재개발사업과 관련하여 청구인이 사업시행자로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액을 공제할 수 있는지 여부(경정)

[주 문] 서대문세무서장이 89.9.16자로 청구인에게 부과한 89년 수 시분(88년 제1기 해당분) 부가가치세 142,033,320원은 부가가 치세 매입세액 126,390,600원 및 가산세 12,639,060원을 공제 하여 이를 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 서울시 중구 OO동 OOO에 소재하여 부동산 임대업을 영위하고 있는 자으로서 OOO OOOO OOOO지구 재개발사업 시행구역안에 토지 및 건물을 소유하고 있다가 재개발사업공사완료로 인하여 동 지구내의 토지 및 신축건물을 분양받았는바, 당해 건물 분양과 관련하여 재개발사업시행자인 청구외 OOO으로부터 88.6.27자로 공급가액 1,292,212,074원의 세금계산서를 교부받고 처분청에 매입세액으로 공제신고하였으나 처분청은 건물의 공급시기가 88.5.30이라는 이유로 당해 세금계산서가 공급시기 이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서이며 사업자등록전의 매입세액으로 보아 매입세액을 공제하지 아니함으로써 89.9.16자로 89년 수시분(88년 제1기분) 부가가치세 142,033,320원을 고지하였고 청구인은 이에 불복하여 89.11.14자 심사청구를 거쳐 90.2.7자로 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인의 주장 도시재개발법에 의하면 사업시행자는 공사를 완료한 후 공고 및 분양처분을 하고 서울시장에게 보고한 후 분양처분의 고시가 있은 다음날에 분양받을 자가 소유권을 취득한다고 규정하고 있고 분양처분 고시가 있는 때에는 지체없이 등기를 촉탁 또는 신청하여야 한다고 규정하고 있어 청구인의 경우와 같이 분양처분에 관한 재절차를 생략한 경우에는 건물 등기일(88.6.23)의 하루 전날인 88.6.22에 분양처분의 고시가 있었다고 보는 것이 타당하다 할 것이고 이때에는 다음 날인 88.6.23에 소유권을 취득하는 것이므로 이 건 건물의 공급시기는 88.6.23로 보아야 하며, 따라서, 이 건 세금계산서는 청구인이 88.6.21자로 사업자등록을 신청한 후 88.6.27자로 교부받아 공급시기로부터 4일이 지나 교부받았으나 이는 착오로 인한 것이므로 이 건 부가가치세 매입세액을 공제하여야 하는 것이고, 또한, 도시재개발법에 의한 사업시행자가 토지소유자에게 도시재개발법상의 관리처분계획에 따라 건물을 분양하는 것은 부가가치세법상의 재화의 공급이 아니어서 과세거래로 볼 수 없다 하더라도 부가가치세법 시행규칙 제18조의 제2항 규정에 의하여 분양대상자에게 각자의 지분으로 세금계산서를 교부하고 분양대상자는 수취한 매입세금계산서로 매입세액을 공제받을 수 있는 것인바 이 건의 경우 최초의 사업시행인가(83.12.14)이후 수차례의 사업시행 변경과 각자의 지분 변동이 예상되어 당해 건물 신축과 관련하여 시공자로부터 사업시행자가 교부받은 매입세금계산서를 그때 그때 분양대상자에게 교부할 수 없었으므로 청구인은 건축물이 완성되어 사업자등록을 필하고 권리면적을 확정한 후 각자의 지분대로 세금계산서를 교부받아 거래징수당한 부가가치세를 환급신고한 것이므로 이 건 매입세액을 공제하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 부가가치세법 제9조 제1항에서는 “재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때,

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용 가능하게 되는 때,

