양도차익 계산을 어떠한 방법으로 할 것인지 여부(경정)

[참조결정] 국심1988서1359 / 국심1988서1359 / 국심1988서1427 / 국심1988서1427 / 국심1988서1427

[주 문] 강남세무서장이 89.9.5 자 청구법인의 88.1.1～12.31 사업년도 분 법인세(특별부가세) 과세표준 수정신고에 대하여 89.11.4 까지 과세표준과 세액을 경정하지 아니한 처분은,

1. 이 건 부동산중 토지의 양도가액은 소득세법 시행령 제115 조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 배율적용가액으로, 그 취 득가액은 같은 조 제3항의 규정에 의한 환산가액으로 하여 양도차익을 계산하고, 건물의 양도가액은 지방세법상의 과세시가표준액으로, 그 취 득가액은 법인세법 시행령 부칙 제7조 단서 규정에 의한 가 액으로 하여 양도차익을 계산하여 당해 사업년도 법인세 및 동 방위세의 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울 강남구 OO동 OOOOO에 본점을 둔 사단법인인 바, 69.1.6 및 71.7.12 취득한 같은 시 중구 OOO O가 OOOO외 1필지 소재 대지 2,413.50평방미터와 73.12.5 취득한 위 지상건물 33,022.89평방미터를 모두(이하 “이 건 부동산”이라 한다) 88.9.30 청구외 주식회사 OO에 양도하고 89.3.13 처분청에 88사업년도 법인세(특별부가세) 과세표준 및 세액신고시 이 건 부동산의 양도가액은 실지거래가액인 23,347,078,177원(토지: 8,033,923,000원, 건물: 15,313,155,177원), 그 취득가액은 장부가액인 2,833,371,183원(토지: 118,865,620원, 건물: 2,714,505,563원)으로 그 양도차익을 계산하여 법인세(특별부가세) 4,922,834,660원 및 동 방위세 1,527,199,910원, 계 6,450,034,570원을 89.3.13 및 89.4.12 자진하여 분납한 다음 89.9.5 자로 이 건 부동산의 취득시기가 75.1.1 이전으로서 75.1.1 현재의 시가가 불분명함을 이유로 양도가액은 지방세법상의 과세시가표준액인 6,040,443,625원(토지: 1,672,555,500원, 건물: 4,367,888,125원)으로, 취득가액은 법인세법 시행령부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조 단서 규정에 의거 평가한 3,119,663,594(토지: 156,227,370원, 건물: 2,963,436,224원)으로 하여 당해 양도차익을 재계산하여 당해 사업년도의 법인세(특별부가세) 과세표준과 세액을 수정(감액) 신고한 데 대하여 처분청이 청구법인의 위 수정신고에 대하여 국세기본법 제45조(과세표준 수정신고) 제2항 소정기한인 89.11.4 까지 아무런 처분을 하지 아니하자 청구법인은 89.11.5 자로 처분청의 거부처분이 있었던 것으로 보고 89.12.27 심사청구를 거쳐 90.4.20 자로 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 부동산을 88.9.30 청구외 주식회사 OO에 양도하고 88사업년도 법인세 과세표준 신고시 위 부동산의 양도가액은 실지거래가액인 23,347,078,177원으로, 그 취득가액은 장부가액인 2,833,371,183원으로 양도차익을 계산하여 당해 법인세등 6,450,034,570원을 자진납부하였다가 89.9.5 당해 사업년도 법인세 과세표준 수정신고시 위 부동산의 양도가액은 지방세법상의 과세시가표준액으로, 그 취득가액은 실지취득가액에 취득일로부터 74.12.31 까지의 도매물가상승율을 곱한 금액을 합산한 금액에 의하여 양도차익을 재계산하여 감액수정하였는 바, 위 수정신고내용은 국세심판결정(국심 88서1359, 89.2.3)의 취지에 따른 것임에도 처분청이 위 수정신고에 대하여 부작위처분함은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구법인은 전시와 같이 취득 및 양도가액을 실지거래가액으로 하여 법인세법 제59조의 2 제3항의 규정에 의하여 양도소득을 산출하여 자진신고 납부한 후 수정신고를 하면서 취득 및 양도가액을 기준시가를 적용하여 양도차익을 계산하고 차액을 환급하여 줄 것을 요구하고 있으나 법인은 실지거래에 의한 장부기장 의무가 있으며, 자산의 취득과 양도에 관한 사항도 장부기록에 의한 실질과세를 원칙으로 하고 있는 바, 청구법인의 장부상 취득가액은 실지거래로 취득한 가액을 기록한 실거래가액이므로 취득가액이 불분명한 것은 아니다. 따라서 이 건 부동산 양도는 취득가액과 양도가액이 모두 확인된 경우이다. 다만, 전시 법인세법 시행령 부칙 제7조의 적용은 75.1.1 현재 특별부가세 과세제도를 시행하면서 그 시행이전의 시가상승율 상당액에 대한 소급과세 배제를 위한 특례규정으로서 동 조항의 적용으로 산출된 취득가액이 전시 법인세법 제59조의 2 제3항 단서에서 규정한 취득가액이 불분명한 경우에 해당되는 것을 의미하는 것이 아니고, 법인의 특별부가세를 시행함에 있어서 75.1.1 현재의 시가와 장부가액과의 차이를 좁혀 납세자의 조세부담을 경감하여 준다는 취지이다. 