있어 청구법인의 증자소득공제(높은 공제율 적용)를 함에 있어 우리사주조합원의 금전출자 시점을 기준으로 할 것인지 아니면 조합원이 취득한 주식을 OOOOOO주식회사에 1년이상 예탁한 것에 한하여만 적용되는지의 여부에 대하여 살펴보면,

• 가. 기업이 차입보다는 자기자본에 의하여 자금을 조달함으로써 재무구조를 개선해 나가도록 유도하기 위하여 비생산적인 용도에 사용된 차입금의 지급이자를 손금에 불산입하는 한편 증자를 하는 경우에는 증자금액의 일정율을 과세소득에서 공제하는 증자소득공제제도를 시행하고 있는 바, 조세감면규제법에서 종업원지주제를 실시하고 있는 기업에 대하여는 증자소득공제제도를 적용함에 있어 종전에 증자소득공제율을 18%로 적용하던 것을 88년부터 높은 공제율인 20%로 상향조정한 것은 기업이 종업원지주제에 대한 인식을 제고하고, 증자액의 20% 이상의 주식을 종업원에게 배정을 유도하기 위한 제도라고 보아지며,
• 나. 구 소득세법 시행령 제42조 제1항에서 우리사주조합의 요건중 당해 조합이 취득한 당해 법인의 주식은 그 취득일로부터 1년간 OOOOOO주식회사에 예탁하는 것으로 되어 있으나 동 규정은 조합원이 주식의 취득가액과 시가와의 차액으로 인하여 발생하는 소득을 근로소득으로 보지 아니하므로서 비과세 혜택을 주기 위한 조건을 설정한 규정으로 보아야 할 것이고,
• 다. 우리사주 취득시의 세액공제를 함에 있어 우리사주조합원은 조합원이 주식을 취득하고 세액공제를 받은 후 그 공제받은 세액의 추징요건을 별도로 정한 조세감면규제법 시행령 제4조의 2 제8항 제2호에 의하면 우리사주조합원이 취득한 주식을 취득일로부터 1월이내에 OOOOOO주식회사에 예탁하지 아니하거나 예탁일로부터 1년이 경과되기 전에 인출한 경우에는 인출금에 대하여 공제한 세액상당액을 추징한다고 규정하고 있지만 법인의 증자소득공제를 함에 있어서는 조세감면규제법 제7조의 2 제5항에서 “우리사주조합원이 금전출자를 한 금액이 있는 때에는 법인세법 제10조의 3의 규정을 적용함에 있어서 당해 자본증가액중 대통령령이 정하는 금액에 대한 공제율은 대통령령으로 정하되, 동조 제4항에 규정하는 공제율보다 높은 공제율을 정할 수 있다”고 규정하고 있을 뿐 동 규정에 대한 별도의 사후관리나 추징요건을 정한 규정이 있지 아니하므로 종업원 지주제를 실시하고 있는 기업과 그 종업원의 증자소득공제는 구분하여 법적 요건의 충족여부에 따라 적용할 것이고,
• 라. 기업이 증자시 적법하게 결정된 우리사주조합원이 금전출자를 하여 그 조합원에 주식을 배정한 후는 당해 기업은 그 조합원에 배정한 주식에 대하여 관리나 제재 등 제재조치를 취할 수 있는 어떠한 권한도 있지 아니하며 그 조합원이 그 주식을 예탁하지 아니하거나 예탁후 1년이 경과되기 전에 인출한다 하더라도 당초 결성된 우리사주조합원의 자격이 상실된다고는 볼 수 없고, 이러한 조합원의 행위에 대하여는 법인에게는 아무런 귀책사유가 있지도 아니한 점등, 위에서 설시한 제반 내용을 종합하여 볼 때 우리사주조합원이 금전출자를 한 금액이 있는 내국법인은 당해 주식의 예탁 또는 예탁기간중에 인출여부에 관계없이 조세감면규제법 제7조의 2 제5항의 규정이 적용된다고 보아지므로 이 건의 증자시 우리사주조합원이 출자한 금액은 총출자액의 20%이상임이 관련 증빙자료에 의하여 확인되고 있어 청구법인의 증자소득 공제액은 내국법인이외의 자로부터 출자받은 금액에 높은 공제율(20%)을 적용함이 위 관련 법규 내용에 부합된다고 판단된다. (청구주장2에 대하여) 먼저 처분청의 이 건 과세처분 경위를 보면,
• 가. 청구법인은 79.4.1-80.3.31사업년도분부터 구조세감면규제법(81.12.31법률 제3481호로 전면 개정되기 이전의 것) 제15조 제6항에서 외화표시채권의 수입이자에 대하여는 법인세를 면제하도록 규정하고 있으므로 외화표시채권을 매입할 때에 선수입한 이자수입에서 그 외화표시채권을 중도에 매각함에 따라 발생한 환출이자를 공제한 외화표시채권의 수입이자(즉 순계액)를 감면소득으로 계산하여 해당 법인세등을 신고 납부하여왔음.