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때”라고 규정하고 있으며, 당청 예규 부가 1265.2～1884(82.7.13)에서는 “도시재개발법에 의하여 설립된 도시재개발조합이 동 사업에 따른 건물을 동 조합원에게 분양하는 경우의 공급시기는 당해 건물을 준공검사받아 조합이 조합원에게 분양 또는 처분하는 때”라고 규정하고 있는 바, 청구인은 OOO OOOO OOOO지구 재개발사업의 구성원으로 도시재개발법 제48조 및 제49조에 의하여 서울특별시장이 인가한 “재개발사업관리처분계획인가” (서울시 재개 30321-OOO, 88.5.6)에 따라 사업시행자인 청구외 OOO으로부터 토지 548.9평방미터, 건물 3,603.82평방미터를 분양받았는데 당해 토지대장에 의하면 88.5.30자로 환지된 사실이 기재되어 있고 당해 건축물 대장에는 88.5.30이 분양처분일이라고 기재되어 있으며 청구인은 위 토지 및 건물을 청구외 학교법인 OO학원에 88.6.1자로 임대한 사실도 임대차계약서에 의하여 확인되고 있어 당해 건물의 분양처분일은 88.5.30이고 이날이 바로 건물이 이용 가능하게 된 날이므로 부가가치세법상 이 건 건물의 공급시기는 88.5.30이라고 판단되는데도 사업시행자 OOO은 88.6.27을 거래일자로 하여 공급가액 1,292,212,074원의 세금계산서를 교부하였으므로 이 건 세금계산서는 공급시기이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서이며 또한 청구인은 이 건 건물을 88.5.30 취득하여 88.6.1부터 임대사업에 공하면서 부동산 임대에 관한 사업자등록신청서를 88.6.21 처분청에 제출하였는 바, 88.5.30을 공급시기로 보아야 하는 이 건 매입세액 129,221,207원은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호에서 규정하고 있는 사업자 등록전 매입세액에 해당되고 있음을 알 수 있어 처분청이 88.6.27자로 교부받은 이 건 세금계산서의 매입세액을 공제하지 아니한 당초 처분은 적법하다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 청구는 재개발사업과 관련하여 청구인이 사업시행자로부터 교부받은 이 건 세금계산서의 매입세액을 공제할 수 있는 것인지 여부에 그 다툼이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단 먼저, 당초 처분의 경위 및 근거를 살펴본다. 청구인은 OOO OOOO OOOO지구 재개발사업시행구역안의 토지 및 건물 소유자로서 동 구역안의 토지 및 건물 소유자인 청구외 OOO 및 학교법인 OO학원과 함께 재개발사업을 하기로 하고 재개발사업시행자를 OOO으로 정하여 83.12.14자로 재개발사업 시행인가(서울시 재개 443.2-OOO)를 받아 동 구역안에 업무용 건물 27,785.79평방미터를 신축한 후 88.6.23자로 청구인의 지분(전체의 12.97%)에 상당하는 토지 548.9평방미터 및 건물 3,603.82평방미터를 공유지분등기한 사실이 있는 바, 재개발사업에 따른 건물 신축과 관련하여, 사업시행자 OOO은 84.7.12자로 사업자등록을 하고 건설회사로부터 건설용역 대가지급에 따른 세금계산서 58매 총 9,744,841,984원을 교부받아 공제받을 매입세액으로 신고함에 따라 처분청은 84년 제2기부터 88년 제1기까지 위 세금계산서의 매입세액 전액을 공제한 바 있고 건물이 준공(88.5.24)되고 토지소유자별로 분양 면적 및 공사비 부담비용이 확정됨에 따라 사업시행자 OOO은 건물 총 공사비를 9,963,084,610원으로 