처분청의 지정기부금 한도초과액 계산이 정당한지 여부(취소)

[주 문] 소공세무서장이 89.12.19 청구법인에게 한 87.1-12사업년도분 법인세 26,987,380원 및 동 방위세 4,610,650원의 과세처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 OO 이씨 OO대군파 조상의 봉 제사 및 장학사업을 하는 비영리법인으로서 수익사업인 부동산임대업을 영위하는 바, 87.1-12사업년도중 수익사업에서 비영리사업으로 지출한 금액 중 197,835,254원을 지출하고 이를 지정기부금으로 손금 계상하였는 바, 처분청은 청구법인이 손금계상한 지정기부금 197,835,254원 이외에 당해 사업년도 신고 소득금액 83,640,293원(지정기부금 손금계상후의 금액)도 지정기부금으로 보아 그 합계금액 281,475,547원을 지정기부금으로 하여 그 한도초과액 58,058,447원을 산정하는 등 당해 사업년도 소득금액을 계산하여 89.12.19 청구법인에게 89년 수시분 법인세 26,987,380원 및 동 방위세 4,610,650원을 과세하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 87.1-12사업년도 기간중 수익사업(임대사업) 부문에서 비영리사업에 지출한 금액 중 197,835,254원을 기부금으로 계산한데 대하여 처분청에서는 수익사업의 소득금액에 속하는 부분의 금액도 기부금에 해당한다하여 기부금을 손금으로 계상하기 전의 수익사업의 소득금액인 281,475,547원을 지정기부금에 해당하는 것으로 인정하여 지정기부금 한도액을 계산한 바, 법인세법 시행규칙 제1조 제3항에 의하면 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출 또는 전입한 때에는 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)에 속하는 부분의 금액은 기부금으로 하고 그 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다고 규정하고 있을 뿐 이 규정이 법인소득금액 계산상 해당 모법으로부터 위임받은 근거가 없음을 고려할 때 법인이 수익사업에 대한 소득금액 계산상 기부금으로 비용처리하기 전의 소득전액 281,475,547원을 기부금 해당금액으로 보고 억지로 한도초과액 58,058,447원을 계산하여 법인의 각 사업년도 과세소득금액을 계산하여 추징한 것은 위법부당한 처분이며, 또한 처분청은 기부금 한도액 계산시 지정기부금 조정 명세서상

① 소득금액계란을 “0”으로

② 지정기부금 해당금액을 281,475,547원으로 하여 한도액을 계산하였으나 지정기부금 해당 금액은 청구법인이 손익계산서상 손금 계상한 197,835,254원으로 하여야 하며, 설사 지정기부금 해당금액을 기부금 손금계상전의 수익사업 소득금액 전액인 281,475,547원으로 하더라도 기부금에 해당하는 소득금액 83,640,293원을 추가로 손금산입하여야 하므로 이 건 과세처분은 어느 점으로 보나 위법부당하다고 주장한다.

3. 국세청장 의견 법인세법 시행령 제42조 제16호에서 비영리법인이 정관에 규정된 고유의 목적을 달성하기 위하여 당해 수익사업에서 생긴 소득을 그 법인의 고유의 목적에 지출하는 금액은 법인세법 제18조 제1항에서 규정하는 지정기부금으로 규정하고 있고, 동법시행규칙 제1조 제3항에서 비영리법인이 수익사업에 속하는 재산을 비영리사업에 지출 또는 전입한 때는 그 자산가액중 수익사업의 소득금액에 속하는 부분의 금액은 기부금으로 하고, 그 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다고 규정하고 있다. 이 건 청구법인의 경우 수익사업(임대사업) 부문에서 비영리 사업부문에 당해 고유목적 사업과 관련하여 420,515,641원을 지출하고 197,835,254원만을 기부금으로 비용 계산한 바, 청구법인의 수익사업에 속하는 소득금액인 281,475,547원(각 사업년도 소득 83,640,293원 + 청구법인 계상 지정기부금 197,835,254원) 전부를 지정기부금으로 보게 되므로 지정기부금 조정명세서상

① 소득금액계란은 “0”이 되고

② 지정기부금 해당금액은 281,475,547원이 되므로 위와 같이 계산하여 지정기부금 한도액을 계산하였음은 달리 잘못이 있어 보이지 아니한다는 의견이다.

