청구법인이 75.1.1 이전에 취득한 토지를 88.12.29자로 법인에게 양도하여 실지양도가액이 확인되는 경우에 있어서 양도차익 계산방법을 어떻게 하여야 하는 것인지 여부(경정)

[주 문] 을지로세무서장이 89.12.28자로 청구법인에게 부과한 법인세 특별부가세 113,884,180원 및 동방위세 30,776,690원은 양도자 산인 서울시 서초구 OO동 OOOOO OO외 6필지 토 지 1,808.7평방미터의 양도차익 계산에 있어서 양도시 (88.12.29)및 취득시(의제취득일 75.1.1)의 기준시가를 각각 적 용하여 그 과세표준 및 상당 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울시 중구 O동 OO OOOO에 주소를 두고 있는 비영리 재단법인으로서 청구법인의 고유 목적 사업을 수행하기 위하여 72.8.31자로 수증받아 기본 재산에 편입된 토지중 서울시 서초구 OO동 OOOOOO OO의 6필지 대지 1,808.7평방미터(이하 “쟁점 토지”라 한다)를 88.12.29자로 OOOOO(주)에 양도하고 당해 사업년도 법인세 신고시 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한 후 특별부가세 112,019,300원과 동방위세 22,403,860원을 납부하였는 바, 처분청은 양도가액은 실지거래가액(820,695,000원)을 적용하고 취득가액은 소득세법 시행령 제170조 제1항의 단서 규정에 의하여 환산한 가액(27,722,719원)을 적용하여 양도차익을 계산함으로써 89.12.28자로 특별부가세 113,884,180원과 동방위세 30,776,690원을 부과하였고 청구법인은 이에 불복하여 90.2.16자 심사청구를 거쳐 90.6.4자로 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인의 주장 법인세법 제59조의 2 제3항에 의하면 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 계산함에 있어서 그 양도차익은 양도가액에서 취득가액, 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용, 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액등을 공제한 금액으로 하되, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있으며, 법인세법 부칙 제13조에 의하면 제59조의 2에 규정하는 토지등으로서 1974년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1975년 1월1일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 최근의 심판결정례 및 대법원판례에 의하면 법인세법 시행령 제124조의 2 제6항에서 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 규정하고 있을뿐 법인세법과 동법시행령 어디에도 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1호·제2호의 거래유형에 따른 양도차익의 계산방법을 규정한 동 시행령 동조 제1항 단서규정을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준 계산방법을 규정한 법인세법 제59조의 2 제3항 및 동법시행령 제124조의 2 제6항의 해석에 있어서 비록 그 거래유형이 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1호·제2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 동법시행령 동조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추 적용할 수는 없고, 또한 법인세법 제59조의 2 제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다고 판시하고 있으므로 [심판결정 국심 89서 2263(1990.2.28), 대법원판례 대법 88누 9800(1989.8.8)등] 청구법인이 1972.8.31자로 수증받아 1975.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 쟁점 토지에 대하여 법인세법 제59조의 2 제3항 단서 규정에 의하여 양도당시의 기준시가와 1975.1.1 현재의 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하고 특별부가세를 신고 납부한 것은 적법한 것이라는 주장이다.