확정(건설회사로부터 교부받은 위 세금계산서 금액외에 설계용역비등의 면세매입분 포함)한 후 건물총공사비중 청구인이 분양받을 공유지분에 상당하는 금액 1,292,212,074원을 계산(9,963,084,610원×12.97%)하여 당해 금액을 공급가액으로 하여 청구인에게 88.6.27자로 세금계산서를 교부하였으며 청구인은 이에 앞서 처분청에 88.6.21자로 임대 사업자등록을 신청(88.6.27교부)하여 사업시행자로부터 교부받은 당해 세금계산서의 매입세액(129,221,207원)을 88년 제1기분 부가가치세 확정신고시 공제받을 매입세액으로 하여 신고하였다. 처분청은 이에 대하여 이 건 사업시행자가 건물을 준공한 후 토지소유자에게 건물(재화)을 공급한 것으로 보고 앞에서 본 부가가치세법 제9조 제1항 및 국세청 예규(부가 1265.2-1884, 82.7.13)등에 의하여 이경우 재화의 공급시기는 당해 건물을 준공검사받아 사업시행자가 토지소유자에게 분양처분하는 때이고 이 건의 경우 건물의 분양처분일은 건축물 대장등에 의하여 88.5.30임이 확인되므로 청구인이 사업시행자로부터 88.6.27을 공급시기로 하여 교부받은 이 건 세금계산서는 공급시기(88.5.30)이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서라고 보았고 또한, 청구인은 공급시기 이후인 88.6.27자로 사업자등록증을 교부받았으므로 이 건 세금계산서의 매입세액이 등록전 매입세액에 해당된다고 보아 당해 매입세액을 불공제함으로써 이 건 부과처분에 이르렀음을 알 수 있다. 따라서 청구인이 재개발사업시행에 따라 사업시행자로부터 교부받은 이 건 세금계산서가 처분청이 본 바와 같이 재화(건물)의 공급과 관련하여 교부받은 세금계산서로 볼 수 있는 것인지 여부를 우선 살펴본다. 도시재개발법에 의하면 재개발사업은 토지의 소유자 또는 그들이 설립하는 재개발조합이 이를 시행할 수 있고(제9조) 이 건의 경우는 재개발구역안의 토지소유자가 청구인등 3인으로서 토지소유자 5인 이상으로 구성해야 하는 조합의 설립요건(제17조)에 해당되지 아니하여 토지소유자들이 사업시행을 하는 경우로서 토지소유자의 대표인 OOO이 사업시행자의 역할을 수행하였지만 실질내용상에 있어서는 청구인등 3인의 소유토지 및 건물상에 소유권 변동없이 사업을 시행한 후 이들이 부담한 종전 토지, 건물의 평가액과 현금부담비용에 상당하는 토지 및 신축건물을 도시재개발법상의 관리처분계획에 따라 각각 취득하게 되는 것으로서 도시재개발법상의 사업시행자는 대지 및 건축시설에 대한 관리처분 계획을 정하여 인가를 받아야 하고(제41조) 재개발사업 공사를 완료한 후에는 토지소유자에게 관리처분계획에 따라 분양처분을 하여야 하며(제48조) 도시재개발법상의 관리처분계획에 따라 취득하는 대지 또는 건축시설은 토지구획정리사업법의 규정에 의한 환지로 보도록 규정(제49조)하고 있는 바, 비록, 사업시행자가 도시재개발법상의 규정에 의하여 토지소유자에게 토지 및 건물을 분양한다 하더라도 환지란 법률상으로 볼때 단순히 공유지분의 지분 분할 효과만을 가지는 것이므로 도시재개발법상 환지로 보게 되어 있는 위 분양처분을 부가가치세법상 재화의 공급으로 보기는 어렵고 또한 토지소유자들이 토지소유자중의 1인인 사업시행자의 명의를 빌려 건물을 신축하였다는 실0질적인 측면에서 볼때에도 이부분에 있어 사업시행자는 부가가치세법상의 사실상 소비자의 지위에 있는 것으로 보기는 어렵다고 판단되며(국심 89서 1781, 89.12.8자 외 동지) 재무부 예규(소비 22601-1216, 85.12.5등)에서도 도시재개발법상의 관리처분계획에 따라 종전토지 소유자가 신축건물을 분양받는 것은 부가가치세법상의 재화의 공급이 아니라고 일관되게 해석해 오고 있어 위와 같은 점에서 살펴볼때, 청구인이 사업시행자로부터 교부받은 이 건 세금계산서에 대하여 처분청이 재화의 공급(분양처분)과 관련된 세금계산서로 보아 이를 근거로 공급시기를 따져 매입세액 공제대상여부를 판단한 것은 논리상 적합하지 아니한 것으로 판단된다. 