• 나. 82.11.29 감사원장이 4개 시중은행과 기타의 금융업을 영위하는 법인의 경우 감면소득을 계산함에 있어 외화표시채권의 수입이자를 바로 감면 소득으로 계산하는 것인지 아니면 외화표시채권의 수입이자에서 이에 대응하는 비용을 차감한 소득을 감면소득으로 보는 것인지에 대하여 재무부장관에게 의견조회함(감사원이사 141.4-2639, 82.11.29).
• 다. 83.3.16 처분청이 이 건 감면소득계산에 대하여 법인세법시행규칙 제25조 제1항 제2호에 규정한 “공통손익의 계산방법”에 따라 감면소득을 계산할 경우 감면소득은 없는 것(감면소득에 대응하는 손금이 더 많음)으로 보아 청구법인에 법인세등을 경정고지함.
• 라. 83.4.9 재무부장관이 감사원장의 조회(감사원이사 141.4-2639, 82.11.29)에 대하여 “현행세법은 일반적으로 금융업이외의 경우에 이자소득이라 하면 특별한 비용없이 수입금액과 소득금액이 동일한 것으로 취급하나, 금융업의 경우에는 수입금액에서 비용을 공제하여 소득금액을 계산하므로 감면되는 금융업자의 이자소득에 대하여는 수입금액에 대응되는 비용을 공제한 소득에 대하여 감면하여야 할 것”이고, “감면세액의 산출방법은 그 어음의 보유기간에 대한 수입금액에 당해 금융업의 공통비용을 차감하여 계산하여야 할 것”이라고 회신함.
• 마. 83.5.9 주식회사 OOOO은행이 위 “나”의 처분(OO은행의 경우 82.12.17자 처분)에 대하여 국세심판소장에게 심판청구함(청구법인은 83.8.18 심판청구함).
• 바. 83.8.31 주식회사 OOOO은행에 대한 심판청구에 대하여 “2. 청구법인 주장”에서 열거한 계산방법으로 감면소득을 계산하도록 결정하여 청구법인의 주장을 일부 받아들임(청구법인의 83.8.18의 심판청구에 대하여도 83.11.16 이와 같은 내용의 결정을 함).
• 사. 청구법인을 포함한 5개 시중은행은 감면소득을 계산함에 있어 83년도에 심판결정한 계산방식으로 88.1.1-12.31사업년도까지 계속해서 감면소득을 계산하여 해당 법인세등을 신고, 납부하였고 그 기간동안 과세관청이 법인세등을 조사결정하면서도 이 부분에 대한 시정등의 조치가 없이 신고서를 인정하여 왔음.
• 아. 89.12.30 처분청이 청구법인의 87.1.1-12.31사업년도의 외화표시채권의 이자수입에 대응하는 손금을 법인세법 시행규칙 제25조 제1항 제2호의 규정에 의하여 계산한 금액으로 보아 이 건 법인세등을 경정하였음. 다음으로 외화표시채권의 이자수입에 대응하는 손금을 계산함에 있어 “2. 청구법인 주장”에서 열거한 계산방식 〔국세심판소가 83년도에 결정하였던 국심 83서1130, 83.8.31, 국심 83서1131, 83.8.29, 83서1809, 83.11.16이며 이를 알기 쉽게 단순화하면, 감면소득 = 외화표시채권의 이자 - (일반관리비 ×)〕이 합리적인지 아니면 법인세법 시행규칙 제25조 제1항 제2호의 규정에 의한 계산한 금액〔이를 알기 쉽게 단순화하면 감면소득 = 각사업년도소득(익금총액 - 손금총액) ×〕이 합리적인지를 보면, 수입이자에 대하여 감면근거가 되고 있는 조세감면규제법 제69조에서 외화표시채권의 이자수입에 대하여는 비과세가 아니라 발생한 소득에 대하여 감면한다고 규정하고 있고, 금융업을 영위하는 법인은 이자수입금액이 직접 소득금액이 되는 것이 아니라 이자수입에서 그에 대응하는 비용을 공제한 금액이 소득금액인 것이고, 또한 청구법인의 경우 감면되는 사업과 기타사업을 겸영하고 있는 바, 외화표시채권의 이자수입에 대응하는 손금을 계산함에 있어, 법인세법에서 일반적으로 규정하고 있는 계산방식(법인세법 시행규칙 제25조를 말함)으로 대응되는 손금을 계산하는 것이 세법체계로 볼 때 달리 청구법인이 주장하는 계산방식보다 합리적인 것 같으나, 외화표시채권의 이자수입에 대하여 법인세를 감면한 근본취지가 금융기관으로 하여금 외화표시채권의 인수를 촉진하여 국제금융업무를 활성화시키고, 우리 금융기관의 국제경쟁력을 강화시키는데 도움을 주기 위한 것이며, 아울러 공통손익안분계산방식을 적용하여야 할 대상을 열거하고 있는 조세감면규제법 제86조에서, 이 건 관련 규정을 열거하고 있지 아니한 사실을 고려할 때, 어떤 계산방식이 보다 더 적법타당한 것인지를 판단하기는 어렵다고 보여진다. 