토지 및 건물과 기계기구를 일괄취득하기로 계약한 후 사후에 토지 및 건물과 기계기구가액을 구분한 변경계약서상의 토지 및 건물가액을 실지취득가액으로 인정할 수 있는지 여부 및 토지 및 건물과 함께 취득한 기계기구의 처분손실을 토지 및 건물에 대한 자본적지출로 인정할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울특별시 강남구 OOO동 OOO OOOOO OOOO OOOO에 주소를 두고 있는 사람으로, 청구인이 충남 천원군 성환읍 OO리 OOOOOO외 6필지 토지 20,269평방미터와 위 지상건물 33동 7,877평방미터(이하 “쟁점토지 및 건물”이라 한다)와 필림봉지류제조기계기구·다다미제조기계기구등 169점(이하 “쟁점기계기구”라 한다)을 OO은행으로부터 취득함에 있어 85.11.11 계약시는 쟁점토지 및 건물과 기계기구가액을 구분하지 않고 755,000,000원에 연불조건부로 일괄취득하기로 계약(85.11.11 계약금 75,500,000원, 중도금 및 잔금은 1년중 5.10 과 11.10 에 각 2회씩 매회 113,250,000원씩 88.11.10까지 6회 분납하기로 계약)하였다가, 86.5.15 다다미제조기계기구 18점은 전소유자인 주식회사 OO산업의 종업원들에게 무상양도하고, 나머지 기계기구는 86.7.10 청구외 OOO에게 100,000,000원에 매각하는 계약을 체결한 후, 기계기구의 대금완납전 점유이전에 대한 지급보증을 위해 86.7.24 OO은행과 쟁점토지 및 건물가액은 248,613,260원, 기계기구가액은 506,386,740원으로 구분하는 부동산매매계약서 변경계약을 체결하고 87.6.29 쟁점토지는 및 건물을 주식회사 OOOOO에 950,000,000원에 양도한 데 대하여, 처분청은 감사원의 감사결과에 의한 처분지시에 따라 쟁점토지 및 건물의 양도가액을 897,269,862원(950,000,000원에서 부가가치세 52,730,138원을 차감한 금액임) 취득가액을 248,613,260원으로 하여, 89.10.16 양도소득세 389,193,960원 및 동방위세 77,838,790원을 부과처분하였는 바, 청구인은 이에 불복하여 89.12.14 심사청구를 거쳐 90.4.9 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 청구1) 청구인은 85.11.11 쟁점토지 및 건물과 기계기구를 OO은행으로부터 일괄하여 755,000,000원에 취득하기로 계약하였다가 대금완납전에 기계기구를 처분하기 위해 기계기구의 지급보증을 목적으로 86.7.24 토지 및 건물가액을 248,613,260원, 기계기구가액을 506,386,740원으로 임의구분 변경하는 계약을 체결하였는데, 처분청이 쟁점토지 및 건물의 취득가액을 86.7.24자 변경계약서상의 토지 및 건물가액인 248,613,260원으로 하여 이 건 양도소득세를 결정하였음은 부당한 바, 이 건은 쟁점토지 및 건물의 양도가액 950,000,000원은 확인되나 취득가액이 불분명한 경우로서 소득세법 제23조 제2항 및 동법시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목 및 동법시행규칙 제56조의5 제5항의 규정에 의하여 환산한 가액을 취득가액으로 하여 양도소득세등을 과세하여야 하고, 청구2) 설령 매매계약변경 계약서상의 쟁점토지 및 건물가액을 실지취득가액으로 본다고 하더라도 청구인이 취득한 목적물은 공장의 토지와 건물이었으며 기계기구는 취득본래의 목적이 아니었으므로, 쟁점토지 및 건물을 취득하기 위하여 부수적으로 취득한 기계기구의 처분손실은 양도차익계산에 있어서 자본적 지출로 보아 필요경비에 산입하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구1)에 대하여, 청구인은 OO은행의 장부가액에 의하여 물건별 가액을 안분하여 구분한 매매계약변경계약서는 기계기구를 대금청산전에 OO은행으로부터 명도받기 위한 지급보증용에 불과하여 위 변경계약서상의 구분된 가액을 시가로 볼 수 없으므로 토지 건물에 대한 양도가액은 확인되나 취득가액이 불분명한 경우로서 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목에 의한 환산가액으로 결정해야 한다고 주장하나, 처분청의 쟁점토지 및 건물취득시의 매매계약서는 85.11.11 OO공사와 청구인간에 체결되어 있고 중도금은 5회로 분할지급하며 88.11.10을 잔금청산일로 하고 있는데, 관계규정인 소득세법 