한편, 위와 같이 보게 되면 사업시행자로부터 토지 및 건물을 분양받은 종전 토지 소유자가 과세사업을 영위하는 경우에도 관련 매입세액을 전혀 공제받을 수 없게 된다는 불합리한 점이 있게 되므로 재무부 예규(소비 22604-44, 87.1.17)에서는 부가가치세법 시행규칙 제18조(공동매입등에 대한 세금계산서 교부)의 취지에 따라 “도시재개발조합은 시공자등으로부터 교부받은 세금계산서상의 공급가액 범위내에서 각 조합원이 부담한 비용에 대하여 각 조합원에게 세금계산서를 교부하고 조합원은 당해 매입세액이 자기의 과세사업과 관련된 매입세액인 때에는 이를 매출세액에서 공제받을 수 있다”라고 해석하여 과세사업을 영위하는 토지소유자(조합원)가 관련 매입세액을 공제받을 수 있도록 하였고, 88.7.12 개정된 부가가치세법 시행규칙 제18조 제2항에서는 동업자 대표(이 건 사업시행자 해당)가 명의자로서 교부받은 세금계산서에 기재된 공급가액 범위내에서 실지로 소비하는 자(이 건 청구법인에 해당)를 공급받은 자로 하여 세금계산서를 교부한 때에는 당해 용역의 공급자가 실지로 소비하는 자를 공급받은 자로 하여 세금계산서를 교부한 것으로 보도록 규정함으로써 실지로 소비하는 자가 매입세액을 공제받을 수 있도록 명확히 하였음을 알 수 있다. 그러나, 위 부가가치세법 시행규칙 제18조의 규정이나 재무부 예규는 각 조합원이 부담한 비용 즉 실지로 소비한 부분에 대하여 세금계산서를 교부할 수 있도록 규정하고만 있을 뿐 그 교부시기에 대하여는 명문으로 규정하고 있지 아니하여, 이 경우 사업시행자는 언제까지 토지소유자에게 세금계산서를 교부하여야 하는 것인지 또한 토지소유자는 언제까지 과세 사업자등록을 하여야만 매입세액을 공제받을 수 있는 것인지가 분명하지 아니한 바, 첫째, 이 건의 경우 건물신축은 84년부터 개시되었지만 서울특별시장의 88.5.6자 재개발사업 관리처분 계획인가(재개 30321-OOO)에 따라 비로소 토지소유자별 분양권리면적이 확정되었고, 당사자간에 재개발비용을 정산하여야만 사업시행자가 토지소유자별로 공사비 부담비용을 계산하여 세금계산서를 교부할 수 있다는 측면에서 볼때, 사실상 사업시행자가 시공회사로부터 건설용역에 따른 세금계산서를 교부받는 즉시 토지소유자별로 그 부담비용에 상당하는 세금계산서를 교부할 수는 없었다고 판단되므로 각 토지 소유자별로 실제 부담할 비용이 확정되고 이에 따른 정산 과정을 거친 시점에서 청구인이 이 건 세금계산서를 교부받은 것이 잘못이라고 보기는 어렵고, 둘째, 재개발사업과 관련하여 사업시행자(조합)가 토지 소유자(조합원)에게 신축건물을 분양하는 데 대하여 과세당국에서는 위에서 본 예규(부가 1265.2-1884, 82.7.13)등을 근거로 이를 재화의 공급으로 보고 관련 매입세액을 공제하여 왔고 이 건의 경우에도 사업시행자가 시공회사로부터 교부받은 세금계산서(청구법인등의 부담분 포함)상의 매입세액 전액을 공제하여 왔는 바, 85.12.5자의 재무부 예규(소비 22601-1216, 85.12.5)에서 도시재개발법상의 관리처분계획에 따라 종전 토지소유자가 신축건물을 분양받는 것은 부가가치세법상의 재화의 공급이 아니라고 해석함에 따라 국세청에서는 업무지시(부가 22601-OOOO, 85.12.31)를 통하여 85.12.5이후 공급시기가 도래하는 것은 위 재무부 예규에 따라 처리하도록 하였고, 따라서 처분청은 85.12.5이후부터는 위 업무지시에 따라 이 건 사업시행자가 시공회사로부터 