그러나 이 건의 경우는 국세기본법 제18조 제3항에서 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있는 바, 청구법인의 계산방법은 다음과 같은 이유로 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져 온 것으로 보여진다. 첫째, 정부가 외화표시채권의 이자수입에 대하여 법인세등을 감면한 취지는 일반적으로 우리나라 금융여건으로 보아 외화표시채권의 표면금리가 금융기관의 대출이자율 보다도 낮아서 정상적인 금융업을 영위하는 법인은 국가 및 내국법인이 발행하는 외화표시채권의 인수를 기피하기 때문에, 인수를 촉진하는 동기부여로서 세금부담을 덜어주기 위한 것이라고 보여지는 바, 청구법인은 법인세법 시행규칙 제25조 제1항 제2호의 규정을 적용하여 감면소득을 계산할 경우, 사실상 이와 같은 감면효과가 거의 없는 것으로 인식하였고, 이와같은 취지에 앞서 앞에서 열거한 심판결정(83서1809, 83.11.6외 다수를 말함)이 있었던 것으로 보인다. 둘째, 이 건과 관련하여 앞에서 열거한 바와 같이 감사원의 재무부장권에 대한 의견조회 및 이에 대한 재무부장관의 회신이 있은 후, 청구법인의 83.8.18 심판청구에 대한 결정서에 청구법인이 주장하는 계산방식이 정당하다고 기재하고 있을 뿐만 아니라, 다른 금융기관의 심판청구에 대하여도 동일하게 결정한 사실이 있어서, 청구법인이 위 심판결정의 내용에 따라 회계처리하고 법인세등을 신고, 납부함에 있어 이를 믿을 수 밖에 없는 것으로 보이고, 셋째, 5개 시중은행은 외화표시채권의 이자수입에 대한 감면소득은 88.1.1-12.31 사업년도까지 계속적으로 위 심판결정례가 정한 계산방식을 적용하여 감면소득을 계산하고 해당 법인세를 신고납부하였고, 처분청은 청구법인등 5개 시중은행이 위와 같이 신고한 내용에 대하여 소득금액을 실지조사나 서면조사방법으로 결정하면서도 이 건 이외에는 어떠한 지적도 한 사실이 없고, 넷째, 청구법인등 5개 시중은행이 법인세의 과세표준과 세액을 신고하면서 첨부서류로 정부에 제출한 “감면소득계산서”에 감면소득의 산출근거로 국세심판소의 결정례의 청구번호(예시 국심 1267.41-1817호, 83.8.29)를 직접 인용하거나 계산산식을 열거한 사실이 있으며, 더욱이 주식회사 OOOO은행의 85.1.1-12.31사업년도의 법인세를 서면조사결정하면서 주식회사 OOOO은행이 법인세의 과세표준과 세액을 신고하면서 계상하지 아니한 이 건 관련 감면소득까지도 정부 스스로 계상하여 경정한 사실이 있고, 다섯째, 조세감면규제법 제86조에서 법인세법 시행규칙 제25조에서 규정한 “공통손익 계산방법”을 적용하여야 할 감면대상의 관련규정을 열거하고 있으면서도, 이 건에 관련된 규정(제69조)에 대하여는 열거하지 아니하고 있을 뿐만 아니라 그 조항에 대하여 여러차례의 개정이 있었으면서도 이 규정을 보완한 사실이 없다. 위와 같은 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인이 83.8.18 이 건과 관련한 심판청구에 대한 심판결정서에 기재한 계산방법을 믿을 수 밖에 없었고, 이를 믿고 회계처리한 사실은 상당한 이유가 있다고 보여지는 바, 국세기본법 제18조에서 규정한 새로운 해석 또는 관행의 소급적용금지는 일정기간 계속된 사실관계를 믿은 납세자의 신뢰를 보호하는데 그 주안점이 있다 할 것이므로 이 부분 청구인의 주장은 이유있다고 판단된다. 따라서 이 건 부과처분이 있었던 89.12.30 이후의 외화표시채권의 이자수입에 대한 감면소득의 계산에 대하여 법인세법시행규칙 제25조를 적용하는 것을 별론(이 건 처분이 있은 후 주식회사 OO은행과 주식회사 OO은행은 89.1.1-12.31사업년도분 법인세 과세표준과 세액을 신고하면서 법인세법시행규칙 제25조를 적용하여 외화표시채권의 수입이자에 대한 감면소득을 계산하였음)으로 하고, 그 이전에 이루어진 이 건에 대한 처분은 부당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.