[요지] 청구인은 쟁점아파트 양도에 관련 그 잔금을 89.1.17 영수한 것으로 인정된다 할 것으로 소득세법 시행령 제53조의 규정에 의한 양도일은 89.1.17이었으나 그 당시는 토지구획정리사업법 제65조의 규정에 의거 일반등기가 정지되었던 시기이고 89.1.12 이전에 등기원인이 확정된 상태도 아니었으므로 소정기한내에 소유권이전등기를 경료하지 못한 것은 쟁점아파트의 매매당사자의 귀책사유에는 해당되지 않는다 할 것으로 소득세법상 1세대1주택을 양도하였다는 청구주장은 이유가 있음
[주 문] OO세무서장이 89.3.9 청구인에게 결정고지한 89년도 귀속분 양도소득세 3,325,240원 및 동방위세 352,520원의 처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 사실 청구인은 서울특별시 OO구 OO동 OO OOO 소재 OOOOO OOOO OOOO에 거주하는 사람으로서 85.3.13 취득한 서울특별시 OO구 OO동 OOO 소재 OOOOO OO OOOO(31평형아파트로 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 89.3.9 양도한 사실이 있는 바, 처분청이 쟁점아파트의 양도차익을 기준시가로 계산하여 90.2.16 청구인에게 89년도 귀속분 양도소득세 3,525,240원 및 동방위세 352,520원을 결정고지하자 90.3.27 심사청구를 거쳐 90.6.30 이 건 심판청구를 제기한 것이다.
2. 청구주장 처분청은 청구인이 89.1.17 양도하고 89.3.9 소유권이전등기를 경료한 쟁점아파트는 소득세법시행령 부칙 제3항(88.8.25 개정된 것)에 의하여 위 시행령 시행일(88.8.25)로부터 6월이내에 소유권이전등기를 마치지 아니하였다는 이유로 이 건 양도소득세등을 과세하였으나 쟁점아파트에 대한 소유권이전등기는 토지구획정리사업법 제65조의 규정에 의거 등기를 할 수 없었던 사유로 약간 지연된 것일 뿐 사실상 양도일은 위 시행령 부칙의 시행일로부터 6월이내인 89.1.17이었으므로 쟁점아파트의 양도로 인하여 발생한 소득은 소득세법상 1세대1주택으로 비과세소득에 해당된다는 주장이다.
3. 국세청장 의견 88.8.25 개정된 소득세법시행령 부칙의 시행일인 88.8.25 당시 당해주택에서 3년이상 보유하여 비과세요건을 갖춘자가 이날로부터 6월이내에 당해주택을 양도한 것만으로는 부족하고 나아가 소유권이전등기까지 마친 경우에 한하여 1세대1주택으로서 비과세규정이 적용된다 할 것으로 이 건의 경우 청구주장대로 쟁점주택의 양도일이 89.1.17이어서 위 소득세법시행령 부칙의 시행일로부터 6월이내에 해당한다 하더라도 그 소유권 이전등기는 6월이후인 89.3.9 경료된 것이므로 전시규정에서 정한 비과세요건을 충족하지는 못하였다는 의견이다.
4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구인이 양도한 아파트가 88.8.25 개정된 소득세법시행령 제15조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택에 해당되는지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.