제27조와 동법시행령 제53조(양도 또는 취득의 시기)에 의하면 취득시기는 대금을 청산한 날로 보도록 규정하고 있는 바, 청구인은 3차 중도금까지 415,250,000원을 불입한 사태에서 쟁점토지 및 건물을 잔금청산일 이 전인 87.6.29 자로 610,250,000원(미불입액 339,750,000원 매수자 인수, 합계 950,000,000원)에 주식회사 OOOOO에 양도하였으므로 이러한 경우는 소득세법 제23조 제1항 제2호 및 동법시행령 제44조 제4항 제2호에서 규정하고 있는 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것으로 보아야 하는데, 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도는 양도가액을 안다고 하더라도 이를 기준하여 취득가액을 환산할 수 없다고 하겠으며, 설령 토지 및 건물을 취득하였다가 양도한 경우로 보더라도 변경계약서상의 토지 및 건물과 기계기구가액은 실지거래가액으로 보아야 하므로 취득가액을 환산가액으로 하여야 한다는 청구주장은 이유가 없다는 의견이고, 청구2)에 대하여, 청구인은 쟁점토지 및 건물을 취득하기 위하여 부수적으로 취득한 기계기구매각차손 406,386,740원을 토지 및 건물의 취득에 대한 자본적지출로 인정하여 필요경비에 산입해야 한다고 주장하나, 청구인이 취득한 총 취득가액 755,000,000원중 토지 및 건물가액이 248,613,260원에 불과한 데 기계기구가액은 506,386,740원으로서 토지 및 건물 취득가액보다 큰 기계기구취득을 토지 및 건물의 부수적인 취득으로 볼 수는 없으므로, 양도소득세 과세대상이 아닌 기계기구의 매각손실을 필요경비로 인정하지 아니하고 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은

(1) 토지 및 건물과 기계기구를 일괄취득하기로 계약한 후 사후에 토지 및 건물과 기계기구가액을 구분한 변경계약서상의 토지 및 건물가액을 실지취득가액으로 인정할 수 있는지 여부와

(2) 토지 및 건물과 함께 취득한 기계기구의 처분손실을 토지 및 건물에 대한 자본적지출로 인정할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저 이 건 사실관계를 보면, 청구외 주식회사 OO은행이 84.6.16 대전지방법원천안지원에서 청구외 OOOO주식회사 소유였던 쟁점토지 및 건물은 458,841,330원 기계기구는 982,898,838원에 경락허가를 받아 84.7.10 이를 취득한 사실, 위 주식회사 OO은행은 쟁점토지 및 건물은 482,559,410원(위 경락가액에 등기비용등 23,718,080원 포함), 기계기구는 982,898,838원을 장부상 취득가액으로 한 사실, 청구인은 주식회사 OO은행(대리인: OO공사)으로부터 쟁점토지 및 건물과 기계기구 169점을 연불조건부로 755,000,000원에 일괄취득하기로 85.11.11 매매계약을 체결한 사실(계약보증금은 85.11.11자로 75,000,000원을 지불하고, 1차 중도금은 86.5.10, 2-5차 중도금은 매년 11.10과 5.10, 잔금은 88.11.10 각 113,250,000원씩 6회 분납하기로 계약), 쟁점기계기구등의 전소유자인 충남 천원군 성환읍 OO리 OOOOOO 소재 OOOO주식회사 근로자들의 농성으로 쟁점토지 및 건물에 대한 점유이전을 받기 위해 쟁점기계기구중 다다미제조기계기구인 제연기등 18점을 위 근로자들에게 86.5.15 무상양도한 사실, 청구인은 86.7.10 나머지 기계기구인 압출기등을 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 거주 청구외 OOO에게 100,000,000원에 매각하기로 하는 계약을 체결한 후 위 기계기구에 대한 대금완납전 점유이전을 주식회사 OO은행으로부터 받기위해 미불입기계기구대금에 대한 지급보증을 목적으로 86.7.24 쟁점토지 및 건물과 기계기구가액을 분리하는 변경계약을 체결함에 있어 주식회사 OO은행의 장부상 취득가액의 비율에 따라 매매대금 755,000,000원을 토지 및 건물가액 248,613,260원, 기계기구가액 506,386,740원으로 구분한 사실, 청구인은 86.7.25 주식회사 OO은행으로부터 쟁점토지 및 건물과 기계기구의 점유이전사용승락을 받고 87.6.29 쟁점토지 및 건물을 주식회사 OOOOO에 950,000,000원에 매각한 사실등이 쟁점토지 및 건물과 기계기구에 대한 85.11.11자 부동산매매계약서, 청구인과 청구외 OOO간의 86.7.10자 매매계약서, 86.7.24자 부동산매매계약서변경계약서, 등기부등본, 주식회사 OO은행의 유입물건원장, 주식회사 OOOO근로자 대표 OOO의 확인서, 86.7.25자 주식회사 OO은행의 점유사용승락서등에 의하여 확인되고 다툼없다. 