취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가로, 양도가액은 실지거래가액으로 하여 양도차익을 결정한 특별부가세 처분의 적부(경정)

[참조결정] 국심1989서2263

[주 문] 남산세무서장은 청구법인이 89.3.31 신고납부한 88사업년도 법인세 특별부가세분 방위세와 관련된 89.9.28 자 수정신고 (방위세 161,032,914원 감액)에 대하여 환급거부처분을 취소하 고 취득가액과 양도가액을 각각 기준시가에 의거 그 양도차 익을 계산하고 동 방위세를 경정·환급한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울시 중구 OO로 OO OOOOO에 본점을 두고 문구류제조업을 영위하는 법인으로서 68.1.1 취득한 서울 성동구 OOO가 OOOO OOOO 소재 토지 2,896평방미터 및 건물 4,015.24평방미터와 73.12.31 취득한 같은번지의 OOOOO 소재 토지 661평방미터 및 건물 1,487.08평방미터를 일괄하여 88.9.19 국가에게 2,295,272,728원에 양도한 바 있으며 청구법인의 88사업년도 귀속 법인세 신고시 위 토지등의 취득가액은 75.1.1 (취득시기 의제일) 현재의 기준시가로, 양도가액은 위 실지양도가액으로 양도차익을 계산하여 특별부가세는 면제되므로 그 방위세를 신고납부한 다음 청구법인은 89.9.28 위 토지등의 취득가액과 양도가액 모두를 기준시가로 적용하여 양도차익을 수정(감액)신고하였으나, 처분청이 수정(감액) 신고된 방위세 161,032,914원의 환급을 거부한다는 회신을 89.11.28 통지하자 청구법인은 89.2.4 심사청구를 거쳐 90.2.8 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 청구법인은 쟁점부동산을 1974.12.31 이전에 취득하였으므로 법인세법 제59조의 2 제3항 단서의 규정에 의한 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”라는 조항에 해당되고, 이 경우 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라, 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에는 위 규정에 따라 두 가액을 모두 기준시가에 의한 금액으로 양도차익을 산정하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 법인세법 제59조의 2 제3항 단서규정에 의하면, 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우에만 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 것으로 규정하고 있는 바, 이 건 양도가액은 확인된 실지거래가액으로 하는 한편, 취득가액은 74.12.31 이전 취득분으로서 75.1.1 현재의 기준시가 또는 물가상승감안가액에 의함이 타당하므로 당초 신고가 정당하고, 수정신고는 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은 청구법인이 74.12.31 이전에 취득한 토지등을 88.8.19 에 양도한 데 대하여 그 취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가로, 양도가액은 실지거래가액으로 하여 양도차익을 결정한 특별부가세 처분의 적부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단 먼저, 이 건 수정신고경위와 청구주장을 살펴보면, 청구법인은 68.1.1 과 73.12.31 취득한 토지 및 건물을 88.9.19 에 일괄 양도하고 법인세 특별부가세분 방위세를 신고납부한 다음 양도차익 계산방법을 변경하여 수정(감액) 신고하였으나 처분청은 취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가에 의하고 양도가액은 실지거래가액으로 하여 양도차익을 계산한 당초 신고가 정당하므로 취득가액과 양도가액을 모두 기준시가에 의하여 계산한 수정신고는 인정할 수 없다는 의견이고, 청구법인은 쟁점부동산을 74.12.31 이전에 취득하였으므로 취득가액은 법인세법 시행령부칙(74.12.31 대통령령 제7464호 개정)의 규정에 의하여 75.1.1 현재의 시가에 의하여야 하나 그 시가를 알 수 없으므로 75.1.1 현재의 기준시가에 의하여야 할 것이며, 이 경우의 기준시가는 의제취득가액으로서 법인세법 제59조의 2 제3항 단서규정의 불분명한 가액에 해당하므로 이건 취득가액과 양도가액 모두를 기준시가에 의한 금액으로 특별부가세분 방위세를 경정하여야 한다고 주장하고 있다. 이 경우 양도차익 계산에 대한 관계법령규정을 보면, 법인세법 제59조의 2(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서 동법시행령 제124조의 2 제6항에서는 “법 제59조의 2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의 2에 규정하는 토지등으로서 74.12.31 이전에 취득한 것은 75.1.1 에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며, 동법시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정함으로써 74.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있다. 그렇다면 이 건 청구법인의 양도차익을 계산함에 있어서 그 소유토지 및 건물을 74.12.31 이전에 취득하여 88년도에 양도한 것이므로 전시한 법인세법 시행령 부칙 제7조의 규정에 의거 취득가액에 75.1.1 현재의 기준시가를 적용함에는 다툼이 없고, 이때 75.1.1 현재의 기준시가를 적용하는 것은 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 경우 즉, 취득가액이 불분명한 경우를 의미하는 것이라고 볼 수 있으며, 전시한 법인세법 제59조의 2 제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 형평상 두가액중 어느 한쪽이 불분명한 경우도 포함된다고 보는 것이 대법원판례나 최근의 심판결정례의 견해이며(동지 대법원 86누201, 88.11.22 및 심판결정 국심 89서2263, 90.2.28), 한편 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서에서는 양도가액 또는 취득가액중 어느하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른하나는 동령 제115조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 기준시가(환산가액)에 의하여 결정하도록 규정하고 있으나 이 건 양도당시(88년)의 법인세법과 그 시행령에는 어느조항에도 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1,2호의 거래(국가·지방자치단체와의 거래, 부동산 투기거래) 유형에 따른 양도차익계산방법을 규정한 동법 시행령 제170조 제1항 단서와 같은(환산가액 적용) 조항이나 또는 같은 조항을 준용한다는 규정이 없으므로 법인세 특별부가세의 양도차익계산방법을 규정한 전시 법인세법 및 그 시행령의 해석적용에 있어서는 비록 그 거래유형이 위 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1,2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 위 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다(동지 대법원 88누6269, 88.12.13 및 심판결정 국심 88서1359, 89.2.3). 그러므로 이 건의 경우 양도가액만이 밝혀졌을뿐 그 취득가액이 불분명하므로 양도가액과 취득가액 모두를 전시한 법인세법 시행령 제124조의 2 제6항과 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호의 규정에 의하여 산정한 기준시가에 의하여야 한다는 것이 전시한 관계법령 및 판례등의 취지에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다(동지 대법원 86누671, 87.10.26 및 88전1653, 89.3.22 등).

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.