[주 문] 89.11.6 강남세무서장이 청구법인에게 결정고지한 89년도 수 시분법인세 56,020,630원 및 동방위세 9,556,100원의 처분은 원·부재료비 66,036,850원을 손금산입하여 그 과세표준과 세 액을 경정 결정한다.
[이 유]
1. 사실 청구법인은 서울시 강남구 OO동 OOOOOOOO에서 중국식 음식점을 경영하는 영리법인인 바, 처분청은 당해 사업장 건물, 부대장식 및 부착물(금액 557,728,138원)을 청구법인이 신축, 설치하여 이를 청구외 OOO에게 공급하였으며 당해 사업장 신축시 88.7.3 OOOO으로부터 매입한 석재대금등 15,100,000원등 합계 72,222,350원의 매입을 사실과 다른 매입세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 또한 OOO등으로부터 매입한 원부재료비 66,036,850원을 손금산입하지 않고 89.11.6 청구법인에게 90년도 수시분 부가가치세 116,475,230원과 법인세 56,020,630원 및 동방위세 9,556,100원을 결정 고지하자, 이에 불복하여 심사청구를 거쳐 90.4.21 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 첫째, 처분청은 당해 사업장 건물, 부대장식 및 부착물(금액 557,728,138원)을 청구법인이 신축·설치하여 이를 청구외 OOO에게 공급하였다 하여 그 가액 557,728,138원을 공급가액으로 하여 이를 부가가치세 과세표준에 포함시켰으나, 당해 건물의 골조공사는 청구외 OOO(토지소유주)이 신축한 것이고 나머지 정원 공사 부분과 건물의 내부장식 및 부착물등은 청구법인이 시설하였으나 청구인이 이를 토지 소유주에게 양도나 증여한 것이 아니고 단지 임차기간을 계속적으로 연장하여 사용할 청구법인의 자산이므로 부가가치세법상의 공급으로 볼 수 없으며, 둘째, 처분청이 사실과 다른 세금계산서라고 보아 매입세액 불공제한 OOOO등으로부터 매입한 건축자재 대금 72,222,350원은 정원공사등에 관련한 매입으로 청구법인은 상대방 거래자가 본인 명의의 세금계산서가 아닌 사실과 다른 세금계산서인줄을 전연 몰랐으며, 또 실제로 매입한 것으로서 이를 매입세액 불공제함은 부당하며, 셋째, 처분청이 매출누락 262,942,135원을 익금산입하여 법인소득 계산을 함에 있어 부외 처리된 원·부재료비 66,036,850원을 손금산입하여야 하나 40,480,100원만 손금산입하고 이를 부인하였으므로 동 금액을 손금산입하여 달라는 주장이다.
3. 국세청장 의견 첫째, 청구법인이 영업을 개시함에 있어서 위 번지 소재 토지를 임차보증금 1억원에 월세 6백만원에 임차하여 위 대지위에 신축건물을 청구법인이 신축하여 동 건물을 87.12.1부터 92.11.30까지 임차하고 기간만료시 청구법인이 부담한 건축비 557,723,138원은 청구하지 않기로 약정하여 동 건물을 대지 소유주인 청구외 OOO 명의로 등기하였음이 확인되는 바, 건물 557,723,138원의 재화를 5년간 사용대가로 유상 공급한 결과가 되는 것이다. 따라서 처분청이 재화의 공급으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 아무런 잘못이 없다고 판단되며, 둘째, 청구법인은 위 사업장 건물신축시 석재공사 대금으로 OOO에게 65,000,000원을 지급하고 세금계산서는 성동구 OO동 OOOOO 소재 OOOO OOO으로부터 36,600,000원(88.7.3 15,100,000원, 88.7.10 21,500,000원, 강동구 OO동 OOOOO 소재 OO석재 OOO으로부터 28,400,000원(88.7.11 3,400,000원, 88.7.14 25,000,000원)을 교부받았으며, 또 레미콘 대금으로 OOOO OOO에게 7,222,350원을 지급하고 세금계산서를 OO산업(주) OO공장으로부터 교부받았음을 청구법인과 실지공급자 전시 OOO, OOO가 각각 확인하고 있다. 그렇다면 청구법인이 교부받은 위 세금계산서는 전시 규정에 의한 사실과 다른 세금계산서에 해당된다 할 것이고, 셋째, 청구법인은 매출누락과 관련된 부외 처리된 원재료비 66,036,850원을 법인소득계산시 손금에 산입하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 보면 당초 처분청이 이 건 매출누락을 조사할 때에 청구법인이 88사업년도 부외 처리한 원·부재료비는 40,480,100원임을 확인하였고 해명자료 제출시에도 같은 금액이었음을 확인한 후, 과세가 된 후인 지금에 와서 아무런 거증의 제시없이 부외 처리된 원·부재료비가 66,036,850원이라는 청구주장을 이를 인정할 수는 없다는 의견이다.