4. 쟁점 처분청의 지정기부금 한도초과액 계산이 정당한 지를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단 먼저, 관련 법령인 법인세법 제18조 제1항 및 제18조의2 제1항, 동법시행령 제42조 제16호와 동법 시행규칙 제1조 제3항 및 제15조의2 규정을 종합하여 보면, 비영리법인이 정관에 규정된 고유의 목적을 달성하기 위하여 당해 수익사업에서 생긴 소득을 그 법인의 고유의 목적에 지출하는 금액은 지정기부금으로서 당해 사업년도의 소득금액(손금으로 계상할 지정기부금을 손금에 산입하지 아니한 소득금액)에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액과 출자금액에 100분의 2를 곱하여 산출한 금액의 합계액을 한도로 하여 이를 초과하는 지정기부금은 당해 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니하며 다만, 접대비가 그 한도액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 금액의 범위안에서 한도초과한 지정기부금을 당해 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입하는 것인 바, 위에서 본 출자금액 즉 자본금의 계산은 비영리법인이 비영리사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 때에는 그 자산가액은 자본의 원입으로 하며, 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출 또는 전입한 때에는 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)에 속하는 부분의 금액은 기부금으로 하고 그 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 하는 것임을 알 수 있다. 그런데, 청구법인의 경우 87사업년도 중에 비영리사업과 수익사업에 속하는 현금 등 자산을 구분하여 지출하지 아니하고 자금운용형편에 따라 이를 사용한 후 본사 계정에 계산하였는 바, 기업회계상 당해 자산의 지출이 본지점간의 거래가 아니므로 본사계정을 사용할 수 없는 것임에도 회계업무의 미숙으로 인하여 이러한 양부문간의 자금의 대차관계에 대하여 본사계정을 두고 수익사업에 속하는 자산이 비영리사업에 지출된 경우에는 차변에, 비영리사업에 속하는 자산이 수익사업에 지출된 경우에는 대변에 각각 계상하여 왔으며, 당해 사업년도말에 이르러 그 사업년도에 발행할 수익사업의 소득금액이 예상되자 그 소득금액 범위내의 금액인 197,835,254원을 수익사업에서 비영리사업으로 지출한 기부금으로 확정한 후 당해 사업년도의 말일 자로 본사 계정의 차변금액인 수익사업에서 비영리사업으로 지출한 금액 3,398,361,144원 중에서 이를 차감하는 형식으로 기장하면서 동 금액을 기부금으로 손금계상한 사실, 따라서 당해 사업년도말 현재 본사 계정의 차변금액인 수익사업에서 비영리사업으로 지출한 금액의 잔액은 3,200,525,890원이 된 사실, 한편, 본사 계정의 대변금액인 비영리사업에서 수익사업으로 지출한 금액은 11,577,933,679원(전 사업년도 이월분 104,042,121원 포함)이 되는 바, 청구법인은 위 금액 11,577,933,679원에서 앞에서 본 본사계정의 차변잔액인 수익사업에서 비영리사업으로 지출한 금액 3,200,525,890원을 차감한 후의 금액 8,377,407,789원을 비영리사업에서 수익사업으로서 자본의 원입으로 회계처리한 사실을 관련 재무제표와 장부·증빙서류에 의하여 인정할 수 있다. 사실이 이러하다면 청구법인이 본사계정의 차변에 계상한 금액인 수익사업에서 비영리사업으로 지출한 금액 중 197,835,254원만을 청구법인이 기부금으로 확정하여 이를 손금으로 계상하였고, 또한 그 나머지 금액은 단지 일시적인 자금의 대차관계이므로 이를 자본의 원입 또는 자본원입액의 반환으로 보아야 한다거나 위 차변금액을 기부금으로 보는 경우에도 기부금의 지출범위인 소득금액을 알 수 없는 상태에서의 지출이므로 어느 특정 지출금액을 기부금으로 볼 것인지 이를 가리는 데 곤란한 점이 있으므로, 청구법인이 실제에 있어서는 기부금을 지출하고도 소득금액을 조정하여 조세부담을 줄일 목적으로 일부금액만을 기부금으로 하여 손금계상한 것으로 인정되지 아니하는 한 청구법인이 기부금으로 확정하여 손금으로 계상한 동 금액만을 지정기부금 한도초과 여부에 대한 부인 대상금액으로 보고 나머지 금액은 자본원입액의 반환으로 보아야 한다는 견해도 있으나, 이 건의 경우 앞서 본 바와 같이 청구법인이 수익사업과 비영리사업간의 자금의 이동에 대하여 자본의 원입 또는 자본원입액의 반환 및 기부금으로 하여 회계처리하여야 함에도 그와 같이 하지 아니하고, 사용될 수 없는 본사계정을 사용하였고 동 계정의 각 지출내용과 그 지출이유를 밝혀 그것이 자본의 변동인지 또는 기부금인지를 가릴 수 있는 구체적인 증거자료 등도 제시하지 아니하고 있으므로 전시한 법령의 규정에 의하여 본사계정의 차변금액은 일응 소득금액의 범위내에서는 기부금의 지출로 보고 나머지 금액만을 자본원입액의 반환으로 볼 수밖에 없다 할 것이며, 따라서 청구법인이 당해 사업년도에 지정기부금 197,835,254원을 손금으로 계상하기 전의 소득금액이 294,569,137원이므로 동 소득금액에서 전 사업년도의 이월결손금 14,130,620원을 차감한 후의 금액인 280,438,517원을 지정기부금으로 보아야 하고 나머지 금액은 자본원입액의 반환으로 보아야 할 것이다. 이와 같이 지정기부금을 계산하게 되면 청구법인이 당해 사업년도에 기부금으로 손금계상한 금액이 197,835,254원에 불과하므로 위에서 본 지정기부금 해당액 280,438,517원과의 차액 82,603,263원을 소득금액 계산상 추가로 손금에 산입하여야 하며, 결국 당해 사업년도에는 지정기부금 해당액의 손금계상후의 소득금액과 지정기부금 한도초과액을 합한 금액이 청구법인이 당초 신고한 소득금액 83,640,293원(신고과세표준 69,509,673원)에도 미달하므로 이 건 심판청구에서는 처분청이 한 이 건 과세처분의 세액만이 취소되어야 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.