5. 심리 및 판단 청구인세대는 85.3.13 쟁점아파트를 취득하고 3년이상 보유하였으므로 88.8.24 이전에 양도하였다면 종전 소득세법시행령 제15조 제1항 제2호 규정에 의거 소득세법상 양도소득세등이 비과세되는 1세대1주택에 해당된다는 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 되지 않고 있으나 처분청은 개정된 소득세법시행령 제15조 제1항 및 동부칙 제3항의 규정에 의거 청구인이 89.2.25까지 쟁점아파트를 양도하고 동시에 소유권이전등기까지 경료하였어야 함에도 불구하고 89.3.9에서야 그 등기를 마쳤으므로 소득세법상 1세대1주택에 해당되지 않는다는 의견이고, 청구인은 89.2.17 잔금을 영수하였으나 그 당시는 토지구획정리사업법 제65조의 규정에 의거 일반등기가 정지되었으므로 부득이 89.3.9에서야 등기가 경료된 것으로 1세대1주택에 해당된다는 주장이다. 살피건대, 88.8.25 개정된 소득세법시행령(대통령령 제12509호) 제15조(1세대1주택의 범위) 제1항을 보면, “법제5조 제6호(자)에서 “1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 거주기간의 제한을 받지 아니한다.(개정 88.8.25)
① 단독주택을 신축하여 양도하는 경우
② 당해주택의 보유기간이 5년이상으로서 거주자가 재무부령이 정하는 바에 의하여 1세대1주택임을 입증하는 경우(개정 88.8.25)
③ 재무부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”로 규정하고 있고, 동시행령 부칙 제3항(1세대1주택에 관한 경과조치)에서는 “이 영 시행당시 종전의 제15조 제1항 본문 및 동조동항 제2호의 규정에 의한 1세대1주택을 가진 세대가 이영 시행일(당해주택이 주택건설촉진법 시행령 제30조 제1항 단서의 규정에 의한 국민주택규모의 주택으로서 주택건설촉진법 제38조의 3 및 주택건설촉진법 시행령 제37조 제1항의 규정에 의하여 당해주택의 전매가 제한되는 경우에는 그 전매가 제한되는 기간이 종료된 날)로부터 6월이내에 당해주택을 양도하고 소유권이전등기를 마친 경우 그 양도는 법 제5조 제6호(자)의 규정에 의한 양도로 본다”라고 규정하고 있는 바, 전시 개정규정에 해당하는 거주자는 당해주택을 89.2.25까지 양도하고 그 소유권이전등기를 이행완료하여야만 하는 것을 원칙으로 하나 주택건설촉진법의 규정에 의거 전매가 제한된 주택의 경우나 등기권리자(매수자) 및 의무자(양도자)의 귀책사유가 아닌 토지구획정리사업법등에 의하여 일반등기가 정지됨에 따라 소정기한내에 소유권이전등기를 경료하지 못한 경우에는 특례를 인정함이 합당하다 할 것이다.[국세청 재산22633-528 (89.2.14) 동지] 다음으로 청구인의 쟁점아파트를 양도한 사실관계를 보면, 첫째, 청구인이 제시하는 아파트매매계약서에 의하면 청구인은 89.1.4 쟁점아파트를 청구외 OOO에게 50,000,000원에 양도하기로 매매계약을 체결하였는 바 당일 계약금 5,000,000원, 89.1.8 중도금 20,000,000원과 89.1.17 잔금 25,000,000원을 영수하는 것으로 되어 있고, 둘째, 쟁점아파트를 매수한 청구외 OOO은 89.2.3 쟁점아파트에 대한 취득세 300,000원을 89.2.3 납부하였고 그 다음날인 89.2.4 쟁점아파트로 입주하였음이 확인되며, 셋째, 매수자인 청구외 OOO이 소유권이전등기를 하기 위하여 89.2.16 발급받은 쟁점아파트의 등기부등본(매수자는 소유권이전등기를 하기 전에 등기부등본을 열람하여 당해부동산에 가등기 또는 설정된 채무등이 있는지의 여부를 확인하는 것은 상식이다)에 의하면 그 표제부에는 “토지구획정리사업법 제65조의 규정에 의하여 일반등기를 정지함(89.1.12)”이라는 고무인이 압인되어 있는 바 토지구획정리사업법 제65조(등기)를 보면, “① 시행자는 환지처분의 공고가 있는 때에는 지체없이 이를 관할등기소에 통지하여야 한다.
② 구획정리사업 또는 환지처분으로 인하여 시행지구안의 토지 또는 건축물에 관한 권리에 변동이 있는 때에는 시행자는 환지처분의 공고가 있은 후 지체없이 대법원규칙이 정하는 바에 의하여 이에 관한 등기를 신청 또는 촉탁하여야 한다.
③ 환지처분의 공고가 있은 후에는 시행지구안의 토지 또는 건축물에 관하여는 제2항의 규정에 의한 등기가 있을 때까지 다른 등기를 할 수 없다. 다만, 등기신청인이 확정일부 있는 서류에 의하여 환지처분의 공고일전에 등기원인이 발생한 것임을 증명한 경우에는 그러하지 아니한다.”라고 규정되어 있다. 전시 관계법령 및 제사실관계를 종합하여 볼 때 청구인은 쟁점아파트 양도에 관련 그 잔금을 89.1.17 영수한 것으로 인정된다 할 것으로 소득세법 시행령 제53조의 규정에 의한 양도일은 89.1.17이었으나 그 당시는 토지구획정리사업법 제65조의 규정에 의거 일반등기가 정지되었던 시기이고 89.1.12 이전에 등기원인이 확정된 상태도 아니었으므로 이 건의 경우 소정기한내에 소유권이전등기를 경료하지 못한 것은 쟁점아파트의 매매당사자의 귀책사유에는 해당되지 않는다 할 것으로 소득세법상 1세대1주택을 양도하였다는 청구주장은 이유가 있다고 판단된다.
6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.