4. 쟁점
- 가. 건물골조 및 구축물등(금액 557,728,138원)을 청구법인이 신축, 설치하여 청구외 OOO에게 공급한 것으로 보아 과세한 당초 처분의 당부,
- 나. 청구인이 교부받은 매입세금계산서(금액 72,222,350원)상의 금액을 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 당초 처분의 당부 및,
- 다. 청구법인의 소득금액 계산시 매출누락액과 관련하여 부외 처리된 원·부재료비 66,036,850원을 손금으로 인정할 수 있는지의 여부에 있다 하겠다.
5. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 “가”에 대하여 살펴본다. 이 부분 처분내용을 보면, 청구법인은 청구외 소유의 토지(서울 강남구 OO동 OOOOOO)상에 건물 및 구축물을 신축하여 동 시설물을 87.7.1부터 92.11.30까지 임차하고 기간만료시 청구법인이 부담한 건축비 557,723,138원을 청구하지 않기로 하고 동 건물을 대지 소유주인 청구외 OOO에게 소유권 이전등기한 사실에 대하여 처분청은 위 건물 및 구축물을 5년간 사용하는 대가로 유상공급한 것이라 하여 이에 대한 부가가치세를 과세한 건임을 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 당해 건물의 골조공사는 토지 소유주인 청구외 OOO이 한 것이며 나머지만 청구법인이 시설한 것으로서 청구법인이 이를 양도한 것이 아니며 임차기간을 계속적으로 연장하여 사용할 청구법인의 자산이므로 재화의 공급으로 볼 수 없다는 주장이므로 이를 살펴본다. 청구법인의 대표인 OOO이 89.8.16 작성하여 세무공무원에게 제시한 경위서 내용에 의하면 청구법인이 이 건 임차토지상에 건물을 증축하는 과정에서 대지 소유주와의 관계를 건축허가 및 소유명의는 대지 소유주로 하고 설계, 시공, 대금지급등은 청구법인의 부담하에 건축하였다는 내용이며, 또한 임대차기간 만료후 소유주에게 명도할 때 청구법인이 부담한 건축비 상당액을 청구하지 않기로 약정하였으며 임대차기간은 87.12.1부터 92.11.30까지로 하고 기간만료시 3-5년씩 연장할 수 있도록 합의하였다는 내용이고, 이외 청구법인은 재화의 공급이 아니라는 반증 및 그 증빙을 일체 제시하지 못하고 있는 점등을 종합하여 볼 때 재화의 공급이 아니라는 청구주장은 신빙성이 없다고 보여지는 반면 이를 재화의 공급으로 보아 과세한 당초 처분은 타당하다고 판단된다.