교부받은 세금계산서의 공급가액중 청구인등 종전 토지소유자가 부담할 가액(건물 준공후 사업시행자로부터 분양받을 지분에 상당하는 금액)에 상당하는 매입세액을 불공제하였어야 함에도 불구하고, 이 건 건물준공시(88.5)까지 사업시행자가 신고한 매입세액 전액을 공제한 것으로 밝혀지고 있어 이 건의 경우 청구인등의 토지소유자는 적어도 건물 준공시까지는 사업시행자와 별도로 사업자등록을 하여야 할 필요성이 없었고, 또한 과세사업에 공할 임대목적 건물이 준공되지도 아니한 상태에서 사업자등록을 하여 세금계산서를 교부받기도 곤란하였을 것으로 보일뿐 아니라(심판청구 89서 1781건의 경우에는 조합원들이 건물준공 이전에 부동산 임대사업자등록신청을 한 데 대하여 마포세무서장이 당해 임대목적 건물이 현재 공사중에 있고 동 건물이 준공된 후에야만 임대업을 영위할지 여부가 확정된다는 이유를 들어 신청서를 반려한 사례가 발견되고 있음) 오히려 재무부 예규(소비 22601-44, 87.1.17)에서 “도시재개발조합은 시공자등으로부터 교부받은 세금계산서상 공급가액의 범위내에서 각 조합원이 부담한 비용에 대하여, 각 조합원에게 세금계산서를 교부하고 조합원은 당해 매입세액이 자기의 과세사업과 관련된 매입세액인 때에는 이를 매출세액에서 공제받을 수 있다”라고 규정하고 있는데 근거하여 이 건의 경우와 같이 건물이 준공된 이후 사업자등록을 하여 사업시행자로부터 청구인이 부담한 비용에 상당하는 세금계산서를 교부받게 되면 매입세액 공제가 가능한 것으로 믿었으리라고 보여지고, 셋째, 이 건 사업시행자가 위와 같은 인식하에 시공회사로부터 건설용역대가의 지급에 따른 세금계산서를 교부받고 다시 당해 용역의 실질소비자인 청구인등에게 세금계산서를 교부함으로써 청구인등으로부터 부가가치세를 거래징수하여 납부하고 이에 따라 실질소비자인 청구인등이 자기의 과세사업과 관련하여 세금을 부담하고 교부받은 이 건 세금계산서의 매입세액을 공제받지 못한다면 과세형평상 타당하지 못한 측면이 있다 아니할 수 없다. 위와 같은 사실들을 종합하여 보면 이 건 건물이 준공된 후(88.5.24) 토지소유자별 공사비 부담비율이 확정됨에 따라(청구인이 제시하는 서류에 의하면 88.6.22자로 재개발 사업자금 정산 및 권리면적확정이 된 것으로 나타나고 있음) 청구인이 88.6.21자로 처분청에 사업자등록증을 신청(88.6.27 교부)하여 88.6.27자로 사업시행자로부터 교부받은 이 건 세금계산서는 위 부가가치세법 시행규칙 제18조 및 관련 예규의 규정에 따라 교부받은 세금계산서로 봄이 타당하다 할 것이다. 다만 이 건 세금계산서는 사업시행자인 OOO이 시공회사와 건설용역계약을 체결하여 용역대가 전액(9,744,841,984원)에 대하여 세금계산서를 교부받은 후 건물이 준공된 이후에 당해 용역대가외에 일부 건물 신축비용(설계용역비등 부가가치세 면세 매입분)을 포함하여 건물 총공사비(9,963,084,610원)을 확정하고 총공사비중 청구인의 공유지분(12.97%)상당금액인 1,292,212,074원을 공급가액으로 함으로써 당초 시공회사로부터 공급받은 가액을 초과하여 세금계산서를 교부하게 되었고 그 결과 공제받지 못할 세액이 일부 포함되어 있으나 이러한 경우에도 공제받을 매입세액 상당액이 확인되는 경우에는 이를 공제할 수 있는 것이므로(국심 84전 341, 84.5.14자 동지) 이 건의 경우 사업시행자가 당초 시공회사로부터 교부받은 세금계산서상의 금액(9,744,841,984원)중 청구인의 공유지분(12.97%)에 상당하는 1,263,906,005원에 대한 부가가치세 126,390,600원은 매입세액으로 공제함이 타당하다고 판단된다.

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.