3. 국세청장 의견 법인세법 시행령 제124조의 2 제6항에서 “기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하였고, 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목 및 동법시행규칙 제56조의 5 제5항 제1호에서 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액은 (양도당시의 실지거래가액 × 취득당시의 과세시가표준액/양도당시의 과세시가표준액)의 산식에 의하여 환산하도록 규정하고 있으며, 법인세법 시행령 부칙 제7조에서는 “1974.12.31이전에 취득한 자산의 취득가액은 1975.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 “1975.1.1 현재의 기준시가”이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다”라고 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 실질거래에 의한 장부의 기장의무가 있는 법인의 특별부가세 과세표준은 원칙적으로 실지거래가액에 의해 계산하는 것이고 이 건과 같이 양도당시 실지거래가액이 확인되는 경우에는 양도가액은 실지거래가액으로, 그 취득가액은 전시 법인세법 시행령 부칙 제7조에 의하여 계산한 금액으로 하여 양도차익을 계산하여야 할 것이나 이와 같은 방법으로 계산한 양도차익은 처분청이 취득가액을 환산가액으로 하여 결정한 양도차익보다 많아져 청구법인에게 불이익하게 되므로 청구를 기각함이 타당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 청구는 청구법인이 75.1.1 이전에 취득한 쟁점 토지를 88.12.29자로 법인에게 양도하여 실지양도가액이 확인되는 경우에 있어서 양도차익 계산방법을 어떻게 하여야 하는 것인지 여부에 그 다툼이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 청구법인은 88.12.29자로 양도한 쟁점 토지가 1974.12.31 이전에 취득한 자산으로서 1975.1.1 현재의 시가를 알 수 없어 취득 및 양도가액을 모두 기준시가에 의한 가액으로 하여 양도차익을 결정하고 과세함이 정당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 관계 법령 규정을 보면 법인세법 제59조의 2(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서 동법 시행령 제124조의 2 제6항에서는 “법 제59조의 2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(1974.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의 2에 규정하는 토지등으로서 1974.12.31이전에 취득한 것은 1975.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며 동법시행령 부칙(1974.12.31 대통령령 제7464호)제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “1974.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 1975.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 1975.1.1 현재의 기준시가 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 1974.12.31 이전의 장부가액에 1974.12.31 이전의 취득일로부터 1974.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1975.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정함으로써 1974.12.31 이전 취득 자산에 대하여 특별규정을 두고 있다. 따라서 쟁점 토지의 양도가액 및 취득가액의 산정에 있어서는 취득시기가 1974.12.31이전이므로 취득가액은 앞서 본 법인세법 부칙(1974.12.31 법률 제2686호)제13조 및 동법시행령 부칙(1974.12.31 대통령령 제7464호)제7조의 규정에 의하여 1975.1.1 현재의 시가에 의하여 평가하여야 하나 그 시가를 알 수 없는 때에 해당된다는 사실에는 다툼이 없으므로 1975.1.1 현재의 기준시가(1974.12.31 이전부터 1974.12.31까지의 도매물가상승부분을 합산한 가액이 큰 경우에는 그 가액이 되나, 쟁점 토지의 경우 수증을 받은 경우로서 실지 취득가액을 확인할 수 없는 경우임)로 산정하여야 할 것이며, 또한 법인세법 제59조의 2 제3항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하면서 동법시행령 제124조의 2 제6항에서 위의 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정된 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을뿐 법인세법과 동법시행령 어디에도 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1·2호(국가·지방자치단체와의 거래, 부동산 투기거래)의 거래에 대한 양도차익 계산방법을 규정한 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서와 같은 조항(환산가액)이나 소득세법 시행령을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준 계산방법을 규정한 위 법인세법 및 동법 시행령의 해석에 있어서는 비록 그 거래유형이 소득세법시행령 제170조 제4항 제1·2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 동법시행령 동조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추 적용할 수 없다 할 것이다. 이러한 취지에서 대법원 판례는 물론 최근의 심판결정례에서도 법인세법 제59조의 2 제3항에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 기준시가에 의하는 경우”라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다는 태도를 견지하여 왔음을 알 수 있는 바, 결국 1974.12.31이전에 취득한 자산의 경우 1975.1.1 현재의 시가를 알 수 있다면 그 시가가 실지 취득가액이 되므로 양도가액 역시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이나 그 시가를 알 수 없다면 1975.1.1 현재의 기준시가(또는 물가상승감안가액이 기준시가보다 큰 경우에는 물가상승감안가액)에 의하여 취득가액을 결정하여야 할 것이며 양도가액 역시 기준시가에 의하여야 한다고 해석하는 것이 위 관계법령·부칙규정 및 판례의 취지등에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다.[동지 대법원판례 86누 671(1987.10.16), 88누 9800(1989.8.8), 심판결정 88전 1653(1989.3.22), 89서 2263(1990.2.28)등] 그렇다면 1974.12.31 이전에 취득하고 1975.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 쟁점 토지의 경우에는 취득가액을 1975.1.1 현재의 기준시가(재무부령이 정하는 방법에 따라 환산한 기준시가)로 하고 양도가액 역시 양도당시의 기준시가(특정지역 배율방법 기준시가)로 하여 양도차익을 산정하는 것이 적법 타당하다 할 것이다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.