요컨대, 전시 부칙 제7조의 규정은 75.1.1을 기준하여 과세한다는 의미이지 74.12.31 이전 취득한 부동산에 있어서 그 취득가액이 명백히 확인됨에도 불구하고 모두 취득가액이 불분명한 경우로 의제하여 기준시가로 과세한다는 뜻이 아니므로 청구법인이 89.3월 88사업년도 법인세 과세표준 확정신고시 정당하게 자진신고납부하였으며, 89.9.5 제출한 수정신고는 위와 같이 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 쟁점은 법인이 74.12.31 이전에 취득한 자산으로서 75.1.1 현재의 시가가 불분명한 경우에 그 양도차익 계산을 어떠한 방법으로 할 것인지를 가리는데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 청구법인은 이 건 부동산을 74.12.31 이전에 취득하였으므로 취득가액은 법인세법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호 개정)의 규정에 의하여 75.1.1 현재의 시가에 의하여야 하나 그 시가를 알 수 없어 75.1.1 현재의 기준시가에 의하여야 할 것이며, 이 경우의 기준시가는 의제취득가액으로서 법인세법 제59조의 2 제3항 단서 규정의 불분명한 가액에 해당하므로 이 건 취득가액과 양도가액을 모두 기준시가에 의하여 결정하여야 하고, 따라서 이 건 부동산의 양도가액은 지방세법상의 과세시가표준액으로, 그 취득가액은 75.1.1 현재의 지방세법상의 과세시가표준액보다 법인세법 시행령 부칙 제7조 단서 규정에 의한 가액(이하 “물가상승감안가액”이라 한다)이 더 크므로 물가상승감안가액으로 하여 이 건 법인세등을 경정하고 동 경정세액을 초과하는 청구법인의 자진납부세액은 이를 환급결정하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 양도차익계산에 대한 관계법령규정을 보면, 법인세법 제59조의 2(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서 동법 시행령 제124조의 2 제6항에서는 “법 제59조의 2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법 시행령 제115조의 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의 2에 규정하는 토지등으로서 74.12.31 이전에 취득한 것은 75.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며, 동법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다“고 규정함으로써 74.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있다. 그렇다면 취득시기가 74.12.31 이전인 이 건 부동산의 취득가액에 대하여는 전시한 법인세법 시행령 부칙 제7조의 규정에 의거 75.1.1 현재의 기준시가(또는 물가상승감안가액)을 적용함에는 다툼이 없고, 이때 75.1.1 현재의 기준시가(또는 도매물가상승감안가액)을 적용하는 것은 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 경우, 즉 취득가액이 불분명한 경우를 의미하는 것이라고 볼 수 있으며, 전시한 법인세법 제59조의 2 제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 형평상 두 가액중 어느 한쪽이 불분명한 경우도 포함된다고 보는 것이 대법원이나 최근의 당 심판소의 견해이며(동지 대법원 86누201, 88.11.22, 국심 88서1359, 89.2.3 및 국심 88서1427, 89.2.4), 한편 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서에서는 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 동령 제115조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 기준시가(환산가액)에 의하여 결정하도록 규정하고 있으나 이 건 양도당시(88년)의 법인세법과 그 시행령에는 어느 조항에도 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1·2호의 거래(국가·지방자치단체와의 거래, 부동산투기거래) 유형에 따른 양도차익 계산방법을 규정한 동법 시행령 제170조 제1항 단서와 같은(환산가액 적용) 조항이나 또는 같은 조항을 준용한다는 규정이 없으므로 법인세 특별부가세의 양도차익계산방법을 규정한 전시 법인세법 및 그 시행령의 해석적용에 있어서는 비록 그 거래유형이 위 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1,2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 위 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추 적용할 수 없다 할 것이다(동지 88누6269, 88.12.31 및 국심 88서1427, 89.2.4). 따라서 이 건의 경우 양도가액만 밝혀졌을 뿐 그 취득가액(75.1.1 현재의 시가)이 불분명한 경우에 해당하므로 양도가액은 전시한 법인세법 시행령 제124조의 2 제6항과 소득세법 시행령 제115조 규정에 의하여 산정한 기준시가에 의하여 취득가액은 75.1.1. 현재의 기준시가 또는 물가상승감안가액에 의하여야 한다는 것이 전시한 관계법령 및 판례등의 취지에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다(동지 대법원 86누671, 87.10.26 및 국심 88서1427, 89.2.4). 그런데 청구법인의 수정신고내용을 보면, 앞서 본 바와 같이 이 건 토지와 건물의 양도가액은 모두 지방세법상의 과세시가표준액(토지; 1,672,555,500원, 건물: 4,367,888,125원)으로 하면서 그 취득가액을 모두 물가상승감안가액(토지: 156,227,370원, 건물: 2,963,436,224원)이 75.1.1 현재의 지방세법상의 과세시가표준액(토지: 144,655,986원, 건물: 1,468,438,453원) 보다 크다하여 물가상승감안가액으로 각 수정신고하였는 바, 이 건 부동산중 토지에 대하여는 국세청장이 88.9.21 특정지역으로 고시한 바 있어 양도당시(88.9.30)에는 특정지역에 해당되나 취득당시(75.1.1)에는 특정지역이 아님을 알 수 있어 그 양도가액은 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 배율적용한 가액으로, 취득가액은 위 같은 조 제3항의 규정에 의한 환산가액으로 결정함이 타당하고, 건물의 경우에는 양도가액은 지방세법상의 과세시가표준액으로, 그 취득가액은 물가상승감안가액이 지방세법상의 과세시가표준액보다 크므로 물가상승감안가액으로 함이 타당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.