- 나. 쟁점 “나”에 대하여 살펴본다. 이부분 처분 내용을 보면 청구법인이 쟁점 “가”의 건물 신축시 OOOO으로부터 매입한 석재대금등 72,222,350원의 매입분을 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제 처분한 것임을 알 수 있고 이에 대하여 청구법인은 쟁점 매입은 정원공사등과 관련한 매입으로서 청구인은 동세금계산서가 본인 명의의 세금계산서가 아닌 사실과 다른 세금계산서인줄 전연 몰랐으며 실제 매입분이므로 동 매입세액을 공제하여 달라는 주장이나, 청구외 OOO의 확인서 내용에 의하면 동인은 청구법인에 석재공사를 해주고 세금계산서는 청구외 OOO과 OOO명의의 세금계산서를 교부하여 주었다는 내용이며, 청구법인의 대표인 OOO이 세무공무원에게 제시한 확인서 내용에 의하면 세금계산서 수취시 청구외 OOO에게 지급하였다는 내용이어서 실물구입처와 세금계산서의 발급자가 다른 세금계산서를 받은 것으로 되어 있고, 이외 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 구체적이고도 객관적인 증빙제시가 일체 없는 점등을 종합하여 볼 때 청구주장은 신빙성 없다고 보여지는 반면 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제한 처분은 타당하다고 판단된다.
- 다. 쟁점 “다”에 대하여 살펴본다. 이부분 처분내용을 보면, 원시 기록장상의 현금 판매분중 신고누락액 188,076,418원과 매출액중 장부외 처리(예금입금)한 신고누락분 74,865,717원, 계 262,942,135원을 매출누락액으로 보아 익금가산하고 매입원가를 누락하였다는 원·부재료비 66,036,850원을 인정치 않고 법인소득금액을 계산, 과세한 것임을 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 실지 매입한 원·부재료비를 일부 부외 원가 처리하였으므로 법인소득금액을 계산함에 있어서 부외 처리된 원·부재료비 66,036,850원으로 손금으로 인정하여 달라는 주장이므로 청구주장 원·부재료비의 신빙성 여부를 살펴본다. 청구법인은 원·부재료비를 실지 매입하였으면서도 부외처리하였다고 하면서 매입사실을 기장한 2권의 결산신고외의 장부를 제시하여 그 내용을 확인한 바 거래처별, 일자별로 해삼, 버섯, 새우, 게다리살, 오징어, 도미등 매입한 사실을 기록한 장부로서 거래상대방 및 금액은 OOO 15,600,000원, OOOO 19,312,600원, OOOO 24,848,750원, OOOO 6,275,500원, 계 66,036,850원이며 동 장부의 매입내용이 신고된 원장과 중복기재되었는지의 여부를 확인한 바 중복된 거래가 없고 또한 청구법인이 매입하였다는 쟁점 거래내용이 사실이라고 하면서 매입대금 지급에 따른 당좌수표 및 어음을 제시하여 이를 확인한 바 88.7부터 88.12.31까지 거래상대방 OOO와의 실지거래금액 35,940,000원중 20,340,000원에 대한 대금은 OO은행이 지급인으로 되어 있는 약속어음 8,040,000원과 OO은행이 지급인으로 되어 있는 약속어음 12,300,000원으로 지급하였음이 확인되고 있으며, OOOO와의 실지거래금액 65,751,600원중 46,000,000원은 OO은행, OO은행이 지급인으로 되어 있는 약속어음으로 지급하였고 OOOO과의 실지거래금액 108,082,100원중 80,000,000원은 OO 및 OO은행이 지급인으로 되어 있는 약속어음 및 OO은행 당좌수표등으로 지급하였으며 OOOO와의 실지 거래금액 10,895,500원중 10,790,000원은 OO및 OO은행이 지급인으로 되어 있는 약속어음과 OO은행 당좌수표로 지급하였고, 나머지는 88.12.31 현재 미지급되었음이 확인되고 있어 실지거래금액 중 일부는 신고된 원장에 기록하고 나머지 금액은 이 건 신고외 장부에 기장하고 있었음을 알 수 있다. 위의 사실들을 종합하여 볼 때, 기장·신고한 매입원가이외에 신고외 장부에 기재되어 원가 산입이 되지 않은 쟁점 원·부재료비 66,036,850원은 이 건 법인소득금액 계산시 손금산입되어야 함에도 이를 인정치 않고 과세한 당초 처분은 부당한 반면 청구주장은 이유있다고 판단된다.
6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장은 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.