처분청이 경정결정한 부가가치세 환급금에 대한 환급가산금 계산의 기산일은 국세기본법 제52조 제1호에 의한 신고납부일의 다음날인지 동법 제52조 제6호 단서의 규정에 의한 경정일로 부터 30일이 경과한 다음날인지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울특별시 영등포구 OOO동 OOOOOOO에서 전산기기 및 쇼프트웨어의 제조 또는 판매업을 영위하는 외국인투자기업으로서, 1987년 제2기 과세기간중에 컴퓨터를 판매함에 있어 거래상대방중 일부고객과 검수조건부(재화의 공급시기는 검수조건이 완료된 때임)로 102,951,886원을 공급하였음에도 청구법인은 업무의 특수성 때문에 재화의 인도시점에서 1차로 세금계산서를 발행하여 과세표준과 세액을 신고납부하고 검수완료시는 부가가치세법상 수정신고를 이행하지 아니하고 2차로 재발행세금계산서와 감액세금계산서를 발행하여 그 차액만 신고납부하였는 바, 처분청은 청구법인의 1988년 제1기 세금계산서 제출일람표를 분석하는 과정에서 청구법인의 위와같은 신고내용을 적출하여 1989.9.1 부가가치세 10,295,041원 및 가산세 1,837,320원과 당초납부한 부가가치세에 대한 환급금 10,295,041원을 경정결정고지한 후 1989.9.13 환급금을 충당하면서 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정에 의거 환급가산금을 가산하지 아니하자 청구법인은 이에 불복하여 1989.11.2 심사청구를 거쳐 1990.2.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 청구법인이 당초 재화의 인도시 발행한 세금계산서는 부가가치세법상의 재화의 공급시기와 상이하여 추후 검수시점(설치시점)에서 수정신고를 이행하지 아니하고 재발행 세금계산서와 감액세금계산서를 동시에 발행하여 그 차액을 부가가치세 과세표준 및 세액으로 신고납부 한 데 대하여 처분청은 이를 경정결정 하면서 세금계산서 재발행시점에서 과소납부한 부분에 대하여는 부가가치세 및 과소신고납부 가산세를 부과하고 인도시 신고납부한 부가가치세에 대해서는 환급결의 하였는 바, 이는 처분청이 감액세금계산서와 재발행 세금계산서를 인정하고 이부분에 대해 경정한 것으로 볼 수 있는 반면 기납부세액의 환급결의는 동일건에 대한 납부후 부과처분의 취소 또는 착오 납부로 보고 당초신고분을 부과취소한 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 환급결정하면서 국세기본법 제52조 제1호에서 규정하고 있는 국세환급 가산금을 결정함이 없이 청구법인이 당초납부한 부가가치세만 환급결정한 이 건의 처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구법인이 1987년 제1기 및 제2기에 신고납부한 부가가치세가 감액결정됨으로써 발생된 환급세액은 신고시의 착오납부와 이중납부로 인한 것이 아니고 신고분에 대한 경정결정으로 발생한 환급세액이므로 전시한 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정에 의한 경정일로 부터 30일이 경과한 날의 다음날이 환급가산금 계산의 초일이 될 것이므로, 국세기본법 제52조 제1호의 규정이 적용되어야 한다는 청구주장은 관계법리를 오해한 것으로 보여져 받아들이지 아니한다는 의견이다.

4. 쟁점 처분청이 경정결정한 부가가치세 환급금에 대한 환급가산금 계산의 기산일은 국세기본법 제52조 제1호에 의한 신고납부일의 다음날인지 동법 제52조 제6호 단서의 규정에 의한 경정일로 부터 30일이 경과한 다음날인지 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 "먼저 이 건 관련 법규정을 보면, 국세기본법 제51조의 규정에서는 “세무서장은 납세의무자가 국세, 가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여 충당 또는 지급하도록”규정하고 있고, 동법 제52조의 규정에 의하면 “세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 결정을 하는 날까지의 기간과 국세환급금 100원에 대하여 1일3전의 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다”라고 규정하고, 다음 각호로서 “1. 착오납부, 이중납부 또는 납부후 그 부과의 취소·경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일.....” “2. - 5, 생략” “6. 법인세법, 부가가치세법, 특별소비세법, 주세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한날(신고한 날이 법정신고기일전인 경우에는 당해 결정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때”로 규정되어 있다. 다음으로 이 건 과세경위를 보면, 청구법인은 1987년 제2기 과세기간중에 컴퓨터를 판매함에 있어 그중 일부를 검수조건부로 공급하였음에도 검수완료시점에서 인도시점에 기신고납부한 부가가치세에 대하여 수정신고를 이행하지 아니하고 재발행세금계산서와 감액세금계산서를 발행하여 그 차액만 신고납부한 데 대하여 처분청은 검수시점을 기준으로 이를 경정결정하여 부가가치세 및 가산세를 추징하고 당초납부한 부가가치세는 이를 환급금으로 결정하여 위의 추징세액에 충당하면서 전시한 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정에 의거 가산금을 지급하지 아니하였음을 알 수 있고, 청구법인은 이에 대하여 당초 인도시점에서 신고납부한 부가가치세는 동법 제52조 제1호에 의한 착오납부 또는 납부후 부과처분의 취소에 해당된다고 볼 수 있으므로 당초납부한 부가가치세만 환급하고 이로인해 발생한 환급가산금을 지급하지 아니함은 부당하다는 주장이다. 살피건대, 납세의무자로 등록한 사업자가 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 국세기본법 제45조 제1항의 규정에 따라 일정기한내에 과세표준을 수정신고하여야 하고 또 사업자가 그 수정신고기한내에 수정신고를 이행하지 아니하고 신고내용에 오류 또는 탈루가 있거나 세금계산서의 전부 또는 일부의 제출이 없는 때에는 정부는 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 경정하도록 부가가치세법 제21조 및 동법시행령 제59조에서 규정하고 있는 데 반해 청구법인은 1987년 제2기분 부가가치세를 착오납부한 데 대하여 수정신고를 이행하지 아니하고 당초신고납부한 부가가치세 과세표준 및 세액을 차감하는 방법으로 감액세금계산서의 발행신고로 종결하였으며, 그후 처분청이 청구법인의 1988년 제1기 세금계산서 제출일람표를 분석·처리하는 과정에서 1987년 제2기분 부가가치세 과세표준 및 세액의 과다신고납부와 1988년 제1기분 부가가치세 과세표준 및 세액의 과소신고납부를 적출하여 부가가치세법 제21조의 규정에 따라 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정결정하였음을 처분청이 제출한 관련서류에 의해 알 수 있다. 따라서 이 건 환급금은 사업자가 신고납부한 부분에 대한 경정결정으로 인해 발생한 것으로서 그 계산의 기산일을 전시한 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정을 적용하여 부가가치세 환급가산금을 계산한 처분청의 처분은 타당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.