토지의 양도가액을 000원으로 인정하고 과세한 당초처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울특별시 서대문구 OOO O가 OOO에 본점을 두고 부동산매매업을 영위하는 법인으로서, 청구법인이 89.2.21 사회복지법인 OOOOO 복리재단(이하 “OOO 재단”이라 한다)으로부터 전남 목포시 OO동 OOOO외 15필지 잡종지, 임야, 전, 대지 93,639.8평방미터(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였다가 89.7.1 OO건설산업주식회사에 양도한데 대하여, 처분청은 쟁점토지의 취득가액을 2,143,780,000원, 자본적지출액을 130,040,950원, 양도가액을 2,650,000,000원으로 인정하고 89.11.16 법인세(특별부가세) 94,044,762원 및 동 방위세 18,808,950원을 부과처분하였는 바, 청구법인은 이에 불복하여 89.12.21 이의신청, 90.3.16 심사청구를 거쳐 90.7.3 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지를 서울시 종로구 OO동 OOOOO OO 소재 OO자 재단으로부터 2,143,780,000원(취득시 부대비용 143,685,260원 별도)에 취득한 후 89.7.1 청구외 OO건설산업주식회사에 2,300,000,000원에 양도하였고, 전 소유자인 OOO재단이 청구법인에게 매매조건부로 요구하여 약정하였던 기부증여금 350,000,000원을 청구법인 사정으로 지급하지 못하여 OO건설산업주식회사가 OOO재단에 동 금액을 기부증여한 사실이 있는 바, 이에 대하여 처분청이 쟁점토지의 양도가액을 위의 350,000,000원을 포함하여 결정하고 법인세(특별부가세)등을 과세한 당초처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 먼저 쟁점토지의 등기부등본을 보면, 청구법인이 전 소유자인 OOO재단으로부터 89.2.21자로 소유권이전등기를 경료함으로써 취득하고, 동년 3.24자 매매예약에 의한 소유권이전청구권 가등기(권리자: OO건설산업주식회사)를 설정한 후 동년 7.1 OO건설산업주식회사에 소유권이전등기함으로써 양도한 사실이 확인되고, 또한 처분청이 조사당시 징취한 기록을 보면, 쟁점부동산을 89.3.23자로 2,300,000,000원에 가등기설정한 청구법인이 가등기권리자인 OO건설산업주식회사로부터 89.3.23부터 동년 6.23까지 3회에 걸쳐 2,300,000,000원을 수령하였고 89.6.30까지 위 금을 상환치 못할 경우 소유권이전등기하여도 이의가 없음을 확인한 사실이 확인되며, 아울러 89.6.29자 각서를 보면 청구법인이 OOO재단에 기부증여한 증여금을 2,300,000,000원 이외에 추가로 OO건설산업주식회사에서 부담하기로 하였음이 확인되는 반면 OO건설산업주식회사는 350,000,000원을 OOO재단에 기부증여한 것으로 기장처리한 사실이 없는 바(이 부분 증빙제시 없음), 위 사실들로 미루어 볼 때 청구법인이 OO건설산업주식회사로부터 받은 양도대금은 2,650,000,000원이고 동 양도대금중 350,000,000원은 OOO재단이 청구법인으로부터 수령한 것으로 인정되므로 양도가액을 2,650,000,000원으로 하여 특별부가세 과세표준을 계산하고 특별부가세분 법인세를 과세한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점토지의 양도가액을 2,650,000,000원으로 인정하고 과세한 당초처분의 당부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저 이 건 사실관계를 보면, 쟁점토지의 당초 소유자인 OOO외 2인이 88.3.18자 증여를 원인으로 88.3.23 OOO재단에 소유권을 이전한 사실, 88.7.7 위의 OOO외 2인이 수증인을 상대로 서울민사지방법원에 원인무효에 의한 부동산소유권이전등기말소청구의 소를 제기한 사실, 위의 소송이 진행중인 상태에서 수증인인 OOO재단은 청구법인에게 88.11.18자 매매를 원인으로 89.2.21 쟁점토지의 소유권을 이전한 사실, 89.3.23 청구법인은 OO건설산업주식회사에게 매매예약에 의한 소유권이전청구권가등기를 설정하여 준 사실, 청구법인은 가등기권리자인 OO건설산업주식회사로부터 89.3.23부터 89.6.23까지지 3회에 걸쳐 2,300,000,000원을 지급받은 후 다시 89.6.29자로 기부증여금 명목으로 350,000,000원을 수령한 후 89.6.30자 매매를 원인으로 89.7.1 청구외 OO건설산업주식회사에게 쟁점토지의 소유권을 이전한 사실, 90.2.20자로 OOO재단이 서울민사지방법원에 청구법인 OO건설산업주식회사를 상대로 원인무효에 의한 부동산소유권이전등기말소 청구의 소(90가합 10273호)를 제기하여 89.7.1자 소유권이전에 대한 말소 예고등기가 되어 있는 사실등이 쟁점토지의 등기부등본, 영수증, 소장사본등에 의하여 확인된다. 다음으로 이 건 부과처분내용과 청구법인의 주장을 보면, 처분청은 쟁점토지의 취득가액을 2,143,780,000원, 취득부대비용을 130,040,950원, 양도가액을 2,650,000,000원을 하여 이 건 부과처분하였고, 이에 대하여 청구법인은 쟁점토지의 양도가액은 2,650,000,000원이 아니라 2,300,000,000원이라고 주장하고 있음을 알 수 있다. 살피건대, 청구법인은 OO건설산업주식회사에 쟁점토지를 양도할 때 매수자가 매매대금 이외에 추가부담한 350,000,000원은 청구법인의 전소유자에게 기부금으로 지급한 것이기 때문에 양도가액에 포함되지 않는다고 주장하나, 청구법인과 OO건설산업주식회사가 체결한 89.6.29자 각서에 의하면 청구법인은 88.3.23 쟁점토지에 가등기를 설정하고 OO건설산업주식회사로부터 가등기 설정대금 2,300,000,000원을 수령하였음이 확인되고 동년 6.29에는 동 금원을 상환치 못하여 소유권이전을 해주기로 하면서 그 조건으로써 청구법인이 OOO재단에 기부증여키로 하였던 350,000,000원을 OO건설산업주식회사가 대신 부담하기로 약정한 사실이 확인되는 바, 이러한 조건부 매수자 부담금은 토지매매대금의 일부로 보아야 할 것이고 또한 청구법인이 작성한 영수증을 보면 동 350,000,000원을 청구법인이 OO건설산업주식회사로부터 직접 수령하였음이 확인되므로 OO건설산업주식회사가 OOO재단에 직접 기부한 것도 아니어서 OO건설산업주식회사가 추가부담한 동 대금은 토지매매대금의 일부로 보아야 할 것이어서 쟁점토지의 양도가액을 2,650,000,000원으로 인정하고 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.