다음으로 이 건 부과처분경위와 청구인의 주장을 보면, 처분청은 감사원의 감사결과에 따른 처분요구(감사원 이사 01540-OOOO, 89.8.30)에 따라 쟁점토지 및 건물의 취득가액은 매매계약서변경계약서상의 토지 및 건물가액인 248,613,260원으로, 양도가액은 법인인 주식회사 OOOOO와의 실지거래가액인 897,269,862원(950,000,000원에서 부가가치세 52,730,138원을 제외)으로 하여 이 건 부과처분하였고, 이에 대하여 청구인은 기계기구에 대한 지급보증가액을 결정하기 위해 작성한 86.7.24자 변경계약서상의 토지 및 건물가액 248,613,260원은 토지 및 건물의 실지취득가액이라고 볼 수 없고, 85.11.1자 계약시 토지 및 건물과 기계기구를 일괄 취득하는 것으로 계약하였기 때문에 토지 및 건물가액이 불분명하므로 확인된 양도가액에 의하여 취득가액을 환산하여 과세하여야 하며, 설사 처분청과 같이 과세한다 하더라도 기계기구에 대하여는 처분손실이 발생하였으므로 이를 필요경비로서 양도차익계산시 공제하여야 한다고 주장하고 있다. 한편 청구인이 쟁점토지 및 건물을 취득하였다가 양도한 것으로 인정할 수 있는지에 관하여 쟁점토지 및 건물양도시의 관계법령인 소득세법 제51조 제6항, 동법시행령 제53조 제1항 제2호 및 제108조 제2항을 보면, 이 건의 경우와 같이 3회이상 분할하여 대금을 지급하는 경우로서 당해 목적물의 인도기간의 다음날부터 최종의 부불금의 지급기일까지의 기간이 2년이상인 경우는 연불조건취득으로서, 이러한 경우의 취득시기는 첫회부불금의 지급일이므로, 청구인은 쟁점토지 및 건물을 1회 부불금의 지급일인 86.5.10 취득하였다가 87.6.29 양도한 것으로는 인정된다고 하겠는 바, 쟁점별로 청구주장의 당부를 본다. 먼저 쟁점(1)에 대하여, 청구인은 취득가액을 양도가액에 의하여 환산하여야 한다고 주장하나 86.7.24자 부동산매매계약서 변경계약서를 보면, 대금납부기일에 따라 토지 및 건물가액과 기계기구가액을 구분하여 표시하고 있고 토지 및 건물가액은 248,613,260원, 기계기구가액은 506,386,740원으로 구분되어 있으며, 기계기구매도가격 해당액중 잔금 379,790,055원에 대하여 OO은행 OOO지점발행 지급보증서를 담보로 기계기구를 주식회사 OO은행이 청구인에게 인도하는 것으로 하고 해약이 될 경우 매도가격분리와 관계없이 대지 건물에 대한 계약금은 75,500,000원으로 하도록 되어 있는 이외에는 85.11.11자 원매매계약서의 각 조항을 준수하는 것으로 되어 있어, 위 86.7.24자 변경계약서에 구분표시된 토지 및 건물가액은 원매매계약서에 불명확하게 표시된 토지 및 건물가액을 분명하게 표시한 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점토지 및 건물의 취득가액이 불분명하다는 청구주장은 받아들일 수 없다 하겠으며, 다음으로 쟁점(2)에 대하여, 관계법령인 소득세법 제23조 제1항, 제45조, 동법시행령 제44조, 제44조의2, 제94조 등을 보면, 양도소득세 과세대상으로 되는 자산은 토지와 건물, 부동산상의 권리 및 일정한 범위내의 주식과 임차권, 영업권, 특정시설물의 이용권 회원권 등이므로 이 건에서의 쟁점기계기구는 양도소득세 과세대상자산이 아님을 알 수 있고, 양도차익계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 양도소득세 과세대상자산과 관련되어 발생한 취득가액, 설비비, 개량비, 대통령령이 정하는 자본적지출액과 양도비에 한정하고 있는 바, 양도소득세 과세대상자산이 아닌 자산처분손실은 위의 어느 경우에도 해당되지 않음을 알 수 있어 이 건의 경우와 같이 개인사업자인 청구인이 토지, 건물을 취득하면서 함께 취득한 기계기구를 처분함에 따라 발생한 처분손실은 토지, 건물의 취득가액에 대한 자본적지출로 볼 수 없다 할 것이므로(동지, 재무부 예규 소득 22601-960, 85.9.16), 이를 쟁점토지 및 건물의 양도차익계산시 필요경비에 산입하여야 한다는 청구주장도 받아들일 수 없다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.